B. Osobitná časť

K čl. I
K § 1 
Ustanovenie § 1 upravuje pozitívne vymedzenie a negatívne vymedzenie predmetu zákona.
Predmetom zákona je právna úprava otázok v oblasti systému riadenia a kontroly príspevkov poskytovaných z európskych štrukturálnych a investičných fondov a štátneho rozpočtu na území Slovenskej republiky s dôrazom na vytváranie podmienok pre efektívnu, účinnú a transparentnú koordináciu, riadenie, implementáciu a kontrolu opatrení financovaných z európskych štrukturálnych a investičných fondov prostredníctvom ustanovenia postavenia a právomocí a práv a povinností subjektov zúčastňujúcich sa tohto procesu.  Ide predovšetkým  o ustanovenie postavenia a právomocí orgánov štátnej správy a územnej samosprávy zapojených do poskytovania pomoci a ochrany finančných záujmov a práv a povinností prijímateľov, žiadateľov, partnerov a užívateľov pri poskytovaní príspevkov z  európskych štrukturálnych a investičných fondov. Predkladaný návrh zákona obsahuje procesné ustanovenia pri rozhodovaní o žiadosti poskytnutie nenávratného finančného príspevku, právne a finančné vzťahy pri poskytovaní príspevku. Vo viacerých nasledujúcich ustanoveniach sa uvádza aj postavenie a konanie inej osoby, táto je v intenciách relevantných ustanovení vnímaná v najširšom zmysle akejkoľvek dotknutej právnickej alebo fyzickej osoby. Zákon sa vzťahuje na právne vzťahy, ktorých financovanie je realizované z viacročného finančného rámca na roky 2014 – 2020.
Negatívne vymedzenie predmetu zákona sa vzťahuje predovšetkým na zákon č. 528/2008 Z. z., podľa ktorého sa poskytovala a stále ešte poskytuje pomoc a podpora z fondov Európskeho spoločenstva z prostriedkov určených pre Slovenskú republiku v rámci viacročného finančného rámca na roky 2007 - 2013. Napriek označeniu dĺžky trvania programového obdobia do roku 2013, právne vzťahy z poskytovania pomoci a podpory z tohto programového obdobia vznikajú aj po roku 2013, nakoľko oprávnenosť výdavkov pre toto programové obdobie je podľa legislatívy EÚ až do 31.12.2015. Z uvedeného dôvodu sa v priebehu rokov 2014 – 2015 bude postupovať pre poskytovanie finančných prostriedkov z operačných programov schválených na programové obdobie 2007 – 2013 v zmysle platných pravidiel pre programové obdobie 2007 – 2013, ktoré sú zakotvené v rámci zákona č. 528/2008 Z. z. Na nastavené pravidlá predmetnej právnej normy sú priamo viazané aj auditované riadiace dokumenty jednotlivých subjektov, ktoré poskytujú pomoc a podporu v tomto programovom období, pričom je nevyhnutné reflektovať adekvátnym spôsobom na rozdielne požiadavky legislatívy EÚ na spôsob poskytovania finančných prostriedkov v tomto programovom období. Poskytovanie finančných prostriedkov z balíka viacročného finančného rámca na programové obdobie 2007 – 2013 je viazané na schválené operačné programy, prostredníctvom ktorých sa v podmienkach Slovenskej republiky poskytujú tieto finančné prostriedky. Rovnako je negatívne vymedzenie určené vo vzťahu k poskytovaniu neprojektových podpôr na základe zákona č. 543/2007 Z. z. v súvislosti s financovaním aktivít spoločnej poľnohospodárskej politiky v podmienkach Slovenskej republiky a tiež vo vzťahu k prechodnej podpore poskytovanej z Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka podľa Nariadenie (EÚ) č. 1310/2013 z 17. decembra 2013, ktorým sa stanovujú niektoré prechodné ustanovenia o podpore rozvoja vidieka z (EPFRV) a ktorým sa mení nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1305/2013, pokiaľ ide o zdroje a ich rozdeľovanie na rok 2014, a ktorým sa mení nariadenie Rady (ES) č. 73/2009 a nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1307/2013, (EÚ) č. 1306/2013 a (EÚ) č. 1308/2013, pokiaľ ide o ich uplatňovanie v roku 2014.
K § 2 
Pod európskymi štrukturálnymi a investičnými fondmi sa v zákone rozumejú fondy, z ktorých je poskytovaná na území Slovenskej republiky pomoc v rámci kohéznej politiky Európskej Únie, to znamená Európsky fond regionálneho rozvoja, Európsky sociálny fond, Kohézny fond, Európsky námorný a rybársky fond a Európsky poľnohospodársky fond pre rozvoj vidieka. 
Definujú sa všeobecné princípy, ktorými sa riadi poskytovanie príspevkov v súlade s ustanoveniami zákona a ktoré vychádzajú zo základných princípov a účelu, na ktorý sú prostriedky európskych štrukturálnych a investičných fondov poskytované.
K § 3 
V rámci základných ustanovení sa vymedzujú pojmy používané v návrhu zákona. 
Definuje sa projekt ako základná jednotka ku ktorej sa viaže schválený príspevok. Projekt môže byť financovaný maximálne z jedného operačného programu, pričom nadväzuje na podanú  žiadosť, ktorá bola v konaní schválená. 
V rámci druhého odseku sa vymedzuje postavenie jednotlivých subjektov na účely zákona. 
V definícii subjektu partnera je umožnené jeho alternatívne postavenie najmä v nadväznosti na rozdielny charakter a participáciu takýchto subjektov v rámci rôznych fondov. Z uvedeného dôvodu je partnerom na účely tohto zákona osoba, ktorá sa buď spolupodieľa so žiadateľom tak na príprave projektu, ako aj s prijímateľom na jeho realizácii alebo ide o subjekt, ktorého účasť je relevantná a rozhodujúca len pre fázu realizácie projektu. Forma úpravy právnych vzťahov medzi poskytovateľom, prijímateľom a partnerom v zmysle zákonnej definície je upravená alternatívne. Definícia upravuje buď priamu účasť partnera v podobe plurality subjektov na jednej zmluvnej strane v rámci zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku alebo je zmluvný vzťah výlučne dvojstranným právnym aktom medzi poskytovateľom a prijímateľom a následne je samostatne uzatváraný zmluvný vzťah medzi prijímateľom a partnerom. Osobitne je potrebné určiť úpravu práv a povinností v rámci programov cezhraničnej spolupráce, kde partner nie je účastníkom zmluvy o poskytnutí príspevku, ale právne vzťahy sú zmluvne vždy upravené medzi prijímateľom a partnerom. V rámci zákona sú presne vymedzené pojmy pohľadávka z príspevku a pohľadávka z rozhodnutia, z dôvodu jednoznačnosti nakladania a správy s pohľadávkami štátu. Pohľadávka z príspevku  je pohľadávkou štátu v správe poskytovateľa na vrátenie príspevku alebo jeho časti na základe poskytovateľom zisteného  porušenia všeobecne záväzných právnych predpisov, zmluvy alebo rozhodnutia podľa § 16 ods. 2 prijímateľom, partnerom alebo užívateľom. Nárok štátu, resp. nárok poskytovateľa sa dňom schválenia správy o zistenej nezrovnalosti a schválenia žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov potvrdí, t.j.  potvrdí sa porušenie všeobecne záväzných právnych predpisov, zmluvy alebo rozhodnutia podľa § 16 ods. 2. Tieto dokumenty sú vypracované a schválené až následne a na základe ukončenej administratívnej kontroly/ kontroly na mieste vykonanej riadiacim orgánom. Prijímateľ je o porušení informovaný v zaslanej správe z administratívnej kontroly/ kontroly na mieste, pričom k obom správam má možnosť písomne vyjadriť pripomienky k zisteným nedostatkom, navrhnutým opatreniam alebo vzniesť námietky v určenej lehote. Pohľadávka z príspevku vzniká dňom porušenia všeobecne záväzných právnych predpisov, zmluvy alebo rozhodnutia podľa § 16 ods. 2; uvedená skutočnosť nemá vplyv na vynútiteľnosť tejto pohľadávky. Pohľadávka z rozhodnutia zodpovedá pohľadávke štátu z právoplatného rozhodnutia poskytovateľa vydaného podľa § 41 z titulu zisteného porušenia verejného obstarávania alebo pohľadávka štátu z právoplatného rozhodnutia príslušného orgánu vydávajúceho rozhodnutie o porušení finančnej disciplíny, ktorým je územne príslušná správa finančnej kontroly alebo Ministerstvo financií SR ako odvolací orgán. Pohľadávka z rozhodnutia na účely tohto zákona vzniká právoplatnosťou jednotlivých vyššie uvedených rozhodnutí.
Rôznorodosť podoby a široký záber oblastí, ktoré sú financované prostredníctvom európskych štrukturálnych a investičných fondov vyžadujú zadefinovanie  jednotlivých subjektov podieľajúcich sa na úrovni prijímania finančných prostriedkov. V tejto súvislosti je definovaný užívateľ ako osoba, ktorej prijímateľ alebo partner poskytuje so súhlasom a na základe podmienok definovaných poskytovateľom príspevok alebo jeho časť.  Právne vzťahy medzi prijímateľom a užívateľom sú upravené v osobitnej zmluve uzavretej medzi nimi. Rozdielne je upravená definícia cieľovej skupiny, kde na rozdiel od užívateľa osoby určené v rámci cieľovej skupiny profitujú z realizácie projektu nefinančným spôsobom.
Z dôvodu jednotnej úpravy pravidiel pre poskytovanie príspevku z každého fondu v rámci európskych štrukturálnych a investičných fondov je nutné definovať osobu poskytovateľa, ktorá je upravená s ohľadom na osobitné postavenie Pôdohospodárskej platobnej agentúry, ktorá nie je riadiacim orgánom, ale vykonáva úlohy poskytovateľa v súlade s osobitným zákonom. Z uvedeného dôvodu v jednotlivých ustanoveniach zákona v prípade použitia pojmu poskytovateľ sa uvedené ustanovenia týkajú tak všetkých riadiacich orgánov, ako aj postupu Pôdohospodárskej platobnej agentúry. V prípadoch ustanovení, ktoré nie sú relevantné pre postavenie Pôdohospodárskej platobnej agentúry sa v texte niektorých ustanovení na odlíšenie uvádza výlučne pojem ,,riadiaci orgán“, čím dochádza k jednoznačnému odlíšeniu rozsahu aplikácie jednotlivých ustanovení. V prípade, ak má riadiaci orgán ustanovený sprostredkovateľský orgán, vzhľadom na charakter konania v mene riadiaceho orgánu sa v rámci jednotlivých ustanovení neuvádza osobitne pojem ,,sprostredkovateľský orgán“ . Aplikácia jednotlivých ustanovení vzťahujúcich sa na poskytovateľa alebo riadiaci orgán je tak rovnaká aj na sprostredkovateľský orgán a to v plnom rozsahu zodpovedajúcom rozsahu činností, ktoré na základe dohody s riadiacim orgánom sprostredovateľský orgán vykonáva.
K § 4 
Návrh zákona ustanovuje úlohy vlády Slovenskej republiky ako vrcholného orgánu výkonnej moci v oblasti využívania finančných prostriedkov z európskych štrukturálnych a investičných fondov. Vláda Slovenskej republiky určuje subjekty riadenia, implementácie a kontroly európskych štrukturálnych a investičných fondov, ktorými sú riadiace orgány, sprostredkovateľské orgány určované na návrh riadiaceho orgánu a platobné jednotky, ak ich neurčujú osobitné predpisy. V súlade s  legislatívou EÚ vláda ako vrcholný orgán výkonnej moci schvaľuje Partnerskú dohodu Slovenskej republiky na roky 2014-2020  (ďalej len "partnerská dohoda"), operačný program a program rozvoja vidieka a ich zmeny, systém riadenia, systém finančného riadenia a systém ochrany finančných záujmov. 
K § 5 
Úrad vlády Slovenskej republiky ako orgán zabezpečujúci ochranu finančných záujmov podľa zákona č. 10/1996 Z. z. o kontrole v štátnej správe v znení neskorších predpisov je koordinačným útvarom pre boj proti podvodom. Úrad vlády Slovenskej republiky spolupracuje s Európskym úradom boja proti podvodom s cieľom poskytnúť ochranu finančných záujmom Európskej únie v Slovenskej republike. V súlade s nariadeniami EÚ Úrad vlády Slovenskej republiky plní oznamovaciu povinnosť o nezrovnalostiach voči Európskej komisii. Na základe Národnej stratégie ochrany finančných záujmov Európskej únie v Slovenskej republike zabezpečuje koordináciu činností orgánov a inštitúcií Slovenskej republiky zapojených do systému ochrany finančných záujmov Európskej únie v Slovenskej republike.    
K § 6 
Zákon  ustanovuje, že Centrálnym koordinačným orgánom je na území Slovenskej republiky Úrad vlády Slovenskej republiky.
Centrálny koordinačný orgán je ustanovený ako orgán, ktorý koordinuje a usmerňuje riadiace orgány a je zodpovedný za účinnú koordináciu efektívneho čerpania finančných prostriedkov Európskej únie a štátneho rozpočtu. Zároveň je centrálny koordinačný orgán subjekt zodpovedný za plnenie úloh v zmysle legislatívy EÚ, ktorá umožňuje členským štátnom zriadiť orgán takéhoto charakteru za účelom podpory harmonizovaného uplatňovania uplatniteľného práva a efektívnejšiu komunikáciu s Európskou komisiou. 
Základnou úlohou Centrálneho koordinačného orgánu je napomáhať, aby pri riadení a implementácii existovala medzi operačnými programami synergia a komplementarita, ktorá zabezpečí maximálnu pridanú hodnotu intervencií financovaných z európskych štrukturálnych a investičných fondov. Predmetné úlohy zabezpečuje najmä vypracovaním systému riadenia a jeho aktualizáciou v nadväznosti na potreby vo vývoji pravidiel a potrieb implementácie poskytovania príspevkov a plnením ďalších uvádzaných úloh. Z hľadiska kompetencií je osobitne uvedené oprávnenie Centrálneho koordinačného orgánu zriadiť Radu centrálneho koordinačného orgánu. Explicitné zadefinovanie oprávnenia umožní vytvorenie platformy, ktorá bude zabezpečovať riešenie vybraných kľúčových problémov implementácie, predovšetkým s dôrazom na správny a efektívny schvaľovací systém, čím sa maximalizuje miera podpory jednotlivým riadiacim orgánom zo strany Centrálneho koordinačného orgánu. Zároveň je predpoklad, že efektívnym výkonom činností zriadenej rady možno priaznivo prevenčne pôsobiť na prípadný vznik súdnych a iných právnych sporov pri poskytovaní príspevkov jednotlivými subjektmi. 
K § 7
Právna úprava vymedzuje postavenie riadiaceho orgánu na území Slovenskej republiky, pričom  určenie základných úloh riadiaceho orgánu vyplýva priamo z legislatívy EÚ. Riadiaci orgán môže v súlade s čl. 123 ods. 6 a 7 nariadenia (EÚ) č. 1303/2013 navrhnúť sprostredkovateľský orgán a na základe určenia sprostredkovateľského orgánu vládou ho poverí vykonávaním úloh alebo riadením časti operačného programu. 
K § 8 
Návrh zákona vymedzuje zakotvenie sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom na území Slovenskej republiky. Sprostredkovateľský orgán je v zmysle právnej úpravy povinný plniť úlohy, ktoré boli v zmysle dohody s riadiacim orgánom vymedzené v písomnej forme, čo voči tretím osobám predpokladá písomné splnomocnenie zo strany riadiaceho orgánu. Preto všetky práva a povinnosti riadiaceho orgánu sa vzťahujú aj na sprostredkovateľský orgán, ak sú tieto práva a povinnosti vymedzené v písomnej dohode medzi sprostredkovateľským orgánom a riadiacim orgánom. V jednotlivých ustanoveniach zákona, v ktorých sa uvádzajú práva, postavenie a povinnosti riadiaceho orgánu, resp. poskytovateľa  sú tieto relevantné v rozsahu poverenia aj pre sprostredkovateľský orgán.   
K § 9
Certifikačným orgánom pre európske štrukturálne a investičné fondy je Ministerstvo financií Slovenskej republiky s výnimkou Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka, pre ktorý je certifikačným orgánom verejný alebo súkromný audítorský orgán vybratý na základe verejného výberového konania. Ustanovenie § 9  upravuje v odsekoch 2 a 3 úlohy a kompetencie len certifikačného orgánu – Ministerstva financií SR. Postavenie certifikačného orgánu a určenie jeho základných úloh vyplýva priamo z legislatívy EÚ. Okrem povinností vyplývajúcich z legislatívy EÚ sa certifikačnému orgánu ustanovuje zodpovednosť najmä za koordináciu a metodické usmerňovanie finančného riadenia pomoci z európskych štrukturálnych a investičných fondov (okrem EPFRV), za príjem prostriedkov z Európskej komisie, ich prevod na príjmové účty platobných jednotiek, resp. v prípade programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika a programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Rakúsko priamo prijímateľom, spoluprácu pri tvorbe informačného monitorovacieho systému za oblasť finančného riadenia, ako aj za vrátenie prostriedkov EÚ v prospech Európskej komisie.  Na účely tohto zákona sa pod systémom finančného riadenia systémom finančného riadenia súhrn pravidiel, postupov a činností financovania príspevku, ktorý zahŕňa finančné plánovanie a rozpočtovanie, riadenie a realizáciu toku finančných prostriedkov, účtovanie, výkazníctvo a monitorovanie finančných tokov, certifikáciu a vysporiadanie finančných vzťahov (nezrovnalosti a finančné opravy) voči Slovenskej republike a voči Európskej komisii. 
Ustanovuje sa kompetencia certifikačného orgánu pozastaviť schvaľovanie žiadostí o platbu v prípade podozrenia na nedostatky pri implementácií operačného programu alebo jeho časti zo strany riadiaceho orgánu, sprostredkovateľského orgánu alebo platobnej jednotky. Nedostatky v postupe riadiaceho orgánu, resp. sprostredkovateľského orgánu zahŕňajú aj nedostatočné, prípadne nesprávne posúdenie / odkontrolovanie napr. výdavkov prijímateľa, partnera a užívateľa, odkontrolovanie procesov a postupov verejného obstarávania prijímateľa atď. Ak certifikačný orgán zistí nedostatky, je oprávnený platbu zamietnuť v celej výške, resp. jej výšku upraviť.  
K § 10
Úlohy orgánu auditu plní v Slovenskej republike podľa zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov Ministerstvo financií Slovenskej republiky, okrem prípadu určenia orgánu auditu vládou SR a orgánu auditu pre Európsky poľnohospodársky fond pre rozvoj vidieka. Postavenie orgánu auditu a určenie jeho základných úloh vyplýva priamo z legislatívy EÚ, hlavne z nariadenia (EÚ) č. 1303/2013 a nariadenia (EÚ) č. 966/2012. Za účelom naplnenia požiadaviek stanovených pre orgán auditu legislatívou EÚ sa ustanovuje zodpovednosť orgánu auditu za koordináciu a usmerňovanie orgánov, s ktorými spolupracuje pri výkone svojich úloh, vykonávanie dohľadu nad činnosťou spolupracujúcich orgánov, koordináciu a riadenie vypracovania plánu auditov orgánu auditu a spolupracujúcich orgánov a za plnenie ďalších úloh súvisiacich s auditom a kontrolou príspevkov poskytovaných z európskych štrukturálnych a investičných fondov.
Ustanovuje sa povinnosť pre ostatné subjekty zapojené do implementácie európskych štrukturálnych a investičných fondov poskytovať orgánu auditu súčinnosť potrebnú pre plnenie jeho úloh. 
K § 11
Platobné jednotky sú ústredné orgány štátnej správy, určené vládou Slovenskej republiky, ktorých úlohou je realizovať poskytnutie príspevku alebo jeho časti prijímateľovi alebo partnerovi, ktorý je účastníkom zmluvy podľa § 25 ods. 3. Zákon v iných ustanoveniach ustanovuje pre platobné jednotky aj ďalšie úlohy – napr. vypracovanie a aktualizáciu správ o zistených nezrovnalostiach, príjem a účtovanie vrátených príspevkov alebo ich časti na svoj účet v prípade, ak prijímateľ vracia príspevok alebo jeho časť do rozpočtu platobnej jednotky alebo na príjmový účet platobnej jednotky. Pre operačný program financovaný z Európskeho námorného a rybárskeho fondu je platobná jednotka určená Pôdohospodárska platobná agentúra. 
K § 12
Z dôvodu rozdielnych legislatívnych podmienok EÚ únie platných pre európske poľnohospodárske fondy (napr. nariadenie Parlamentu a Rady (EÚ) č. 1306/2013), ako aj z toho vyplývajúceho organizačného zabezpečenia finančného riadenia Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka sa ustanovuje orgán finančného riadenia na úrovni Ministerstva pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR. Zároveň sa týmto v podmienkach Slovenskej republiky ustanovujú pre tento orgán povinnosti.
K § 13
Ustanovujú sa nové pravidlá pre fungovanie subjektov v rámci miestneho rozvoja vedeného komunitou. 
Podľa článku 32 ods. 2 písm. b) nariadenia (EÚ) č. 1303/2013 je miestny rozvoj vedený komunitou vedený miestnymi akčnými skupinami zloženými z predstaviteľov verejných a súkromných miestnych spoločensko – hospodárskych záujmov, v ktorých na úrovni rozhodovania nemajú ani orgány verejnej správy, ako sú vymedzené v súlade s vnútroštátnymi pravidlami, ani žiadna záujmová skupina viac ako 49% hlasovacích práv.  Miestnou akčnou skupinou, oprávnenou  na financovanie z fondov EÚ, môže byť iba právnická osoba, ktorá má formu občianskeho združenia podľa zákona č. 83/1990 Zb. o združovaní občanov v znení neskorších predpisov, ktorej je schválená stratégia miestneho rozvoja vedeného komunitou a ktorej je zároveň udelený štatút miestnej akčnej skupiny. Občianske združenia sa môžu uchádzať o schválenie stratégie a udelenie štatútu miestnej akčnej skupiny na základe výzvy na predkladanie projektových zámerov. Výzvu vyhlasuje Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR na svojom webovom sídle. Projektové zámery, predložené občianskymi združeniami, bude posudzovať výbor zriadený ministerstvom pôdohospodárstva. Na základe hodnotiacej správy, vydanej ministerstvom pôdohospodárstva, Pôdohospodárska platobná agentúra rozhodne podľa tohto zákona o schválení stratégie a udelení štatútu miestnej akčnej skupiny. Miestna akčná skupina plní úlohy podľa čl. 34 nariadenia (EÚ) č. 1303/2013. Miestna akčná skupina plní úlohy súvisiace s implementáciou projektov financovaných prostredníctvom Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka aj prostredníctvom Európskeho fondu regionálneho rozvoja. Práva a povinnosti miestnej akčnej skupiny budú upravené v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. V rámci programového obdobia 2007 - 2013 bolo prostredníctvom Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka financovaných 29 miestnych akčných skupín. V rámci programového obdobia 2014 – 2020 sa uvažuje s financovaním približne 50 miestnych akčných skupín.
K § 14 
Podľa ustanovenia článku 54 ods. 1 nariadenia (EÚ) č. 1305/2013 každý členský štát zriadi národnú vidiecku sieť, ktorá spojí organizácie a správne orgány, ktoré sa podieľajú na rozvoji vidieka. Národná sieť rozvoja vidieka plní úlohy, vyplývajúce z legislatívy EÚ a zo zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. Financovaná je z prostriedkov technickej pomoci v rámci Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka. Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka určí právnickú osobu, ktorá bude vykonávať úlohy národnej siete rozvoja vidieka. V programovom období 2007 - 2013 to bola príspevková organizácia zriadená Ministerstvom pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR. Táto právnická osoba môže plniť úlohy prostredníctvom osôb so štatútom regionálnej antény. O udelení štatútu regionálnej antény rozhoduje Pôdohospodárska platobná agentúra podľa tohto zákona. V rámci programového obdobia 2007 - 2013 bolo prostredníctvom Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka financovaných 7 regionálnych antén. V rámci programového obdobia 2014 – 2020 sa uvažuje s financovaním 8 regionálnych antén. Pojem regionálna anténa je pojem zaužívaný v rámci implementácie Programu rozvoja vidieka SR 2007-2013 a je použitý aj v návrhu Programu rozvoja vidieka SR 2014-2020. Právnická osoba, ktorá má schválený štatút regionálnej antény, vykonáva úlohy národnej siete rozvoja vidieka v jednotlivých regiónoch Slovenskej republiky.
K § 15
Z dôvodov špecifík Integrovaného regionálneho operačného programu sa ustanovuje osobitná úprava k pôsobnosti orgánov v oblasti územného rozvoja. Ide najmä o jednotlivých aktérov v rámci implementácie Integrovaného regionálneho operačného programu, ktorými sú v súlade s Partnerskou dohodou SR na roky 2014 – 2020 riadiaci orgán (Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR), vyššie územné celky a krajské mestá.
Ustanovuje sa právomoc Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR koordinovať a metodicky usmerňovať vyššie územné celky a krajské mestá pri príprave a implementácii jednotlivých územných stratégií na účely realizácie integrovanej územnej investície podľa čl. 36 nariadenia (EÚ) č. 1303/2013 zo 17. decembra 2013[1]. Integrovaná územná investícia sa realizuje na základe regionálnej integrovanej územnej stratégie alebo integrovanej územnej stratégie mestskej oblasti. Regionálna integrovaná územná stratégia je plánovací a vykonávací dokument pre účely vecne, časovo a územne koordinovanej podpory na území regiónu NUTS 3[2] predovšetkým zo zdrojov európskych a investičných  štrukturálnych fondov najmä prostredníctvom Integrovaného regionálneho operačného programu, ktorá je východiskom pre posudzovanie projektových zámerov a z nich vyplývajúcich projektov pre územie definované v stratégii. Integrovaná územná stratégia mestskej oblasti je plánovací a vykonávací dokument pre účely vecne, časovo a územne koordinovanej podpory na území mestskej oblasti predovšetkým zo zdrojov európskych a investičných  štrukturálnych fondov najmä prostredníctvom Integrovaného regionálneho operačného programu, ktorá je východiskom pre posudzovanie projektových zámerov a z nich vyplývajúcich projektov na realizáciu trvalo udržateľného mestského rozvoja pre územie definované v stratégii. Vyššie uvedené územné stratégie je možné v rámci ich implementácie aktualizovať podľa potreby.
V rámci prípravy a implementácie vyššie uvedených územných stratégií sa má uplatňovať princíp partnerstva. Partnerstvo je forma zmluvnej a inštitucionálnej spolupráce medzi subjektmi územnej samosprávy, štátnej správy a ďalšími sociálno-ekonomickými partnermi s cieľom zabezpečiť hospodársky rozvoj a sociálny rozvoj dotknutého územia s ohľadom na trvalo udržateľný rozvoj. Za účelom praktického uplatnenie princípu partnerstva sa ustanovuje zriadenie rady partnerstva pre každú územnú stratégiu ako nositeľa príslušnej územnej stratégie. Zákon umožňuje aj zriadenie spoločnej rady partnerstva pre regionálnu integrovanú územnú stratégiu a integrovanú územnú stratégiu mestskej oblasti, ako aj možnosť spoločnej prípravy a implementácie regionálnej integrovanej územnej stratégie a integrovanej územnej stratégie mestskej oblasti a to v súlade s metodickými usmerneniami Ministerstva pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR. Princíp partnerstva sa v rámci prípravy územných stratégií uplatňuje formou spolupráce subjektov určených na zabezpečenie tejto úlohy (vyšší územný celok, krajské mesto) s expertmi relevantných subjektov tvoriacich partnerstvo.
K § 16
Príspevok sa bude poskytovať na základe inominátnej zmluvy uzavretej podľa Obchodného zákonníka. Zmluvu je možné uzavrieť výlučne v prípade, ak bola žiadosť schválená v konaní o žiadosti, ak zákon neustanovuje inak (napr. možnosť uzavretia zmluvy pri veľkých projektoch). Na konanie o žiadosti sa nevzťahuje Správny poriadok okrem taxatívne vymedzených ustanovení Správneho poriadku. Základné princípy správneho poriadku nie sú aplikovateľné na spôsob výberu projektov, ktoré budú z európskych štrukturálnych a investičných fondov financované. Poskytovateľ je zodpovedný za výber takých projektov, ktoré do čo najväčšej miery prispejú k napĺňaniu cieľov operačného programu. Z tohto pohľadu poskytovateľ vystupuje v pozícii investora, ktorý vo väčšine prípadov realizuje konanie za účelom zabezpečenia súťaže predkladaných žiadostí z hľadiska ich vecnej kvality, čím je zabezpečený výber takých projektov, ktoré umožnia poskytovateľa čo najefektívnejšie a najvhodnejšie riadenie operačného programu. 
Vzhľadom na postavenie poskytovateľa v podobe investora, je on subjektom určujúcim výšku finančných prostriedkov, ktoré určí na podporu určitej skupiny projektov v rámci výzvy. Z daného pohľadu je nutné stanoviť, že o žiadostiach sa v konaní bude rozhodovať s limitáciou alokácie určenej na takúto výzvu. Výnimkou je aplikácia inštitútu zmeny rozhodnutia o neschválení v podobe tzv. ,,zásobníka projektov“. Týmto spôsobom poskytovateľ pri identifikácii akýchkoľvek dodatočných finančných prostriedkov, môže rozhodnúť o poskytnutí príspevku aj nad rámec pôvodne určenej alokácie  a podporiť tak aj projekty, ktoré pôvodne neboli podporené výlučne z dôvodu nedostatku finančných prostriedkov. 
K § 17  
Upravuje sa spôsob, lehota a miesto na podanie žiadosti okrem podania vo vzťahu, ku ktorým sa aplikujú osobitné procesné ustanovenia. Žiadosť podáva žiadateľ na základe vyhlásenej výzvy, ktorú vypracuje a vyhlási poskytovateľ na svojom webovom sídle. Informácia o zverejnení výzvy môže byť šírená v súlade s čl. 115 ods. 1, písm. c) následne aj inými masovo komunikačnými prostriedkami za účelom zabezpečenia čo najširšej informovanosti o vyhlásenej výzve. Záväzné znenie výzvy je však len také, ktoré je vyhlásené spôsobom podľa tohto zákona, t.j. na webovom sídle. Obsahom výzvy sú formálne náležitosti výzvy a podmienky poskytnutia príspevku. Podmienky poskytnutia príspevku sú delené na povinné, ktoré musia byť súčasťou každej vyhlasovanej výzvy a potom na špecifické, ktoré sú relevantné pre výzvu v závislosti od jej charakteru a relevancie daných podmienok poskytnutia príspevku ku konkrétnej výzve a pre konkrétny operačný program. Súčasťou výzvy môžu byť aj prílohy. Bežnými prílohami výzvy sú najmä formulár žiadosti a príručka pre žiadateľa, ktoré sú akousi metodikou pre riadne vypracovanie a vyplnenie žiadosti. Rovnako je v niektorých prípadoch potrebné určiť špecifické prílohy výzvy, najmä s ohľadom na vecné špecifiká oblasti riešenej výzvou. Medzi podmienky poskytnutia príspevku patria aj kritériá pre výber projektov schválené monitorovacím výborom pre operačný program podľa článku 110 ods. 2 písm. a) nariadenia (EÚ) č. 1303/2013. Pod pojmom ďalšie podmienky poskytnutia príspevku sa rozumejú také podmienky poskytnutia príspevku, ktoré sú nevyhnutné najmä s ohľadom na vecné špecifiká riešenej oblasti, ktorá sa líši medzi jednotlivými operačnými programami.  
Možnosť poskytovateľa zmeniť vyhlásenú výzvu je z dôvodu transparentnosti a  zabezpečenia rovnakého zaobchádzania a nediskriminácie žiadateľov zapojiť sa do procesu výberu žiadostí s limitovaná časovo do dátumu uzavretia výzvy. Možnosť zmeny výzvy je rovnako viazaná na podmienku, že zmena výzvy nemôže predstavovať podstatnú zmenu podmienok poskytovania príspevku, pričom poskytovateľ je povinný o tom informovať žiadateľa a umožniť mu v primeranej lehote doplniť  alebo zmeniť žiadosť v súlade so zmenou výzvy. Nie všetky zmeny výzvy vyžadujú, aby žiadateľ musel vykonať priamo konkrétne úpravy alebo zmeny predloženej žiadosti. Z uvedeného dôvodu  možnosť nápravy musí byť zo strany poskytovateľa žiadateľovi umožnená vtedy ak to konkrétna zmena výzvy vyžaduje. Žiadateľ je oprávnený rozhodnúť sa na základe toho, že mu poskytovateľ umožnil žiadosť zmeniť alebo doplniť, či tak vykoná alebo nie. Nevyužitím ponúknutej možnosti zo strany žiadateľa a nedoplnenie žiadosti nie je viazané na priame zákonné sankcie, napríklad v podobe zastavenia konania. Rozhodnutím žiadateľa nedoplniť žiadosť na základe možnosti, ktorú mu poskytovateľ ponúkne znamená, že poskytovateľ bude v konaní posudzovať pôvodné znenie žiadosti avšak v zmysle zmenených podmienok. 
Možnosť zmeny výzvy je regulačným a nevyhnutným nástrojom poskytovateľa, ktorým zabezpečuje, aby výzva bola nastavená tak, aby umožnila transparentným spôsobom výber najkvalitnejších a najvhodnejších žiadostí. Akékoľvek zmeny je potrebné posúdiť s ohľadom na ich podstatný charakter, pričom aj také zmeny, ktoré sú uvádzané ako príklady zásadných zmien môžu v odôvodnených a jasne preukázaných prípadoch znamenať nepodstatnú zmenu, ktorá nemá potenciál pôsobiť diskriminačne alebo zakladať nerovnaké zaobchádzanie (napr.  zmena oprávnenosti žiadateľa v dôsledku zmeny právnej úpravy a určenia právneho nástupníctva pôvodne stanovených oprávnených žiadateľov a pod.) Raz uzavretú výzvu nie je možné znova otvoriť a takýto postup nie je možné považovať za oprávnenie týkajúce možných zmien zo strany poskytovateľa.
V prípade, že by sa podmienky poskytnutia príspevku zmenili podstatným spôsobom, akými sú najmä zmeny spočívajúce v zmene oprávnenosti žiadateľa, partnera, cieľovej skupiny, miesta realizácie, aktivít a kritérií na výber projektu alebo nie je možné financovať projekty z objektívnych dôvodov, napr. zmeny vo finančnom pláne operačného programu, zásadné identifikované skutočnosti vo výzve, ktoré neboli odhalené pri jej vyhlásení a za ich zachovania by došlo k výberu žiadostí v rozpore s legislatívou EÚ alebo právnym poriadkom SR, poskytovateľ je povinný výzvu zrušiť. Ak ide o výzvu končiacu  konkrétnym dátumom, môže ju zrušiť aj po uplynutí tohto dátumu a to do vydania prvého rozhodnutia o žiadosti podanej na základe výzvy. V takom prípade poskytovateľ predložené žiadosti vráti žiadateľovi. Ak ide o výzvu končiacu na základe nejakej skutočnosti, ktorou je predovšetkým vyčerpanie alokácie, môže byť výzva zrušená do momentu nastania uvedenej skutočnosti. V takom prípade poskytovateľ vráti alebo o nich rozhodne, ak je možné rozhodnúť o žiadostiach predložených do zrušenia výzvy a aplikovať na ne podmienky poskytnutia príspevku platné ku dňu predloženia žiadosti. 
Ustanoveniami o zmene a zrušení výzvy nie je dotknuté oprávnenie poskytovateľa vykonať zmeny vo formálnych náležitostiach výzvy. Súčasťou takýchto zmien, ktoré môžu byť vykonané aj po dátume uzavretia výzvy, môže byť aj zmena výšky indikatívnej alokácie určenej na výzvu, ktorou poskytovateľ môže reagovať na aktuálne zmeny v disponibilnom objeme finančných prostriedkov. 
Akékoľvek zmeny výzvy a jej zrušenie podliehajú režimu riadneho zverejnenia na webovom sídle spolu s odôvodnením ich vykonania.
K § 18
Ustanovuje sa nový inštitút, ktorý môže predchádzať samotnému konaniu o žiadosti  a to je predloženie a hodnotenie projektového zámeru. Realizuje sa na základe výzvy na predkladanie projektových zámerov zverejnením na webovom sídle poskytovateľa a to ešte pred vyhlásením samotnej výzvy na predkladanie žiadostí. Projektovým zámerom žiadateľ navrhuje základné charakteristiky projektu, ktorý by pripravuje a plánuje realizovať. Projektový zámer musí obsahovať vo všeobecnej podobe všetky informácie potrebné na posúdenie  podmienok stanovených vo výzve na predkladanie projektových zámerov, ktorých splnenie musí žiadateľ preukázať. Po predložení projektového zámeru poskytovateľ zhodnotí jeho obsah sám alebo prostredníctvom iných nezávislých odborníkov a na základe tohto posúdenia vypracuje hodnotiacu správu, ktorá konštatuje, či projektový zámer spĺňa alebo nespĺňa podmienky vyhlásené vo výzve. Stanovujú sa zároveň niektoré možné obsahové náležitosti hodnotiacej správy. Hodnotiacu správu možno určiť ako jednu z podmienok pre poskytnutie príspevku, ktorá sa prikladá ako povinná príloha k žiadosti. Takýmto spôsobom môže byť fakticky limitovaná účasť subjektov v rámci následne vyhlásenej výzvy, nakoľko tí, ktorí sa nezúčastnili predkladania projektových zámerov nepreukážu splnenie podmienky predloženia povinnej prílohy. Samotné posúdenie projektového zámeru nie je konaním, ktoré by končili meritórnym rozhodnutím a preto obsah hodnotiacej správy nie je rozhodujúcim faktorom pre možnú účasť v rámci následne vyhlasovanej výzvy. Limitujúcou podmienkou z tohto pohľadu je iba účasť v rámci výzvy na predkladanie projektových zámerov. Hodnotiaca správa nie je individuálnym správnym aktom, pretože na jej základe nedochádza k rozhodovaniu o právach, právom chránených záujmoch a povinnostiach dotknutých subjektov.
Výzva na predkladanie projektových zámerov je možnosťou, ktorú poskytovateľ môže ale nemusí využiť s ohľadom na charakter podporovaných projektov, časové možnosti ako aj administratívnu náročnosť vypracúvania žiadostí. Projektové zámery majú potenciál prispieť k efektívnejšiemu výberu žiadostí v niektorých prípadoch a zároveň umožnia žiadateľom na základe záverov uvedených v hodnotiacej správe zvážiť následné zapojenie sa do výzvy  predložením žiadosti.
K § 19
Konanie o žiadosti a v rámci konania o žiadosti aj výber žiadostí na základe vopred určených kritérií vychádza z článku 125 ods. 3 nariadenia (EÚ) č. 1303/2013. V rámci konania o žiadosti je vylúčená pôsobnosť všeobecného predpisu o správnom konaní a to najmä z dôvodu rýchlejšieho a pružnejšieho rozhodovania o pomoci z európskych štrukturálnych a investičných fondov, ako aj z dôvodu odlišných základných princípov, ktoré sú sledované Správnym poriadkom a ktoré neumožňujú plne zabezpečiť výkon výberu najkvalitnejších projektov pre napĺňanie cieľov príslušného operačného programu. Podľa Správneho poriadku sa bude postupovať len v taxatívne vymedzených prípadoch, napríklad v prípade doručovania rozhodnutí do vlastných rúk a pri počítaní lehôt. 
Žiadosť  sa podáva od zverejnenia výzvy do uzavretia výzvy, okrem prípadu, ak poskytovateľ určí vo výzve inú lehotu na predkladanie žiadosti. Žiadosť musí byť podaná riadne, včas a vo forme určenej v zverejnenej výzve.
Upravuje sa proces konania o žiadosti, ktorý začína doručením žiadosti poskytovateľovi a končí vydaním rozhodnutia o schválení žiadosti alebo o neschválení žiadosti, ak počas konania neboli dôvody na zastavenie konania a nedošlo k vydaniu rozhodnutia o zastavení konania. Zároveň sa upravujú všetky potrebné procesné úkony a náležitosti rozhodnutia o žiadosti. Ustanovenia týkajúce sa postupu náprav pravdivosti alebo úplnosti žiadosti alebo jej príloh slúžia ako nástroj na odstránenie neúplnosti žiadosti alebo vyjasnenia skutočností neumožňujúcich posúdenie splnenia podmienok príspevku. Uvedený inštitút z hľadiska charakteru konania a jeho účelu je odlišný od obdobných inštitútov v bežných konania, ktorý smeruje k napomáhaniu pri precizovaní obsahu podania. O spôsobe a rozsahu dožadovania nápravy vybraných skutočností je žiadateľ informovaný v rámci samotnej výzvy čím má poskytovateľ možnosť vopred určiť, do akej miery bude dochádzať k umožneniu nápravy zo strany žiadateľa, aby takýto postup nemal za následok zastretie základného účelu konania a výberu žiadostí – súťaž a výber najkvalitnejších a najvhodnejších žiadostí.
V odseku 6 až 8 sa uvádza prepojenie na projektové zámery, ak poskytovateľ pred vyhlásením výzvy využil takýto postup. Zohľadnenie záverov z hodnotiacej správy sa prejaví v prípade, ak žiadosť splnila podmienky poskytnutia príspevku, ktoré sa hodnotia rovnako vo vzťahu ku všetkým žiadostiam, ktoré boli v rámci výzvy predložené a to bez ohľadu na samotný obsah hodnotiacej správy. V rámci skupiny žiadostí hodnotených v rámci výzvy sa kladná hodnotiaca správa zohľadní takým spôsobom, že ak poskytovateľ nemá vo výzve dostatočnú alokáciu na financovanie všetkých žiadosti, ktoré splnili podmienky poskytnutia príspevku, prioritne budú podporené tie, ktoré mali kladnú hodnotiacu správu. Takýto prístup motivuje žiadateľov na dôslednú a kvalitnú prípravu už vo fáze koncipovania projektového zámeru, čo v konečnom dôsledku zvýši dôraz na zodpovedný a kvalitný proces prípravy. 
Žiadosť sa posudzuje podľa podmienok poskytnutia príspevky platných ku dňu uzavretia výzvy,  čo je relevantné  najmä v prípadoch, ak v priebehu vyhlásenia výzvy dôjde k jej zmene. V prípade výziev, ktoré sú charakteristické tým, že príjem a konanie o žiadostiach prebieha priebežne a ich uzavretie je viazané na konkrétnu skutočnosť, napr. vyčerpanie alokácie, sú pre posúdenie žiadosti rozhodujúce podmienky poskytnutia príspevku platné ku dňu predloženia žiadosti.
Rozhodnutie o žiadosti v podobe jej schválenia alebo neschválenia je viazané jednak na posúdenie splnenia podmienok poskytnutia príspevku ale rovnako aj na výške finančných prostriedkov, ktoré môže poskytovateľ na financovanie žiadostí vynaložiť. Významný dopyt po prostriedkoch z európskych štrukturálnych a investičných fondov preto môže byť obmedzený nielen nesplnením niektorej podmienky poskytnutia príspevku ale aj nedostatkom finančných prostriedkov, ktoré sú určené poskytovateľom na financovanie projektov.
Stanovujú sa náležitosti rozhodnutia v konaní o žiadosti, ako aj rozsah opravných prostriedkov. 
K § 20
Taxatívnym spôsobom sa vymedzujú prípady, kedy poskytovateľ konanie o žiadosti zastaví. Rozhodnutie o zastavení konania sa doručuje žiadateľovi okrem prípadu, ak žiadateľ zomrel, bol vyhlásený za mŕtveho alebo zanikol bez právneho nástupcu. Zároveň sa ustanovujú opravné prostriedky proti rozhodnutiu o zastavení konania – odvolanie nemožno podať, avšak je preskúmateľné mimo odvolacieho konania. Na náležitosti rozhodnutia o zastavení konania sa primerane vzťahujú náležitosti rozhodnutia o žiadosti.
K § 21
Ustanovuje sa možnosť riadiaceho orgánu alebo Pôdohospodárskej platobnej agentúry ex offo zmeniť rozhodnutie o neschválení žiadosti, ktoré už nadobudlo právoplatnosť (na právoplatnosť sa použije ustanovenie § 52 Správneho poriadku) a to za naplnenia  taxatívne vymedzených skutočností. 
Konanie podľa tohto ustanovenia je nenávrhové a začína výlučne z vlastného podnetu štatutárneho orgánu, pričom sa ustanovujú podmienky, za ktorých možno pristúpiť k zmene rozhodnutia. O začatí konania o zmene rozhodnutia poskytovateľ informuje žiadateľa, pričom ak je to potrebné, vyzve žiadateľa na preukázanie toho, že preukázateľne spĺňa podmienky poskytnutia príspevku a súhlasí so zmenou rozhodnutia. Takýto postup je nevyhnutný z dôvodu, že od pôvodného konania, kde boli overené podmienky poskytnutia príspevku mohol uplynúť dlhší časový úsek, pričom mohlo dôjsť k takým zmenám, v dôsledku ktorých už nie je možné navrhovaný projekt financovať, resp. žiadateľ sám už nemusí mať záujem na financovaní projektu z príspevku. Niektoré podmienky poskytnutia príspevku sú objektívne nemenné a nie je potrebné ich osobitne overovať. Z tohto dôvodu, ak nie sú preukázateľne splnené podmienky poskytnutia príspevku alebo žiadateľ ich na výzvu poskytovateľa nepreukáže, resp. nepreukáže včas alebo so zmenou rozhodnutia nesúhlasí, poskytovateľ konanie zastaví. V opačnom prípade zmení rozhodnutie o neschválení žiadosti a žiadosť schváli. Viazanosť poskytovateľa poradím žiadostí, v akom boli neschválené aplikáciou kritérií pre výber projektov v pôvodnom konaní o žiadosti vyplýva z charakteru konania založeného na posúdení skupiny ,,súperiacich“ žiadostí, pričom garantuje, že nedôjde k náhodnému a neodôvodnenému výberu zo skupiny neschválených žiadostí. V prípade, ak pri niektorých žiadostiach zo skupiny neboli preukázané dôvody na zmenu rozhodnutia o neschválení a konanie bolo zastavené, v prípade rozhodnutia štatutárneho orgánu pri využití ďalších finančných prostriedkov na rovnakú skupinu už nebudú žiadosti, pri ktorých bolo zastavené konanie opätovne podliehať možnosti preskúmania podľa tohto ustanovenia (nakoľko tam došlo k vydaniu rozhodnutia o zastavení konania a podľa odseku 1 tohto ustanovenia preskúmaniu podliehajú len rozhodnutia o neschválení) ale posudzované budú žiadosti, ktoré sú v zozname zaradené ako nasledujúce. 
K § 22
Proti rozhodnutiu vydaného podľa tohto zákona okrem taxatívne ustanovených prípadov je možné sa odvolať u poskytovateľa písomne v ustanovenej lehote. Odvolanie je riadny opravný prostriedok, o ktorom rozhoduje za stanovených podmienok poskytovateľ (v prípade autoremedúry), inak štatutárny orgán poskytovateľa. Ustanovujú sa jeho povinné obsahové náležitosti, vymedzujú sa rozhodnutia, voči ktorým nie je možné podať odvolanie a procesné úkony súvisiace so späťvzatím odvolania.
K § 23
Po doručení odvolania poskytovateľovi tento overí, či nie sú dané dôvody na odmietnutie odvolania. Dôvody na odmietnutie odvolania sú v zákone vymedzené na také prípady, kedy podanie odvolania nie je spôsobilé vyvolať právne účinky v podobe začatia odvolacieho konania. V prípade, ak je naplnený niektorý z uvedených dôvodov na odmietnutie odvolania, nemôže dôjsť k začatiu odvolacieho konania a poskytovateľ takéto odvolanie listom odmietne.  Keďže odmietnutie odvolania nie je rozhodnutím vydávaným v rámci konania, nie je možné voči takémuto postupu poskytovateľa podať opravný prostriedok. Ak neboli dané dôvody na odmietnutie odvolania podľa predchádzajúcej vety,  poskytovateľ v rámci autoremedúry môže rozhodnúť a vyhovieť odvolaniu v plnom rozsahu. V prípade, že tak nespraví, rozhoduje o odvolaní štatutárny orgán poskytovateľa, ktorý môže pôvodné rozhodnutie zmeniť alebo potvrdiť, ak je rozhodnutie správne a nie sú dané dôvody na jeho zmenu. Štatutárny orgán si ako svoj poradný orgán zriaďuje v odvolacom konaní osobitnú komisiu, ktorá preskúmava rozhodnutie napadnuté odvolaním. Rozhodnutie o odvolaní je konečné a nemožno sa proti nemu ďalej odvolať, avšak je možné ho preskúmať mimo odvolacieho konania. 
K § 24
Právoplatné rozhodnutie vydané v konaní o žiadosti môže štatutárny orgán poskytovateľa preskúmať mimo odvolacieho konania a to ex offo alebo na podnet žiadateľa. Podnet nemôže smerovať na preskúmanie rozhodnutia vydaného v odvolacom konaní. Ustanovujú sa lehoty na preskúmanie mimo odvolacieho konania, pričom rozhodnutie o preskúmaní musí byť vydané najneskôr do zaslania návrhu na uzavretie zmluvy. Preskúmanie rozhodnutia o neschválení alebo rozhodnutia o zastavení konania musí byť začaté najneskôr do dvoch rokov od nadobudnutia právoplatnosti takéhoto rozhodnutia. Štatutárny orgán je povinný pri preskúmavaní vychádzať z právneho stavu a skutkových okolností v čase vydania pôvodného rozhodnutia. Zmena jedného rozhodnutia na základe individuálneho preskúmania rozhodnutia v rámci mimoriadneho opravného prostriedku preto nie je spôsobilá vyvolať automaticky dôvody na zmenu rozhodnutí o ostatných žiadostiach v rámci dotknutej skupiny. Po preskúmaní môže štatutárny orgán poskytovateľa pôvodné rozhodnutie zmeniť, inak konanie zastaví, pričom o výsledku informuje žiadateľa, ak konanie začalo na jeho podnet. Ak sa zmenili rozhodujúce skutkové okolnosti, z ktorých pôvodné rozhodnutie vychádzalo, štatutárny orgán nemôže pôvodné rozhodnutie zmeniť.  Rozhodnutie o preskúmaní rozhodnutia mimo odvolacieho konania je konečné a nemožno sa proti nemu ďalej odvolať.
K § 25
Pomoc z fondov EŠIF sa bude poskytovať na základe inominátnej zmluvy uzavretej podľa Obchodného zákonníka, pričom sa ustanovujú jej ďalšie náležitosti. 
Nadobudnutím účinnosti zmluvy, resp. nadobudnutím právoplatnosti rozhodnutia v prípade, ak je poskytovateľ a prijímateľ tá istá osoba, vzniká právny nárok na poskytnutie príspevku. Skutočné poskytovanie príspevku je vždy viazané na splnenie podmienok prijímateľom dohodnutých v zmluve. Samotným vznikom právneho nároku nie je garantované reálne uhradenie zazmluvnenej výšky príspevku, pretože takéto uhradenie  je viazané na splnenie podmienok dohodnutých v zmluve.
Ak sa predpokladá poskytnutie príspevku zo strany poskytovateľa priamo aj partnerovi, musí zmluva obsahovať aj práva a povinnosti tejto osoby. 
Zmluvu je možné uzavrieť výlučne v prípade, ak bola žiadosť schválená v konaní o žiadosti a žiadateľ s uzavretím zmluvy súhlasí. Uzavretiu zmluvy predchádza zaslanie návrhu na jej uzavretie, ktorý je smerovaný zo strany poskytovateľa voči žiadateľovi, ktorého žiadosť bola v konaní o žiadosti schválená. Vznik povinnosti poskytovateľa zaslať žiadateľovi návrh zmluvy je pri rozhodnutiach o schválení, ktoré obsahovali vo výroku podmienky viazaný na preukázateľné splnenie týchto podmienok. Preto v prípade, ak podmienky stanovené v rozhodnutí o schválení neboli splnené, resp. márne uplynula lehota na ich splnenie, poskytovateľovi nevzniká povinnosť zaslať takémuto žiadateľovi návrh na uzavretie zmluvy a takému žiadateľovi nevzniká recipročné právo na zaslanie návrhu. 
Nakoľko pred samotným zaslaním návrhu zmluvy je na vypracovanie jej znenia potrebná súčinnosť žiadateľa, ustanovuje sa povinnosť túto súčinnosť poskytovateľovi poskytnúť. Následkom neposkytnutia súčinnosti je zánik povinnosti poskytovateľa zaslať žiadateľovi návrh na uzavretie zmluvy.   
Upravujú sa prípady odstúpenia od zmluvy, ktoré sú okrem všeobecných dôvodov upravených v Obchodnom zákonníku rozšírené aj na prípady dohodnuté v zmluve a na osobitné prípady upravené v tomto zákone, napríklad pri zistení konfliktu záujmov. To znamená, že osobitné prípady uvedené v tomto zákone možno aplikovať popri všeobecných dôvodoch uvedených v §344 a nasl. Obchodného zákonníka.
K § 26
Ustanovuje sa osobitný postup pre poskytovanie príspevku pre národné projekty. Určenie prijímateľa národného projektu môže vyplývať buď z priameho určenia v operačnom programe alebo z jasných a výlučných kompetencií vyplývajúcich z legislatívy SR alebo na základe schválenia monitorovacím výborom alebo jeho osobitnej komisie. Zriadenie osobitnej komisie za účelom schválenia určeného prijímateľa pre národný projekt je odôvodnené najmä potrebou zabezpečenia účasti a zriadenia skupiny zloženej z odborníkov v závislosti od vecnej oblasti riešenej projektom, kedy je takto zriadená komisia schopná odbornejšie posúdiť predkladané informácie. Zároveň je pre prípad schvaľovania národných projektov upravené schvaľovanie zámeru takéhoto projektu prostredníctvom monitorovacieho výboru alebo komisie zriadenej pod monitorovacím výborom. Uvedeným ustanovením je zvýšený dôraz na prvotné posúdenie zámeru národného projektu aj s dôrazom na posúdenie odôvodnenosti jeho realizácie s ohľadom na vylúčenie ,,súťažného postupu“ v podobe vyhlásenia výzvy. Vzhľadom na osobitné postavenie tohto druhu projektov, pri ktorých nedochádza k súťaži ale ich realizácia je predpokladaná zo strany vopred určeného subjektu v súlade s podmienkami uvedenými v rámci tohto ustanovenia, je nutné osobitný dôraz venovať príprave takýchto projektov. Preto sa v ustanovení navrhuje možnosť poskytovateľa metodicky usmerňovať budúceho žiadateľa v štádiu prípravy národného projektu pred samotným predložením žiadosti tak, aby bola zabezpečená maximálna miera kvalitnej prípravy projektu.  
Úzka súčinnosť poskytovateľa a budúceho žiadateľa pri príprave projektu musí byť doplnená zabezpečením transparentného a odborného posúdenia kritérií pre výber národného projektu, ktorých splnenie musí byť zabezpečené minimálne dvoma nezávislými odborníkmi v závislosti od vecného zamerania projektu. 
K § 27 
Upravujú sa osobitné procesné ustanovenia pre poskytovanie pomoci pre veľké projekty do zohľadnením osobitného procesu schvaľovania zo strany Európskej komisie. Vzhľadom na charakter projektov je rovnako ako pri národných projektoch potrebné klásť dôraz na prípravnú fázu, v ktorej sa upravuje možnosť riadiaceho orgánu metodicky usmerňovať budúceho žiadateľa.
K § 28 
Upravujú sa osobitné procesné ustanovenia pre poskytovanie pomoci na projekty technickej pomoci. Technická pomoc slúži najmä na zabezpečenie financovania prípravy, riadenia, monitorovania, informovania, kontroly a hodnotenia  aktivít operačných programov.
K § 29 
Upravujú sa osobitné procesné ustanovenia pre poskytovanie pomoci na projekty technickej pomoci Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka. 
K § 30 
Miestna akčná skupina, ktorej bola schválená stratégia a udelený štatút, môže plniť úlohy poskytovateľa v rozsahu, ktorý bude stanovený v zmluve o poskytnutí nenávratného finančného príspevku, a to vyhlasovanie výzvy na predkladanie žiadosti o nenávratný finančný príspevok, vyhlasovanie výzvy na predkladanie projektového zámeru a konanie o žiadosti do vydania rozhodnutia o žiadosti. Rozhodnutia vydáva Pôdohospodárska platobná agentúra pre miestny rozvoj LEADER a Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka pre miestny rozvoj vedený komunitou.  Výzva sa zverejňuje na webovom sídle poskytovateľa, ktorý vydáva na základe výzvy rozhodnutie.
K § 31
Ustanovujú sa osobitné pravidlá týkajúce sa Operačného programu INTERACT III predovšetkým vo vzťahu k účtom, na ktorých sa tieto prostriedky, vrátane príspevkov iných členských krajín EÚ a to zároveň aj v prípade ich vysporiadania. Príspevky v rámci OP INTERACT III sa poskytujú na základe zmluvy, ak je však prijímateľom subjekt so sídlom v SR, príspevok sa poskytuje na základe rozhodnutia. 
K § 32
Upravujú sa osobitné procesné ustanovenia pre poskytovanie pomoci z programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika a z programu cezhraničnej spolupráce Slovenská republika –Rakúsko.
K § 33 
Prijímateľ počas realizácie projektu žiada o poskytnutie príspevku, resp. jeho jednotlivých častí na základe žiadostí o platbu predkladaných poskytovateľovi a následne platobnej jednotke. Žiadosť o platbu je evidovaná v informačnom monitorovacom systéme.
V prípade vzniku dôvodu na vrátenie príspevku alebo jeho časti (napr. z dôvodov porušení všeobecne záväzných právnych predpisov SR alebo legislatívy EÚ zo strany prijímateľa), prijímateľ je povinný pri vrátení finančných prostriedkov postupovať v súlade so zmluvou a týmto zákonom. Poskytovateľ nemá kompetenciu žiadať prijímateľa o vrátenie časti príspevku, ak suma príspevku, ktorú má prijímateľ vrátiť, nepresiahne 40 eur. Poskytovateľ voči finančnému limitu 40 eur posudzuje iba sumu príspevku, ktorý podľa definície ,,príspevku“ v § 3 ods. 1, písm. a) a aj na tento účel tvoria len prostriedky EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu poskytnuté poskytovateľom podľa zmluvy/rozhodnutia bez možnosti zahrnutia sankcie alebo úroku z omeškania. 
V prípade EPFRV nie je PPA oprávnená uplatňovať a vymáhať sumu nepresahujúcu 100 eur. Dôvodom na neuplatňovanie a nevymáhanie týchto súm je skutočnosť, že predpokladané náklady na vymáhanie presiahnu sumu, ktorá je predmetom vymáhania, pričom súvisiaca právna úprava v zákone č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy ustanovuje pre túto oblasť rovnaké zaobchádzanie pre vymáhanie pohľadávok Európskej únie, resp. príspevku a pre vymáhanie pohľadávok vlastných zdrojov štátneho rozpočtu SR. 
Z dôvodu povinnosti implementácie legislatívy EÚ sa ustanovuje povinnosť prijímateľa, ktorý porušil zákaz nelegálneho zamestnávania štátnych príslušníkov tretích krajín podľa § 2 ods. 2 písm. c) zákona č. 82/2005 Z. z. o nelegálnej práci a nelegálnom zamestnávaní a o zmene a doplnení niektorých predpisov vrátiť poskytnutý príspevok. 
Upresňujú sa finančné vzťahy na národnej úrovni a v rámci jedného projektu môže realizovať poskytnutie príspevku alebo jeho časti prijímateľovi alebo partnerovi, ktorý je účastníkom zmluvy podľa § 25 ods. 3, iba jedna platobná jednotka. 
Ustanovuje sa výnimka pre prostriedky spadajúce do cieľa Európska územná spolupráca, ktoré podľa podmienok nariadenia (EÚ) č. 1299/2013  prijímateľom poskytuje priamo certifikačný orgán. Z toho dôvodu sa nezaraďujú do príjmov štátneho rozpočtu SR.
K § 34
Ustanovuje sa možnosť pre riadiaci orgán zriadiť si záložné právo na majetok prijímateľa, partnera, užívateľa prípadne aj inej osoby, ktorá súhlasí so založením svojho majetku v prospech riadiaceho orgán. Nie je možné zriadiť záložné právo na majetok Slovenskej republiky. 
Ustanovuje sa prechod záložného práva z riadiaceho orgánu na príslušnú Správu finančnej kontroly, ktorá rozhodla o porušení finančnej disciplíny a toto rozhodnutie sa stalo vykonateľným. Ustanovením sa zabezpečí, že pohľadávka Správy finančnej kontroly voči prijímateľovi z titulu porušenia finančnej disciplíny môže byť uhradená z prostriedkov získaných predajom zálohu. 
Ustanovuje sa postup v prípade, ak na rovnaký predmet zálohu má zriadené záložné právo aj banka , ktorá poskytla úver prijímateľovi na spolufinancovanie projektu. V takom prípade má banka a riadiaci orgán uzavretú zmluvu o spolupráci, na základe ktorej dôjde k spoločnému postupu pri výkone záložných práv banky a riadiaceho orgánu, ako aj k ich pomernému rozdeleniu podľa výšky ich pohľadávok voči prijímateľovi. Ak banka predá založený majetok skôr, ako nadobudne právoplatnosť rozhodnutie príslušnej Správy finančnej kontroly alebo rozhodnutie riadiaceho orgánu v prípade porušenia pravidiel a postupov verejného obstarávania, prevedie banka pomernú časť prostriedkov získaných predajom zálohu riadiacemu orgánu, ktorý tieto prostriedky vedie na účte cudzích prostriedkov, a to maximálne po dobu piatich rokov. Ustanovujú sa pravidlá a postup pre jednotlivé situácie, kedy je pohľadávka štátu určená rozhodnutím (Správy finančnej kontroly alebo riadiaceho orgánu) vyššia, nižšia alebo rovná sume z predaného zálohu vedená na účte cudzích prostriedkov, resp. ak takéto rozhodnutie nenadobudne právoplatnosť do 4 rokov.
K § 35
Zavádza sa pojem certifikácia a certifikačné overovanie prostriedkov EŠIF s výnimkou EPFRV. Certifikácia predstavuje nevyhnutnú súčasť procesu implementácie prostriedkov fondov Európskeho spoločenstva. V nadväznosti na právne predpisy Európskej únie sa pod certifikáciou rozumie potvrdenie, že všetky výdavky v rámci operačného programu boli použité správne, výdavky na projekty boli oprávnené a celý proces poskytnutia a čerpania pomoci prebehol v súlade s príslušnými právnymi predpismi. 
Aby mohol certifikačný orgán certifikáciou realizované výdavky potvrdiť, vykonáva certifikačné overovanie. Certifikačným overovaním sa overuje správnosť postupu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacimi orgánmi a platobných jednotiek pri poskytovaní príspevkov. Overovanie zahŕňa aj overenie správnosti, dôkladnosti a úplnosti postupu riadiaceho, resp. sprostredkovateľského orgánu, prípadne platobnej jednotky pri overovaní napr. výdavkov prijímateľa, partnera a užívateľa, odkontrolovanie procesov a postupov verejného obstarávania prijímateľa atď.
Pre subjekty zapojené do implementácie EŠIF (s výnimkou EPFRV) sa ustanovuje povinnosť umožniť certifikačnému orgánu výkon certifikačného overovania, informovať ho o postupoch a kontrolách vykonaných v súvislosti s realizovanými výdavkami a predkladať mu správy o výsledkoch kontrol, vnútorných auditov, prípadne iných auditov.
K § 36
Vymedzuje sa pojem certifikácia výdavkov programu financovaného z Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka.  Postavenie certifikačného orgánu a určenie jeho základných úloh vyplýva priamo z právnych predpisov Európskej únie. Súčasne sa týmto ustanovením ukladajú povinnosti riadiacemu orgánu a Pôdohospodárskej platobnej agentúre vo vzťahu k výkonu certifikácie.
K § 37
Ustanovujú sa základné princípy ochrany finančných záujmov Európskej únie, ktoré sú subjekty zapojené do riadenia, poskytovania a kontroly poskytovanej pomoci povinné dodržiavať. Súčasťou ochrany finančných záujmov Európskej únie sú najmä prijímanie preventívnych opatrení na predchádzanie vzniku nezrovnalostí, odhaľovanie a vyšetrovanie nezrovnalostí, prijímanie nápravných opatrení a ukladanie sankcií. Nápravnými opatreniami sa rozumejú opatrenia vedúce k odstráneniu nezrovnalosti a k predchádzaniu vzniku obdobných nezrovnalostí v budúcnosti.
Vo vzťahu k príspevku má na vznik nezrovnalosti okrem porušenia stanoveného v odkaze pod čiarou priamy vplyv aj porušenie právnych predpisov Slovenskej republiky alebo porušenie zmluvy, na základe ktorej bol príspevok dotknutému subjektu poskytnutý, pričom toto porušenie vyplýva z konania alebo opomenutia konania uvedeného subjektu, dôsledkom čoho je alebo by bol negatívny dopad na rozpočet EÚ zaťažením rozpočtu EÚ neoprávneným výdavkom. 
V nadväznosti na povinnosti vyplývajúce z čl. 59 ods. 2b) nariadenia (EÚ, EURATOM) č. 966/2012 k odhaľovaniu a oznamovaniu zistených nezrovnalostí pre riadiaci orgán, Pôdohospodársku platobnú agentúru, sprostredkovateľský orgán pod riadiacim orgánom, certifikačný orgán, platobnú jednotku, orgán auditu alebo príslušný orgán vydávajúci rozhodnutia o porušení finančnej disciplíny sa ustanovuje povinnosť vypracovať správu a zistenej nezrovnalosti, tzn. dokument, ktorý oficiálne zdokumentuje odhalenie nezrovnalosti alebo podozrenia z nezrovnalosti, vrátane zabezpečenia jej aktualizácie.  
Ustanovuje sa výnimka v povinnosti predkladať správu o zistenej nezrovnalosti v prípade, ak existuje podozrenie, že nezrovnalosť bola spáchaná trestným činom osôb konajúcich v mene prijímateľa, partnera alebo poskytovateľa a predložením správy by mohlo dôjsť k ohrozeniu alebo zmareniu vyšetrovania, resp. trestného konania ako takého. V takomto prípade sa správa o zistenej nezrovnalosti týmto subjektom nepredkladá.
Ustanovujú sa niektoré náležitosti správy o zistenej nezrovnalosti. Presný formulár správy o zistenej nezrovnalosti schvaľuje vláda v rámci schvaľovania príslušných dokumentov systému finančného riadenia EŠIF. Ustanovuje sa povinnosť aktualizovať informácie v správe o zistenej nezrovnalosti v súvislosti s riešením a vysporiadaním nezrovnalosti. Vo vzťahu k náležitosti správy o nezrovnalosti, ktorou je jej kód, ide o jedinečný národný kód nezrovnalosti generovaný automaticky informačným monitorovacím systémom najskôr od 1. januára 2016 v nadväznosti na znenie čl. 122 ods. 3 nariadenia EP a Rady EÚ č. 1303/2013, pričom najneskôr do 31. decembra 2015, resp. do termínu sprístupnenia súvisiacich funkcionalít informačného monitorovacieho systému, bude správa o zistenej nezrovnalosti vypracovaná a evidovaná manuálne a predkladaná príslušným subjektom len v listinnej podobe.
Ustanovujú sa pravidlá sprístupňovania správ o zistených nezrovnalostiach podľa zákona o slobodnom prístupe k informáciám. 
Ustanovuje sa povinnosť certifikačného orgánu a Pôdohospodárskej platobnej agentúry predkladať orgánu zabezpečujúcemu ochranu finančných záujmov súhrnný prehľad správ o zistenej nezrovnalosti štvrťročne.
Ustanovuje sa zodpovednosť poskytovateľa za riešenie vzniknutej nezrovnalosti v rámci operačného programu, za ktorý je poskytovateľ zodpovedný. Pod riešením nezrovnalosti sa rozumie monitorovanie zistenej nezrovnalosti, vypracovanie a predloženie správy o zistenej nezrovnalosti vrátane jej aktualizácií certifikačnému orgánu a zabezpečenie odstránenia nezrovnalosti prijatím účinných nápravných opatrení na jej odstránenie a predchádzanie vzniku obdobných nezrovnalostí v budúcnosti , ako aj finančné vysporiadanie podľa zmluvy alebo príslušných právnych predpisov.
K § 38
Ustanovuje  sa povinnosť pre účtovnú jednotku, ktorej súčasťou je certifikačný orgán, Pôdohospodárska platobná agentúra alebo platobná jednotka, viesť časť svojho účtovníctva, ktorá sa týka ich úloh spojených s poskytovaním príspevku a vysporiadaním súvisiacich  finančných vzťahov, prostredníctvom informačného systému účtovníctva fondov. Týmto nie sú dotknuté ustanovenia zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov. Ide o účtovanie prostredníctvom jednotného programového vybavenia.
Uchovávanie účtovnej dokumentácie pre certifikačný orgán a platobnú jednotku sa určuje v nadväznosti na zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov a čl. 140 nariadenia EP a Rady (ES) č. 1303/2013.
K § 39
Ustanovuje sa povinnosť pre prijímateľa a partnera, ktorí sú účtovnou jednotkou podľa zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov účtovať vo vzťahu k jednotlivým projektom o skutočnostiach týkajúcich sa projektu. 
Účtovná jednotka účtujúca v sústave podvojného účtovníctva  (prijímateľ alebo partner) môže vytvoriť analytické účty podľa projektov  alebo  môže v rámci účtovníctva vedeného v technickej forme podľa technických a procesných podmienok aplikácie  účtovného systému  vykonávať bez vytvorenia analytických účtov záznamy  podľa jednotlivých projektov v analytickej evidencii ako súčasť účtovných zápisov na účtoch v hlavnej knihe. 
Pre prijímateľa, resp. partnera, ktorí nie sú účtovnou jednotkou podľa zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov, napr. pre fyzické osoby, ktoré uplatňujú výdavky podľa § 6 ods. 10 zákona č. 595/2003 Z. z. o dani z sa ustanovuje povinnosť viesť evidenciu v účtovných knihách používaných v jednoduchom účtovníctve. Táto evidencia sa vedie na účely preukazovania výdavkov na projekt, súvisiacich príjmov, majetku a záväzkov. V prípade majetku týkajúceho sa projektu ide napr. o pohľadávky, peňažné prostriedky, zásoby, hmotný aj nehmotný majetok využívaný v rámci projektu alebo obstaraný z prostriedkov na projekt. 
V nadväznosti na právne predpisy Slovenskej republiky a Európskej únie sa pre prijímateľa a partnera ustanovuje povinnosť ochraňovať a uchovávať dokumentáciu týkajúcu sa projektu podľa zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov a ustanovení príslušných nariadení Európskej únie upravujúcich uchovávanie dokumentácie.
K § 40
Ustanovuje sa kompetencia riadiaceho orgánu, orgánu auditu a certifikačného orgánu vykonať podľa nariadenia EP a Rady (EÚ) č. 1303/2013 finančnú opravu voči prijímateľovi alebo voči poskytovateľovi v prípade porušenia podmienok poskytnutia príspevku zo strany prijímateľa, partnera alebo užívateľa alebo v prípade zistenia nesprávneho postupu poskytovateľa, sprostredkovateľského orgánu pod riadiacim orgánom alebo platobnej jednotky. Finančné opravy predstavujú jednu z foriem sankcie za vzniknutú nezrovnalosť a na národnej úrovni znamenajú zrušenie príspevku alebo jeho časti alebo zrušenie pomoci alebo jej časti. 
Vysporiadanie finančnej opravy voči prijímateľovi a partnerovi, ktorý je účastníkom zmluvného vzťahu podľa § 25 ods. 3, sa vykoná postupom podľa § 41 až § 43 alebo § 45. Voči poskytovateľovi, certifikačnému orgánu a orgánu auditu sa finančná oprava vysporiada viazaním podľa § 18 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení iných zákonov v znení neskorších predpisov.
K § 41
Ustanovuje sa postup vysporiadania v prípade zistenia porušenia pravidiel a postupov verejného obstarávania. Ak poskytovateľ zistí porušenie pravidiel a postupov verejného obstarávania zo strany prijímateľa , ktoré malo alebo mohlo mať vplyv na výsledok verejného obstarávania, vyzve prijímateľa na vrátenie príspevku alebo jeho časti. Ak prijímateľ na základe tejto žiadosti prostriedky nevráti, poskytovateľ podá podnet na úrad pre verejné obstarávanie. 
Ak bolo porušenie potvrdené Úradom pre verejné obstarávanie, ktorý v protokole konštatuje porušenie, ktoré malo alebo mohlo mať vplyv na výsledok verejného obstarávania, poskytovateľ rozhodne o vrátení dvojnásobku sumy, ktorá bola požadovaná vo výzve podľa prvého odseku, najviac však 100 % poskytnutého príspevku alebo jeho časti na predmet zákazky. Ustanovuje sa postup poskytovateľa v prípade, ak kontrola Úradu pre verejné obstarávanie už bola vykonaná skôr ako došlo k podaniu podnetu na základe neuhradenia prostriedkov prijímateľom na základe výzvy poskytovateľa.
Ustanovuje sa informačná povinnosť Úradu pre verejné obstarávanie voči poskytovateľovi vzhľadom na skutočnosť, že výsledky činností tohto úradu sú rozhodujúcim prvkom pre začatie správneho konania poskytovateľa.
V prípade, ak prijímateľ neuhradil požadovaný príspevok alebo jeho časť a výsledkom činnosti Úradu pre verejné obstarávanie je konštatovanie porušenia pravidiel a postupov verejného obstarávania, ktoré malo alebo mohlo mať vplyv na výsledok verejného obstarávania, poskytovateľ vydá rozhodnutie o povinnosti vrátiť príspevok v konaní podľa Správneho poriadku. 
K § 42
Ustanovuje sa spôsob a postup vysporiadania finančných vzťahov v prípade vzniku povinnosti prijímateľa vrátiť príspevok alebo jeho časť, a to z dôvodov povinnosti vysporiadať najmä príjem z projektu, zmluvnú pokutu, príspevok alebo jeho časť v súlade so zmluvou, z dôvodu porušenia alebo nesplnenia podmienok zmluvy, porušenia finančnej disciplíny, porušenia povinností vyplývajúcich zo zákona o verejnom obstarávaní alebo z dôvodu nezrovnalosti.  
Z dôvodu hospodárneho nakladania s prostriedkami štátneho rozpočtu a s prostriedkami poskytnutými z rozpočtu EÚ, vysporiadanie finančných vzťahov sa primárne vykonáva vzájomným započítaním pohľadávky zo zmluvy voči pohľadávke prijímateľa na poskytnutie príspevku alebo jeho časti, vzájomným započítaním pohľadávky z rozhodnutia voči pohľadávke prijímateľa na poskytnutie príspevku alebo jeho časti alebo vrátením príspevku alebo jeho časti, ak sa nevykoná vzájomné započítanie pohľadávok. Na strane prijímateľa vzniká pohľadávka, keď v rámci platne a účinne uzatvorenej zmluvy žiada o poskytnutie príspevku prostredníctvom žiadosti o platbu, v ktorej uvedie deklarované oprávnené výdavky a zároveň dôjde k schváleniu týchto oprávnených výdavkov zo strany príslušných orgánov. Procedúra schvaľovania závisí od spôsobu financovania, na účely vzájomného započítania a existencie pohľadávky prijímateľa musia byť kumulatívne splnené podmienky § 42 ods. 2.
Vzájomne započítať pohľadávku zo zmluvy alebo pohľadávku z rozhodnutia voči pohľadávke prijímateľa na poskytnutie príspevku alebo jeho časti je možné, ak so vzájomným započítaním pohľadávok súhlasí poskytovateľ a vzájomné započítanie pohľadávok bolo  schválené certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu. Na účely schválenia vzájomného započítania pohľadávok poskytovateľom a certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu sa nevyžaduje podpísanie písomnej dohody medzi zúčastnenými stranami. Vzájomne započítať pohľadávku zo zmluvy alebo pohľadávku z rozhodnutia voči pohľadávke prijímateľa na poskytnutie príspevku alebo jeho časti je možné, ak príspevok poskytnutý prijímateľovi platobnou jednotkou bol schválený certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu, tzn. ak prostriedky Európskej únie z pohľadávky zo zmluvy alebo z pohľadávky z rozhodnutia boli už v minulosti schválené certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu a prijímateľ predložil žiadosť o platbu typu refundácia, tzn. finančné prostriedky uvedené v oznámení o vysporiadaní finančných vzťahov sa vzťahujú len k výdavkom schváleným certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu v minulosti, nie k výdavkom poskytnutých zálohovou platbou alebo predfinancovaním platobnou jednotkou prijímateľovi. V prípade jednostranného vzájomného započítania zo strany poskytovateľa, poskytovateľ je povinný oznámiť prijímateľovi pripravované vykonanie vzájomného započítania, v prípade, ak prijímateľ s jednostranným započítaním nesúhlasí, je povinný to oznámiť poskytovateľovi do troch dní odo dňa doručenia oznámenia a poskytovateľ využije iné možnosti vysporiadania finančných vzťahov podľa podmienok zmluvy, podľa tohto zákona alebo podľa § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z.z.
Ak nedôjde k vykonaniu vzájomného započítania, poskytovateľ vyzve prijímateľa na vrátenie príspevku alebo jeho časti formou žiadosti o vrátenie v súlade so zmluvou. Ak prijímateľ nevráti prostriedky v určenej lehote ani nepožiada o uzavretie dohody o splátkach alebo dohody o odklade plnenia, poskytovateľ podá podnet na príslušnú správu finančnej kontroly, ak neuplatní postup podľa § 41 ods. 2. 
V prípade, že prijímateľ má stanovenú povinnosť vrátiť príspevok za prostriedky EÚ alebo odvod za porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami Európskej únie, ktoré boli schválené certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu, je povinný tieto prostriedky EÚ vrátiť na osobitný účet ministerstva financií v Štátnej pokladnici. Prostriedky EÚ neschválené certifikačným orgánom v súhrnnej žiadosti o platbu, ako aj prostriedky spolufinancovania zo štátneho rozpočtu vracia prijímateľ do rozpočtu príslušnej platobnej jednotky. Uvedený postup platí aj v prípade odvodu za porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami Európskej únie a prostriedkami spolufinancovania zo štátneho rozpočtu, s výnimkou užívateľa v rámci realizovaného národného projektu prijímateľom, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny. Takýto užívateľ odvádza prostriedky Európskej únie a prostriedky štátneho rozpočtu na samostatný mimorozpočtový účet prijímateľa, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny.  
Ustanovuje sa postup pre príslušnú správu finančnej kontroly (orgán vydávajúci rozhodnutie v správnom konaní), kedy v súlade s § 31 ods. 9 zákona č. 523/2004 Z.z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy ukladá a vymáha sankcie za porušenie finančnej disciplíny a zo strany orgánu vydávajúceho rozhodnutie v správnom konaní je potrebné zabezpečiť zníženie penále za porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1 pri nakladaní s prostriedkami Európskej únie o úrok z omeškania, ktorý je potrebné v súlade s čl. 72 písm. h) nariadenia EP a Rady (EÚ) č. 1303/2013 vymáhať a vrátiť do rozpočtu Európskej komisii. Na základe vyššie uvedeného, ak je právnická alebo fyzická osoba v omeškaní s úhradou odvodu podľa § 31 ods. 4 zákona o rozpočtových pravidlách verejnej správy, príslušná správa finančnej kontroly, prípadne Ministerstvo financií Slovenskej republiky (ak rozhodnutie vydalo Ministerstvo financií Slovenskej republiky), zabezpečia, že suma úroku z omeškania je príjmom osobitného účtu ministerstva financií vedeného v Štátnej pokladnici.
Vrátenie prostriedkov do rozpočtu Európskej únie vykonáva certifikačný orgán, a to buď započítaním týchto prostriedkov do najbližšej žiadosti o platbu na Európsku komisiu alebo platobným príkazom na účet Európskej komisie.
K § 43
Osobitne je upravené vysporiadanie finančných vzťahov v rámci EPFRV s dôrazom na potrebu započítania pohľadávok v zmysle pravidiel finančného riadenia spoločnej poľnohospodárskej politiky. V zmysle požiadaviek nariadení EK členský štát započíta všetky ešte neuhradené dlhy prijímateľa, ktoré sa stanovili v súlade s vnútroštátnymi právnymi predpismi, voči akejkoľvek budúcej platbe, ktorú uhrádza platobná agentúra zodpovedná za vymáhanie dlhu prijímateľa. Odlišne sú upravené pravidlá pri vrátení finančných prostriedkov prijímateľom a vysporiadanie neoprávnene vyplatených prostriedkov Európskej únie do všeobecného rozpočtu Európskej únie.
K § 44
Vzhľadom na osobitné podmienky nakladania a správy pohľadávok štátu pri hospodárení s prostriedkami Európskej únie a prostriedkov spolufinancovania zo štátneho rozpočtu podľa príslušných ustanovení nariadenia EP a Rady (EÚ) č. 1303/2013 a delegovaných a implementačných aktov EK sa ustanovujú povinnosti pre poskytovateľa písomnou výzvou na úhradu oznámiť dlžníkovi, že eviduje voči nemu pohľadávku, upozorniť ho na následky neuhradenia pohľadávky. Osobitná evidencia všetkých pohľadávok zo zmluvy bude vedená v informačnom monitorovacom systéme najskôr od 1. januára 2016 v nadväznosti na znenie čl. 122 ods. 3 nariadenia EP a Rady EÚ č. 1303/2013 a ďalšie ustanovenia citovaného nariadenia k finančnému riadeniu, pričom najneskôr do 31. decembra 2015, resp. do termínu sprístupnenia súvisiacich funkcionalít informačného monitorovacieho systému a jeho prepojenia na informačný systém účtovníctva fondov Európskej únie, budú pohľadávky evidované manuálne v informačnom systéme účtovníctva fondov Európskej únie a výzva, resp. žiadosť o vrátenie príspevku predkladaná poskytovateľom platobnej jednotke a certifikačnému orgánu len v listinnej podobe.
Zároveň sa z dôvodu zamedzenia duplicitnej správy a nakladania s pohľadávkami štátu pre prípady porušenia finančnej disciplíny ustanovuje jednoznačný moment správy pohľadávky zo zmluvy do dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia o porušení finančnej disciplíny a odo dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia o porušení finančnej disciplíny, kedy sa správcom pohľadávky štátu stáva príslušná Správa finančnej kontroly a poskytovateľ už ďalej svoju pohľadávku zo zmluvy neuplatňuje a nevymáha.
V súvislosti s požiadavkami čl. 126 písm. h) nariadenia EP a Rady (EÚ) č. č. 1303/2013 a čl. 59 ods. 5 písm. a) nariadenia EP a Rady (EÚ) č. 966/2012 sa ustanovujú osobitné ustanovenia  o účtovaní pohľadávok z rozhodnutia a pohľadávok zo zmluvy. 
K § 45
Ustanovuje sa možnosť pre poskytovateľa uzavrieť s prijímateľom dohodu o splátkach alebo dohodu o odklade plnenia, a to na účely umožnenia vrátenia príspevku alebo jeho časti prijímateľovi, ktorý chce príspevok alebo jeho časť vrátiť v prípade, ak mu to bude umožnený odklad vrátenia alebo splátkový kalendár. Dohoda o splátkach a dohoda o odklade plnenia musia mať písomnú formu, inak sú neplatné. 
S výnimkou prijímateľa, ktorým je štátna rozpočtová organizácia, štátna príspevková organizácia alebo štátny fond, alebo s výnimkou dohody o splátkach uzatvorenej na základe právoplatného rozhodnutia, ktorým je uložený odvod za porušenie finančnej disciplíny Pôdohospodárskou platobnou agentúrou, poskytovateľ uzatvára notársku zápisnicu, v ktorej prijímateľ svoj dlh uznal a súhlasí s jej vykonateľnosťou v súlade s § 41 ods. 2 písm. c) zákona č. 233/1995 Z.z. o súdnych exekútoroch a exekučnej činnosti a o zmene a doplnení niektorých zákonov, ktorá je zároveň exekučným titulom.
Poskytovateľ môže dohody uzavrieť ak:
–       prijímateľ o uzatvorenie dohody o splátkach alebo dohody o odklade plnenia písomne požiada a svoju žiadosť odôvodní,
–       prijímateľ nie je schopný vrátiť príspevok alebo jeho časť na základe žiadosti o vrátenie finančných prostriedkov riadne a v lehote určenej v tejto žiadosti,
–       sú splátky dohodnuté na dobu maximálne 3 roky, resp. odklad plnenia dohodnutý na dobu maximálne jedného roka odo dňa nasledujúceho po uplynutí lehoty pre prijímateľa uvedenej vo výzve na vrátenie príspevku alebo jeho časti,
–        prijímateľ dlh písomne uznal vo forme notárskej zápisnice čo do výšky a dôvodu,
–       prijímateľovi by sa zaplatením celého dlhu naraz alebo neumožnením odkladu plnenia zhoršili jeho ekonomické alebo sociálne pomery,
–       prijímateľ sa v dohode o splátkach zaviaže, že ak nezaplatí niektorú splátku riadne a včas, celý dlh sa stane naraz splatným, pod spojením ,,celý dlh“ sa rozumie suma/výška neuhradenej pohľadávky a príslušenstvo k pohľadávke,
–        sú dodržané ustanovenia osobitných predpisov v oblasti štátnej pomoci.
Spísanie notárskej zápisnice sa nevyžaduje pri prijímateľoch, ktorí sú štátnou rozpočtovou organizáciou, štátnou príspevkovou organizáciou alebo štátnym fondom, nakoľko tieto subjekty spravujú majetok vo vlastníctve štátu, a ten je možné exekvovať len za podmienok ustanovených v zákone NR SR č. 233/1995 Z.z. Spísanie notárskej zápisnice by teda bolo v takýchto prípadoch zbytočné. 
Ustanovuje sa povinnosť prijímateľa uhradiť náklady spojené so spísaním notárskej zápisnice v súlade s Vyhláškou Ministerstva spravodlivosti Slovenskej republiky č. 31/1993 Z. z. o odmenách a náhradách notárov v znení neskorších predpisov.
Ustanovuje sa povinnosť poskytovateľovi účtovať prijímateľovi, ktorý je príjemcom štátnej pomoci podľa osobitných predpisov úroky z omeškania vo výške príslušnej sadzby určenej Európskou komisiou platnej v deň podpisu dohody o splátkach. Úroky z omeškania riadiaci orgán vypočíta v súlade s metodikou Európskej komisie uvedenej v Oznámení Komisie o revízii spôsobu ustanovenia referenčných a diskontných sadzieb (2008/C 14/02), uverejnenej v Úradnom vestníku Európskej únie (Ú. v. EÚ C 14/6, 19. 1. 2008). V prípade neúčtovania týchto úrokov, išlo by o poskytnutie štátnej pomoci prijímateľovi. Úrok z omeškania účtovaný poskytovateľom v prípade dohody o splátkach alebo dohody o odklade plnenia odvádza prijímateľ v zodpovedajúcom podiele za schválené prostriedky EÚ certifikačným orgánom na osobitný účet ministerstva financií vedený v Štátnej pokladnici,  v zodpovedajúcom podiele za neschválené prostriedky EÚ certifikačným orgánom a za prostriedky štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky.
Navrhovanou úpravou sa stanovuje kompetencia riadiaceho orgánu vymáhať príspevok alebo jeho časť (pohľadávku štátu) na základe notárskej zápisnice, ktorá predstavuje exekučný titul podľa § 41 zákona č. 233/1995 Z. z. o súdnych exekútoroch a exekučnej činnosti a o zmene a doplnení ďalších zákonov v znení neskorších predpisov. Ak prijímateľ nezaplatí splátku riadne a včas, celý dlh sa v zmysle dohody o splátkach stáva splatným, resp. ak nezaplatí dlh v súlade s dohodou o odklade plnenia, poskytovateľ je oprávnený podať návrh na vykonanie exekúcie podľa zákona č. 233/1995 Z. z. o súdnych exekútoroch a exekučnej činnosti a o zmene a doplnení ďalších zákonov v znení neskorších predpisov. Ustanovenie sa v nadväznosti na odsek 2 nevzťahuje na prípady, ak je prijímateľom štátna rozpočtová organizácia, štátna príspevková organizácia alebo štátny fond.
Ustanovuje sa, že v prípade ak poskytovateľ nepodá návrh na vykonanie exekúcie alebo vymáhanie nenávratného finančného príspevku alebo jeho časti v exekučnom konaní nebude úspešné, postupuje sa v súlade s § 31, ods. 10 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov, t.j. poskytovateľ dá podnet na začatie správneho konania.
K § 46
Ustanovujú sa pravidlá pre posudzovanie konfliktu záujmov v rámci celého procesu (príprava výzvy, rozhodovanie v konaní, príprava a realizácia projektu alebo projektového zámeru) poskytovania príspevkov z  EŠIF. Ustanovuje sa rozsah konfliktu záujmov, ktorý zahŕňa finančné, osobné, rodinné, politické alebo iné dôvody, ktoré môžu spôsobiť narušenie alebo ohrozenie nestranného, transparentného, nediskriminačného, efektívneho, hospodárneho, účelného a objektívneho výkonu funkcií pri poskytovaní pomoci z fondov EŠIF. Zároveň sa upravujú následky spojené s identifikáciou konfliktu záujmov v priebehu realizácie projektov, ktoré spočívajú najmä v oprávnení poskytovateľa rozhodnúť o neoprávnenosti výdavkov, odstúpení od zmluvy/vypovedaní zmluvy alebo postúpení podania orgánom činným v trestnom konaní alebo iných vecne príslušným subjektom.
K § 47
Pri poskytovaní pomoci z fondov EŠIF, kontrole a súvisiacich činnostiach sú orgány a osoby povinné spracovávať osobnú údaje v rozsahu nevyhnutnom na plnenie úloh podľa tohto zákona. Preto sa ustanovuje rozsah spracúvaných údajov, oprávnenia orgánov a osôb, ako aj pravidlá pre zverejňovanie osobných údajov a pravidlá pre umožňujúce nakladať s osobnými údajmi bez súhlasu dotknutých osôb. Navrhované ustanovenie je v súlade so zákonom o ochrane osobných údajov.
K § 48
Z dôvodu zvýšenia transparentnosti procesu poskytovania  príspevkov z EŠIF a zvýšenia priestoru pre verejnú kontrolu sa ustanovuje povinnosť zverejňovať zákonom ustanovené údaje. V predmetnom ustanovení sa zároveň zohľadňuje konkrétne plnenie povinností v oblasti zverejňovania údajov vyplývajúcich z  nariadenia (EÚ) č. 1303/2013. 
Zverejňovanie prijímateľov príspevku z Európskeho poľnohospodárskeho fondu pre rozvoj vidieka vyplýva z ustanovenia čl. 111 nariadenia (EÚ) č. 1306/2013, ktorý stanovuje náležitosti zverejňovania údajov. Časové aj obsahové náležitosti sú odchylné od úpravy odseku 1 a 2 tohto paragrafu, nesúvisia s rozhodovaním o žiadostiach, ako upravuje odsek 1 a 2 tohto paragrafu,  ale s objemom vyplatených platieb, ktoré jednotliví prijímatelia dostali v dotknutom rozpočtovom roku, a preto sa ustanovenia odseku 1 a 2 nepoužijú.
K § 49 
Ustanovuje sa informačný monitorovací systém, definuje sa a bližšie sa špecifikuje jeho obsah. Ustanovuje sa povinnosť pre zodpovedné orgány za riadenie a kontrolu príspevkov poskytovaných z  EŠIF pravidelne evidovať a aktualizovať údaje súvisiace s využívaním a kontrolou poskytnutých finančných prostriedkov, na základe ktorých je možné poskytovať aktuálny prehľad o čerpaných a vrátených príspevkoch z fondov EŠIF.
Ďalej sa ustanovuje povinnosť pre osoby žiadajúce o poskytnutie príspevku, respektíve osoby prijímajúce príspevok evidovať a aktualizovať údaje v informačnom monitorovacom systéme. Informačný a monitorovací systém zabezpečuje  komunikáciu s informačnými systémami Európskej komisie a s vnútroštátnymi informačnými systémami pre potreby poskytovania príspevku.
K § 50
Ustanovuje sa informačný systém účtovníctva fondov Európskej únie pre vedenie účtovníctva a evidenciu údajov podľa požiadaviek čl. 72 nariadenia EP a Rady (ES) č. 1303/2013. Ustanovuje sa povinnosť pre certifikačný orgán, Pôdohospodársku platobnú agentúru a platobnú jednotku viesť účtovníctvo a údaje súvisiace s finančným riadením operačného programu v informačnom systéme účtovníctva fondov Európskej únie. Ustanovenie definuje povinnosti pre certifikačný orgán a Pôdohospodársku platobnú agentúru pre EPFRV zabezpečovať vývoj a prevádzku informačného systému. 
K § 51
Ustanovujú sa prechodné ustanovenia s ohľadom na novelu zákona č. 523/2004 Z.z. v znení účinnom od 1.januára 2015 podľa čl. III.
K čl. II
K bodu 1 (poznámka pod čiarou 1)
Ide o legislatívno - technickú úpravu z dôvodu doplnenia ďalších nariadení a predpisov, ktoré súvisia s verejnými prostriedkami, s ktorými hospodária orgány verejnej správy SR v nadväznosti na prípravu programového obdobia 2014-2020.
K bodu 2 (§ 1 ods. 2 druhá veta) 
Ide o rozšírenie definície tretej osoby o osoby disponujúcej dokumentmi, informáciami či inými podkladmi relevantnými pre výkon finančnej kontroly, vnútorného auditu a vládneho auditu, napríklad subdodávatelia.
K bodu 3 (poznámky pod čiarou 5 a 6)
Ide o legislatívno - technickú úpravu z dôvodu doplnenia ďalších nariadení a predpisov, ktoré súvisia s verejnými prostriedkami, s ktorými hospodária orgány verejnej správy SR v nadväznosti na prípravu programového obdobia 2014-2020.
K bodu 4  
Zmenu navrhujeme z dôvodu jednoznačnosti výkladu pojmu finančná operácia a povinností vyplývajúcich v súvislosti s finančnou operáciou pre orgán verejnej správy. Finančnú operáciu je potrebné overovať predbežnou finančnou kontrolou v celom jej priebehu a v prípade zistení nedostatkov je nutné zastaviť len tú časť finančnej operácie, kde bol zistený nedostatok. Finančná operácia sa z časového hľadiska realizuje vo viacerých fázach, (napríklad pred podpisom zmluvy, pred uskutočnením platby) pred vstupom do záväzku, ale aj po vstupe do záväzku teda predbežnú finančnú kontrolu je potrebné vykonávať počas celej doby trvania finančnej operácie až do naplnenia všetkých podmienok, za ktorých boli verejné prostriedky poskytnuté, použité alebo majú byť prijaté.
K bodu 5 (§ 2 ods. 2 písm. a) piaty bod)
Dopĺňajú sa všetky povinnosti finančného riadenia a finančnej kontroly dodržiavať a overovať hospodárnosť, efektívnosť, účinnosť a účelnosť pri hospodárení s verejnými prostriedkami.
K bodu 6 (§ 2 ods. 2 písm. c))
Zmenu navrhujeme z dôvodu jednoznačného vymedzenia povinností pre orgány verejnej správy, ktoré hospodária s verejnými prostriedkami. Pre účely tohto zákona sa verejnými prostriedkami myslia aj prostriedky poskytnuté SR na základe medzinárodných zmlúv. Definícia orgánu verejnej správy, nejednoznačne určovala orgány, ktoré hospodária s prostriedkami poskytnutými na základe medzinárodných zmlúv. 
K bodu 7 (§ 2 ods. 2 písm. d))
Dopĺňajú sa všetky povinnosti finančného riadenia a finančnej kontroly dodržiavať a overovať hospodárnosť, efektívnosť, účinnosť a účelnosť pri hospodárení s verejnými prostriedkami.
K bodu 8 (§ 2 ods. 2 písm. f))
Doplnenie definície osôb v nadväznosti na pripravovanú novelu pokiaľ orgán verejnej správy poskytuje verejné prostriedky, orgánu verejnej správy, právnickej a fyzickej osobe formou dotácie, nenávratného finančného príspevku a podobne.
K bodu 9 (§ 2 ods. 2 písm. k)) 
Ide o zosúladenie obsahu zákona, nakoľko finančnou kontrolou podľa § 2 ods. 1 písm. a) sa overuje aj poskytnutie verejných prostriedkov.
K bodu 10           (§ 2 ods. 2 písm. l)) 
Ide o zosúladenie legislatívy Slovenskej republiky s legislatívou EÚ bod 2, článok 30, kapitola 7 Zásady riadneho finančného hospodárenia, nariadenia Európskeho parlamentu a rady (EÚ, EURATOM) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vťahujú na všeobecný rozpočet Únie, a zrušení nariadení rady (ES, Euratom) č. 1605/2002: „Zásada hospodárnosti vyžaduje, aby prostriedky, ktoré používa inštitúcia na výkon svojich činností, boli dané k dispozícii v správnom čase, vo vhodnom množstve a kvalite a za najlepšiu cenu.“.
K bodu 11           (§ 3 písm. b)) 
Ide o legislatívno - technickú úpravu.
K bodu 12           (§ 3 písm. c) druhý bod) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 13           (poznámka pod čiarou 12c)
Ide o legislatívno - technickú úpravu z dôvodu doplnenia ďalších nariadení a predpisov, ktoré súvisia s verejnými prostriedkami, s ktorými hospodária orgány verejnej správy SR v nadväznosti na prípravu programového obdobia 2014-2020.
K bodu 14           (poznámka pod čiarou 12d)
Ide o legislatívno - technickú úpravu z dôvodu doplnenia ďalších nariadení a predpisov, ktoré súvisia s verejnými prostriedkami, s ktorými hospodária orgány verejnej správy SR v nadväznosti na prípravu programového obdobia 2014-2020.
K bodu 15           (§ 3 písm. h))
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 16           (§ 4 písm. a)) 
Dopĺňajú sa všetky povinnosti finančného riadenia a finančnej kontroly dodržiavať a overovať hospodárnosť, efektívnosť, účinnosť a účelnosť pri hospodárení s verejnými prostriedkami.
K bodu 17           (§ 4 písm. b)) 
Upresňujú sa ciele finančnej kontroly aj vzhľadom na ustanovenia § 2 ods.1, povinnosti vyplývajúce z legislatívy EÚ (nar. 966/2012, nar. 1030/2013, nar. 1083/2006 alebo nar. 1828/20016 a súvisiace predpisy EÚ) ako aj zo zákona č. 528/2008 o pomoci a podpore poskytovanej z Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov a zákona o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných fondov a o zmene a doplnení niektorých zákonov.
K bodu 18           (§ 4 písm. c)) 
Dopĺňajú sa všetky povinnosti finančného riadenia a finančnej kontroly dodržiavať a overovať hospodárnosť, efektívnosť, účinnosť a účelnosť pri hospodárení s verejnými prostriedkami.
K bodu 19            (§ 4 písm. e) a f))
Upresňujú sa ciele finančnej kontroly aj vzhľadom na ustanovenia § 2 ods.1, povinnosti vyplývajúce z legislatívy EÚ (nar. 966/2012, nar. 1030/2013, nar. 1083/2006 alebo nar. 1828/2006 a súvisiace predpisy EÚ) ako aj zo zákona o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných fondov a o zmene a doplnení niektorých zákonov alebo zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov.
K bodu 20           (§ 5 odsek 2) 
Zámerom je umožniť orgánom verejnej správy SR pri vykonávaní predbežnej finančnej kontroly vykonať kontrolu na mieste u osoby, ktorej sa majú poskytnúť, alebo sa poskytujú verejné prostriedky. Vykonať kontrolu na mieste nie je povinnosť orgánu verejnej správy ale iba možnosť a môže sa využívať v prípadoch, ak je potrebné overiť splnenie podmienok poskytnutia verejných prostriedkov ešte predtým ako ich orgán verejnej správy poskytne alebo ich už poskytol a overiť si skutočnosti deklarované kontrolovanou osobou (napr. v žiadosti o platbu).
Táto zmena si vyžiadala bližšie špecifikovať postup výkonu predbežnej finančnej kontroly, ktorá sa delí na administratívnu kontrolu (tzv. kontrola dokladov, kontrola od stola), ktorá sa vykonáva ako vnútorná administratívna kontrola alebo ako administratívna kontrola kontrolovanej osoby a na kontrolu na mieste, ktorá sa vykonáva u kontrolovanej osoby. 
K bodu 21           (§ 6 odsek 1)
Ustanovením sa určuje, že predbežnou finančnou kontrolou vykonávanou ako administratívna kontrola orgán verejnej správy musí overiť všetky finančné operácie alebo ich časti – tzv. 100% kontrola. Kontrola na mieste nie je povinná a orgán verejnej správy si môže vybrať, ktorú finančnú operáciu alebo jej časť pôjde overiť na miesto.
K bodu 22           (§ 6 ods. 3) 
Ide o povinnosť dodržiavať nezávislosť od predbežnej a priebežnej finančnej kontroly iba tých zamestnancov kontrolného orgánu, ktorí vykonávajú následnú finančnú kontrolu.
K bodu 23           (§ 9 ods. 1 uvádzacia veta) 
Ide o zosúladenie aplikačnej praxe a výkladu zákona. Slovo pripravovaná navádzalo na výklad, že priebežná finančná kontrola sa vykonáva len raz vo fáze prípravy finančnej operácie. Navrhovanou zmenou sa upresňuje doterajší výklad zákona, že predbežnú finančnú kontrolu orgán verejnej správy vykonáva po celý čas trvania finančnej operácie. Finančná operácia sa z časového hľadiska realizuje vo viacerých fázach, (napríklad pred podpisom zmluvy, pred uskutočnením platby) pred vstupom do záväzku, ale aj po vstupe do záväzku teda celej doby trvania finančnej operácie až do naplnenia všetkých podmienok za ktorých boli verejné prostriedky poskytnuté, použité alebo majú byť prijaté. Ďalej ide o legislatívno - technickú úpravu predbežnej finančnej kontroly vzhľadom na definíciu uvedenú v § 5 ods. 2 a pojem finančná operácia v § 2 ods. 2 písm. k).
K bodu 24           (poznámka pod čiarou 13ab)
Ide o legislatívno - technickú úpravu z dôvodu doplnenia ďalších nariadení a predpisov, ktoré súvisia s verejnými prostriedkami, s ktorými hospodária orgány verejnej správy SR v nadväznosti na prípravu programového obdobia 2014-2020.
K bodu 25           (§ 9 ods. 1  písm. f))
Ide o legislatívno - technickú úpravu.
K bodu 26           (§ 9 ods. 1  písm. g))
Ide o legislatívno - technickú úpravu.
K bodu 27           (§ 9 ods.1 písm. h))
Predmetné ustanovenie navrhujeme z dôvodu, že podmienky, za ktorých sú verejné prostriedky poskytované môžu byť uvádzané aj v iných dokumentoch ako je vymenované v písmenách vyššie, napríklad výzva v prípade prostriedkov poskytnutých z fondov EÚ.
K bodu 28           (§9 ods. 2)
Predmetné ustanovenie navrhujeme z dôvodu zabezpečenia nezávislého, nestranného a objektívneho výkonu predbežnej finančnej kontroly. 
K bodu 29           (§ 9 ods. 3 a 4)
Ide o zosúladenie aplikačnej praxe a výkladu zákona. Slovo pripravovaná navádzalo na výklad, že priebežná finančná kontrola sa vykonáva len raz vo fáze prípravy finančnej operácie. Navrhovanou zmenou sa upresňuje doterajší výklad zákona, že predbežnú finančnú kontrolu orgán verejnej správy vykonáva po celý čas trvania finančnej operácie. Finančná operácia sa z časového hľadiska realizuje vo viacerých fázach, (napríklad pred podpisom zmluvy, pred uskutočnením platby) pred vstupom do záväzku, ale aj po vstupe do záväzku teda celej doby trvania finančnej operácie až do naplnenia všetkých podmienok za ktorých boli verejné prostriedky poskytnuté, použité alebo majú byť prijaté. Ďalej sa umožňuje prizvať k výkonu predbežnej finančnej kontroly zamestnancov iných orgánov verejnej správy alebo iných právnických osôb alebo fyzické osoby s ich súhlasom, ak je to odôvodnené osobitnou povahou finančnej operácie alebo jej časti. A v odseku 4 sa upresňuje, že vo finančnej operácii alebo jej časti je možné pokračovať po odstránení nedostatkov alebo po účinnom prijatí nápravných opatrení zistených predbežnou finančnou kontrolou.
K bodu 30           (§ 9 ods. 7 až 8)
Doplnenie odseku 7 navrhujeme z dôvodu zvýšenia ochrany verejných prostriedkov SR ako aj EÚ a ostatných finančných nástrojov. Doplnením odseku 8 sa zabezpečuje priložením relevantných príloh k podaniu na správne konanie jeho efektívnosť ako aj znížene zaťaženia kontrolovaných osôb viacerými kontrolami či auditmi. Nakoľko v praxi sa často krát stávalo, že na základe podaní zaslaných na správne konanie z dôvodu nedostatočných dôkazov a podkladov na začatie správneho konania, bola vykonaná ďalšia kontrola u kontrolovaných osôb alebo subjektov. 
K bodu 31           (§ 9a až 9d) 
Návrhom sa predbežná finančná kontrola vykonáva ako vnútorná administratívna kontrola, administratívna kontrola kontrolovanej osoby a kontrola na mieste. Vnútornou administratívnou kontrolou sa doterajší výkon predbežnej finančnej kontroly nemení.
Ustanovenia o  pravidlách na vykonávanie administratívnej kontroly kontrolovanej osoby a kontroly na mieste kontrolovanej osoby zahŕňajú práva a povinnosti zamestnancov orgánu verejnej správy, prizvaných osôb a taktiež práva a povinnosti kontrolovanej osoby. Ustanovenia vytvárajú podmienky pre riadny výkon administratívnej kontroly kontrolovanej osoby a kontroly na mieste. Povinnosti zamestnancov orgánu verejnej správy a prizvaných osôb, slúžia na zabezpečenie práv kontrolovanej osoby a stanovenie pravidiel pre postup pri výkone administratívnej kontroly kontrolovanej osoby a kontroly na mieste. Všetky práva a povinnosti orgánu verejnej správy ako aj kontrolovanej osoby majú za cieľ splnenie podmienok pre objektívne posúdenie kontrolovaných skutočností a poskytnutie možnosti kontrolovanej osobe preukázať svoje tvrdenie a konanie pred ukončením kontrolného procesu, ktorý má priamy vplyv na finančnú operáciu (napríklad oprávnenosť výdavkov, alebo trvanie zmluvného vzťahu medzi orgánom verejnej správy a kontrolovanou osobou).
Ak dôjde k odobratiu originálov dokladov, písomností, záznamov dát na pamäťových médiách prostriedkov výpočtovej techniky, výstupov projektu a dokumentov zamestnanci orgánu verejnej správy, resp. prizvané osoby sú povinní vydať potvrdenie o odobratí originálov. Povinnosť uvedená v predchádzajúcej vete sa však nevzťahuje na dokumenty, výstupy projektu a iné odobraté originálne podklady kontrolovanej osoby, ktoré je kontrolovaná osoba povinná predkladať na základe zmluvného dojednania aj bez osobitného vyžiadania, napr. ako súčasť dokumentácie k žiadosti o platbu. Možnosť odoberať ďalšie dodatočné originálne doklady, podklady je nevyhnutná v niektorých prípadoch na správne stanovenie oprávnenosti výdavku, alebo ak je odôvodnená obava, že  by mohlo u kontrolovanej osoby dôjsť k manipulácii s dokumentmi a inými relevantnými informáciami. 
Orgán verejnej správy vypracuje z každej administratívnej kontroly kontrolovanej osoby a kontroly na mieste návrh správy a správu, príp. len správu v prípadoch, keď kontrolou neboli zistené nedostatky. Návrh správy a správa obsahuje všetky relevantné náležitosti stanovené týmto zákonom. Medzi najpodstatnejšie obsahové náležitosti patria závery z kontroly, opis zistených nedostatkov a opatrenia na nápravu zistených nedostatkov, ktoré majú priamy vplyv na výšku verejných výdavkov, ktoré budú alebo boli kontrolovanej osobe (napr. prijímateľovi) uhradené. Orgán verejnej správy je povinný doručiť kontrolovanej osobe návrh správy na vyjadrenie sa kontrolovanej osoby k zisteným nedostatkom, navrhnutým opatreniam a lehote stanovenej na prijatie navrhnutých opatrení. V prípade, že kontrolovaná osoba podá v lehote stanovenej orgánom verejnej správy námietky k vybraným skutočnostiam uvedeným v návrhu správy je orgán verejnej správy povinný preveriť opodstatnenosť týchto námietok a opodstatnené námietky zohľadniť v správe z administratívnej kontroly kontrolovanej osoby /správe z kontroly na mieste. V prípade zistenia porušenia podmienok, za ktorých môžu byť verejné prostriedky poskytnuté (napr. zakotvených v zmluvných dokumentoch alebo všeobecne záväzných právnych predpisoch) alebo v prípade nesplnenia povinností uložených kontrolovanej osobe orgán verejnej správy nevykoná alebo nepokračuje vo finančnej operácii alebo jej časti (napr. podľa zákona o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných fondov a o zmene a doplnení niektorých zákonov pozastaví financovanie projektu, zamietne žiadosť o platbu, alebo zníži výšku žiadaných výdavkov, alebo posúdi žiadané výdavky v žiadosti o platbu ako neoprávnené, odstúpi od zmluvy). Administratívna kontrola kontrolovanej osoby/kontrola na mieste je ukončená zaslaním správy z administratívnej kontroly kontrolovanej osoby/kontroly na mieste kontrolovanej osobe.
Kontrolu na mieste vykonávajú zamestnanci orgánu verejnej správy, ak sa tak orgán verejnej správy rozhodne. Výkon kontroly na mieste je podmienený existenciou  písomného poverenia vedúcim zamestnancom orgánu verejnej správy, čím sa vylučuje možnosť zneužitia právomoci konkrétneho zamestnanca orgánu verejnej správy, ktorému uvedená činnosť nevyplýva z pracovného zaradenia a môže vykonávať len činnosti v rozsahu stanovenom v poverení. Z poverenia musí byť zrejmé, ktoré osoby sú oprávnené na výkon kontroly, kto je kontrolovanou osobou, čo bude predmetom kontroly. Poverenie musí byť vyhotovené v písomnej forme podpísané a datované. Predmetom kontroly na mieste môže byť akákoľvek skutočnosť, ktorá má priamy alebo nepriamy vplyv na finančnú operáciu financovanú z fondov EÚ, ostatných finančných nástrojov alebo štátneho rozpočtu. Spravidla sa kontrolou na mieste overuje skutočné dodanie tovarov, služieb a prác, overuje sa účtovníctvo kontrolovanej osoby, personálne výdavky, napĺňanie horizontálnych princípov, súlad realizácie finančnej operácie s podmienkami dohodnutými v zmluve a pod. Overuje sa celkový súlad výdavkov a skutočností deklarovaných zo strany kontrolovanej osoby so skutočnosťou. Kontrola na mieste sa spravidla vykonáva na vzorke výdavkov kontrolovanej osoby, čo ale nebráni orgánu verejnej správy, aby v prípade pochybnosti vykonal 100% kontrolu všetkých výdavkov finančnej operácie. Kontrolou na mieste je orgán verejnej správy oprávnený overovať finančnú operáciu alebo jej časť (jednotlivé žiadosti o platbu a iné relevantné dokumenty) aj opakovane, pokiaľ je to potrebné pre správne stanovenie oprávnenosti výdavkov, alebo je výkon uvedenej činnosti potrebný z iných relevantných dôvodov, napr. podozrenie z podvodu, nezrovnalosti, žiadosť Európskej komisie, vnútroštátnych orgánov.
Zamestnanci orgánu verejnej správy, resp. prizvané osoby sú pri kontrole na mieste oprávnené na vstup do objektu, zariadenia, prevádzky, dopravného prostriedku ako aj do obydlia a na pozemok kontrolovanej osoby, pokiaľ je to nevyhnutné na plnenie úloh podľa tohto zákona. Tento vstup je možný len do priestorov, ktoré súvisia s realizáciou finančnej operácie kontrolovanej osoby, na podnikanie alebo vykonávanie inej hospodárskej činnosti.
Základné práva a povinnosti uvedené pri administratívnej kontrole kontrolovanej osoby, alebo pri kontrole na mieste sa vzťahujú aj na prizvané osoby. 
§ 9c určuje povinnosti tretej osoby pri poskytovaní súčinnosti orgánu verejnej správy.
K bodu 32           (§ 10 ods. 1)
Ide o legislatívno – technickú úpravu z dôvodu zosúladenia znenia § 10 ods. 1 s § 6 ods. 2, kde je uvedené, že priebežnou finančnou kontrolou možno overiť finančnú operáciu alebo jej časť, vybranú vedúcim zamestnancom orgánu verejnej správy.
K bodu 33           (§ 10 ods. 2 až 4)
Ide o zosúladenie aplikačnej praxe a výkladu zákona. Slovo pripravovaná navádzalo na výklad, že priebežná finančná kontrola sa vykonáva len raz vo fáze prípravy finančnej operácie. Navrhovanou zmenou sa upresňuje doterajší výklad zákona, že predbežnú finančnú kontrolu orgán verejnej správy vykonáva po celý čas trvania finančnej operácie. Finančná operácia sa z časového hľadiska realizuje vo viacerých fázach, (napríklad pred podpisom zmluvy, pred uskutočnením platby) pred vstupom do záväzku, ale aj po vstupe do záväzku teda celej doby trvania finančnej operácie až do naplnenia všetkých podmienok, za ktorých boli verejné prostriedky poskytnuté, použité alebo majú byť prijaté.
K bodu 34       ( § 13 ods. 1 písm. e))
Ide o legislatívno - technickú úpravu. Na základe návrhu je možné od tretej osoby vyžadovať originály dokladov. 
K bodu 35            ( § 13 ods. 2 písm. a))
Ide o zavedenie povinnosti zamestnancov kontrolného orgánu vopred oznámiť výkon následnej finančnej kontroly aj tretej osobe. 
Zmenou sa navrhuje umožniť počas výkonu následnej finančnej kontroly alebo vládneho auditu vstupovať do objektu, prevádzky, zariadenia a podobne aj pri tretej osobe, kontrolným orgánom alebo auditujúcim orgánom. Uvedené z legislatívy EÚ čl. 194 nariadenia 966/2012 kde je uvedené, že: „V každej dohode medzi Komisiou a subjektom uvedeným v článku 185 alebo v dohode alebo rozhodnutí o grante sa výslovne stanoví, že Komisia a Dvor audítorov majú právomoc na základe dokumentov a na mieste vykonať audit všetkých dodávateľov a subdodávateľov, ktorí získali finančné prostriedky Únie.“.
K bodu 36            (§ 14a)
Zmenou sa navrhuje umožniť počas výkonu následnej finančnej kontroly alebo vládneho auditu vstupovať do objektu, prevádzky, zariadenia a podobne aj pri tretej osobe, kontrolným orgánom alebo auditujúcim orgánom. Uvedené z legislatívy EÚ čl. 194 nariadenia 966/2012 kde je uvedené, že: „V každej dohode medzi Komisiou a subjektom uvedeným v článku 185 alebo v dohode alebo rozhodnutí o grante sa výslovne stanoví, že Komisia a Dvor audítorov majú právomoc na základe dokumentov a na mieste vykonať audit všetkých dodávateľov a subdodávateľov, ktorí získali finančné prostriedky Únie.“.
K bodu 37           (§ 26 ods. 2) 
Ide o legislatívno - technickú úpravu.
K bodu 38           (poznámka pod čiarou 18ab)
Ide o legislatívno - technickú úpravu z dôvodu doplnenia ďalších nariadení a predpisov, ktoré súvisia s verejnými prostriedkami, s ktorými hospodária orgány verejnej správy SR v nadväznosti na prípravu programového obdobia 2014-2020.
K bodu 39           (poznámka pod čiarou 18af)
Ide o legislatívno - technickú úpravu z dôvodu doplnenia ďalších nariadení a predpisov, ktoré súvisia s verejnými prostriedkami, s ktorými hospodária orgány verejnej správy SR v nadväznosti na prípravu programového obdobia 2014-2020.
K bodu 40           (§ 35c ods. 3) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 41           (§ 35c ods. 5) 
Ide o zníženie administratívnej záťaže a zefektívnenie administrácie uvedených povinností.
K bodu 42           (§ 35c ods. 6) 
Ide o zníženie administratívnej záťaže a zefektívnenie administrácie uvedených povinností.
K bodu 43           (§ 35c ods. 9) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 44           (§ 35c ods. 12) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu a o zníženie administratívnej záťaže a zefektívnenie administrácie uvedených povinností.
K bodu 45           (§ 35c ods. 16) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 46           (§ 35d ods. 2) 
Navrhovanou zmenou sa aplikujú ustanovenia o predpojatosti vládnych audítorov počas výkonu vládneho auditu.
K bodu 47           (§ 35e ods. 2) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 48           (§ 35e ods. 3 písm. a)) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu a zosúladenie so znením § 35d ods. 5 písm. a).
K bodu 49           (§ 35e ods. 4) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 50           (§ 35g ods. 5)
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 51           (§ 36 ods. 1 uvádzacia veta)
Ide o legislatívno – technickú úpravu z dôvodu vynútiteľnosti uplatňovať povinnosti vyplývajúce zo zákona pre kontrolovanú osobu a tretiu osobu počas výkonu administratívnej kontroly kontrolovanej osoby a kontroly na mieste.
K bodu 52           (§ 36 ods. 1 písm. a)) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu z dôvodu vynútiteľnosti uplatňovať povinnosti vyplývajúce zo zákona pre kontrolovanú osobu počas výkonu predbežnej finančnej kontroly.
K bodu 53           (§ 36 ods. 1 písm. b))
Ide o legislatívno – technickú úpravu z dôvodu vynútiteľnosti uplatňovať povinnosti vyplývajúce zo zákona pre kontrolovanú osobu a tretiu osobu počas výkonu predbežnej finančnej kontroly.
K bodu 54           (§ 36 ods. 3)
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 55           (§ 36 ods. 6)
Ide o legislatívno – technickú úpravu z dôvodu vynútiteľnosti uplatňovať povinnosti vyplývajúce zo zákona pre kontrolovanú osobu a tretiu osobu počas výkonu predbežnej finančnej kontroly.
K bodu 56           (§ 36 ods. 7) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu z dôvodu zabezpečenia vynútiteľnosti uplatňovať povinnosti vyplývajúce zo zákona pre kontrolovanú osobu a tretiu osobu počas výkonu predbežnej finančnej kontroly.
K bodu 57           (§ 37 ods. 3) 
Ide o legislatívno – technickú úpravu.
K bodu 58           (§ 38 ods. 1)
Ide o legislatívno – technickú úpravu z dôvodu možnosti uplatňovať pre orgán verejnej správy vykonávajúci predbežnú finančnú kontrolu povinnosti vyplývajúce zo zákona pre kontrolovanú osobu a tretiu osobu počas výkonu predbežnej finančnej kontroly voči orgánu verejnej správy počas výkonu predbežnej finančnej kontroly.
K bodu 59           (§ 41d )
Prechodné ustanovenie pre výdavky programového obdobia 2007-2013 ktorých spôsob výkonu kontroly zostáva zachovaný tak ako platil pred účinnosťou tejto novely zákona. Kontrola všetkých ostatných verejných výdavkov sa riadi postupmi výkonu kontroly účinnými od 1. novembra 2014.

K čl. III
K bodom 1 až 5
Z dôvodu zmeny finančných tokov a efektívnejšieho čerpania prostriedkov Európskej únie v novom programovom období 2014 – 2020, ako aj z dôvodu nových úprav v zákone č. 528/2008 Z. z., sa vytvára legislatívny priestor na to, aby sa postup pri úhrade odvodu finančných prostriedkov za porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami Európskej únie a prostriedkami štátneho rozpočtu určenými na financovanie spoločných programov Slovenskej republiky sa realizoval podľa osobitných predpisov.
K bodu 2 - vstupom do ustanovenia § 20 ods. 2 sa reaguje na novú úpravu, týkajúcu sa spôsobu poskytovania príspevkov z európskych štrukturálnych a investičných fondov. 
K bodu 4 - úpravou ustanovenia § 31 ods. 13 sa vytvára legislatívny priestor pre správny orgán, ktorým je Pôdohospodárska platobná agentúra, na neukladanie sankcie, ak suma nepresiahne 100 euro v nadväznosti na úpravu v § 33 ods. 2 navrhovaného zákona o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných fondov.
K čl. IV
K bodu 1
Vzhľadom k príprave nového zákona na programové obdobie 2014 – 2020 (vzhľadom k novým pravidlám legislatívy EÚ) sa ustanovuje, že zákon 528/2008 Z. z. sa vzťahuje výlučne na poskytovanie podpory a pomoci v rámci programového obdobia 2007 – 2013. 
K bodu 2 
Aby Slovenská republika mohla napĺňať povinnosti vyplývajúce z nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ, EURATOM) č. 966/2012 o rozpočtových pravidlách, ktoré sa vzťahujú na všeobecný rozpočet Únie, a zrušení nariadenia Rady (ES, Euratom) č. 1605/2002 a zároveň povinnosti vyplývajúce z nariadenia Komisie (ES, Euratom) č. 1302/2008 o centrálnej databáze vylúčených subjektov, je potrebné doplnenie výkonu funkcie styčného miesta pre napĺňanie povinností na úrovni Slovenskej republiky.
K bodu 3
Upresňujú sa subjekty vzhľadom na výkon certifikačného overovania, ktorým sa overuje správnosť postupu riadiacich orgánov, sprostredkovateľských orgánov pod riadiacimi orgánmi a platobných jednotiek pri poskytovaní príspevkov. 
K bodu 4
Upresňuje sa znenie § 24 ods. 1 vzhľadom na znenie § 31 ods. 13 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
K bodom 5 a 6
Upresňuje sa znenie § 24 ods. 4 a 5 v prípade porušenia finančnej disciplíny prijímateľom  vzhľadom na prechod záložného práva na správcu pohľadávky štátu, ktorým je správa finančnej kontroly. 
K bodom  7 až 9 a 20
Zosúlaďuje sa činnosť a právomoci certifikačného orgánu vo vzťahu k prijímateľom, resp. partnerom projektu. Certifikačný orgán overuje činnosť riadiaceho orgánu, prípadne platobnej jednotky pri poskytovaní príspevku, pričom súčasťou tohto overovania je (okrem iného) aj posúdenie, či riadiaci orgán, resp. platobná jednotka správne overili podklady predložené prijímateľom, správne overili výdavky, správne posúdili verejné obstarávanie atď. Pri tomto overovaní však nie je potrebná súčinnosť prijímateľa a partnera. Z tohto dôvodu, aj s cieľom zníženia administratívnej záťaže prijímateľov a partnerov, dochádza k úprave predmetných ustanovení.  
K bodu 10
Na základe potrieb aplikačnej praxe a s cieľom predchádzaniu bránenia vyšetrovania trestných činov sa ustanovuje, že správa o zistenej nezrovnalosti sa nepredkladá riadiacemu orgánu (prípade sprostredkovateľskému orgánu pod riadiacim orgánom, ak vykonáva činnosti v rámci splnomocnenia riadiaceho orgánu) v prípade, ak zamestnanec, štatutárny orgán, resp. osoba konajúca v mene riadiaceho orgánu je podozrivá zo spáchania trestného činu.
K bodu 11 
Vzhľadom na to, že na účely komplexného prístupu k vysporiadaniu finančných vzťahov sa precizuje znenie § 28 ods. 8 a celý § 28 sa tak bude vzťahovať aj na vysporiadanie v prípade porušenia pravidiel a postupov verejného obstarávania, výnimka v § 27a ods. 1 už nie je potrebná. 
K bodom 12 až 14
Precizujú sa ustanovenia o vzájomnom započítaní pohľadávok riadiaceho orgánu z príspevku alebo jeho časti voči pohľadávke prijímateľa na poskytnutie príspevku alebo jeho časti. Zmeny vyplývajú z potrieb aplikačnej praxe. Ustanovuje sa, že prijímateľ v žiadosti o platbu a oznámení o vysporiadaní finančných vzťahov môže požiadať o vykonanie vzájomného započítania. Ustanovuje sa, že vzájomne započítať je možné aj pohľadávky vzniknuté z porušenia, resp. nesplnenia podmienok zmluvy o poskytnutí nenávratného finančného príspevku. V prípade jednostranného vzájomného započítania zo strany poskytovateľa, poskytovateľ je povinný oznámiť prijímateľovi pripravované vykonanie vzájomného započítania, v prípade, ak prijímateľ s jednostranným započítaním nesúhlasí, je povinný to oznámiť poskytovateľovi do troch dní odo dňa doručenia oznámenia a poskytovateľ využije iné možnosti vysporiadania finančných vzťahov podľa podmienok zmluvy, podľa tohto zákona alebo podľa § 31 ods. 10 zákona č. 523/2004 Z.z.
K bodu 15
Ustanovuje sa možnosť vzájomného započítania aj pre program cezhraničnej spolupráce SR – ČR ako aj pre program INTERACT II.
K bodom 16 a 17
Upresňuje sa povinnosť vrátenia prostriedkov zo strany prijímateľa podľa jednotlivých zdrojov financovania. Prostriedky schválené certifikačným orgánom za zdroj EÚ sa budú vracať na mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR, prostriedky za zdroj EÚ, ktoré ešte neboli schválené zo strany certifikačného orgánu a prostriedky štátneho rozpočtu sa budú vracať do rozpočtu príslušnej platobnej jednotky, ktorá ich poskytla. Dôjde tak k efektívnejšej administrácii vrátených prostriedkov zo strany certifikačného orgánu a platobných jednotiek. 
Uvedený postup platí aj v prípade odvodu za porušenie finančnej disciplíny pri hospodárení s prostriedkami Európskej únie a prostriedkami spolufinancovania zo štátneho rozpočtu s výnimkou užívateľa v rámci realizovaného národného projektu prijímateľom, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny. Takýto užívateľ odvádza prostriedky Európskej únie a prostriedky štátneho rozpočtu na samostatný mimorozpočtový účet prijímateľa, ktorým je Ústredie práce, sociálnych vecí a rodiny.
K bodu 18
Na základe potrieb praxe sa rozširuje sa možnosť vyspriadania finančných vzťahov, a to okrem dohody o splátkach aj dohodou o odklade plnenia. Zároveň sa predlžuje možnosť uzatvorenia dohody o splátkach až na tri roky. V § 28a sa pod spojením „celý dlh“ sa rozumie suma/výška neuhradenej pohľadávky a príslušenstvo k pohľadávke.
Úrok z omeškania účtovaný riadiacim orgánom v prípade dohody o splátkach alebo dohody o odklade plnenia odvádza prijímateľ v zodpovedajúcom podiele za schválené prostriedky EÚ certifikačným orgánom na osobitný účet ministerstva financií vedený v Štátnej pokladnici,  v zodpovedajúcom podiele za neschválené prostriedky EÚ certifikačným orgánom a za prostriedky štátneho rozpočtu na príjmový účet platobnej jednotky.
K bodu 19
Ustanovenie povinnosti vedenia evidencie pohľadávok v informačnom systéme je reflektovaním aktuálneho stavu ich vedenia, ktoré sa v súčasnosti vykonáva týmto spôsobom. Navrhovanou právnou úpravou sa nemení rozsah alebo spôsob evidencie pohľadávok v informačnom systéme v porovnaní s existujúcim skutkovým stavom a táto zmena nevyžaduje úpravy ani ďalšie doplnenia funkcionalít informačného systému nad existujúci rozsah.
Z dôvodu zamedzenia duplicitnej správy a nakladania s pohľadávkami štátu pre prípady porušenia finančnej disciplíny sa ustanovuje jednoznačný moment správy pohľadávky štátu do dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia o porušení finančnej disciplíny. Odo dňa nadobudnutia právoplatnosti rozhodnutia o porušení finančnej disciplíny, kedy sa správcom pohľadávky štátu stáva príslušná Správa finančnej kontroly a poskytovateľ už ďalej svoju pohľadávku neuplatňuje a nevymáha.
Zároveň sa ustanovuje postup pre správu finančnej kontroly v prípade rozhodovania o trvalom upustení od vymáhania pohľadávky z rozhodnutia za podmienok podľa osobitného predpisu (§ 6a ods. 6 zákona č. 278/1993 Z. z. v znení neskorších predpisov), kedy je nevyhnutné zohľadniť a rešpektovať kompetenciu Európskej komisie vyjadriť do jedného roka odo dňa predloženia výkazu podľa 59 ods. 5 písm. a) nariadenia EP a Rady (EÚ) č. 966/2012 stanovisko a požiadavku voči členskému štátu pokračovať v postupe vymáhania. 
K bodu 21
Upravuje sa spôsob vzájomného započítania pohľadávok z podpory.
K bodu 22
Ustanovujú sa prechodné ustanovenia s ohľadom na novelu zákona č. 523/2004 Z.z. v znení účinnom od 1.januára 2015 podľa čl. III.
K čl. V
Ustanovuje sa delená účinnosť, pričom tento zákon nadobudne účinnosť 1. novembra 2014, okrem čl. I § 42 ods. 8 a 9 a § 44 ods. 3, čl. III prvého, tretieho a piateho bodu a čl. IV sedemnásteho a devätnásteho bodu, ktoré nadobúdajú účinnosť 1. januára 2015.

[1] Nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1303/2013 zo 17.decembra 2013, ktorým sa stanovujú spoločné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde, Kohéznom fonde, Európskom poľnohospodárskom fonde pre rozvoj vidieka a Európskom námornom a rybárskom fonde a ktorým sa stanovujú všeobecné ustanovenia o Európskom fonde regionálneho rozvoja, Európskom sociálnom fonde, Kohéznom fonde a Európskom námornom a rybárskom fonde, a ktorým sa zrušuje nariadenie Rady (ES) č. 1083/2006 (Ú. v. EÚ L 347,20. 12. 2013).

[2] Vyhláška Štatistického úradu Slovenskej republiky č. 438/2004 Z. z., ktorou sa vydáva klasifikácia  štatistických územných jednotiek.