Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov 

Názov časti								     Strana č.

Úvod

1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky..     1   
     
2. Základné definície a pojmy .......................................................      3

3. Subjekty zapojené do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a ich zodpovednosti .....................................................       6 
	3.1 	Riadiace orgány ........................................................................................        7
	3.2 	Platobný orgán ..........................................................................................      10
3.3	Monitorovacie výbory ...............................................................................      12 
3.4		Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych 
fondov ........................................................................................................	    13
3.5	Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Ministerstva 
financií SR .................................................................................................      13
3.6	Kontrolné útvary ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  riadiace
orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány ..............................	    14	
3.7	Správy finančnej kontroly ..........................................................................      14
3.8	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú                        riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány .................      15

4. Financovanie zo štrukturálnych fondov .....................................   16                                              

	4.1 	Podpora zo štrukturálnych fondov  ............................................................      16
4.2	    Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov .........      18
4.3	Finančné plánovanie ..................................................................................      19
4.4	Programové rozpočtovanie ........................................................................      20 
4.5	Rozpočtové záväzky ES a ich stanovenie ..................................................      21  
4.6	Systém finančných tokov ...........................................................................      21
4.6.1	Toky žiadostí o platbu ....................................................................      21
4.6.2	Platby  z Európskej komisie ...........................................................      22
4.6.3	Platby konečným prijímateľom ......................................................      25                 
4.6.4	Presuny finančných prostriedkov ...................................................      25 
4.7	Certifikácia ................................................................................................       26
4.8	Nezrovnalosti .............................................................................................       29
	4.8.1   Opravy financovania a vrátenie prostriedkov .................................      29
	4.8.2   Správy o nezrovnalostiach ...............................................................      30
4.9 	Účtovníctvo, finančné výkazníctvo a archivácia ........................................      31
4.10     Používanie mien a kurzové rozdiely ..........................................................      32
4.11	Daň z pridanej hodnoty ...............................................................................     32
4.12 	Zmluva s konečným prijímateľom o financovaní projektu .........................     33
 
5. Monitorovanie a elektronická výmena informácií......................    34

6. Finančná kontrola a vnútorný audit.............................................    36

6.1 	Kontrola fyzickej realizácie projektu ........................................................       36
6.2	Kontrola vzoriek operácií a projektov (minimálna 5 % kontrola celkových oprávnených nákladov operačného programu alebo SPD).......................        37
6.3	Následná kontrola ......................................................................................       39 
6.4	Prehlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov ........................       40
6.5	Vnútorný audit............................................................................................       40

Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov 
1. Legislatíva Európskych spoločenstiev a Slovenskej republiky
Koncepcia systému finančného riadenia štrukturálnych fondov je vypracovaná v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev (ďalej len „ES“) a Slovenskej republiky a inými dokumentami, najmä:
a)	Medzinárodné dohody
•	Rámcová dohoda medzi Európskou komisiou a vládou Slovenskej republiky o úprave podmienok pre technický, legislatívny a administratívny rámec, na základe ktorého budú vykonávané opatrenia súvisiace s financovaním programov pomoci v SR, ktoré vyplývajú z nariadenia Rady č. 3906/89/EHS z 18.12.1989 ako aj jeho dodatku, nariadenia Rady č. 1764/93/EHS
•	Európska dohoda o pridružení uzatvorená medzi Európskymi spoločenstvami a ich členskými štátmi na jednej strane a Slovenskou republikou na strane druhej podpísaná dňa 4.10.1993
b)	Základné právne predpisy ES
•	Šieste rozhodnutie Rady 77/388/EHS o harmonizácii zákonov členských štátov týkajúcich sa daní z obratu – spoločný systém dane z pridanej hodnoty
•	Finančné nariadenie 77/1231/EHS z 21. decembra 1977 o všeobecnom rozpočte Európskych spoločenstiev 
•	Nariadenie Rady č. 90/610/EHS doplňujúce Finančné nariadenie 77/1231/EHS z 21. decembra 1977 aplikovateľné na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev
•	Nariadenie Európskej komisie č. 93/3418/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu niektorých ustanovení Finančného nariadenia 77/1231/EHS z 21. decembra 1977
•	Nariadenie Rady č. 94/1681/ES o nezrovnalostiach a vrátení neoprávnene a chybne vyplatených čiastok a o organizácii informačného systému pre štrukturálne politiky 
•	Nariadenie Rady č. 95/2988/ES o ochrane finančných záujmov Európskych spoločenstiev 
•	Nariadenie  Rady č. 96/2185/ES o kontrolách a inšpekciách na mieste vykonávaných Európskou komisiou za účelom ochrany finančných záujmov Európskych spoločenstiev pred spreneverou a inými podvodmi 
•	Nariadenie Rady č. 99/1257/ES o podpore rozvoja vidieka z Európskeho poľnohospodárskeho záručného a usmerňovacieho fondu 
•	Nariadenie Rady č. 99/1260/ES ustanovujúce všeobecné ustanovenia o štrukturálnych fondoch 
•	Nariadenie Rady č. 99/1263/ES k Finančnému nástroju na usmerňovanie rybolovu 
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady č. 99/1783/ES o Európskom fonde regionálneho rozvoja
•	Nariadenie Európskeho parlamentu a Rady č. 99/1784/ES o Európskom sociálnom fonde 
•	Nariadenie Rady č. 99/2792/ES ustanovujúce presné predpisy a opatrenia týkajúce sa štrukturálnej pomoci ES v sektore rybného hospodárstva
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2000/643/ES o opatreniach pre používanie EURO pre účely štrukturálnych fondov 
•	Nariadenie Rady č. 2000/1685/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady č. 99/1260/ES týkajúce sa oprávnenosti výdavkov operácií spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov 
•	Nariadenie Európskej komisie č. 2001/438/ES ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o systém riadenia kontroly pre pomoc poskytovanú v rámci štrukturálnych fondov 
•	Nariadenie Rady č. 2001/448/ES ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1260/ES pokiaľ ide o opravy financovania pomoci poskytovanej zo štrukturálnych fondov
•	Nariadenie Rady č. 2001/762/ES, ktorým sa mení Finančné nariadenie z 21. decembra 1977 o všeobecnom rozpočte Európskych spoločenstiev ohľadne oddelenia funkcií vnútorného auditu od predbežnej finančnej kontroly 
•	Nariadenie Rady č. 2001/1447/ES, ktorým sa mení a dopĺňa nariadenie Rady 99/1260/ES ustanovujúce všeobecné ustanovenia o štrukturálnych fondoch
•	Nariadenie Rady č. 2002/445/EK ustanovujúce podrobné pravidlá implementácie nariadenia Rady č. 99/1257/ES o podpore rozvoja vidieka z Európskeho poľnohospodárskeho záručného a usmerňovacieho fondu  

c)	Základné právne predpisy SR
•	Zákon NR SR č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade Slovenskej republiky v znení neskorších predpisov 
•	Zákon NR SR č. 278/1993 Z .z. o správe majetku štátu v znení neskorších predpisov
•	Zákon NR SR č. 289/1995 Z. z. o dani z pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov
•	Zákon NR SR č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajov v informačných systémoch
•	Zákon č. 231/1999 Z. z. o štátnej pomoci v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 263/1999 Z. z. o verejnom obstarávaní v znení neskorších predpisov
•	Zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení zákona č. 150/2001 Z. z.
•	Zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov
•	Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení zákona č. 386/2002 Z. z.
•	Zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve

d)	Ostatné dokumenty 
•	Uznesenie vlády SR č. 240/2001 k Národnému plánu regionálneho rozvoja SR 
•	Uznesenie vlády SR č. 1154/2001 k Prioritným úlohám vlády SR vyplývajúcim z Pravidelnej správy Európskej komisie o pripravenosti Slovenskej republiky na členstvo v EÚ
•	Uznesenie vlády SR č. 15/2002 k Správe o príprave zavedenia štrukturálnych fondov na Ministerstve financií SR za rok 2001
•	Uznesenie vlády SR č. 133/2002 k Návrhu rozhodnutia o finálnej podobe Národného plánu regionálneho rozvoja Slovenskej republiky (rozhodnutie medzi CSF a SPD)
•	Uznesenie vlády SR č. 317/2002 k návrhu rozhodnutia o riadiacich orgánoch pre Jednotný programovací dokument NUTS II – Bratislava Cieľ 2 a Jednotný programovací dokument NUTS II – Bratislava Cieľ 3
•	Uznesenie vlády SR č. 359/2002 k návrhu na zabezpečenie účasti SR v Iniciatíve Spoločenstva INTERREG III zameranej na transeurópsku spoluprácu a podporu harmonického a vyváženého rozvoja európskeho priestoru
•	Uznesenie vlády SR č. 362/2002 k Národnému akčnému plánu zamestnanosti
•	Uznesenie vlády SR č. 606/2002 k Návrhu obsahového a organizačného zabezpečenia vypracovania Národného rozvojového plánu SR
•	Uznesenie vlády SR č. 617/2002 k Návrhu na zmenu systému platobných orgánov pre štrukturálne fondy Európskej únie
•	Uznesenie vlády SR č. 678/2002 k Správe o zabezpečení uzavretia kapitoly 21 – Regionálna politika a koordinácia štrukturálnych nástrojov

2. Základné definície a pojmy

Pre účely systému finančného riadenia štrukturálnych fondov sa rozumie:
a)	Audit trail – podrobný popis riadenia a realizácie pomoci zo štrukturálnych fondov na všetkých úrovniach.
b)	Certifikácia – potvrdenie správnosti a oprávnenosti výdavkov a efektívnosti systémov riadenia a kontroly štrukturálnych fondov.
c)	Cieľ 1 – cieľ ES umožňujúci podporu zo štrukturálnych fondov  pre zaostávajúce regióny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 75 % priemeru Európskych spoločenstiev. 
d)	Cieľ 2 – cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho fondu regionálneho rozvoja a Európskeho sociálneho fondu pre regióny vážne postihnuté úpadkom priemyslu, a ktoré čelia štrukturálnym ťažkostiam. 
e)	Cieľ 3 – cieľ ES umožňujúci podporu z Európskeho sociálneho fondu pre rozvoj ľudských zdrojov, modernizáciu a prispôsobovanie politík a systémov vzdelávania, školenia a zamestnanosti.
f)	Doplnok programu - dokument vykonávajúci stratégiu a priority pomoci, obsahujúci podrobné prvky na úrovni opatrenia, ako ich uvádza čl. 18 ods. 3 nariadenia Rady 99/1260/ES, ktorý vypracuje členský štát alebo riadiaci orgán a ktorý bude v nevyhnutných prípadoch prehodnotený podľa čl. 34 ods. 3 nariadenia Rady 99/1260/ES. Zasiela sa Európskej komisii pre informáciu.
g)	Európska investičná banka (ďalej len „EIB“) - medzinárodná finančná a úverová inštitúcia poskytujúca úvery konečným prijímateľom určené na spolufinancovanie projektov.
h)	Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond (ďalej len „EAGGF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky EÚ podporujúci adaptáciu poľnohospodárskych štruktúr na dlhodobé štrukturálne zmeny v poľnohospodárstve, rozvoj poľnohospodárskej infraštruktúry, rozvoj a obnovu vidieka, vidieckeho dedičstva a lesov.
i)	Európsky fond regionálneho rozvoja (ďalej len „ERDF“) – jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky EÚ, ktorého cieľom je prispievať k rozvoju najmenej rozvinutých regiónov Európskej únie.
j)	Európsky sociálny fond (ďalej len „ESF“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky EÚ napomáhajúci k dosiahnutiu cieľov najmä v aktívnej politike zamestnanosti a k voľnému pohybu pracovných síl v boji proti nezamestnanosti a znevýhodneniu rôznych skupín ľudí na trhu práce.
k)	Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu (ďalej len „FIFG“) - jeden z hlavných nástrojov štrukturálnej a regionálnej politiky EÚ, ktorého cieľom je zabezpečiť vyrovnaný, harmonický rozvoj rybárskeho priemyslu.
l)	Iniciatívy ES – forma pomoci ES zo štrukturálnych fondov, ktorá sa týka cezhraničnej (INTERREG A), transregionálnej (INTERREG B) a  trasnacionálnej spolupráce (INTERREG C), hospodárskej a spoločenskej obnovy zaostalých  miest a mestských oblastí (URBAN), rozvoja vidieka (LEADER) alebo medzištátnej spolupráce na presadzovanie nových prostriedkov boja so všetkými formami diskriminácie a nerovnoprávnosti v oblasti trhu práce (EQUAL).
m)	Jednotný programovací dokument (Single Programming Document – ďalej len „SPD“) – programovací dokument schválený Európskou komisiou. Obsahuje stratégiu a priority podporované zo štrukturálnych fondov a zo zdrojov členského štátu, ich špecifické ciele, príspevok zo štrukturálnych fondov a ostatné finančné prostriedky.
n)	Kohézny fond – finančný nástroj ES určený pre členské krajiny, v ktorých hodnota HDP na obyvateľa meraná paritou kúpnej sily a vypočítaná na základe údajov ES v priemere za posledné tri kalendárne roky je menšia ako 90 % priemeru Európskych spoločenstiev.. Podporuje projekty dopravnej infraštruktúry a životného prostredia.
o)	Konečný prijímateľ - orgán, organizácia, právnická osoba, fyzická osoba alebo administratívna jednotka, ktorá má prospech z projektu a je zodpovedná za jeho realizáciu. V prípade schém pomoci podľa článku 87 Zmluvy o založení ES sú konečnými prijímateľmi tie orgány, ktoré túto podporu poskytujú. 
p)	Monitorovací výbor pre CSF - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre CSF a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v CSF. Je zložený zo zástupcov  jednotlivých riadiacich orgánov, platobného orgánu, ostatných zainteresovaných subjektov a, tam kde je to vhodné, zástupcu EIB. Na práci monitorovacieho výboru sa ako pozorovateľ podieľa zástupca EK. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre CSF.
q)	Monitorovací výbor pre SPD - orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre SPD a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v SPD. Je zložený zo zástupcov  príslušného riadiaceho orgánu pre SPD, platobného orgánu, ostatných zainteresovaných subjektov a, tam kde je to vhodné, zástupcu EIB. Na práci monitorovacieho výboru sa ako pozorovateľ podieľa zástupca EK. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre SPD.
r)	Monitorovací výbor pre operačný program – orgán zriadený členským štátom po dohode s riadiacim orgánom pre operačný program a po konzultácii s partnermi, ktorý je zodpovedný za monitorovanie pokroku v realizácii priorít a cieľov stanovených v operačnom programe. Je zložený zo zástupcov príslušného riadiaceho orgánu pre operačný program, riadiaceho orgánu pre CSF, platobného orgánu, ostatných zainteresovaných subjektov a, tam kde je to vhodné, zástupcu EIB. Na práci monitorovacieho výboru sa ako pozorovateľ podieľa zástupca EK. Výboru predsedá zástupca riadiaceho orgánu pre operačný program.
s)	Národný rozvojový plán (National Development Plan, ďalej len „NDP“) – programovací dokument členského štátu obsahujúci analýzu situácie vzhľadom k cieľom uvedeným v článku 1 nariadenia Rady č. 1260/1999/ES a prioritným potrebám pre dosiahnutie týchto cieľov, vrátane stratégie, plánovaných prioritných činností, ich špecifických cieľov a s tým spojených finančných prostriedkov.
t)	Opatrenie - prostriedok, ktorým je v priebehu niekoľkých rokov uskutočňovaná priorita programovacieho dokumentu a ktorý umožňuje financovanie činností. 
u)	Operácia – projekt alebo akcia vykonávaná konečným prijímateľom. 
v)	Operačný program – programovací dokument schválený Európskou komisiou pre vykonávanie Rámca podpory Spoločenstva, obsahujúci súvislý súbor priorít zahrňujúcich viacročné opatrenia, ktorý môže byť vykonávaný využitím pomoci jedného alebo viacerých fondov, jedného alebo viacerých iných existujúcich finančných nástrojov a EIB. 
w)	Oprávnené výdavky – výdavky, ktoré boli skutočne realizované v rámci obdobia stanoveného v rozhodnutí o poskytnutí pomoci vo forme výdavkov konečného prijímateľa, a ktoré boli realizované v rámci operácií vybraných na podporu v rámci pomoci v súlade s kritériami výberu a procesmi podliehajúcimi pravidlám ES.
x)	Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov (Winding-up Body) – nezávislý orgán zodpovedný za vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. 
y)	Platobný orgán - jeden alebo viac vnútroštátnych, regionálnych alebo miestnych orgánov či subjektov menovaných členskými štátmi pre účely vypracovania a predkladania žiadostí o platby a prijímanie platieb od EK. Platobný orgán zodpovedá za certifikáciu výkazu výdavkov, na základe ktorej predkladá žiadosti o platby z Európskej komisie.
z)	Priorita - jedna z hlavných zámerov stratégie prijatej do Rámca podpory Spoločenstva alebo pomoci. Každej priorite je pridelený príspevok zo štrukturálnych fondov a iných finančných nástrojov, príslušné finančné prostriedky členského štátu a súbor bližšie určených konkrétnych cieľov.
aa)	Rámec podpory Spoločenstva (Community Support Framework - ďalej len „CSF“) - dokument schválený Európskou komisiou po dohode s príslušným členským štátom, ktorý vyplýva z hodnotenia Národného rozvojového plánu predloženého členským štátom. Obsahuje stratégiu a priority podporované zo štrukturálnych fondov a zo zdrojov členského štátu, ich špecifické ciele, príspevok fondov a ostatné finančné prostriedky.      Realizuje sa prostredníctvom jedného alebo viacerých operačných programov. 
bb)	Riadiaci orgán - jeden alebo viac vnútroštátnych, regionálnych alebo miestnych orgánov či subjektov menovaných členskými štátmi pre účely riadenia podpory zo štrukturálnych fondov. Je menovaný pre Rámec podpory Spoločenstva, každý operačný program,  Jednotný programovací dokument a iniciatívy ES.
cc)	Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom – verejný alebo súkromný orgán vykonávajúci určité úlohy delegované z platobného orgánu. Rozsah a definovanie delegovaných úloh je v kompetencii platobného orgánu.
dd)	Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom - verejný alebo súkromný orgán vykonávajúci určité úlohy delegované z riadiaceho orgánu. Rozsah a definovanie delegovaných úloh je v kompetencii riadiaceho orgánu.
ee)	Štátna pokladnica – inštitúcia zabezpečujúca centralizáciu príjmov a realizáciu výdavkov štátneho a verejného rozpočtu a dennú likviditu štátneho rozpočtu. 
ff)	Štrukturálne fondy – nástroje štrukturálnej politiky EÚ využívané na dosiahnutie jej cieľov. K štrukturálnym fondom patria Európsky fond regionálneho rozvoja, Európsky sociálny fond, Európsky poľnohospodársky usmerňovací a záručný fond – usmerňovacia sekcia a Finančný nástroj na usmerňovanie rybolovu.
gg)	Zmluva o delegovaní právomocí z platobného/riadiaceho orgánu na sprostredkovateľský orgán pod platobným/riadiacim orgánom – podrobná zmluva o delegovaných úlohách, právomociach a zodpovednostiach zmluvných strán. V prípade, ak zmluvné strany sú organizačnými zložkami toho istého ministerstva, zmluvu nahrádza rozhodnutie ministra, v rámci ktorého budú presne definované práva a povinnosti jednotlivých orgánov.
hh)	Zmluva s konečným prijímateľom o financovaní projektu – podrobná zmluva o podpore projektu financovaného zo štrukturálnych fondov uzatvorená medzi riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom a konečným prijímateľom určujúca podmienky poskytnutia podpory, ako aj práva a povinnosti zúčastnených strán.
ii)	Zúčtovací doklad – doklad dokazujúci uskutočnenie výdavku, t.j. doklad o uskutočnení plnenia dodávky stavby, tovaru alebo služby a o jeho zaplatení zo strany konečného prijímateľa. 

3. Subjekty zapojené do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov a ich zodpovednosti

Do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov sú zapojené nasledovné subjekty: 
-	Riadiace orgány, 
-	Platobný orgán,
-	Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim alebo platobným orgánom,
-	Monitorovacie výbory,
-	Orgán vydávajúci prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov,
-	Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Ministerstva financií SR,
-	Kontrolné útvary ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány,
-	Správy finančnej kontroly,
-	Útvary vnútorného auditu, v ktorých sa nachádzajú riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány.

Hlavnou zásadou pri určení subjektov zapojených do riadenia prostriedkov štrukturálnych fondov je prísne oddelenie realizačnej a platobnej funkcie. 

3.1 	Riadiace orgány
Vláda SR uznesením č. 133/2002 z 13. februára 2002 rozhodla o spôsobe programovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre regióny spadajúce pod cieľ 1 formou Rámca podpory Spoločenstva. Vláda SR týmto uznesením zároveň rozhodla o štruktúre NDP ako aj o zriadení príslušných riadiacich orgánov vzhľadom na štruktúru Národného rozvojového plánu. Pre skrátené programovacie obdobie 2004-2006 SR vypracuje 6 operačných programov pre cieľ 1: 
·        Sektorový operačný program Ľudské zdroje,
·        Sektorový operačný program Ekonomický rozvoj, 
·        Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo, rozvoj vidieka a rybárstvo,
·        Sektorový operačný program Doprava a telekomunikácie,
·        Sektorový operačný program Životné prostredie,
·        Regionálny operačný program Slovensko.
Vláda SR uznesením č. 317/2002 zo dňa  27. marca 2002 rozhodla o spôsobe programovania pomoci zo štrukturálnych fondov pre región, vylúčený z podpory podľa cieľa 1, spadajúci pod cieľ 2 a cieľ 3 podpory ES (v podmienkach SR ide o región NUTS II Bratislavský kraj), formou Jednotného programovacieho dokumentu a o zriadení riadiacich orgánov pre SPD NUTS II Bratislava cieľ 2 a SPD NUTS II Bratislava cieľ 3.
Za riadiace orgány pre operačné programy, Jednotné programovacie dokumenty a iniciatívy ES v SR pre skrátené programovacie obdobie 2004-2006 boli určené príslušné ministerstvá podľa tabuľky č. 1. Úlohy riadiacich orgánov v SR pre skrátené programovacie obdobie 2004-2006 plnia útvary v rámci organizačnej štruktúry príslušných ministerstiev. 

Tabuľka č. 1: 
Inštitucionálne usporiadanie riadiacich orgánov pre operačné programy, Jednotné programovacie dokumenty a iniciatívy ES v SR pre skrátené programovacie obdobie 2004-2006: 

Riadiaci orgán | Ministerstvo | Organizačná zložka
Riadiaci orgán pre Rámec podpory Spoločenstva | Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR | sekcia regionálnej politiky –odbor stratégie regionálneho rozvoja
Riadiaci orgán pre Jednotný programovací dokument - Bratislavský kraj Cieľ 2 | Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR | sekcia regionálnej politiky –odbor stratégie regionálneho rozvoja
Riadiaci orgán pre Jednotný programovací dokument - Bratislavský kraj Cieľ 3 | Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR | sekcia práce – odbor Riadiaca jednotka ESF
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ľudské zdroje | Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR | sekcia práce – odbor Riadiaca jednotka ESF
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Doprava a telekomunikácie | Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR | odbor stratégie a rozvoja
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Životné prostredie | Ministerstvo životného prostredia SR | odbor sektorového koordinátora zahraničnej pomoci
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Ekonomický rozvoj | Ministerstvo hospodárstva SR | sekcia európskej integrácie - odbor zahraničnej pomoci a programov ES
Riadiaci orgán pre Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo, rozvoj vidieka a rybárstvo | Ministerstvo pôdohospodárstva SR | sekcia európskej integrácie, štrukturálnej politiky a rozvoja vidieka – odbor  rozvoja vidieka a životného prostredia
Riadiaci orgán pre Regionálny operačný program Slovensko | Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR | Agentúra na podporu regionálneho rozvoja

Riadiaci orgán pre INTERREG A

Riadiaci orgán pre INTERREG B

Riadiaci orgán pre INTERREG C

Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR

Ministerstvo životného prostredia SR

Ministerstvo hospodárstva SR

Riadiaci orgán pre Equal | Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR |

Riadiaci orgán pre Rámec podpory Spoločenstva je zodpovedný predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	vypracovanie NDP, vrátane finančného plánu, a koordinovanie vypracovania operačných programov a programových doplnkov;
•	negociovanie s Európskou komisiou o NDP a CSF;
•	koordináciu implementácie NDP a ostatných programovacích dokumentov s cieľom zabezpečenia vyrovnaného využívania pomoci zo štrukturálnych fondov; 
•	navrhovanie prípadných realokácií prostriedkov medzi operačnými programami, ich predkladanie na vyjadrenie Ministerstvu financií SR a na schválenie vláde SR;
•	monitorovanie implementácie NDP a vykonávanie ostatných činností v súvislosti s monitorovaním, vrátane predkladania výročných a záverečných správ o realizácii pomoci ES;
•	zabezpečovanie predbežného a priebežného hodnotenia a spoluprácu na následnom hodnotení NDP;
•	zabezpečovanie kontroly hospodárenia s prostriedkami štrukturálnych fondov a prostriedkami spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	zabezpečovanie informovania verejnosti o NDP a aktivitách, súvisiacich s pomocou Európskych spoločenstiev.

Riadiace orgány pre operačné programy, jednotné programovacie dokumenty a iniciatívy ES sú zodpovedné predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	vypracovanie príslušného programovacieho dokumentu (operačný program, programový doplnok, SPD) vrátane finančného plánu;
•	vypracovanie a prispôsobenie doplnku programu z vlastnej iniciatívy alebo na žiadosť príslušného monitorovacieho výboru bez toho, aby sa zmenila celková čiastka príspevku z fondov poskytnutá na príslušnú prioritu alebo jej špecifické ciele; 
•	vytvorenie vhodného systému implementácie príslušného programovacieho dokumentu;
•	zabezpečenie prijímania a schvaľovania žiadostí (projektov) od konečných prijímateľov; 
•	uzatváranie zmlúv s konečnými prijímateľmi pomoci, vrátane stanovenia možných sankcií v prípade nesplnenia týchto podmienok, a pokiaľ je to potrebné, vydanie súhlasu so začatím práce;
•	zabezpečenie monitorovania a hodnotenia implementácie priamo u konečných prijímateľov;
•	určenie sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom;
•	zabezpečenie správnosti vykonávania právomocí delegovaných na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom;
•	zavedenie systému zhromažďovania spoľahlivých finančných a štatistických informácií o vykonávaní pomoci pre potreby monitorovania a hodnotenia; 
•	odovzdávanie týchto údajov s použitím počítačových systémov (a iných dohodnutých mechanizmov) umožňujúcich výmenu dát s Európskou komisiou;
•	vypracovanie výročnej a záverečnej správy o realizácii pomoci pre príslušný operačný program alebo Jednotný programovací dokument a jej predloženie Európskej komisii po schválení príslušným monitorovacím výborom; 
•	zabezpečenie predbežného hodnotenia a priebežného hodnotenia v polovici obdobia v spolupráci s Európskou komisiou a spoluprácu na dodatočnom následnom hodnotení;
•	overovanie reálnosti, oprávnenosti, správnosti, aktuálnosti a neprekrývania sa nárokovaných výdavkov na každej úrovni implementačného systému;
•	zabezpečenie spolufinancovania operačného programu, príp. SPD zo štátneho rozpočtu;
•	overovanie spolufinancovania operačného programu, príp. SPD zo zdrojov konečného prijímateľa a z ostatných národných zdrojov;
•	overovanie súladu operačného programu a SPD s národnými pravidlami SR a politikami ES v oblasti štátnej pomoci, verejného obstarávania, ochrany životného prostredia, rovnosti príležitostí;
•	navrhovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci operačného programu a SPD a ich predkladanie príslušnému monitorovaciemu výboru na schválenie;
•	vypracovanie a predkladanie výkazov výdavkov a odhadu čerpania očakávaných výdavkov platobnému orgánu;
•	certifikácia oprávnenosti, presnosti, aktuálnosti výdavkov na úrovni programu a predkladanie správy o certifikácii platobnému orgánu; 
•	predkladanie ním schválených žiadostí konečných prijímateľov o platbu sprostredkovateľským orgánom pod platobným orgánom;
•	zabezpečenie toho, aby všetky subjekty zúčastňujúce sa na riadení a realizácii štrukturálnych fondov viedli samostatný účtovný systém alebo vhodné kódové označenie účtov v rámci svojho účtovníctva;   
•	vedenie knihy dlžníkov a pravidelné predkladanie výkazu čiastok plánovaných na vrátenie platobnému orgánu; 
•	okamžité informovanie platobného orgánu o zistených nezrovnalostiach; 
•	predkladanie potrebných informácií k „Bezodkladnej správe o nezrovnalostiach“,   „Správe o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok“,  „Správy o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok“ a k „Správe o nevymožených čiastkach“ platobnému orgánu;
•	zabezpečenie uchovávania všetkých podkladov vzťahujúcich sa na  výdavky a kontrolu pomoci ES minimálne 10 rokov po preplatení záverečnej platby ES; 
•	zabezpečenie správnosti operácií financovaných zo štrukturálnych fondov, najmä realizáciou vnútorných kontrol v súlade s princípom riadneho finančného riadenia a reagovaním na každú pripomienku alebo požiadavku na nápravné opatrenia;
•	uchovávanie a dodržiavanie audit trailu na každej úrovni riadenia štrukturálnych fondov;
•	zabezpečovanie kontroly hospodárenia s prostriedkami zo štrukturálnych fondov                            a s prostriedkami spolufinancovania zo štátneho rozpočtu;
•	zabezpečenie publicity o príležitostiach, ktoré pomoc ES ponúka pre prípadných konečných príjemcov (podnikateľské a profesijné subjekty, hospodárski a sociálni partneri, nevládne organizácie);
•	informovanie verejnosti o príslušnej pomoci ES a o jej výsledkoch.

Riadiaci orgán (okrem riadiaceho orgánu pre CSF) môže delegovať určité právomoci na sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom. Celkovú zodpovednosť za riadenie programov nie je možné delegovať. Miera delegovania môže byť odlišná pre jednotlivé operačné programy. Delegovanie právomocí musí byť upravené zmluvou o delegovaní právomocí, ktorú riadiaci orgán  poskytne platobnému orgánu pre informáciu. Písomná zmluva môže byť uzavretá len so subjektami, ktoré majú právnu subjektivitu. Celková zodpovednosť za zabezpečenie správnosti operácií však naďalej zostáva na riadiacom orgáne. 

3.2 	Platobný orgán
V zmysle uznesenia vlády SR č. 617 z 5. júna 2002 bolo Ministerstvo financií SR určené ako jediný platobný orgán pre štrukturálne fondy. Od 1.7.2002 bol vytvorený samostatný útvar platobného orgánu pre štrukturálne fondy v rámci  priamej riadiacej pôsobnosti štátneho tajomníka zodpovedného za prístupový proces do EÚ. 

Platobný orgán je zodpovedný predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	koordináciu prípravy všetkých pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby od Európskej komisie a výkonu týchto činností;
•	zostavovanie žiadostí o platbu priebežných platieb Európskej komisii pre všetky štrukturálne fondy (ERDF, ESF, EAGGF a FIFG) na základe podkladov predložených riadiacimi orgánmi;
•	zostavovanie, certifikácia a predloženie  výkazu výdavkov Európskej komisii na základe riadiacimi orgánmi a sprostredkovateľskými orgánmi pod platobným orgánom potvrdených a predložených výkazov výdavkov a správ o certifikácii vypracovaných uvedenými orgánmi;
•	pred  certifikáciou získanie uistenia o postupoch riadiaceho orgánu, že výkaz výdavkov zahŕňa výlučne oprávnené a aktuálne výdavky hradené počas obdobia oprávnenosti (nariadenie Rady 2000/1685/ES stanovujúce podrobné pravidlá pre implementáciu nariadenia Rady č. 99/1260/ES týkajúce sa oprávnenosti výdavkov operácií spolufinancovaných zo štrukturálnych fondov), boli vykonané kontroly dodávok spolufinacovaných stavieb, tovarov a služieb, nárokované výdavky sú reálne, postupovalo sa v súlade s predpismi ES, existuje podporná dokumentácia, uchováva a dodržiava sa audit trail;
•	zostavovanie a predloženie odhadu čerpania očakávaných výdavkov pre príslušný a nasledujúci rok Európskej komisii na základe podkladov riadiacich orgánov;
•	zabezpečenie vypracovania audit trailu na každej úrovni  riadenia štrukturálnych fondov;
•	vrátenie neoprávnene použitých platieb Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania;
•	predkladanie „Bezodkladnej správy o nezrovnalostiach“ Európskej komisii;
•	predkladanie „Správy o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok“ Európskej komisii;
•	predkladanie „Správy o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok“ Európskej komisii;
•	predkladanie „Správy o nevymožených čiastkach“ Európskej komisii;  
•	vedenie účtovníctva, výkazníctvo a uschovávanie dokladov v súlade s právnymi predpismi ES a SR.

Platobný orgán deleguje výkon niektorých  svojich funkcií na sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom. Rozsah týchto právomocí je stanovený v zmluve o delegovaní právomocí. Celková zodpovednosť za delegované právomoci  zostáva na platobnom orgáne. Platobný orgán nemôže delegovať certifikáciu výdavkov Európskej komisii, predkladanie žiadosti o platbu a príjem prostriedkov z ES.  

Tabuľka č. 2:
Inštitucionálne usporiadanie sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom:

Ministerstvo
Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR
Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR
Ministerstvo školstva SR
Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
Ministerstvo životného prostredia SR
Ministerstvo hospodárstva SR
Ministerstvo pôdohospodárstva SR

Úlohy a zodpovednosti sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom, ktoré môžu byť delegované z platobného orgánu:
•	zabezpečenie prevodu prostriedkov ES a prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu konečným prijímateľom; 
•	vrátenie neoprávnene použitých prostriedkov ES platobnému orgánu, vrátane úrokov z omeškania;
•	predkladanie potrebných informácií k „Bezodkladnej správe o  nezrovnalostiach“ za svoj úsek platobnému orgánu;
•	informovanie platobného orgánu o zistených nezrovnalostiach;
•	predkladanie potrebných informácií k „Správe o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok“ a „Správy o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok“ platobnému orgánu;  
•	vykonávanie predbežnej kontroly pred platbou, ktorá zahŕňa formálnu kontrolu žiadostí o platbu, súlad žiadostí s finančným plánom a kontrolu požadovaných dokumentov predložených riadiacim orgánom (kópie zúčtovacích dokladov a iná podporná dokumentácia);
•	vykonávanie priebežnej kontroly počas realizácie projektu;
•	vyplnenie a predkladanie výkazu výdavkov a správ o certifikácii na svojej úrovni platobnému orgánu;
•	predkladanie súhrnných žiadostí o platbu platobnému orgánu;
•	vedenie účtovníctva, výkazníctvo a uschovávanie dokladov v súlade s právnymi predpismi ES a SR;
•	mesačné predkladanie kópie výpisu zo svojho výdavkového účtu platobnému orgánu.     

3.3 	Monitorovacie výbory
Monitorovacie výbory sa zriaďujú pre CSF, každý operačný program a SPD po dohode s príslušným riadiacim orgánom a partnermi najneskôr tri mesiace po rozhodnutí o príspevku z fondov. 
V zmysle uznesenia vlády SR č. 678/2002 k správe o zabezpečení uzavretia kapitoly č. 21 – Regionálna politika a koordinácia štrukturálnych nástrojov bola uložená relevantným ministrom úloha zabezpečenia zriadenia príslušných monitorovacích výborov pre CSF, operačné programy a SPD v termíne do 31. augusta 2002.
Monitorovacie výbory pre CSF, operačné programy a SPD sú zodpovedné predovšetkým za nasledovné úlohy:
•	schválenie, potvrdenie alebo úpravu doplnku programu, vrátane materiálnych a finančných ukazovateľov, ktoré sa používajú na monitorovanie pomoci;
•	prerokovanie a schvaľovanie kritérií pre výber činností, financovaných v rámci každého opatrenia do šiestich mesiacov po schválení pomoci;
•	pravidelné skúmanie pokroku smerujúceho k dosiahnutiu špecifických cieľov pomoci;
•	skúmanie výsledkov vykonávania pomoci, najmä dosiahnutia cieľov stanovených v rámci priebežného hodnotenia pre rôzne opatrenia;
•	prerokovanie a schvaľovanie výročných a záverečných správ o realizácii pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré sú predložené Európskej komisii;
•	prerokovanie a schvaľovanie každého návrhu na zmenu obsahu rozhodnutia Európskej komisie o príspevku z fondov;
•	navrhovanie akejkoľvek úpravy alebo preskúmania pomoci riadiacemu orgánu;
•	schvaľovanie realokácie prostriedkov medzi opatreniami v rámci operačného programu (monitorovacie výbory pre operačné programy a SDP) a medzi operačnými programami (Monitorovací výbor pre CSF). 

3.4 	Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov
Orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci zodpovedá za vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov, ktoré je nevyhnutnou podmienkou na predloženie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Tento orgán je funkčne nezávislý od riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom alebo platobným orgánom a od osôb vykonávajúcich certifikáciu v rámci platobného orgánu. 
Vzhľadom k tomu, že Najvyšší kontrolný úrad SR najlepšie spĺňa požiadavky na zabezpečenie takejto činnosti (má skúsenosti v aplikácii štandardov INTOSAI, s certifikáciou pre program SAPARD), bude vypracovávať a vydávať prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov. 

3.5	Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu Ministerstva financií SR
Útvar metodiky finančnej kontroly a vnútorného auditu zriadený na Ministerstve financií SR v priamej riadiacej pôsobnosti štátneho tajomníka je centrálnou metodickou jednotkou pre finančnú kontrolu a vnútorný audit. Útvar je zodpovedný najmä za:
•	centrálnu koordináciu finančnej kontroly; 
•	metodické usmerňovanie finančnej kontroly a vnútorného auditu;
•	vyhodnocovanie ročných správ o výsledku finančných kontrol a ročných správ o činnosti vnútorných audítorov a na ich základe vypracovávanie ročnej správy o výsledkoch finančných kontrol a vnútorného auditu a jej predloženie vláde SR;
•	zabezpečovanie odbornej prípravy finančných kontrolórov a vnútorných audítorov, 
•	plnenie úloh kontaktného orgánu s EK za oblasť finančnej kontroly a ďalších úloh vyplývajúcich z medzinárodných dohôd.

3.6 	Kontrolné útvary ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány
Kontrolné útvary ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány, zodpovedajú za nasledovné úlohy:
•	vykonávanie minimálnej 5 % kontroly vzoriek celkových oprávnených výdavkov príslušného operačného programu alebo SPD pred ukončením pomoci zohľadňujúc rizikové faktory zistené kontrolnými orgánmi SR a EÚ;
•	vykonávanie následnej finančnej kontroly;
•	kontrolu dodržiavania všeobecne záväzných právnych predpisov pri vykonávaní finančnej kontroly.
•	kontrolu dodržiavania zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov, ktorú vykonáva kontrolný útvar MF SR.

3.7     Správy finančnej kontroly

Správy finančnej kontroly – rozpočtové organizácie so sídlom v Bratislave, Zvolene a Košiciach s pôsobnosťou v územných obvodoch v jednotlivých krajoch SR. V zmysle zákona č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly v znení neskorších predpisov sú v rozsahu svojej pôsobnosti samostatnými kontrolnými orgánmi, ktoré:
•	vykonávajú finančnú kontrolu:
-	v štátnych rozpočtových organizáciách a v štátnych príspevkových organizáciách,
-	prostriedkov štátneho rozpočtu a prostriedkov štátnych fondov poskytnutých obciam, iným právnickým osobám a fyzickým osobám,
-	prostriedkov Európskych spoločenstiev (vrátane prostriedkov zo štrukturálnych fondov) a iných prostriedkov zo zahraničia na financovanie projektov na základe medzinárodných zmlúv;

•	vymáhajú odvody a penále za neoprávnené použitie alebo zadržanie prostriedkov štátneho rozpočtu, štátnych fondov, Európskych spoločenstiev (vrátane prostriedkov zo štrukturálnych fondov) a iných prostriedkov zo zahraničia na financovanie projektov na základe medzinárodných zmlúv“;
•	spoluprácu s Európskou komisiou a Účtovným dvorom Európskych spoločenstiev pri plnení záväzkov vyplývajúcich z medzinárodnej zmluvy;
•	vykonávanie minimálnej 5 % kontroly vzoriek celkových oprávnených výdavkov príslušného operačného programu alebo SPD pred ukončením pomoci zohľadňujúc rizikové faktory zistené kontrolnými orgánmi SR a EÚ.

3.8 	Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány
Útvary vnútorného auditu ministerstiev, v  ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány,  zodpovedajú za nasledovné úlohy:
•	zhromažďovanie a analyzovanie informácií vzťahujúcich sa k činnosti auditovaného subjektu so zameraním na dosiahnutie účelu a cieľa vnútorného auditu; 
•	vykonávanie vnútorného auditu všetkých činností audítovaného subjektu, najmä tých s ktorými sú vzhľadom na ich charakter, rozsah a spôsob realizácie spojené riziká; 
•	vypracovanie správ o výsledku vnútorného auditu po vykonaní vnútorného auditu, ktorá obsahuje najmä predmet vnútorného auditu, nedostatky zistené vnútorným auditom a odporúčania pre auditovaný subjekt na nápravu zistených nedostatkov;
•	odovzdanie správ o vykonaní vnútorného auditu vedúcemu auditovaného subjektu a vedúcemu príslušného ústredného orgánu.  Ak výsledok vnútorného auditu zakladá podozrenie z trestnej činnosti alebo, ak jeho riešenie patrí do pôsobnosti orgánov príslušných podľa osobitných predpisov, odovzdá útvar vnútorného auditu správ o vykonaní vnútorného auditu aj orgánom činným v trestnom konaní alebo orgánom príslušným podľa osobitných predpisov.
Vnútorný audítor je funkčne nezávislý od útvaru vnútornej kontroly na ústredných orgánoch štátnej správy a v rámci svojej činnosti hodnotí aj účinnosť systému vnútornej kontroly. Postavenie vnútorného audítora je nezávislé, pretože pri výkone svojej činnosti je viazaný len ústavou, zákonmi a všeobecne záväznými právnymi predpismi. Vnútorného audítora Ministerstva financií SR vymenováva a odvoláva minister financií a vnútorného audítora iného ústredného orgánu vo všeobecnosti vymenováva a odvoláva vedúci tohto ústredného orgánu po prerokovaní s ministrom financií. Vnútorná kontrola a vnútorný audit sú na sebe organizačne nezávislé, avšak v záujme plnenia cieľov a zámerov ústredného orgánu  navzájom spolupracujú.

4. Financovanie zo štrukturálnych fondov

4.1 	Podpora zo štrukturálnych fondov 
Možnosť získať prostriedky zo štrukturálnych fondov má každý región NUTS II, ktorý spĺňa požiadavky príslušnej legislatívy EÚ. V zmysle uznesenia vlády SR č. 157/2002 k alternatívam návrhov na úpravu kategorizácie územno-štatistických jednotiek na úrovni NUTS II boli ustanovené nasledovné regióny NUTS II:

Tabuľka č. 3:
Regióny NUTS II podľa cieľov štrukturálnej politiky EÚ

Cieľ | Región NUTS II
1 | Západné Slovensko, Stredné Slovensko a Východné Slovensko
2 | Bratislavský kraj
3 | Bratislavský kraj

Projekty sú v rámci štrukturálnych fondov realizované na decentralizovanom základe, pričom nie je potrebné ich schválenie Európskou komisiou. Konečnú zodpovednosť za výber projektov má príslušný riadiaci orgán. 
Pomoc Európskych spoločenstiev sa vykonáva prostredníctvom nasledovných štrukturálnych fondov:
-	ERDF – podporujúci produktívne investície vytvárajúce nové pracovné miesta, infraštruktúru a rozvoj malých a stredných podnikov;
-	ESF – podporujúci opatrenia pre zvyšovanie zamestnanosti, vrátane vzdelávania;
-	EAGGF - usmerňovacia sekcia – podporujúci opatrenia v oblasti poľnohospodárstva a rozvoja vidieka;
-	FIFG – podporujúci opatrenia v oblasti rybárskeho priemyslu.
ERDF prispieva k dosiahnutiu cieľov 1 a 2, ESF k dosiahnutiu cieľov 1, 2 a 3 a EAGGF -usmerňovacia sekcia a FIFG k dosiahnutiu cieľa 1. Medzi štrukturálne fondy nie je zaradená záručná sekcia EAGGF. 
Štrukturálne fondy prispievajú rovnako k financovaniu iniciatív ES, ktoré zahŕňajú:
-	INTERREG – podporujúci cezhraničnú (INTERREG A), transregionálnu (INTERREG B) a transnacionálnu  (INTERREG C) spoluprácu zameranú na posilnenie harmonického, vyváženého a trvalo udržateľného rozvoja celej oblasti ES;
-	URBAN – podporujúci hospodársku a spoločenskú obnovu miest a mestských okrajových oblastí postihnutých krízou za účelom presadzovania trvalo udržateľného rozvoja miest;
-	LEADER – podporujúci rozvoj vidieka;
-	EQUAL – podporujúci transnacionálnu spoluprácu na presadzovanie nových prostriedkov boja so všetkými formami diskriminácie a nerovnoprávnosti v oblasti trhu práce.
Indikatívna alokácia z celkových zdrojov určených na štrukturálne fondy pre jednotlivé členské štáty a pre ciele 1 a 2 sa stanovuje na základe presných a objektívnych kritérií, najmä počtu obyvateľov, regionálnej prosperity, celoštátnej prosperity a relatívnej závažnosti štrukturálnych problémov, hlavne úrovne nezamestnanosti.
Pre cieľ 3 je indikatívna alokácia z celkových zdrojov určených pre ESF založená najmä na počte obyvateľov, situácii v zamestnanosti a závažnosti problémov, ako sú vylučovanie zo spoločnosti, úroveň vzdelania a školení a účasť žien na trhu práce.
Príspevky ES poskytované z jednotlivých štrukturálnych fondov sú rozdielne. Pri ich určení sa posúdia tieto otázky:
a)	závažnosť špecifických problémov, najmä regionálnej alebo sociálnej povahy, ktoré sa majú pomocou podpory odstrániť alebo zmierniť;
b)	finančné možnosti príslušného členského štátu, pričom sa zoberie do úvahy najmä jeho relatívna prosperita a potreba vyhnúť sa nadmerným rastom rozpočtových nákladov;
c)	uplatnenie zásad ES pre odstraňovanie nerovností a podporu rovnoprávnosti medzi mužmi a ženami a pre ochranu a zlepšovanie životného prostredia, najmä uplatňovaním zásady prevencie, zásady preventívnej starostlivosti a zásady „znečisťovateľ platí“;
d)	dôležitosť prikladaná pomoci a prioritám z regionálneho a vnútroštátneho hľadiska;
e)	zvláštna charakteristika príslušného druhu pomoci a priority zohľadňujúc potreby zistené predbežným hodnotením, najmä s ohľadom na ľudské zdroje a zamestnanosť;
f)	optimálne využitie finančných prostriedkov vo finančných plánoch, vrátane kombinácie verejných a súkromných prostriedkov. 
Príspevok ES zo štrukturálnych fondov sa určuje vo vzťahu k celkovým oprávneným nákladom alebo celkovým verejným alebo podobne oprávneným výdavkom (vnútroštátnym, regionálnym alebo miestnym výdavkom a výdavkom ES) v rámci každej pomoci.
Pre príspevok ES zo štrukturálnych fondov platia tieto horné limity:
a)	maximálny podiel 75 % z celkových oprávnených nákladov a spravidla najmenej 50 % oprávnených verejných výdavkov v prípade opatrení uskutočňovaných v regiónoch, na ktoré sa vzťahuje cieľ 1. Tam, kde sa tieto regióny nachádzajú v členskom štáte, na ktorý sa vzťahuje Kohézny fond, môže byť príspevok ES vo výnimočných a riadne odôvodnených prípadoch zvýšený  až na maximálny podiel 80 % z celkových oprávnených nákladov;
b)	maximálny podiel 50 % z celkových oprávnených nákladov a spravidla najmenej 25 % z oprávnených verejných výdavkov v prípade opatrení uskutočňovaných v oblastiach, na ktoré sa vzťahuje cieľ 2 alebo cieľ 3.
V prípade investícií v rámci súkromnej sféry podporovaných ES zo štrukturálnych fondov musí byť príspevok fondov v súlade s limitmi pre výšku pomoci a pre kombinácie pomoci stanovené v oblasti štátnej pomoci Európskymi spoločenstvami.
V prípade investícií podporovaných ES zo štrukturálnych fondov, ktoré prinášajú zisk,  príspevok ES zo štrukturálnych fondov sa určuje na základe vnútorných charakteristík týchto investícií, vrátane veľkosti hrubého rozpätia medzi výnosmi a nákladmi pri vlastnom financovaní očakávaných pri investícií príslušného typu podľa makroekonomických podmienok, ktoré nepredstavujú žiadny rast výdavkov štátneho rozpočtu ako výsledku príspevku ES zo štrukturálnych fondov.
Pri investíciách je príspevok ES zo štrukturálnych fondov viazaný na tieto limity:
a)	v prípade investícií do infraštruktúry, z ktorých sa získa značný čistý výnos (zvyčajne nad 25 % z celkových oprávnených výdavkov), nesmie príspevok prekročiť:
•	40 % z celkových oprávnených nákladov v regiónoch, na ktoré sa vzťahuje cieľ 1; tento podiel môže byť zvýšený najviac o 10 % v členských štátoch, na ktoré sa vzťahuje Kohézny fond; 
•	25 % z celkových oprávnených nákladov v oblastiach, na ktoré sa vzťahuje cieľ 2;
•	tieto podiely možno zvýšiť o určitú čiastku pre iné formy financovania, ako je priama pomoc (napr. návratná pomoc, subvencovanie úrokovej sadzby, záruka, majetková účasť, účasť rizikového kapitálu atď.) za predpokladu, že toto zvýšenie neprekročí       10 % z celkových oprávnených nákladov;
b)	v prípade investícií v rámci súkromnej sféry (podnikateľské subjekty)  nesmie príspevok prekročiť:
•	35 % z celkových oprávnených nákladov v regiónoch, na ktoré sa vzťahuje cieľ 1;
•	15 % z celkových oprávnených nákladov v oblastiach, na ktoré sa vzťahuje cieľ 2;
•	v prípade investícií do malých a stredných podnikov možno tieto miery zvýšiť o určitú čiastku pre iné formy financovania, než je priama pomoc (napr. návratná pomoc, subvencovanie úrokovej sadzby, záruka, majetková účasť, účasť rizikového kapitálu atď.) za predpokladu, že toto zvýšenie neprekročí 10 % celkových oprávnených nákladov.
Financovanie zo štrukturálnych fondov zahrňuje aj opatrenia technickej pomoci, ku ktorým príspevok ES zo štrukturálnych fondov môže dosiahnuť až 100 % celkových nákladov. K opatreniam technickej pomoci patria:
-	štúdie, vrátane štúdií všeobecnej povahy zaoberajúce sa činnosťou štrukturálnych fondov;
-	opatrenia technickej pomoci, výmeny skúseností a informácií zamerané na partnerov, konečných prijímateľov a verejnosť;
-	inštalácia, prevádzka a vzájomné prepojenie počítačových systémov pre riadenie, monitorovanie a hodnotenie;
-	zlepšovanie metód hodnotenia a výmeny informácií o praktických  postupoch v tejto oblasti.
Financovanie zo štrukturálnych fondov je založené na úhrade skutočne vynaložených a oprávnených výdavkoch, ktoré sú potvrdené zúčtovacím dokladom. 

4.2	Obmedzenia pre využívanie prostriedkov zo štrukturálnych fondov
Pri financovaní zo štrukturálnych fondov musia byť splnené nasledovné podmienky:
•	celkové ročné príjmy každého členského štátu zo štrukturálnych fondov spolu s podporou v rámci Kohézneho fondu by nemali prekročiť 4 % HDP členského štátu;
•	výdavky ES vynaložené zo štrukturálnych fondov v rámci programovacieho obdobia sú  indexované sadzbou 2 % ročne. V prípade potreby Európska komisia prehodnotí indexovanie prostriedkov na základe najnovších dostupných ekonomických informácií, na roky 2004 až 2006 najneskôr do 31. decembra 2003;
•	sektorové operačné programy v skrátenom programovacom období 2004-2006 môžu byť financované len z jedného štrukturálneho fondu;
•	jednotlivé opatrenia v rámci regionálneho operačného programu môžu byť financované len z jedného štrukturálneho fondu;
•	jednotlivé opatrenia musia korešpondovať len s jedným z troch cieľov ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a iniciatívy ES;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a zo záručnej sekcie EAGGF;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a záručnej sekcie EAGGF;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň zo štrukturálnych fondov a z Kohézneho fondu;
•	žiadny z projektov nemôže byť financovaný zároveň prostredníctvom iniciatívy ES a Kohézneho fondu;
•	podpora pre opatrenia technickej pomoci nesmie prekročiť 0,25 % príslušného ročného podielu;
•	pre roky 2004 – 2006 nové členské krajiny môžu čerpať prostriedky iba z dvoch iniciatív ES, INTERREG a EQUAL.

4.3 	Finančné plánovanie
Úroveň programov: 
Prostriedky ES sú alokované na jednotlivé štrukturálne fondy na základe finančných plánov pre každý operačný program a Jednotný programovací dokument. Operačné programy, vrátane finančných plánov, vypracovávajú riadiace orgány pre operačné programy. Jednotné programovacie dokumenty, vrátane finančných plánov vypracovávajú riadiace orgány pre príslušné Jednotné programovacie dokumenty. Plnenie finančného plánu sa zaznamenáva v IT monitorovacom systéme pre štrukturálne fondy a aktualizuje sa s mesačnou periodicitou Jedno vyhotovenie finančného plánu sa predkladá platobnému orgánu.
Úroveň projektov:
Prevažná časť projektov financovaných v rámci štrukturálnych fondov sa realizuje počas viacerých rokov. V tejto súvislosti bude veľmi významné efektívne finančné plánovanie zabezpečujúce plynulé financovanie  projektu počas doby jeho realizácie.  Finančný plán pre projekt je vypracovaný konečným prijímateľom pomoci a je súčasťou zmluvy s riadiacim orgánom alebo sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom o poskytnutí prostriedkov zo štrukturálnych fondov. Tieto orgány a sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom kontrolujú dodržiavanie finančného plánu. Plnenie finančného plánu sa zaznamenáva v IT monitorovacom systéme pre štrukturálne fondy a aktualizuje sa s mesačnou periodicitou. 

4.4 	Programové rozpočtovanie
Prostriedky ES sú účelovo rozpočtované v rozpočte príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom.
Prostriedky na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu sú účelovo rozpočtované vo výdavkoch príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom.
Operačné programy
V rámci programového rozpočtovania budú sektorové operačné programy členené na opatrenia – projekty/prvky, ktoré budú v programovej štruktúre príslušného ministerstva zaradené do programov podľa vecnej náplne. Samostatné programy pre sektorové operačné programy v programovej štruktúre ministerstva nebudú vytvárané. Agregovanie údajov za sektorový operačný program sa zabezpečuje pomocou kódovania v Rozpočtovom informačnom systéme. 
Z 5 sektorových operačných programov nasledovné 3 budú mať sektorový charakter, čo znamená, že ich bude plniť vždy len jeden rezort:
Sektorový operačný program Poľnohospodárstvo, vidiecky rozvoj a rybárstvo -  Ministerstvo pôdohospodárstva SR
Sektorový operačný program Životné prostredie – Ministerstvo životného prostredia  SR
Sektorový operačný program Doprava a telekomunikácie – Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR
Na realizácii sektorového operačného programu  Ľudské zdroje sa bude podieľať okrem Ministerstva práce, sociálnych vecí a rodiny SR aj Ministerstvo školstva SR a Národný úrad práce, prípadne iné ministerstvá. Tento sektorový operačný program, vzhľadom na jeho charakter, bude v programovom rozpočtovaní vystupovať ako medzirezortný program                v gestorstve Ministerstva práce, sociálnych vecí a rodiny SR a v zmysle programového rozpočtovania bude mať len opatrenia – projekty (nie podprogramy). Tieto opatrenia - projekty budú u každého účastníka zaradené do programovej štruktúry do tých programov, ktorých sa vecne týkajú.
Na realizácii sektorového operačného programu – Ekonomický rozvoj sa budú podieľať okrem Ministerstva hospodárstva SR aj iné ministerstvá. V programovom rozpočtovaní bude operačný program vystupovať ako medzirezortný program pod gestorstvom Ministerstva hospodárstva SR. 
Regionálny operačný program Slovensko sa zaradí do programovej štruktúry Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR ako medzirezortný program. Do tohto programu budú po vstupe do EÚ zaraďované všetky opatrenia Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR (ako gestora, aj účastníka) týkajúce sa Regionálneho operačného programu financovaného  z ERDF (resp. ESF, FIFG, EAGGF), v zmysle programového rozpočtovania na úrovni projektov. Opatrenia, ktoré budú v rámci medzirezortného programu plniť jednotlivé ministerstvá ako účastníci medzirezortného programu, sa uvedú v programových štruktúrach týchto ministerstiev v rámci ich programov podľa vecného obsahu programu na úrovni projektov.
V rámci Rozpočtového informačného systému sa bude zabezpečovať agregovanie údajov za  všetky opatrenia Regionálneho operačného programu Slovensko podľa jednotlivých ministerstiev a za Regionálny operačný program Slovensko ako celok.

Jednotné programovacie dokumenty
Jednotný programovací dokument – Bratislavský kraj Cieľ 2 bude mať medzirezortný charakter vzhľadom k tomu, že na jeho realizácií sa budú podieľať Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja SR a gestor medzirezortného programu a Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR, príp. iné subjekty.
Jednotný programovací dokument – Bratislavský kraj Cieľ 3 bude mať medzirezortný charakter vzhľadom k tomu, že na jeho realizácií sa budú podieľať Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR ako gestor medzirezortného programu, príp. iné subjekty.

4.5 	Rozpočtové záväzky ES a ich stanovenie  
Príspevok Európskej komisie poskytovaný v rámci štrukturálnych fondov sa stanovuje ako viacročný záväzok pre konkrétne programovacie obdobie pre daný členský štát.
Záväzky ES tvoria zvláštnu položku vo všeobecnom rozpočte ES.
Záväzky týkajúce sa pomoci, ktorá má byť uskutočnená v dvojročnom alebo dlhšom období,  sú prijímané každoročne. Prvý záväzok sa prijme potom, čo Európska komisia vydá rozhodnutie, ktorým pomoc schváli, a podpíše sa Rámec podpory Spoločenstva / Jednotný programovací dokument medzi EK a vládou členského štátu. Následné záväzky sa prijímajú každý rok do 30. apríla. 
Pre upresnenie očakávaných rozpočtových záväzkov ES musí platobný orgán predložiť odhad očakávaných výdavkov na príslušný a nasledujúci rok najneskôr do 30. apríla. Pre vypracovanie týchto odhadov riadiace orgány predložia platobnému orgánu plánované čerpanie finančných prostriedkov ES v príslušnom a nasledujúcom roku najneskôr do 30. marca.  
Európska komisia automaticky zruší každú časť záväzku, ktorá nebola prevedená konečným prijímateľom pomoci, alebo na ktorý neobdržala prijateľnú žiadosť o platbu od platobného orgánu do konca druhého roka, ktorý nasleduje po roku prijatia záväzku, podľa pravidla n+2. 
Záväzok pre pomoc uskutočňovanú po dobu kratšiu než dva roky prijíma Európska komisia jedenkrát na celý záväzok.

4.6 	Systém informačných a finančných tokov 

4.6.1 Toky žiadostí o platbu 
Žiadosti o platbu prostriedkov ES
Platobný orgán na základe podkladov riadiacich orgánov za operačné programy alebo Jednotné programovacie dokumenty a sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom (výkaz výdavkov platobnému orgánu v predpísanej forme uvedenej v prílohe č. 2 nariadenia EK 2001/438/ES) predkladá 3 krát ročne Európskej komisii ním certifikované žiadosti o platbu za účelom doplnenia finančných prostriedkov ES na osobitnom účte Ministerstva financií SR. 

Žiadosti konečných prijímateľov o  platbu 

    na úrovni konečného prijímateľa
Konečný prijímateľ pomoci zo štrukturálnych fondov predkladá žiadosť o platbu v SKK sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom (príp. priamo riadiacemu orgánu, ak ten nedelegoval túto funkciu na sprostredkovateľský orgán), vrátane príslušných zúčtovacích dokladov a podpornej dokumentácie, v súlade s finančným plánom a zmluvou s konečným prijímateľom o financovaní projektu. 
    na úrovni sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom
Sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom (príp. priamo riadiaci orgán, ak ten nedelegoval túto funkciu na sprostredkovateľský orgán),  preveruje reálnosť, oprávnenosť, správnosť, aktuálnosť a neprekrývanie sa nárokovaných výdavkov, overuje dodávku spolufinacovaných stavieb, tovarov a služieb a overuje súlad s národnými pravidlami a politikami ES (štátna pomoc, verejné obstarávanie, ochrana životného prostredia, rovnosť príležitostí, publicita). Po vykonaní príslušných kontrol predloží sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom žiadosť konečných prijímateľov o platbu, vrátane príslušných zúčtovacích dokladov a podpornej dokumentácie, alebo tam, kde je to vhodné, ním overené kópie príslušných zúčtovacích dokladov riadiacemu orgánu pre príslušný operačný program.
    na úrovni riadiaceho orgánu
Riadiaci orgán po uskutočnení dokumentačnej kontroly schváli alebo zamietne žiadosť  o platbu. Schválené žiadosti konečných prijímateľov o platbu predloží sprostredkovateľskému orgánu/sprostredkovateľským orgánom pod platobným orgánom, vrátane zoznamov schválených zúčtovacích dokladov a podpornej dokumentácie, jedenkrát mesačne. Pôvodné zúčtovacie doklady uschováva riadiaci orgán, alebo tam, kde je to vhodné, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 

Súhrnná žiadosť o platbu sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom
Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom predloží súhrnnú žiadosť o platbu platobnému orgánu na základe riadiacim orgánom schválených žiadostí konečných prijímateľov o platbu. Sprostredkovateľský orgán pred predložením súhrnnej žiadosti o platbu  platobnému orgánu overuje súlad projektu s jeho finančným plánom a zmluvou s konečným prijímateľom o financovaní projektu.

4.6.2 Platby z Európskej komisie 
Platby finančných prostriedkov ES v zmysle §55f zákona č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov sú prevedené na osobitný účet MF SR v rámci záväzku, ktorý bol prijatý Európskou komisiou podľa operačného programu alebo Jednotného programovacieho dokumentu za každý štrukturálny fond. 
Úroky získané z prostriedkov ES na osobitnom účte MF SR pridelí platobný orgán na ten istý účel pomoci.
Platby môžu mať formu zálohovej platby, priebežných platieb a záverečnej platby a používajú sa výlučne na financovanie výdavkov súvisiacich so štrukturálnymi fondami.  

Zálohová platba
Pri prijatí prvého záväzku Európska komisia prevedie zálohovú platbu na osobitný účet Ministerstva financií SR v Štátnej pokladnici. Zálohová platba pre štrukturálne fondy predstavuje 50% priemerného ročného záväzku ES počas programovacieho obdobia. Môže byť v zásade rozdelená najviac na dva rozpočtové roky podľa toho, aké rozpočtové prostriedky má Európska komisia k dispozícii.
Ak Európskej komisii nie je predložená žiadna žiadosť o platbu do 18 mesiacov od jej rozhodnutia poskytnúť príspevok zo štrukturálnych fondov, platobný orgán vráti EK celú zálohovú platbu alebo jej časť, podľa pokroku pri realizácii pomoci.

Priebežné platby
Priebežné platby prevedie Európska komisia na úhradu skutočne vynaložených výdavkov v rámci štrukturálnych fondov. Takéto platby slúžia na doplnenie disponibilných zdrojov na osobitnom účte Ministerstva financií SR a sú uskutočnené na každej úrovni pomoci a na úrovni opatrení obsiahnutých vo finančnom pláne doplnku programu. Musia spĺňať tieto podmienky:
a)	Európskej komisii  bol predložený Doplnok programu obsahujúci nasledujúce informácie:
-	zoznam opatrení, ktorými sa vykonajú zodpovedajúce priority v operačnom programe;
-	predbežné hodnotenie opatrení, ktoré preukazujú zhodu opatrení s cieľmi príslušných priorít, kvantifikujú ich špecifické ciele a overujú oprávnenosť výberových kritérií pre výber projektu; 
-	príslušné ukazovatele monitorovania, ktoré stanovujú špecifické ciele pre opatrenia a priority, sú vyjadrené kvantitatívne tam, kde sa takáto kvantifikácia ponúka, a je vyjadrený ich vzájomný súlad, dosiahnutý pokrok pri fyzickej realizácii projektov a pokrok pri plnení finančného plánu;
-	určenie typov konečných prijímateľov;
-	finančný plán, ktorý špecifikuje pre každé opatrenie predpokladané čerpanie finančných prostriedkov ako príspevok z každého štrukturálneho fondu, prípadne od Európskej investičnej banky a ostatných finančných nástrojov ES, a celkovú čiastku oprávnených verejných finančných prostriedkov a predpokladaných súkromných finančných prostriedkov. Finančný plán musí obsahovať presný popis úpravy národného spolufinancovania jednotlivých opatrení a popis mechanizmov zabezpečujúcich národné spolufinancovanie pre opatrenia; 
-	opatrenia zamerané na publicitu operačných programov v súlade s nariadením 2000/1159/ES;
-	popis mechanizmov dohodnutých tam, kde to je možné, medzi Európskou komisiou a príslušným členským štátom pre elektronickú výmenu údajov potrebných na plnenie požiadaviek stanovených v právnych predpisov ES pre štrukturálne fondy a pre monitorovanie a hodnotenie pomoci.
b)	Európskej komisii bola predložená posledná povinná výročná správa o realizácii pomoci vypracovaná riadiacim orgánom a schválená monitorovacím výborom;  
c)	hodnotenie pomoci v polovici obdobia bolo predložené Európskej komisii v riadnom termíne. Priebežné hodnotenie sa vykonáva v zodpovednosti riadiaceho orgánu pre CSF, resp. SPD v spolupráci s ES a členským štátom. Uskutočňuje ho nezávislý hodnotiteľ a predkladá Monitorovaciemu výboru pre CSF, resp. SPD;
d)	rozhodnutia prijaté riadiacim orgánom a monitorovacím výborom  sú v zhode s celkovým objemom príspevku zo štrukturálnych fondov poskytnutým na príslušné priority;
e)	v prípadoch, kedy odporúčania Európskej komisie majú za cieľ napraviť vážne nedostatky v systéme monitorovania alebo riadenia pomoci, bolo každé odporúčanie v stanovenom období uskutočnené, alebo členský štát oznámil dôvody, prečo nebolo žiadne opatrenie prijaté;  
f)	Európska komisia nerozhodla o žiadnom pozastavení platieb, ani neprijala žiadne rozhodnutie o začatí konania pre porušenie práva v zmysle článku 226 Zmluvy o založení ES, ktoré sa vzťahuje na opatrenie, ktorého, alebo ktorých sa týka predložená žiadosť o platbu.
Ak je žiadosť o platbu neprijateľná z dôvodu nesplnenia horeuvedených podmienok, Európska komisia okamžite informuje platobný orgán. Všetky orgány zapojené do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov musia uskutočniť nevyhnutné kroky, aby tento stav napravili.
Európska komisia prevedie priebežné platby členskej krajine najneskôr 2 mesiace po obdržaní prijateľnej žiadosti o platbu založenej na certifikácii uskutočnených výdavkov predložených platobným orgánom. 
Celkový súčet zálohovej platby a priebežných platieb nesmie prekročiť 95 % z celkovej alokácie ES na príslušný operačný program alebo Jednotný programovací dokument. Overenie neprekročenia tejto hranice vykonáva platobný orgán. 
Riadiaci orgán pre operačný program alebo jednotný programovací dokument musí najneskôr do 30 pracovných dní pred hraničným termínom 18 mesiacov po uskutočnení zálohovej platby predložiť žiadosť o platbu platobnému orgánu. 

Záverečná platba
Záverečnú platbu prevedie Európska komisia za predpokladu, že:
a)	platobný orgán predložil Európskej komisii certifikovaný výkaz skutočne zaplatených výdavkov do šiestich mesiacov po konečnom termíne pre platbu ustanovenom v rozhodnutí o poskytnutí príspevku z fondov;
b)	riadiaci orgán predložil Európskej komisii záverečnú správu o realizácii pomoci a EK ju schváli;
c)	členský štát predložil Európskej komisii prehlásenie o ukončení programu (Winding-up Declaration). 
V prípade, ak v priebehu deviatich mesiacov po dni predloženia žiadosti o záverečnú platbu platobný orgán nezaslal Európskej komisii žiadosť na jej zmenu, záverečná platba nesmie byť už na požiadanie členského štátu opravovaná.

4.6.3 Platby konečným prijímateľom
Štátna pokladnica prevádza finančné prostriedky ES z osobitného účtu MF SR v Štátnej pokladnici na príjmový účet príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom s mesačnou periodicitou vo výške schválených platieb konečným prijímateľom pomoci na základe žiadosti platobného orgánu o realizáciu platby.
Finančné prostriedky ES prevedené na príjmový účet sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom nemôžu prekročiť stanovený rozpočtový limit pre sprostredkovateľský orgán s výnimkou schválených presunov prostriedkov medzi operačnými programami. Platobný orgán potvrdzuje neprekročenie rozpočtového limitu pre sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom.
Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom vystaví a predloží Štátnej pokladnici žiadosti o realizáciu platieb konečným prijímateľom najneskôr 2 dni pred termínom prevodu prostriedkov ES na príjmový účet svojho ministerstva z osobitného účtu MF SR stanoveným platobným orgánom. Na žiadosti o realizáciu platby uvedie lehotu splatnosti t.j. dátum odpísania prostriedkov z účtu príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom
K termínu prevodu finančných prostriedkov ES do príjmov štátneho rozpočtu (príjmový účet  ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom) dochádza k oprávneniu čerpania príslušných výdavkov z výdavkového účtu príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom.
Platby konečným prijímateľom uskutočňuje Štátna pokladnica z výdavkového účtu príslušného ministerstva ako sprostredkovateľského orgánu súčasne s prevodom finančných prostriedkov ES na príjmový účet tohto ministerstva z osobitného účtu MF SR.
Platby v rámci národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu v súlade so zákonom č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov prevádza Štátna pokladnica z výdavkového účtu príslušného ministerstva na účet konečných prijímateľov súčasne s prostriedkami ES na základe žiadosti o realizáciu platby sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom. Žiadosť o realizáciu platby pre prevod prostriedkov na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu z výdavkového účtu príslušného ministerstva musí byť vystavená súčasne so  žiadosťou o realizáciu platby pre prevod prostriedkov ES. 

4.6.4 Presuny finančných prostriedkov
Na žiadosť príslušného monitorovacieho výboru alebo zo svojej vlastnej iniciatívy navrhne príslušný riadiaci orgán zmenu doplnku programu (presuny medzi operačnými programami alebo v rámci operačných programov). 
Návrh na presuny finančných prostriedkov predkladá príslušný riadiaci orgán na schválenie príslušnému monitorovaciemu výboru. Presuny medzi operačnými programami schvaľuje Monitorovací výbor pre CSF.  
V súlade so zákonom č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov, podľa ktorého zmeny v programoch (presuny medzi programami, doplnenie nového programu alebo jeho časti) možno vykonať len na základe rozhodnutia vlády SR po vyjadrení Ministerstva financií SR a predchádzajúcom schválení Monitorovacím výborom pre CSF, a to za podmienky, že plnenie cieľa programu, z ktorého sa prostriedky presúvajú, bude zabezpečené.
Presuny prostriedkov sa vzťahujú na všetky prostriedky, ktoré sú súčasťou štátneho rozpočtu, vrátane prostriedkov zo štrukturálnych fondov a prostriedkov určených na spolufinancovanie zo štátneho rozpočtu. 
V prípade, ak by došlo k nevyčerpaniu záväzkov ES pre určitý operačný program v zmysle pravidla n+2, riadiaci orgán pre CSF, na základe informácií od platobného orgánu, je povinný predkladať návrh na presun prostriedkov medzi operačnými programami Monitorovaciemu výboru pre CSF.

4.7 	Certifikácia 
Certifikácia skutočne vyplatených výdavkov v predpísanej forme je nevyhnutným predpokladom pre predloženie žiadosti o priebežnú a záverečnú platbu Európskej komisii. Certifikáciu uskutočňuje oddelenie certifikácie v rámci platobného orgánu, ktoré je funkčne nezávislé od akýchkoľvek iných činností v rámci platobného orgánu.
Certifikácia výdavkov sa uskutočňuje pred zaslaním žiadosti o priebežnú alebo záverečnú platbu. Platobný orgán sa pred certifikáciou výdavkov musí presvedčiť o splnení nasledovných podmienok:
a)	riadiace a sprostredkovateľské orgány splnili požiadavky nariadenia Rady 99/1260/ES, a to najmä, že:
•	pomoc je riadená v súlade so všetkými právnymi predpismi ES a obdržané finančné prostriedky z ES sa používajú podľa zásad vhodnej správy finančných prostriedkov,
•	dochádza k zabráneniu vzniku nezrovnalostí, prípadne po ich vzniku sú zisťované a sú uskutočnené zodpovedajúce nápravné opatrenia, a sú oznamované Európskej komisii v súlade s právnymi predpismi ES, vrátane pokroku v správnych a súdnych konaniach,
•	sú splnené náležitosti predloženia priebežných platieb a záverečnej platby,
•	dodržali sa rozhodnutia Európskej komisie v zmysle článku 28 nariadenia Rady 99/1260/ES.
b)	výkaz výdavkov zahŕňa iba výdavky: 
•	skutočne realizované v rámci obdobia oprávnenosti stanoveného v zmysle nariadenia EK 2000/1685/ES doložené prijatými zúčtovacími dokladmi;
•	realizované v rámci operácií vybraných na podporu v súlade s výberovými kritériami a procesmi, ktoré podliehali právnym predpisom ES počas celého obdobia ich realizácie;
•	vynaložené na opatrenia, pre ktoré bola štátna pomoc v plnom rozsahu formálne schválená Európskou komisiou. 

Riadiaci orgán je povinný predkladať správy o výsledku vnútorného auditu a správy vnútornej kontroly týkajúce sa využívania finančných prostriedkov ES za svoj úsek platobnému orgánu do 20 pracovných dní pred predložením certifikovaných výkazov výdavkov Európskej komisii. 
Pre zabezpečenie vhodných a efektívnych kontrolných systémov a audit trailov riadiaci orgán je povinný najneskôr 30 pracovných dní pred prvým predložením certifikovaných výkazov výdavkov Európskej komisii (prvá žiadosť o priebežnú platbu ES) predkladať svoje postupy na zabezpečenie výkonu činnosti, vrátane postupov sprostredkovateľských orgánov platobnému orgánu a správ z vykonaných kontrol s cieľom:
a)	overiť poskytnutie spolufinancovaných výrobkov a služieb a reálnosť nárokovaných výrobkov,
b)	zabezpečiť súlad s právnymi predpismi ES, 
c)	uchovávať a dodržiavať audit trail.
Riadiaci orgán predkladá platobnému orgánu všetky zmeny vo svojich postupoch ako aj v postupoch sprostredkovateľských orgánov najneskôr 20 pracovných dní pred predložením  certifikovaných výkazov výdavkov Európskej komisii (ďalšie žiadosti o priebežnú platbu ES).
Pre získanie uistenia sa o vhodných postupoch riadiacich orgánov a sprostredkovateľských orgánov pred zahájením realizácie štrukturálnych fondov platobný orgán vykoná kontrolu ich postupov a pripravenosti na riadenie a realizáciu štrukturálnych fondov a zabezpečí overenie pripravenosti systémov riadenia a kontrol týchto orgánov.
Koneční prijímatelia pomoci, sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi, riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom participujú v procese certifikácie výdavkov pre zabezpečenie vhodného a efektívneho finančného riadenia a existencie vhodného audit trailu. Certifikácia sa uskutočňuje postupne z najnižšej úrovne riadenia štrukturálnych fondov na vyššiu úroveň pomocou príslušnej správy o certifikácii.
Konečný prijímateľ zodpovedá za certifikáciu aktuálnosti, správnosti a oprávnenosti výdavkov sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom alebo riadiacemu orgánu vyplnením príslušnej správy o certifikácii pomoci na svojej úrovni. Uvedená správa sa vyplní za výdavky na úrovni projektu a predkladá sa sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom na overenie. 
Sprostredkovateľské orgány pod riadiacim orgánom zodpovedajú za agregovanie informácií o výdavkoch obdržaných od konečných prijímateľov v správe o certifikácii a certifikáciu výdavkov prostredníctvom vyplnenia správy o certifikácii na svojej úrovni. Uvedená správa  sa vyplní na úrovni opatrení alebo priority a predkladá sa príslušnému riadiacemu orgánu so zoznamom projektov a referenciou na správy konečných prijímateľov o certifikácii. Na tejto úrovni sa certifikujú riadiace a kontrolné postupy uvedené v manuáloch sprostredkovateľských orgánov pod riadiacimi orgánmi, vrátane náhodných kontrol vykonaných u konečných prijímateľov pomoci, pre potvrdenie správnosti výdavkov, riadiacich a kontrolných mechanizmov riadiacemu orgánu.   
Riadiaci orgán zodpovedá za agregovanie informácií o výdavkoch obdržaných od sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom v správe o certifikácii a certifikáciu výdavkov prostredníctvom vyplnenia správy o certifikácii na svojej úrovni. Správa o certifikácii riadiacim orgánom sa vyplní na úrovni operačného programu alebo Jednotného programového dokumentu a predkladá sa platobnému orgánu so zoznamom opatrení, alebo priorít a referenciou na správy sprostredkovateľských orgánov pod riadiacim orgánom a konečných prijímateľov o certifikácií. Na tejto úrovni sa certifikujú riadiace a kontrolné postupy uvedené v manuáloch riadiaceho orgánu, vrátane náhodných kontrol vykonaných u sprostredkovateľských orgánov, pre potvrdenie správnosti výdavkov, riadiacich a kontrolných systémov platobnému orgánu. Pri certifikovaní výdavkov riadiaci orgán je povinný vypracovať a predložiť výkaz výdavkov platobnému orgánu v predpísanej forme uvedenej v prílohe č. 2 nariadenia EK 2001/438/ES. Uvedený výkaz výdavkov tvorí základ pre vypracovanie žiadosti platobného orgánu o priebežnú platbu z ES, pričom sa vzťahuje na výdavky vynaložené počas obdobia od predloženia predchádzajúcej žiadosti o platbu ES. 
Riadiaci orgán predkladá platobnému orgánu správu o certifikácii a výkaz výdavkov najneskôr 20 pracovných dní pred termínom zaslania žiadosti platobného orgánu o priebežnú alebo záverečnú platbu Európskej komisii. 
Riadiaci orgán vo svojich postupoch stanovuje lehoty na predkladanie správ o certifikácií sprostredkovateľským orgánom pod riadiacim orgánom.
Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom zodpovedá za agregovanie informácií o výdavkoch obdržaných od riadiaceho orgánu a vyplňuje správu o certifikácii na svojej úrovni. Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom nezávisle od riadiaceho orgánu vyplní príslušný výkaz výdavkov za svoj úsek. Na tejto úrovni sa certifikujú riadiace a kontrolné postupy uvedené v manuáloch sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom pre potvrdenie správnosti výdavkov a riadiacich a kontrolných systémov platobnému orgánu. Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom predkladá platobnému orgánu správu o certifikácii a príslušný výkaz výdavkov najneskôr 20 pracovných dní pred termínom zaslania žiadosti o priebežnú alebo záverečnú platbu z Európskej komisie. 
Platobný orgán porovnáva výkazy výdavkov a správy o certifikácii predložené riadiacim orgánom a sprostredkovateľským orgánom / sprostredkovateľskými orgánmi pod platobným orgánom. Platobný orgán uskutočňuje účtovnú kontrolu výkazov výdavkov predkladaných riadiacim orgánom a sprostredkovateľským orgánom / sprostredkovateľskými orgánmi pod platobným orgánom a výberovým spôsobom skontroluje zoznam schválených zúčtovacích dokladov. Cieľom tejto kontroly je overiť, či výdavky uvedené vo výkazoch výdavkoch zodpovedajú rámcom stanoveným Európskou komisiou a účtovníctvu platobného orgánu.
Platobný orgán nepredloží žiadosť o platbu z Európskej komisie, pokiaľ neschváli správu o certifikácii a výkaz výdavkov od riadiaceho orgánu a sprostredkovateľského orgánu / sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom.
Po splnení uvedených požiadaviek platobný orgán certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii súbežne so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu. 
V prípade, ak neboli splnené podmienky na certifikáciu výdavkov, platobný orgán informuje riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán / sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom  o zistených nedostatkoch. Riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán / sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom sa vyjadrí k zisteným nedostatkom            a navrhne nápravné opatrenia a termín odstránenia nedostatkov. Pokiaľ riadiaci orgán alebo sprostredkovateľský orgán / sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom poskytne platobnému orgánu prijateľné vysvetlenie pre vzniknuté nedostatky, alebo navrhne vhodné nápravné opatrenia na odstránenie nedostatkov a platobný orgán získa potrebné uistenie o ich uskutočnení,  certifikuje výkaz výdavkov, ktorý predkladá Európskej komisii so žiadosťami o priebežné platby a záverečnú platbu.  

4.8 	Nezrovnalosti
Za nezrovnalosť sa považuje akékoľvek porušenie ustanovení všeobecne záväzných právnych predpisov ES a legislatívy SR vzťahujúcich sa na štrukturálne fondy vyplývajúce z nesprávneho konania, porušenia záväzkov vyplývajúcich zo zmluvných vzťahov, nedbanlivosti subjektu, ktorý nezrovnalosť spôsobil, alebo z neoprávnene použitých alebo nevyužitých  finančných prostriedkov v rámci štrukturálnych fondov. 
Za systémovú nezrovnalosť sa považuje opakujúca sa chyba vyplývajúca z vážnych nedostatkov riadiacich a kontrolných systémov, ktoré vedú k neoprávnenému použitiu alebo nevyužitiu finančných prostriedkov v rámci štrukturálnych fondov.  
Za neoprávnene použité finančné prostriedky sa považujú prostriedky, ktoré neboli použité na oprávnené výdavky uvedené v zozname oprávnených výdavkov a v nariadení Rady               č. 2000/1685/ES.
Za nevyužité finančné prostriedky sa považujú prostriedky, ku ktorým Európskej komisii nie je predložená žiadna žiadosť o platbu do 18 mesiacov od jej rozhodnutia poskytnúť príspevok z štrukturálnych fondov.

4.8.1 Opravy financovania a vrátenie prostriedkov 
Vo vzťahu k prostriedkom ES každý členský štát musí vykonať opravy financovania, ktoré sú potrebné v nadväznosti na vzniknuté nezrovnalosti.  
Tieto opravy, vykonané platobným orgánom, spočívajú v zrušení celého príspevku v rámci štrukturálnych fondov alebo jeho časti.
Pri zrušení príspevku ES alebo jeho časti sa zohľadní povaha a závažnosť nezrovnalosti a s tým súvisiaca finančná strata.
Čiastka podliehajúca oprave financovania bude vyčíslená, ak je to možné, na základe jednotlivých prípadov a bude sa rovnať neoprávnene použitej alebo nevyužitej čiastke v zmysle proporcionality. 
V prípadoch, kedy nie je možné presne vyčísliť opravu financovania, Európska komisia ju určuje na základe extrapolácie alebo na základe paušálnej sadzby. Pri extrapolácii sa používa reprezentatívna vzorka transakcií podobnej povahy a pri paušálnej sadzbe sa vyhodnotí závažnosť porušenia pravidiel ES a rozsah a finančné dôsledky zistenej nezrovnalosti.
V prípade, ak Európska komisia zistí nezrovnalosť a členský štát nevykoná nápravu v zmysle pripomienok Európskej komisie v stanovenom termíne, po vymáhaní neoprávnene použitých prostriedkov dochádza k opravám financovania, ktoré predstavujú pre členskú krajinu čistú stratu príspevku ES v rámci štrukturálnych fondov.
V prípade, ak sú nezrovnalosti zistené a napravené členským štátom, neoprávnene použité finančné prostriedky nepredstavujú stratu členskej krajiny, ale sa môžu znovu použiť na iné operácie. Pri zistení a náprave systémovej nezrovnalosti sa môžu tieto finančné prostriedky znovu použiť na operácie, v ktorých k tejto systémovej chybe nedošlo. Platobný orgán v „Správe o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok“  informuje Európsku komisiu o použití týchto finančných prostriedkov a prípadne o oprave finančného plánu.
Opravy financovania sa môžu uskutočniť odpočítaním neoprávnene použitých alebo nevyužitých finančných prostriedkov ES prostriedkov od nasledovnej žiadosti o platbu ES. 
Ak nie je možné odpočítanie neoprávnene použitých alebo nevyužitých finančných prostriedkov ES od nasledovnej žiadosti o platbu ES (splatná čiastka prevyšuje výšku sumy uvedenej v nasledovnej žiadosti o platbu), vrátenie týchto finančných prostriedkov uskutočňuje platobný orgán spätným prevodom ES.
Každá vrátená čiastka sa prevádza Európskej komisii, vrátane úrokov z omeškania.
Úroková miera pre úrok z omeškania je stanovená úrokovou mierou Európskej centrálnej banky pre jej hlavné refinančné operácie určenou v prvý pracovný deň mesiaca, kedy sa mala dlžná čiastka vrátiť, vrátane 1,5 % penalizačnej sadzby.
Platobný orgán vedie zoznam o vrátených finančných prostriedkoch do všeobecného rozpočtu ES.
Riadiaci orgán pre príslušný operačný program vedie knihu dlžníkov, kde sú zaznamenávané čiastky, ktoré sa majú Európskej komisii vrátiť. Riadiaci orgán mesačne predkladá kópiu knihy dlžníkov platobnému orgánu.    
Neoprávnene použité finančné prostriedky vymáha príslušná správa finančnej kontroly v súlade s § 47 a § 55f zákona č. 303/1995 Z. z. o rozpočtových pravidlách v znení neskorších predpisov, príp. Ministerstvo financií SR.
Subjekt, ktorý neoprávnene použil prostriedky poskytnuté na základe medzinárodných zmlúv uzatvorených po dni nadobudnutia platnosti zmluvy o pristúpení SR k ES a k EÚ, je povinný neoprávnene použitú sumu týchto prostriedkov, vrátane penále, vrátiť. Neoprávnene použité prostriedky ES sú príjmom osobitného účtu MF SR.

4.8.2 Správy o nezrovnalostiach
Platobný orgán pre štrukturálne fondy zodpovedá za predkladanie správ o nezrovnalostiach Európskej komisii.
Platobný orgán predkladá Európskej komisii nasledovné správy o nezrovnalostiach:
•	Bezodkladná správa o nezrovnalostiach – správa poskytuje informácie o nezrovnalostiach, ktoré sa môžu prejaviť mimo územia SR, alebo je podozrenie zo spáchania trestného činu. Táto správa sa predkladá Európskej komisii okamžite po zistení nezrovnalosti. Všetky orgány participujúce na riadení a realizácii štrukturálnych fondov v prípade výskytu tejto nezrovnalosti sú povinné okamžite informovať platobný orgán.   
•	Správa o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok– správa poskytuje informácie o nezrovnalostiach, ktoré sú predmetom prvotného administratívneho alebo právneho prešetrenia. Táto správa sa predkladá Európskej komisii 4 krát ročne, a to vždy do konca druhého mesiaca nasledujúceho po konci štvrťroku. Riadiace orgány na základe informácií od orgánov participujúcich na riadení a realizácii štrukturálnych fondov predkladajú potrebné informácie platobnému orgánu najneskôr 10 pracovných dní pred uvedenou lehotou. Platobný orgán predkladá informácie EK o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 4000 EUR výlučne na žiadosť EK.  
•	Správa o náprave zistených nezrovnalostí a s tým súvisiacich čiastok - správa poskytuje informácie o nápravných opatreniach vykonaných na odstránenie nezrovnalosti s odkazom na príslušnú  „Správu o zistených nezrovnalostiach a s tým súvisiacich čiastok“ príp. „Bezodkladnú správu o nezrovnalostiach “, v ktorom bola nezrovnalosť uvedená. Správa zároveň obsahuje všetky dôležité zmeny, ktoré boli zapríčinené nezrovnalosťou a jej súčasťou je aj výkaz čiastok, ktoré boli vrátené. V prílohe štvrtej štvrťročnej správy sa uvádza výkaz výdavkov plánovaných na vrátenie. Táto správa sa predkladá Európskej komisii 4 krát ročne, a to vždy do konca druhého mesiaca nasledujúceho po konci štvrťroku. Riadiace orgány na základe informácií od orgánov participujúcich na riadení a realizácii štrukturálnych fondov a v súlade s údajmi uvedenými v knihe dlžníkov predkladajú potrebné informácie platobnému orgánu najneskôr 10 pracovných dní pred uvedenou lehotou. 
Informácie o nezrovnalostiach nepresahujúcich čiastku 4 000 EUR predkladá platobný orgán Európskej komisii výlučne na žiadosť EK.  
•	Správa o nevymožených čiastkach -  správa poukazuje na čiastky, u ktorých sa predpokladá, že sa nedajú vymôcť alebo sa nepredpokladá ich úplné vymoženie  a zároveň obsahuje informáciu o príčinách, ktoré neumožnia vymáhanie požadovanej čiastky. V správe je potrebné uviesť dôvody, prečo má predmetnú čiastku znášať ES alebo Slovenská republika. Táto správa musí byť dostatočne podrobná, aby mohla podľa nej EK rozhodnúť, kto bude znášať finančné následky. Túto správu predkladá platobný orgán podľa potreby.   

4.9 	Účtovníctvo, finančné výkazníctvo a archivácia
Platobný orgán a sprostredkovateľské orgány pod  platobným orgánom  vedú účtovníctvo v súlade so zákonom 431/2002 Z. z. o účtovníctve v rámci účtovníctva príslušného ministerstva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa podpory zo štrukturálnych fondov, ktoré vznikli počas realizácie projektov.
Koneční prijímatelia vedú účtovníctvo v súlade so zákonom 431/2002 Z. z. o účtovníctve v rámci svojho účtovníctva, v ktorom osobitne zaznamenávajú a vykazujú všetky operácie týkajúce sa podpory zo štrukturálnych fondov. Platby vykonané konečnými prijímateľmi sa dokladujú zúčtovacími dokladmi rovnakej preukaznej hodnoty.
Koneční prijímatelia vedú svoje účtovníctvo, tam, kde je to možné, v elektronickej forme. Platobný orgán a sprostredkovateľské orgány pod  platobným orgánom  vedú svoje účtovníctvo v elektronickej forme. Účtovné záznamy vedené v elektronickej forme, ako aj vedené v písomnej podobe musia byť dostatočne chránené pred ich možným zneužitím alebo poškodením.
Na písomnú žiadosť Európskej komisie je povinný každý subjekt participujúci na riadení a realizácii štrukturálnych fondov predložiť EK všetky požadované účtovné záznamy do 10 dní po prijatí žiadosti, príp. v termíne stanovenom Európskou komisiou.    
Riadiaci orgán a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom musia zaviesť systém finančného výkazníctva, ktorý zabezpečí pravidelné a štandardizované výstupy pre každý projekt financovaný zo štrukturálnych fondov. Tento systém umožňuje monitorovať pokrok dosiahnutý pri realizácii projektu a uľahčuje proces overovania a kontroly výdavkov ES a národného spolufinancovania.
Platobný orgán vedie systém finančného výkazníctva, ktorý zabezpečí pravidelné a štandardizované výstupy pre každé opatrenie financované zo štrukturálnych fondov, ktoré predstavuje základ pre vypracovanie žiadosti o platbu ES.
Systém finančného výkazníctva riadiaceho orgánu, platobného orgánu a sprostredkovateľských orgánov pod platobným orgánom musí pokrývať všetky oprávnené výdavky na projekt v súlade so zoznamom oprávnených výdavkov, vrátane všetkých zmlúv a dohôd potrebných pre realizáciu projektu bez ohľadu na zdroj jeho financovania. Platobný orgán a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom zabezpečia súlad údajov vo finančných výkazoch s účtovníctvom a dokumentáciou finančného hospodárenia, ktoré vedú.
Riadiace orgány a sprostredkovateľské orgány pod platobným orgánom predkladajú platobnému orgánu výkazy, správy a ďalšiu dokumentáciu v jednom písomnom vyhotovení a v elektronickej forme v termínoch, rozsahu a štruktúre stanovenej platobným orgánom.
Podklady vzťahujúce sa na podporu poskytovanú zo štrukturálnych fondov a jej kontroly sa uschovávajú najmenej 10 rokov po prevedení záverečnej platby Európskou komisiou.   

4.10 	Používanie mien a kurzové rozdiely
Žiadosti o platbu z ES sa musia Európskej komisii predkladať v EUR.
Výkaz výdavkov dokladajúci príslušnú žiadosť o platbu z ES musí byť vypracovaný v EUR.
Platobný orgán obdrží prostriedky ES na osobitný účet Ministerstva financií SR vedený             v SKK.
Pri konverzii finančných prostriedkov z EUR na SKK sa použije výmenný kurz Národnej banky SR platný v deň prevodu. 
Pre účely finančného výkazníctva, pri žiadostiach o platbu z ES a pri správach poskytnutých   Európskej komisii sa použije výmenný kurz Európskej centrálnej banky k predposlednému pracovnému dňu Európskej komisie v predchádzajúcom mesiaci, v ktorom bol vykázaný výdavok zaznamenaný v zúčtovacích dokladoch orgánov zodpovedných za príslušný príspevok.
Kurzové rozdiely sú príjmom alebo stratou štátneho rozpočtu.
Kurzové rozdiely účtuje platobný orgán. 

4.11 Daň z pridanej hodnoty
Dňom vstupu SR do ES nadobudne účinnosť nový zákon o DPH, ktorý sa v súčasnosti pripravuje. Tento zákon bude plne zosúladený so Šiestou smernicou Rady 77/388/EHS o DPH.
DPH nepredstavuje oprávnený výdavok. DPH, ktorá je akýmikoľvek prostriedkami vymáhateľná k vráteniu, nemôže byť považovaná za oprávnený výdavok, aj keď v danom čase nebola ešte vrátená konečnému príjemcovi, alebo individuálnemu príjemcovi.
V prípade konečný prijímateľ, alebo individuálny prijímateľ podlieha podľa hlavy XIV šiesteho rozhodnutia Rady 77/388/EHS o DPH paušálnemu systému, zaplatená DPH sa na účely považuje za vymožiteľnú a nepredstavuje oprávnený výdavok na operáciu.
Finančné prostriedky ES poskytnuté pre členskú krajinu zo štrukturálnych fondov v žiadnom prípade nemôžu presiahnuť celkové oprávnené výdavky bez DPH.

4.12 	Zmluva s konečným prijímateľom o financovaní projektu 
V rámci realizácie projektov financovaných zo štrukturálnych fondov riadiaci orgán pre operačný program uzatvára zmluvu s konečným prijímateľom o financovaní projektu.
Ak sa projekt realizuje prostredníctvom sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom, riadiaci orgán pre operačný program uzatvára s ním zmluvu o delegovaní právomoci a následne sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom uzatvára zmluvu s konečným prijímateľom o financovaní projektu.
Zmluva s konečným prijímateľom o financovaní projektu musí byť jasná, presná a úplná a musí jednoznačne zahŕňať všetky práva a povinnosti zmluvných strán. Riadiaci orgán pre operačný program informuje platobný orgán a príslušný sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom o všetkých uzatvorených zmluvách o financovaní projektov s konečnými prijímateľmi pri predkladaní žiadosti konečných prijímateľov o platbu na svojej úrovni a zároveň im predkladá kópiu týchto zmlúv. 
Medzi hlavné náležitosti zmluvy s konečným prijímateľom o financovaní projektu patria:
1.	vymedzenie zmluvných strán;
2.	preambula (odkazy na legislatívu ES a SR, odkaz na žiadosť konečného prijímateľa o financovanie, podpisové práva osoby zastupujúcej riadiaci orgán)
3.	predmet zmluvy v štruktúre priorita, opatrenie, projekt (podrobný popis sa uvádza v technickej a finančnej prílohe);
4.	jednoznačné určenie všetkých subjektov zúčastňujúcich sa na financovaní projektu a výšky ich príspevku. Tieto subjekty uzatvárajú samostatné zmluvy s konečným prijímateľom o financovaní projektu. Kópie týchto zmlúv sa predkladajú riadiacemu orgánu;
5.	harmonogram realizácie projektu a trvanie zmluvy (dátum povinného zahájenia projektu, podmienky predĺženia zmluvy, podmienky ukončenia zmluvy, ustanovenie o možnostiach zmeniť zmluvu dodatkami atď.);
6.	popis oprávnených výdavkov (zásady, porovnávanie všetkých výdavkov projektu a oprávnených výdavkov projektu);
7.	príspevok zo štrukturálneho fondu (% podiel príspevku zo štrukturálneho fondu a stanovenie jeho  maximálnej hodnoty). Príspevok zo štrukturálneho fondu sa určuje ako rozdiel oprávnených výdavkov a plánovaných príjmov projektu;
8.	platobné podmienky (spôsob a harmonogram vyplatenia príspevku zo štrukturálneho fondu, určenie účtu, na ktoré sú prevedené platby atď.);
9.	záväzok konečného prijímateľa, že sa podrobí akejkoľvek kontrole zo strany riadiaceho orgánu, sprostredkovateľských orgánov a platobného orgánu, príslušných kontrolných orgánov SR a ES a poskytne im dokumentáciu vzťahujúcu sa na projekt;
10.	 stanovenie povinnosti zmluvných strán na vedenie podvojného účtovníctva príp. jednoduchého účtovníctva alebo používania vhodného kódového označenia účtov v rámci svojho účtovníctva pre všetky operácie týkajúce sa podpory zo štrukturálnych fondov; 
11.	monitorovanie (spôsob a termíny odovzdávania príslušných správ riadiacemu orgánu, archivácia dokumentov atď.);
12.	vrátenie prostriedkov (prípady porušenia zmluvy, odstúpenie od zmluvy, vrátenie prostriedkov, riešenie sporov atď.) 
13.	publicita a hospodárska súťaž (dodržiavanie pravidiel verejného obstarávania, štátna pomoc, ochrana životného prostredia, rovnosti príležitosti pre ženy a mužov, zákaz predaja výsledkov projektu za príliš nízke ceny atď.);
14.	finančná a technická príloha (podrobný popis projektu, odhady výdavkov, odhad plánovaných príjmov z výsledkov projektu, stanovenie hodnotiacich ukazovateľov, predpísaný formát správ, žiadostí, informácií, termíny na ich predkladanie alebo zaslanie, metóda zaslania atď.);
15.	súhlas konečného prijímateľa pre využívanie údajov v informačných systémoch pre účely riadenia, monitorovania a kontroly štrukturálnych fondov.

Zmluva sa môže meniť formou písomných dodatkov. 

5.  Monitorovanie a elektronická výmena informácií 

Monitorovanie štrukturálnych fondov sa uskutočňuje prostredníctvom IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy.
IT monitorovací systém pre štrukturálne fondy sa skladá z troch častí :
•	Finančný a fyzický monitorovací subsystém
•	Subsystém programovania
•	Platobný monitorovací subsystém
Finančný a fyzický monitorovací subsystém sa delí na nasledovné moduly:
-	Finančné indikátory
-	Fyzické indikátory
-	Finančné tabuľky
-	Finančná kontrola 
-	Spravodajstvo
Subsystém programovania sa delí na nasledovné moduly:
-	Finančné plány
-	Programový doplnok
-	Výber a schválenie projektov
Tieto subsystémy bude spravovať a riadiť riadiaci orgán pre CSF. Na IT monitorovací systém budú zapojené všetky subjekty podieľajúce sa na riadení štrukturálnych fondov.
Platobný monitorovací subsystém  sa delí na nasledovné moduly:
-	Žiadosti o platbu
-	Platobné detaily
-	Nezrovnalosti
-	Alokácia a limity prostriedkov 
-	Certifikácia výdavkov
-	Finančná kontrola
-	Spravodajstvo
Tento subsystém bude riadený platobným orgánom.
Platobný orgán prostredníctvom platobného monitorovacieho subsystému IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy sleduje stav čerpania prostriedkov na úrovni jednotlivých štrukturálnych fondov, operačných programov, jednotných programovacích dokumentov, opatrení a projektov.
Vnútorný obsah a metodika riadenia jednotlivých modulov budú upresnené v manuáli pre riadenie IT monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy vypracovanej riadiacim orgánom pre CSF v spolupráci s platobným orgánom.
IT monitorovací systém pre štrukturálne fondy bude prepojený s Informačným systémom štátnej pokladnice a Rozpočtovým informačným systémom, čo výrazne uľahčí riadenie disponibilných zdrojov a zabezpečenia príslušných rozpočtových mechanizmov v nadväznosti na finančné riadenie štrukturálnych fondov. 
IT monitorovací systém pre štrukturálne fondy sa v súčasnosti vyvíja, jeho konečná podoba by mala byť zabezpečená po náležitom testovaní do 31.12.2003.
IT monitorovací systém pre štrukturálne fondy bude spĺňať nasledovné požiadavky:
•	kompatibilnosť a vzájomné prepojenie jednotlivých IT subsystémov,
•	súlad IT subsystémov a ich modulov s právnymi predpismi ES a SR (a to najmä nariadenie Rady 99/1260/ES, nariadenia EK 2001/438/ES a zákon č. 52/1998 Z. z. o ochrane osobných údajov v informačných systémoch,
•	adekvátna IT infraštruktúra umožňujúca on-line prepojenie všetkých subjektov zapojených do riadenia a realizácie štrukturálnych fondov a
•	zabezpečenie ochrany a bezpečnosti počítačových systémov na všetkých hierarchických úrovniach.  
Elektronickú výmenu údajov, správ a informácií s Európskou komisiou týkajúcich sa finančného riadenia uskutočňuje platobný orgán. Tieto informácie sú zoskupené na úrovni opatrení a poskytujú sa Európskej komisii v podobe E-mail správ (do veľkosti 5 Mb) komprimovaných do formátu ZIP, cez prenos FTP (nad 5 MB), komprimovaný do formátu ZIP, alebo pomocou tzv. flat-file – plochý súbor (napr. žiadosti o platbu a certifikovaný výkaz výdavkov).

6. Finančná kontrola a vnútorný audit

V súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov Ministerstvo financií SR ako ústredný orgán štátnej správy pre finančnú kontrolu a vnútorný audit metodicky usmerňuje a koordinuje výkon finančnej kontroly vo verejnej správe, vrátane kontroly prostriedkov štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu poskytnutých Slovenskej republike na základe medzinárodných zmlúv.
Vykonávanie finančnej kontroly štrukturálnych fondov vychádza z legislatívy Slovenskej republiky a legislatívy EÚ. Zároveň zohľadňuje poznatky získané z prístupu jednotlivých členských štátov EÚ k riešeniu problematiky finančnej kontroly a doporučenia jednotlivých generálnych riaditeľstiev Európskej komisie.
V nadväznosti na ustanovenia čl. 84 ods. 2 Európskej dohody zakladajúcej pridruženie medzi Slovenskou republikou na jednej strane a Európskymi spoločenstvami a ich štátmi na strane druhej sa SR zaviazala k spolupráci s cieľom rozvíjať účinné kontrolné systémy v SR podľa štandardných metód a postupov ES.

6.1 	Kontrola fyzickej realizácie projektu
Kontrolu fyzickej realizácie projektu v súlade s čl. 4 nariadenia Rady 2001/438/ES uskutočňuje:

1.	konečný prijímateľ
Konečný prijímateľ je povinný pred prevodom prostriedkov dodávateľovi vykonať vecnú a formálnu kontrolu každej faktúry. Pre účely tejto kontroly používa kontrolný zoznam (checklist), ktorého podrobnosti stanoví riadiaci orgán pre CSF, resp. SPD. 

2.	riadiaci orgán
V prípade, ak sa na realizácii projektu podieľa sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, je za výkon kontroly fyzickej realizácie projektu zodpovedný tento  sprostredkovateľský orgán. Riadiaci orgán sa musí presvedčiť, či sprostredkovateľský orgán tieto kontroly v potrebnom rozsahu vykonáva. Riadiaci orgán sa presvedčí, či boli požadované kontroly vykonané a následne vydá osvedčenie o vykonaní kontroly. Fyzickú kontrolu uskutočňuje na to určený útvar v rámci organizačnej štruktúry príslušného sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo riadiaceho orgánu v prípade, že nedelegoval túto funkciu na sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom. 

Riadiaci orgán vydá podrobné pokyny týkajúce sa výkonu kontroly fyzickej realizácie projektu.

6.2 	Kontrola vzoriek operácií a projektov (minimálna 5 % kontrola celkových oprávnených nákladov operačného programu alebo SPD)
Kontroly vzoriek štrukturálnych operácií uskutočňuje kontrolný útvar v rámci organizačnej štruktúry príslušného ministerstva. 
Útvar vykonávajúci kontrolu vzoriek operácií a projektov musí byť organizačne oddelený od útvaru podieľajúceho sa na realizácii štrukturálnych fondov a sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom. 
Vykonanie analýzy rizík a následný výber vzoriek uskutoční každý kontrolný útvar.
Kontrola vzoriek vychádza z nasledovných zásad:
1.	kontrolný útvar je povinný dôkladne voliť techniky zhromažďovania údajov a vzoriek;
2.	pred kontrolou vzoriek operácií sa zvažuje najmä:
a)	počet a relatívna veľkosť položiek,
b)	význam položiek a inherentné riziko chyby v týchto položkách,
c)	relevantnosť a spoľahlivosť dokladov získaných alternatívnymi previerkami a postupy a relatívne náklady a časová náročnosť jednotlivých metód.
3.	kontrolovaná vzorka musí byť reprezentatívna;
4.	vzorka môže byť štatistická alebo neštatistická
a)	k štatistickému výberu vzoriek sa použijú metódy náhodného výberu a teória pravdepodobnosti,
b)	pri neštatistickom výbere vzoriek sa odporúča použitie metód náhodného výberu na zvýšenie pravdepodobnosti, že vzorka je pre daný okruh údajov reprezentatívna,
c)	pri neštatistickom výbere vzoriek je potrebné dôkladne zvážiť primeranosť základu pre vyvodenie záverov o hospodárení.
5.	výber vzoriek sa uskutočňuje v štyroch fázach:
a)	plánovanie vzoriek,
b)	výber položiek na testovanie,
c)	testovanie,
d)	vyhodnotenie výsledkov.
6.	všetky rozhodnutia v priebehu výberu vzoriek musia byť zdokumentované v súlade s podrobnými metodickými postupmi;
7.	uskutočnené kontroly vzoriek pred ukončením pomoci musia pokrývať minimálne 5 % celkových oprávnených výdavkov daného operačného programu alebo SPD, odporúča sa však hranica 7 – 10 %;
8.	pri kontrole vzoriek sa uplatňuje zásadne kombinácia rôznych druhov a veľkostí operácií a projektov pre zaistenie potrebnej reprezentatívnosti;
9.	kontroly vzoriek zohľadňujú známe rizikové faktory zistené kontrolnými orgánmi SR alebo EU;
10.	kontroly vzoriek berú do úvahy koncentráciu operácií u niektorých sprostredkovateľských orgánov alebo konečných prijímateľov tak, aby u hlavných sprostredkovateľských orgánov a konečných prijímateľov bola uskutočnená aspoň jedna kontrola pred ukončením pomoci;
11.	kontroly sa organizujú a koordinujú takým spôsobom, aby bolo zabezpečené rovnomerné rozloženie kontrol v celom období čerpaní prostriedkov. V tejto súvislosti spracuje riadiaci orgán podrobný plán kontrol;
12.	každá kontrolovaná činnosť sa posudzuje z hľadiska:
a)	súladu s právnymi predpismi,
b)	vecnej správnosti,
c)	hospodárnosti,
d)	efektívnosti,
e)	účinnosti.
13.	kontroly vzoriek slúžia k overeniu:
a)	uplatnenia a účinnosti riadiacich a kontrolných systémov,
b)	súladu dostatočného množstva účtovných záznamov s pripojenými dokumentmi uschovávanými u sprostredkovateľských orgánov, konečných prijímateľov a u ďalších subjektov alebo firiem, kde sa operácia realizuje,
c)	existencie vyhovujúcej podpornej dokumentácie pre audit so zameraním na finančné toky (audit trail),
d)	či povaha a termíny realizácie pri dostatočnom množstve výdavkových položiek vyhovujú ustanoveniam ES a zodpovedajú schváleným ukazovateľom operácie alebo projektu a skutočne vykonaným prácam a činnostiam,
e)	či skutočné využitie alebo plánované využitie operácie je v súlade s popisom využitia uvedeným v žiadosti o spolufinancovaní ES,
f)	či sú finančné príspevky ES v rámci limitov stanovených článkom 29 nariadenia Rady č. 99/1260/ES a či sa preplácajú konečným prijímateľom bez akýchkoľvek zrážok alebo neodôvodnených omeškaní,
g)	či bolo skutočne poskytnuté príslušné národné spolufinancovanie,
h)	či spolufinancované operácie a projekty sú realizované v súlade s pravidlami a politikami ES.
14.	pri kontrole a vypracovávaní správ o kontrolných zisteniach sa postupuje podľa základných pravidiel následnej finančnej kontroly obsiahnutých v zákone č. 502/2001 Z. z.;
15.	správy o vykonávaných kontrolách vzoriek sa uschovávajú najmenej 10 rokov po prevedení záverečnej platby Európskou komisiou;
16.	organizovanie kontrol vzoriek zabezpečujú vedúci orgánov verejnej správy, ktorí majú zodpovednosť za organizovanie, riadenie a zaistenie primeranosti a účinnosti finančnej kontroly v rámci svojej riadiacej pôsobnosti;
17.	kontrolné orgány vykonávajúce kontroly vzoriek spolupracujú v prípade vyžiadania s kontrolnými orgánmi EK, s orgánmi Európskeho účtovného dvora alebo inými určenými zmocnencami, ak tak stanoví vyhlásená medzinárodná zmluva, ktorou je SR viazaná. V rámci spolupráce sú povinné poskytovať informácie o predmete, účele a výsledku kontrol;
18.	správy o vykonaných finančných kontrolách musia obsahovať úplný popis kontrolných zistení, označenie všeobecne záväzných právnych predpisov, ktoré boli porušené, dokladov a písomností preukazujúcich správnosť kontrolných zistení. Ak zistené nedostatky sú systémovej povahy a predstavujú tak riziko pre ďalšie operácie realizované rovnakým konečným prijímateľom alebo spravované rovnakým sprostredkovateľským orgánom, sú kontrolné orgány povinné uložiť kontrolovanému subjektu prijať opatrenia na nápravu nedostatkov a odstrániť príčiny ich vzniku. Kontrolné útvary sú povinné oznámiť podozrenie z trestnej činnosti orgánom činným v trestnom konaní a iné skutočnosti orgánom príslušným podľa osobitných predpisov.

6.3 	Následná kontrola
Za vykonávanie následných finančných kontrol hospodárenia s prostriedkami ES (vrátane prostriedkov zo štrukturálnych fondov ) sú kompetentné kontrolné orgány, ktorým kontrolná pôsobnosť vyplýva z osobitných právnych predpisov a medzinárodných zmlúv. Následnú finančnú kontrolu prostriedkov ES (vrátane prostriedkov zo štrukturálnych fondov)  a iných prostriedkov zo zahraničia na financovanie projektov na základe medzinárodných zmlúv vykonávajú najmä:
-	kontrolné útvary Ministerstva financií SR,
-	kontrolné útvary ministerstiev, ako správcov rozpočtových kapitol,
-	správy finančnej kontroly,
-	Najvyšší kontrolný úrad SR,
-	kontrolné orgány EÚ.
Následnou finančnou kontrolou sa overuje:
-	objektívny stav kontrolovaných skutočností a ich súlad so všeobecne záväznými právnymi predpismi a vnútornými aktmi riadenia so zameraním na dodržiavanie hospodárnosti, efektívnosti a účinnosti pri hospodárení s verejnými prostriedkami,
-	vykonanie predbežnej finančnej kontroly, ktorou sa overuje každá pripravovaná finančná operácia,
-	vykonanie priebežnej finančnej kontroly, ktorou sa overujú finančné operácie vybrané príslušným vedúcim zamestnancom,
-	splnenie opatrení prijatých na nápravu nedostatkov zistených finančnou kontrolou a odstránenie príčin ich vzniku.

6.4 	Prehlásenie o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov
Vystavenie prehlásenia o ukončení pomoci zo štrukturálnych fondov je nutnou podmienkou pre zaslanie žiadosti o záverečnú platbu z EK. Toto prehlásenie sa vystavuje pri ukončení programovacieho obdobia.
Vystavovanie prehlásenia o ukončení pomoci vychádza z nasledovných zásad:
1.	orgán poverený vydávaním tohto prehlásenia realizuje svoju činnosť v súlade s medzinárodnými audítorskými štandardami;
2.	riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány poskytujú orgánu vydávajúcemu prehlásenie o ukončení pomoci všetky požadované informácie a zabezpečia prístup k záznamom a ostatným dokumentom nevyhnutným pre vypracovanie prehlásenia o ukončení pomoci;
3.	prehlásenie je založené na:
a)	preskúmaní riadiacich a kontrolných systémov,
b)	výsledkoch už vykonaných kontrol,
c)	ďalšej kontrole vzoriek operácií podľa potreby;
4.	orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci uskutočňuje opatrenia potrebné k tomu, aby získal primeranú záruku, že overovaný výkaz výdavkov je správny a príslušné transakcie sú zákonné a správne;
5.	súčasťou prehlásenia je správa obsahujúca všetky odpovedajúce údaje, z ktorých prehlásenie vychádza, vrátane zhrnutia nálezov všetkých kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi SR a EÚ, ku ktorým má orgán vydávajúci prehlásenie o ukončení pomoci prístup;
6.	v prípade existencie závažných nedostatkov v riadení alebo kontrole alebo značný výskyt zistených nezrovnalostí neumožnia poskytnúť celkovú záruku platnosti žiadosti o záverečnú platbu a konečného overenia výdavkov, v prehlásení sa tieto okolnosti uvedú, vrátane odhadu rozsahu problému a jeho finančného dopadu;
7.	v prípade, že existujú vážne prekážky pre vypracovaní prehlásenia, alebo zistené nezrovnalosti sú závažného charakteru a nemožno na základe týchto skutočností zaujať stanovisko ku konečnému výkazu výdavkov a k žiadosti o záverečnú platbu, vedúci orgánu vydávajúceho prehlásenie o ukončení pomoci o tomto stave informuje vládu SR. Informácia obsahuje návrh ďalšieho postupu a prípadných opatrení;
8.	ak je následne EK prehlásenie zaslané, obsahuje opatrenia prijaté vládou SR k odstráneniu zistených nezrovnalostí.

6.5	Vnútorný audit
Vnútorný audit vykonávajú útvary vnútorného auditu ministerstiev, v ktorých sa nachádzajú  riadiace orgány, platobný orgán a sprostredkovateľské orgány.
Vnútorným auditom sa hodnotí: 
a)	systém vedenia účtovníctva a jeho organizačné zabezpečenie;
b)	či dodržiavanie predpisov ES sa kontroluje predtým, ako je schválená príslušná platba konečnému prijímateľovi;
c)	či údaje v účtovnej závierke auditovaného subjektu zodpovedajú skutočnému stavu majetku a záväzkov, zdrojov financovania a hospodárenia s majetkom;
d)	dodržiavanie rozpočtu auditovaného subjektu;
e)	dodržiavanie všeobecne záväzných právnych predpisov pri finančnom riadení a iných činnostiach auditovaného subjektu a úroveň vykonávania finančného riadenia auditovaného subjektu;
f)	miera hospodárnosti, efektívnosti a účinnosti pri využívaní materiálnych, finančných a ľudských zdrojov v rámci plnenia úloh auditovaného subjektu;
g)	či postupy finančného riadenia auditovaného subjektu sú efektívne a účinné pri odhaľovaní a náprave nedostatkov v jeho činnosti;
h)	súlad finančných operácií so všeobecne záväznými právnymi predpismi, vnútornými aktmi riadenia a dodržiavanie hospodárnosti, efektívností a účinnosti pri ich vykonávaní;
i)	metodické postupy auditovaného subjektu a ich dodržiavanie;
j)	systém organizácie a riadenia činnosti všetkých realizačných štruktúr programu a ich informačné a účtovne systémy;
k)	či sú riadne vedené dokumenty týkajúce sa vykonaných administratívnych a fyzických kontrol;
l)	či je zabezpečené vykonávanie finančných kontrol v súlade so zákonom č. 502/2001 Z. z.  o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov;
m)	správnosť spôsobu a metódy vykonávania finančných kontrol;
n)	účinnosť systému technickej a finančnej kontroly;
o)	primeranosť softvérového vybavenia auditovaného subjektu a stupeň jeho zabezpečenia;
p)	primeranosť a úplnosť informácií, ktoré informačný systém auditovaného subjektu obsahuje vzhľadom na povahu a rozsah jeho činností;
q)	uschovávanie a zabezpečenie dokumentácie vedenej auditovaným subjektom.    
Riadiaci orgán je povinný predkladať správy o výsledku vnútorného auditu platobnému orgánu do 20 pracovných dní pred predložením certifikovaných výkazov výdavkov Európskej komisii platobným orgánom.  
Sprostredkovateľský orgán pod platobným orgánom predkladá súhrnné správy vnútorného auditu týkajúce sa využívania finančných prostriedkov ES platobnému orgánu na základe žiadosti platobného orgánu.
Riadiaci orgán zasiela Európskej komisii plán auditov všetkých orgánov zapojených do riadenia štrukturálnych fondov a zhrnutie zistení auditov. Prehľady zistení v podobe ročných správ o činnosti vnútorných audítorov a o výsledku finančných kontrol budú sprístupnené Európskej komisii.

Zoznam príloh

Príloha č. 1:  Vzťahy medzi orgánmi zapojenými do systému finančného riadenia štrukturálnych fondov

Príloha č. 2:  Správa konečného prijímateľa o certifikácii

Príloha č. 3:  Správa sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom o certifikácii

Príloha č. 4:  Správa riadiaceho orgánu o certifikácii

Príloha č. 5:  Správa riadiaceho orgánu o certifikácii

Príloha č. 6:  Správa sprostredkovateľského orgánu pod platobným orgánom o certifikácii

Príloha č. 7:  Výkazy výdavkov k žiadosti o platbu prostriedkov štrukturálnych fondov

Príloha č. 8:  Finančné toky prostriedkov štrukturálnych fondov

Príloha č. 9:  Finančné toky národného spolufinancovania zo štátneho rozpočtu

Príloha č. 10:  Finančné toky prostriedkov štrukturálnych fondov pri vrátení neoprávnene použitých prostriedkov Európskej komisii