B. Osobitná časť

K Čl. I
 
K § 1
 
Verejná výskumná inštitúcia (ďalej len „v. v. i.”) je novým druhom právnickej osoby, ktorý sa zavádza do právneho poriadku Slovenskej republiky. Verejná výskumná inštitúcia sa ako právnická osoba bude zapisovať do registra verejných výskumných inštitúcií, ktorý bude viesť ministerstvo školstva.
 
Verejná výskumná inštitúcia bude považovaná za účtovnú jednotku, ktorá nie je založená na účel podnikania, v zmysle zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve i zákona č. 595/2003 Z. z. o dani z príjmov. 
 
Zákon výslovne požaduje, aby neoddeliteľnou súčasťou názvu verejnej v. v. i. bolo aj označenie, ktoré ju odlíši od iných typov právnických osôb a zároveň ju jednoznačne identifikuje u tretích osôb, ktoré budú vstupovať s v. v. i. do právnych vzťahov. Súčasťou názvu v. v. i. preto bude označenie „verejná výskumná inštitúcia“ alebo skratka „v. v. i.“. Iné osoby nebudú smieť používať toto označenie vo svojom názve alebo obchodnom mene (následkom bude uloženie pokuty)
 
Zákon bližšie charakterizuje hlavnú činnosť v. v. i., na vykonávanie ktorej sa v. v. i. zakladá. Hlavná činnosť zahŕňa uskutočňovanie výskumu, zabezpečovanie a správu infraštruktúry výskumu a vývoja. Ďalej sem spadajú činnosti ako šírenie výsledkov výskumu a vývoja [pod ktorou možno rozumieť najmä organizovanie (pravidelných i nepravidelných) vedeckých podujatí, vydávanie (periodickej i neperiodickej) vedeckej tlače], participácia v rámci doktorandského študijného programu (za podmienok zákona č. 131/2002 Z. z. o vysokých školách), ako aj spolupráca v oblasti vedy a techniky s vysokými školami a s ostatnými právnickými osobami uskutočňujúcimi výskum a vývoj. Do predmetu hlavnej činnosti v. v. i. rovnako patria osobitné činnosti, ktorých vykonávaním poverujú osobité predpisy menovite niektoré výskumné organizácie. Ako príklad možno uviesť zákon č. 49/2002 Z. z. o ochrane pamiatkového fondu, ktorý predpokladá možnosť výkonu určitých osobitných činností zo strany Archeologického ústavu SAV (napr. spolupráca s krajským pamiatkovým úradom alebo pamiatkovým úradom pri vypracovávaní podkladov na vyhlásenie veci za kultúrnu pamiatku podľa § 15 ods. 2, správcovstvo zo zákona k archeologickému nálezu podľa § 40 ods. 5 či vedenie evidencie archeologických nálezísk podľa § 41 ods. 1).
 
Do predmetu hlavnej činnosti v. v. i. nepatrí činnosť vývoja (§ 2 ods. 4 zákona č. 172/2005 Z. z. o organizácii štátnej podpory výskumu a vývoja. Toto riešenie nachádza svoje odôvodnenie v zásadách posudzovania štátnej podpory výskumu a vývoja v európskom práve, konkrétne v režime posudzovania prípustnosti štátnej pomoci [najmä články 107 a nasl. Zmluvy o fungovaní Európskej únie, nariadenie Komisie (EÚ) č. 651/2014 zo 17. júna 2014 o vyhlásení určitých kategórií pomoci za zlučiteľné s vnútorným trhom podľa článkov 107a 108 zmluvy a Oznámenie Komisie - Rámec pre štátnu pomoc na výskum, vývoj a inovácie 2014/C 198/01, (Ú. v. EÚ C 198, 27. 06. 2014, s. 1 - 29)]. Európsky režim posudzovania prípustnosti štátnej podpory výskumno-vývojových činností je postavený na zásade, podľa ktorej čím je podporovaná výskumno-vývojová činnosť vzdialenejšia od reálneho trhového uplatnenia, tým je pravdepodobnosť narušenia hospodárskej súťaže na trhu v jej dôsledku nižšia a štátna podpora takejto výskumno-vývojovej činnosti akceptovateľnejšia. Keďže výstupy činnosti vývoja môžu byť – na rozdiel od výstupov činnosti výskumu (základného alebo aplikovaného) – predmetom bezprostredného trhového využitia, štátna podpora činnosti vývoja by bola predmetom prísnejšieho posudzovania z pohľadu jej zlučiteľnosti s pravidlami o poskytovaní štátnej pomoci. 
            
Verejné výskumné inštitúcie sú však podľa tohto zákona oprávnené realizovať aj činnosť vývoja a inovácií, avšak iba v rámci oprávnenia pre v. v. i. vyplývajúce z § 2 zákona č. 172/2005 Z. z. alebo nepriamo, teda prostredníctvom iných právnických osôb, ktoré si v. v. i. založia alebo v ktorých nadobudnú majetkovú účasť za podmienok uvedených v tomto zákone. Navrhované vyčlenenie vývoja a inovácií má svoj dôsledok v oddelenom účtovníctve, vedení finančných prostriedkov na samostatnom účte a osobitnom ukazovateli vo výročnej správe. Zároveň ani podnikateľská činnosť, ani "objednávková" činnosť od subjektov verejnej správy ani vývoj a inovácie nebudú môcť byť financované z "prostriedkov rozpočtu verejnej správy určených na podporu výskumu".
 
K § 2
 
Verejná výskumná inštitúcia sa v rámci uskutočňovania vybraných predmetov hlavnej činnosti [§ 1 ods. 3 písm. a) až c) a e)] môže uchádzať o súťažné verejné prostriedky (dotácie) od orgánov verejnej správy alebo územnej samosprávy za podmienok vyplývajúcich z predpisov upravujúcich rezortné dotácie. Verejná výskumná inštitúcia je oprávnená uskutočňovať aj podnikateľskú činnosť, t.j. činnosť uskutočňovanú za účelom dosahovania zisku, taktiež v rámci vybraných predmetov hlavnej činnosti – písmená a) až c). Umožnením vykonávania podnikateľskej činnosti sa napĺňa jeden z deklarovaných zámerov prijatia novej právnej úpravy, a to zavedenie systému viaczdrojového financovania činnosti v. v. i. Podnikateľská činnosť je v texte právnej úpravy formulovaná ako oprávnenie, teda v. v. i. nie je zo svojej povahy povinná podnikateľskú činnosť uskutočňovať. Verejná výskumná inštitúcia je tiež oprávnená uskutočňovať aj vývoj a inovácie, a to ako činnosť z dotácií rezortov, ako podnikateľskú činnosť a ako projekty financované inak (ide o projekty podľa zákona č. 172/2005 Z. z. a projekty hradené zo štrukturálnych fondov). 
 
Uvedené oprávnenia je v. v. i. oprávnená realizovať iba za dodržania podmienok uvedených v zákone. Z nich je dôležité poukázať na to, že nesmie byť nimi ohrozená činnosť financovaná zo “základnej” ročnej finančnej podpory od zakladateľa z prostriedkov štátneho rozpočtu.
 
Zákon vymedzuje okruh základných povinností, ktoré právna úprava na v. v. i. kladie. Tieto povinnosti súvisia so skutočnosťou, že v. v. i. má verejný charakter a hlavným zdrojom financovania hlavnej činnosti sú verejné zdroje. Z uvedeného dôvodu právna úprava kladie dôraz na transparentnosť a informovanosť (spojenú s povinným zverejňovaním dosiahnutých výsledkov v. v. i. v rámci jej činnosti). Uvedeným spôsobom sa zároveň vytvoria podmienky pre kontrolu činnosti v. v. i. aj zo strany širokej verejnosti. 
 
Verejné výskumné inštitúcie sú povinné uverejňovať výsledky svojej hlavnej činnosti, a to: (i) vo výročnej správe v. v. i., ktorá sa zverejňuje vo verejnej časti registra účtovných závierok (zákon nevylučuje jej zverejňovanie aj na webovom sídle v. v. i.), (ii) na centrálnom informačnom portáli na poskytovanie služieb a informácií v oblasti výskumu a vývoja podľa § 26 zákona o organizácii štátnej podpory výskumu a vývoja (tým je v súčasnosti Centrálny informačný portál pre výskum, vývoj a inovácie, ktorého správcom je ministerstvo školstva).
            
Právna úprava ustanovuje tiež povinnosť pre v. v. i. poskytovať orgánom verejnej správy podklady určené osobitnými predpismi (§ 26 zákona č. 172/2005 Z. z.) ako aj poskytovať svojmu zakladateľovi potrebnú súčinnosť v podobe poskytovania podkladov, ktoré sú potrebné pre výkon právomoci zakladateľa vo vzťahu k v. v. i. v zmysle tohto zákona.
            
Keďže hlavná činnosť je prioritne financovaná z verejných zdrojov, verejnosť má právo a možnosť uvedeným spôsobom sa oboznamovať s dosiahnutými výsledkami v. v. i. Verejnou dostupnosťou výsledkov sa však nerozumie ich poskytovanie zdarma alebo zverejnenie ich podstaty (know-how), ale poskytnutie informácií o dosiahnutí týchto výsledkov a ich sprístupnenie vyššie uvedenou formou každému bez rozdielu za rovnakých podmienok. 
            
Z dôvodu lepšej a jednoduchšej verejnej kontroly a zvýšenia miery transparentnosti zákon požaduje, aby každá v. v. i. mala zriadené svoje webové sídlo, teda aby každá v. v. i. mala zriadenú a prevádzkovala funkčnú webovú stránku ako zdroj informácií o svojej činnosti.
            
Upravuje právo v. v. i. vybrané informácie nezverejniť, v prípade ak by ich zverejnenie mohlo byť na ujmu práv a právom chránených záujmov v. v. i.. Typicky pôjde o prípady ochrany práv duševného vlastníctva, kde predčasné zverejnenie informácií by mohlo ohroziť alebo poškodiť v. v. i., napr. v prípade konania o udelenie patentu, kde by dôsledkom mohla byť nepatentovateľnosť vynálezu. 
 
K § 3
 
Zákon taxatívne vymedzuje okruh subjektov, ktoré môžu mať právne postavenie zakladateľa v. v. i. v súlade so štruktúrou sektorov výskumu, a zároveň (v súvislosti s mechanizmom financovania v. v. i.) tak, aby išlo o subjekty, ktoré sú správcom kapitoly štátneho rozpočtu.  Zakladateľom v. v. i. môže byť ústredný orgán štátnej správy Slovenskej republiky a Slovenská akadémia vied.
 
V rámci úloh zakladateľa sa ako lex specialis k zákonu o správe majetku štátu upravuje možnosť vložiť do v. v. i. pri jej založení majetok štátu, a to za rovnakých podmienok, ako to upravuje § 13a ods. 5 zákona o správe majetku štátu.
 
K § 4
 
Verejná výskumná inštitúcia sa zakladá dňom vydania zakladacej listiny zakladateľom. Zákon vymedzuje časový moment založenia v. v. i., ktorý spája s vydaním zakladacej listiny. 
 
Zákon uvádza povinné obsahové náležitosti zakladacej listiny v. v. i. Nakoľko v čase založenia v. v. i. ako nového právneho subjektu nie je známe jej IČO, pričom jeho uvedenie v zakladacej listine má obdobný význam ako rodné číslo v občianskom preukaze, toto je zakladateľ do nej povinný doplniť bezodkladne jeho pridelení.
 
Zakladaciu listinu v. v. i. vydáva vždy zakladateľ. Popri zmienenej povinnosti zakladaciu listinu zmeniť, má zakladateľ aj oprávnenie ju zmeniť, a to len na návrh samotnej v. v. i. – prostredníctvom jej správnej rady alebo dozornej rady.
 
K § 5
 
Verejná výskumná inštitúcia vzniká dňom, ku ktorému je zapísaná do registra v. v. i. vedeného ministerstvom školstva. Uplatňuje sa registračný princíp pri vzniku v. v. i., ktorý vychádza zo všeobecnej úpravy vyjadrenej v Občianskom zákonníku. Podľa §19 ods. 2 Občianskeho zákonníka: „Právnické osoby vznikajú dňom, ku ktorému sú zapísané do obchodného alebo do iného zákonom určeného registra, pokiaľ osobitný zákon neustanovuje ich vznik inak.“ 
 
Zákon uvádza, že návrh na zápis do registra v. v. i. podáva zakladateľ. Zákonom predpísaná lehota na podanie tohto návrhu je do 30 dní od založenia v. v. i. Zakladateľ má právo v podanom návrhu určiť deň, ku ktorému sa má zápis vykonať, najskôr však musí ísť o piaty pracovný deň odo dňa doručenia návrhu. Prílohu písomného návrhu tvorí zakladcia listina v. v. i. 
 
Ak v. v. i. vzniká splynutím alebo rozdelením, podáva zakladateľ súčasne návrh na zápis vznikajúcej v. v. i. a návrh na výmaz zanikajúcich v. v. i. z registra verejných výskumných inštitúcií.
 
K § 6
           
Z konania v období od založenia v. v. i. do momentu jej vzniku (registrácia v registri v. v. i.) bude zaviazaný zakladateľ, ktorý v uvedenom medziobdobí koná vo všetkých veciach v mene založenej v. v. i. Momentom vzniku v. v. i. dochádza ex lege k prechodu všetkých práv a záväzkov, ktoré v uvedenom medziobdobí uskutočnil zakladateľ, priamo na novovzniknutú v. v. i. 
 
V období od vzniku v. v. i. do doby, pokým nevznikne funkcia riaditeľovi v. v. i. ako štatutárnemu orgánu v. v. i. (funkcia riaditeľa v. v. i. vzniká jeho vymenovaním do funkcie zakladateľom na základe výsledkov výberového konania), vykonáva funkciu jej riaditeľa osoba poverená zakladateľom. Údaje o tejto poverenej osobe musia byť obsiahnuté v zakladacej listine v. v. i. Táto osoba koná v mene v. v. i. vo všetkých veciach, t.j. rozsah jej konania je zhodný s rozsahom, v ktorom v mene v. v. i. koná štatutárny orgán.
 
K § 7
 
Kým v procese vzniku právnickej osoby predchádza samotnému vzniku založenie právnickej osoby, obdobne aj v prípade zániku právnickej osoby, samotnému zániku predchádza zrušenie. Zákon uvádza, že zrušenie v. v. i. sa uskutočňuje s likvidáciou (pokiaľ sa v. v. i. zrušuje bez právneho nástupcu) alebo bez likvidácie (ak sa v.v.i zrušuje a má svojho právneho nástupcu; typicky pôjde o prípady zlúčenia, splynutia, ktoré sú v texte zákone upravené nižšie).
 
Zákon taxatívne uvádza dôvody, kedy dochádza k zrušeniu v. v. i. K zrušeniu v. v. i. môže dôjsť z vôle jej zakladateľa ako aj z ďalších dôvodov uvedených v tomto ustanovení zákona. 
 
K § 8
 
Upravujú sa prípady, kedy k zrušeniu v. v. i. bez právneho nástupcu dochádza v dôsledku prijatého rozhodnutia zakladateľa v. v. i. 
 
Právna úprava pri zrušení v. v. i. spojenej s jej likvidáciou vychádza z existujúcej právnej úpravy Obchodného zákonníka. Zákon o v. v. i. preto osobitne upravuje iba odchýlky od právnej úpravy Obchodného zákonníka. 
 
K § 9
 
Upravujú sa prípady, kedy dochádza k zrušeniu v. v. i. s právnym nástupcom bez potreby uskutočniť likvidáciu v. v. i. Verejná výskumná inštitúcia sa bez likvidácie môže zrušiť, ak zároveň dochádza k jej zlúčeniu alebo splynutiu s inou v. v. i. alebo ak dochádza k rozdeleniu zrušenej v. v. i. 
 
Zákon rozlišuje prípady pokiaľ dochádza k procesom zlúčenia, splynutia, rozdelenia u v. v. i., ktoré sú v pôsobnosti toho istého zakladateľa a prípady pokiaľ by k uvedeným procesom dochádzalo medzi v. v. i., ktoré sú v zakladateľskej pôsobnosti odlišných zakladateľov. V prvom prípade dochádza k zrušeniu v. v. i. rozhodnutím zakladateľa, v druhom prípade bude titulom zrušenia písomná zmluva medzi zakladateľmi, v rámci ktorej sa zakladatelia dohodnú, ktorý z nich bude mať postavenie zakladateľa vo vzťahu k nástupníckej v. v. i. 
 
K § 10
 
Zákon charakterizuje podstatu procesu zlúčenia verejných výskumných inštitúcií. Na jednej strane existuje v. v. i. alebo viacero v. v. i., ktoré dôsledkom zlúčenia zanikajú ako subjekt práva a ich právnym nástupcom sa stáva iná už existujúca v. v. i. Na túto v. v. i. ako právneho nástupcu prechádzajú majetok, oprávnenia a záväzky, vrátane práv a povinností z pracovnoprávnych vzťahov zanikajúcich v. v. i.
 
Zákon upravuje situáciu, kedy sa zlučujú v. v. i., ktoré majú rôznych zakladateľov, t.j. zlučované v. v. i. nie sú v zakladateľskej pôsobnosti iba jedného zakladateľa. V takom prípade je rozhodnutie zakladateľa nahradené písomnou zmluvou o zlúčení uzatváranou medzi zakladateľmi, ktorej hlavným cieľom je dohoda medzi zakladateľmi, ktorý z nich bude vykonávať postavenie zakladateľa vo vzťahu k nástupníckej v. v. i.
 
K § 11
 
Zákon charakterizuje podstatu procesu splynutia verejných výskumných inštitúcií. Predpokladom procesu splynutia je existencia dvoch alebo viacerých v. v. i., ktoré dôsledkom splynutia zanikajú ako subjekt práva a ich právnym nástupcom sa stáva iná novozaložená v. v. i. (v momente svojho vzniku). Na túto novozaloženú v. v. i. ako právneho nástupcu prechádzajú majetok, oprávnenia a záväzky, vrátane práv a povinností z pracovnoprávnych vzťahov zanikajúcich v. v. i. V porovnaní so zlúčením hlavná odlišnosť týchto procesov spočíva v právnom nástupcovi. Kým v prípade zlúčenia sa právnym nástupcom stáva existujúca, fungujúca v. v. i. so svojou vlastnou históriou, vlastným majetkovým a personálnym substrátom, v prípade splynutia právnym nástupcom bude úplne nová v. v. i. bez takýchto atribútov, ktorá majetok a personálne vybavenie získava od zanikajúcich v. v. i.   
 
Zákon upravuje situáciu, kedy v. v. i. zanikajúce dôsledkom splynutia majú rôznych zakladateľov, t.j. tieto zanikajúce v. v. i. nie sú v zakladateľskej pôsobnosti iba jedného zakladateľa. V takom prípade je rozhodnutie zakladateľa nahradené písomnou zmluvou o splynutí uzatváranou medzi zakladateľmi, ktorej hlavným cieľom je dohoda medzi zakladateľmi, ktorý z nich bude vykonávať postavenie zakladateľa vo vzťahu k nástupníckej v. v. i.
 
K § 12
 
Zákon charakterizuje podstatu procesu rozdelenia verejnej výskumnej inštitúcie. V prípade rozdelenia dochádza k zániku v. v. i., pričom jej majetok, oprávnenia a záväzky, vrátane práv a povinností z pracovnoprávnych vzťahov prechádzajú na právnych nástupcov a to buď: na už existujúce v. v. i., alebo na novozaložené v. v. i. 
 
Nástupnícke v. v. i. budú ručiť za záväzky, ktoré „získali“ rozdelením iba tým majetkom, ktorý na ne prešiel rozdelením. 
 
Zákon rieši situáciu, ak by zakladateľ v rozhodnutí o rozdelení opomenul určiť, na ktorú z nástupníckych v. v. i. prechádza časť majetku zanikajúcej v. v. i. Zákon uvedenú situáciu rieši spôsobom, podľa ktorého takýto majetok bude ex lege patriť do podielového spoluvlastníctva všetkých nástupníckych v. v. i. Pokiaľ ide o výšku spoluvlastníckych podielov na tomto majetku, tieto sa určia pomerom, v akom na nástupnícke v. v. i. prešla čistá hodnota majetku zaniknutej v. v. i. 
 
Zákon rieši situáciu, ak by zakladateľ v rozhodnutí o rozdelení opomenul určiť, na ktorú z nástupníckych v. v. i. prechádza časť záväzkov zanikajúcej v. v. i. Zákon uvedenú situáciu rieši spôsobom, podľa ktorého z týchto záväzkov budú zaviazané všetky nástupnícke v. v. i. spoločne a nerozdielne.
 
K § 13
 
Zákon uvádza, že účinky zlúčenia, splynutia alebo rozdelenia v. v. i. nastávajú zápisom do registra. Všetky tieto zápisy majú konštitutívny účinok. 
 
K § 14
 
Verejná výskumná inštitúcia ako právnická osoba zaniká ako subjekt práva dňom výmazu z registra. O výmaze z registra rozhoduje registrový orgán, ktorým je ministerstvo školstva. Ministerstvo školstva rozhodne o výmaze v. v. i. do 30 dní od podania úplného návrhu na výmaz v. v. i. Ustanovujú sa dôvody uvedené v tomto zákone, z dôvodu vzniku ktorých ministerstvo školstva rozhodne o výmaze v. v. i. z registra. Na rozhodovanie o výmaze sa nevzťahuje Správny poriadok.
 
K § 15
 
Zákon vymedzuje sústavu orgánov v. v. i. – jeden monokratický a tri kolektívne.

K § 16 
 
Riaditeľ je štatutárnym orgánom v. v. i. Riaditeľ koná navonok vo vzťahu k tretím osobám a svojimi úkonmi právne zaväzuje v. v. i. Upravuje sa pravidlo subsidiárnej rozhodovacej pôsobnosti riaditeľa, t. j. riaditeľ v. v. i. rozhoduje nielen vo veciach, ktoré mu budú výslovne vyhradené týmto zákonom, ale aj vo všetkých iných veciach v. v. i., pokiaľ tieto nie sú zákonom zverené do pôsobnosti iného orgánu v. v. i. alebo zakladateľa.
 
V rámci štruktúry orgánov v. v. i. je riaditeľ orgánom výkonným, ktorého úlohou je najmä zabezpečovať operatívne riadenie v. v. i. Okrem pôsobností v tomto paragrafe sa inými ustanoveniami zákona zverujú aj ďalšie úlohy, napríklad zostavuje návrh rozpočtu a jeho zmien, a tento predkladá na schválenie správnej rade; zostavuje účtovnú závierku a po jej overení audítorom ju predkladá ju na schválenie dozornej rade; pripravuje výročnú správu a predkladá ju orgánom v. v. i. na prerokovanie.

Funkčné obdobie je nastavené tak, aby bolo dostatočné na realizáciu strednodobých plánov.
 
Riaditeľ je z dôvodu svojej funkcie (ex offo) predsedom správnej rady v. v. i., nakoľko riaditeľ aj správna rada sú v rámci sústavy orgánov v. v. i. výkonnými orgánmi.
 
Riaditeľ je z pozície svojej funkcie oprávnený zúčastňovať na zasadnutiach každého kolektívneho orgánu v. v. i. a orgánov prípadných organizačných zložiek. Na týchto zasadnutiach je oprávnený sa vyjadrovať k všetkým prerokúvaným otázkam.

Upravuje sa odvolanie riaditeľa v. v. i. zakladateľom na návrh kolektívneho orgánu v. v. i. (okrem správnej rady, ktorej je predsedom). Návrh ani písomné vyjadrenie nemajú ani v tomto prípade pre zakladateľa záväzný charakter. Implicitne je však zakladateľ povinný dôsledne sa oboznámiť s obsahom došlého návrhu a písomných vyjadrení a o odvolaní rozhodovať až po ich vyhodnotení. Pokiaľ zakladateľ odvoláva riaditeľa z vlastného podnetu, zakladateľ je oprávnený vyžiadať si stanovisko od orgánov v. v. i. a o odvolaní rozhodnúť až potom, ako mu boli tieto písomné vyjadrenia doručené. Uvedené stanoviská nemajú pre zakladateľa v otázke odvolania riaditeľa záväzný charakter.

Upravuje sa prípad,  keď došlo k predčasnému zániku funkcie riaditeľa. Uvedená situácia sa preto bude riešiť využitím inštitútu dočasného poverenia. Inštitút sa preberá z existujúcej právnej úpravy zákona č. 552/2003 Z. z. (§ 5 ods. 9).

Upravuje sa alternatíva označenia štatutára v. v. i. z pohľadu predpokladanej transformácie rezortných výskumných rozpočtových/príspevkových organizácií z dôvodu zachovania kontinuity pojmov pri integrovaných výskumných centrách (napr. Národné poľnohospodárske a potravinárske centrum, Národné lesnícke centrum).

K § 17
 
Zákon charakterizuje správnu radu ako kolektívny orgán v. v. i., ktorý sa spoločne s riaditeľom podieľa na riadení v. v. i. Ide o jediný výlučne interný kolektívny orgán (obdoba kolégia rektora na vysokej škole).
 
Upravuje sa zloženie správnej rady v. v. i. podľa toho, či sa v. v. i. vnútorne organizačne člení na organizačné zložky alebo nie. Ak nie, má správna rada 5 členov, vrátane riaditeľa v. v. i., ktorý je ex-offo, titulom svojej funkcie, predsedom správnej rady. Zvyšní 4 členovia správnej rady budú do funkcie ustanovený na základe volieb (voličský zbor) alebo na základe ich menovania zakladateľom. Týmito členmi správnej rady v. v. i. sa môžu stať iba zamestnanci tejto v. v. i.

Ak sa v. v. i. vnútorne organizačne člení na organizačné zložky, členmi správnej rady sa z dôvodu svojej funkcie (ex-offo) stávajú riaditeľ v. v. i., vedúci každej organizačnej zložky v. v. i. a najviac traja ďalší členovia pochádzajúci z radov zamestnancov v. v. i., ktorý budú do funkcie ustanovený voľbou alebo budú menovaní zakladateľom. Zakladacia listina určuje, či sa na vznik funkcie u týchto členov správnej rady aplikuje volebný alebo menovací princíp. 

Funkčné obdobie riaditeľa a vedúcich organizačných zložiek ako členov správnej rady vyplýva z týchto funkcií. Funkčné obdobie volených/menovaných členov je nastavené tak, aby bolo dostatočné na realizáciu strednodobých plánov.
 
V prípade volených členov správnej rady v. v. i. podrobnosti o špecifických požiadavkách na  členov správnej rady (napr. skúsenosti v oblasti manažovania a riadenia, keďže správna rada je výkonný orgán), ich voľbe a spôsobe ich odvolávania určuje volebný a nominačný poriadok v. v. i.
 
Okrem úloh v tomto paragrafe, sú správnej rade zverené inými ustanoveniami zákona aj ďalšie úlohy, napríklad správna rada schvaľuje rozpočet, jeho zmeny, ako aj strednodobý výhľad financovania v. v. i.; prerokúva výročnú správu o činnosti a hospodárení v. v. i. a prípadne k nej prijíma stanovisko; rozhoduje o rozdelení zisku alebo úhrade straty a tiež schvaľuje odpisový plán. V prípade projektov uskutočňovaných v rámci oprávnení podľa § 2 (napr. v rámci podnikateľskej činnosti) správna rada rozhoduje o ukončení týchto projektov, ak tieto nespĺňajú ukazovatele ňou určené.

K § 18
 
Vedecká rada má najmenej 5 členov a najviac 11 členov. Zákon počet členov vedeckej rady vymedzuje spodnou a hornou hranicou, avšak pri dodržaní pravidla o povinnosti nepárneho počtu členov kolektívneho orgánu v. v. i. to znamená, že vedecká rada môže byť 5-, 7-, 9- alebo 11-členná. 
 
Vedecká rada je zložená výlučne z významných odborníkov z oblastí, v ktorých v. v. i. vykonáva hlavnú činnosti (typicky jednotlivé vedené odbory v rámci výskumu). Osoba, ktorá nie je významným odborníkom nemôže byť členom vedeckej rady v. v. i. Vo vedeckej rade môžu byť zastúpení aj externí členovia, t.j. členovia, ktorí nie sú zamestnancami v. v. i. najmä z hospodárskej praxe (pri v.v.i., ktorých výskum je napr. v oblasti jazykovedy, práva, … sa nepredpokladá, že externými členmi by boli zástupcovia hospodárskej praxe). Externí členovia môžu tvoriť najviac 1/3 spomedzi všetkých členov vedeckej rady v. v. i. Ak bude mať vedecká rada 5 členov, najviac 1,667 sú "externisti", t.j. žiaden alebo jeden. Ak bude mať vedecká rada 7 členov, najviac 2,333 sú "externisti", t.j. žiaden, jeden alebo dvaja. Ak bude mať vedecká rada 9 členov, najviac 3,0 sú "externisti", t.j. žiaden, jeden, dvaja alebo traja. Ak bude mať vedecká rada 11 členov, najviac 3,667 sú externisti, t.j. žiaden, jeden, dvaja alebo traja.
 
Všetci členovia vedeckej rady (interní aj externí) sú volení a odvolávaní zamestnancami v. v. i., ktorí spĺňajú zákonom stanovené podmienky alebo vymenúvaní a odvolávaní zakladateľom (rovnako ako pri správnej rade), s tým, že táto skutočnosť sa uvádza v zakladateľskej listine.

Limit funkčných období (tak ako je pri ostatných orgánoch) sa nevzťahuje na člena vedeckej rady v. v. i.
 
Podrobnosti o špecifických požiadavkách kandidátov (napr. dosiahnuté vedecké hodnosti), o podmienkach voľby a spôsobe odvolávania členov vedeckej rady upraví volebný a nominačný poriadok v. v. i. 
 
Externí členovia vedeckej rady budú pochádzať z prostredia vysokých škôl, iných právnických osôb zaoberajúcich sa výskumom a vývojom, orgánov ústrednej štátnej správy alebo z prostredia územnej alebo záujmovej samosprávy.
 
Do ťažiskovej oblasti pôsobnosti vedeckej rady v. v. i. patria predovšetkým: otázky určovania vedeckej profilácie v. v. i. a koncepcie jej ďalšieho rozvoja v súlade s jej zakladacou listinou; vyjadrovanie sa k zámerom projektov výskumu, vývoja a inovácií v. v. i., pripravuje hodnotenie výsledkov výskumnej činnosti v. v. i. a jej spôsobilosti vykonávať výskumnú činnosť, navrhuje členov spoločných odborových komisií pre doktorandské štúdium, a za podmienok uvedených v zákone sa podieľa na hodnotení v. v. i. a na hodnotení jej zamestnancov.
 
K § 19
 
Dozorná rada je kolektívny orgán, ktorý v rámci štruktúry orgánov v. v. i. plní predovšetkým kontrolnú funkciu. Dozornú radu možno vnímať ako „predĺženú ruku“ zakladateľa, prostredníctvom ktorej (t.j. nepriamo) zakladateľ vykonáva dohľad nad hospodárením a nakladaním s majetkom v. v. i. Za svoju činnosť sa dozorná rada nezodpovedá v. v. i., ale priamo zakladateľovi v. v. i. Prostredníctvom dozornej rady zabezpečuje zakladateľ kontrolu nad majetkom v. v. i. a jeho využívaním, ako aj dohľad nad využívaním poskytnutých finančných prostriedkov.
 
Zákon predpisuje aby dozorná rada mala 3 alebo 5-tich členov. Pri členoch dozornej rady je funkčné obdobie dvojročné, nakoľko z pohľadu výkonu kontroly zakladateľa nad verejnou výskumnou inštitúciou je dôležité, aby boli členovia dozornej rady prehodnotení a volení v kratších intervaloch.
 
V dozornej rade musí byť zastúpený minimálne jeden externý člen, ktorý musí spĺňať osobitné predpoklady pre výkon funkcie v podobe dosiahnutého právneho alebo ekonomického vzdelania a najmenej 5 ročnej praxe v odbore.
 
Kreovanie dozornej rady (t.j. právo menovať a odvolávať jej členov) patrí do výlučnej kompetencie zakladateľa. Uvedené súvisí s úvodnou charakteristikou dozornej rady ako orgánu dohľadu, ktorý nad v. v. i. vykonáva jej zakladateľ nepriamo, práve prostredníctvom dozornej rady. Členmi tak môžu byť napr. zamestnanci zakladateľa alebo zamestnanci v.v.i., z hospodárskej praxe, z niektorého orgánu štátnej správy iného ako je zakladateľ, …
 
Okrem pôsobností podľa tohto paragrafu zákon zveruje dozornej rade aj ďalšie pôsobnosti, z nich najvýznamnejšia je kontrolná právomoc vykonávaná ex ante,  v zmysle ktorej dozorná rada udeľuje predchádzajúci písomný súhlas týkajúci sa vybraných právnych úkonov nakladania s majetkom v. v. i. 
 
Nielen dozorná rada ako kolektívny orgán v. v. i. ale aj jej jednotliví členovia majú právo požadovať od riaditeľa a členov správnej rady informácie a vysvetlenia o všetkých záležitostiach v. v. i. a sú oprávnení nahliadať do všetkých účtovných kníh a iných dokladov v. v. i.

Režim právnych vzťahov medzi v. v. i. a členmi dozornej rady v. v. i. bude osobitný, vzhľadom na potrebu nezávislého a dôsledného výkonu kontrolnej funkcie členov tohto orgánu. Členovia dozornej rady preto budú svoju funkciu vykonávať v režime Obchodného zákonníka (na základe mandátnej zmluvy). Členovia dozornej rady budú v zmluvnom vzťahu priamo so zakladateľom, ktorý má podľa zákona kompetenciu rozhodovať o ich menovaní a odvolávaní.
 
K § 20
 
Upravuje sa možnosť zriadenia organizačných zložiek v. v. i.
 
Určuje sa osoba, ktorá bude riadiť organizačnú zložku a v určenom rozsahu vecí týkajúcich sa ním riadenej organizačnej zložky bude uskutočňovať právne úkony v mene v. v. i. Upravujú sa spôsoby vzniku i zániku aj funkcie vedúceho organizačnej zložky, ako aj otázky dĺžky funkčného obdobia a nezlučiteľností jeho funkcie (v rámci obdobných zásad ako pri riaditeľovi). 
 
Upravuje sa aj otázka označenia organizačnej zložky, jej zriadenia i jej zrušenia.

Pri vedúcom organizačnej zložky sa upravuje alternatíva označenia tohto orgánu z pohľadu predpokladanej transformácie rezortných výskumných rozpočtových/príspevkových organizácií z dôvodu zachovania kontinuity pojmov pri integrovaných výskumných centrách (napr. Národné poľnohospodárske a potravinárske centrum, Národné lesnícke centrum).

K § 21

Riaditeľa a vedúceho organizačnej zložky do funkcie vymenúva zakladateľ v. v. i. na základe výsledkov výberového konania. Zákon predpisuje základné požiadavky na obsadenie tejto funkcie.

Ak je vo výberovom konaní na obsadenie funkcie riaditeľa alebo vedúceho organizačnej zložky úspešný uchádzač, ktorý v danom čase nie je zamestnancom príslušnej v. v. i., zákon (prostredníctvom nároku uchádzača) zabezpečuje povinnosť v. v. i. uzavrieť s úspešným uchádzačom po jeho vymenovaní pracovnú zmluvu. Ak ide o vymenovanie zamestnanca do funkcie riaditeľa alebo do funkcie vedúceho organizačnej zložky verejnej výskumnej inštitúcie, vedie to k dočasnej zmene dohodnutého obsahu pracovnej zmluvy podľa § 54 Zákonníka práce. Oba právne úkony sú na dobu, zodpovedajúcu funkčnému obdobiu.

K § 22

Na výberové konanie sa nebudú vzťahovať ustanovenia zákona č. 552/2003 Z. z. týkajúce sa výberového konania, pričom podstatné náležitosti tohto zákona sú – s osobitosťami recipované. Podrobnosti sú vzhľadom na predpokladanú rôznorodosť (a teda rôzne potreby) v. v. i. ponechané na vnútorné predpisy, pričom všetky propozície výberového konania (vrátane aktuálneho znenia príslušného vnútorného predpisu) budú povinne zverejňované na webe zakladateľa a v. v. i.; zároveň vzhľadom na snahu o transparentnosť budú tieto zverejňované priamo na hlavnej stránke.
 
Zakladateľovi sa umožňuje, aby vnútorným predpisom upravil podrobnosti výberového konania. 

K § 23
 
Zákon stanovuje požiadavku, aby bol počet členov kolektívnych orgánov za každých okolností nepárny. Predpísaním povinne nepárneho počtu členov kolektívnych orgánov sa má na zreteli, aby sa uvedeným spôsobom predišlo vzniku eventuálnych patových situácií pri hlasovaní na zasadnutiach kolektívnych orgánov v. v. i. 

Vymedzuje sa okruh zamestnancov v. v. i., ktorí sú oprávnení voliť volených členov správnej rady a členov vedeckej rady v. v. i. Každá osoba oprávnená voliť má pri výkone svojho práva jeden hlas.
 
Na prijatie rozhodnutia kolektívneho orgánu v. v. i. je potrebná v zásade jednoduchá väčšina (t.j. nadpolovičná väčšina spomedzi všetkých členov oprávnených hlasovať). Zákon v tomto odseku uvádza prípady, kedy sa pre prijatie rozhodnutia kolektívneho orgánu v. v. i. vyžaduje kvalifikovaná väčšina, t.j. 2/3 väčšina všetkých členov kolektívneho orgánu oprávnených hlasovať.       
 
Za účelom zamedzenia vzniku situácie konfliktu záujmov sa zavádza pravidlo, podľa ktorého, ak kolektívny orgán v. v. i. hlasuje o odvolaní svojho predsedu alebo podpredsedu (s tým, že predseda alebo podpredseda by zostal členom kolektívneho orgánu) alebo o podaní návrhu na odvolanie iného orgánu v. v. i. alebo orgánu organizačnej zložky v. v. i., ktorý je členom hlasujúceho kolektívneho orgánu, člen hlasujúceho kolektívneho orgánu, ktorého sa hlasovanie týka, sa hlasovania nezúčastňuje (napríklad správna rada v. v. i. hlasujúca o podaní návrhu zakladateľovi na odvolanie riaditeľa alebo vedúceho organizačnej zložky).

Zákon neurčuje presný počet zasadnutí kolektívneho orgánu v. v. i. v priebehu kalendárneho roka. Zákon počet zasadnutí kolektívneho orgánu vymedzuje spodnou hranicou, teda sa nevylučuje, aby sa zasadnutia kolektívneho orgánu konali podľa aktuálnej potreby aj častejšie. Podrobnosti o zvolávaní a o zasadaní kolektívneho orgánu upraví rokovací poriadok príslušného kolektívneho orgánu.

Upravuje sa predchádzanie možným obštrukciám zo strany kolektívnych orgánov, ktoré by sa zámerne písomne nevyjadrovali s cieľom neumožniť zakladateľovi o predloženom návrhu rozhodnúť. Preto zákon zavádza právnu fikciu, v zmysle ktorej, pokiaľ sa kolektívny orgán písomne nevyjadrí v lehote do 30 dní (v prípadoch kedy sa kolektívny orgán podľa zákona písomne vyjadruje), platí, že kolektívny orgán sa k návrhu písomne vyjadril. Tým je umožnené, aby zakladateľ mohol o návrhu rozhodnúť aj v prípade ak žiadne písomné vyjadrenia od kolektívneho orgánu neobdržal.

Členstvo v kolektívnom orgáne zanikne najmä v dôsledku nastania právnej skutočnosti (uplynutie funkčného obdobia, smrť, vyhlásenie za mŕtveho) alebo v dôsledku jednostranného právneho úkony, ktorými sú odvolanie z funkcie alebo rezignácia (odstúpenie). Dôvodmi zániku funkcie sú aj nadobudnutie právoplatnosti rozhodnutia súdu o pozbavení alebo obmedzení spôsobilosti na právne úkony alebo zánik v. v. i. ako právneho subjektu.

V snahe predchádzať situáciám, kedy by činnosť kolektívneho orgánu v. v. i. mohla zostať paralyzovaná (typicky prípad predčasného zániku funkcie člena/členov kolektívneho orgánu a následne hroziaca nefunkčnosť orgánu spojená napríklad s nemožnosťou uznášania sa), pričom pre odstránenie tohto nežiaduceho stavu sa vyžaduje aktivita, iniciatíva zo strany takto dotknutého kolektívneho orgánu, zákon zavádza výslovnú požiadavku a povinnosť adresovanú kolektívnemu orgánu, aby všetky úkony smerujúce k vzniku funkcie novým členom kolektívneho orgánu boli vykonané bez zbytočného odkladu, tak, aby nebola ohrozená činnosť kolektívneho orgánu v. v. i. 

Člen správnej rady a člen vedeckej rady v. v. i. nemá zo zákona nárok na osobitnú odmenu titulom vykonávania uvedenej funkcie. Osobám vykonávajúcim funkciu v orgáne v. v. i. sa cestovné náhrady poskytujú podľa § 1 ods. 2 písm. b) zákona č. 283/2002 Z. z. o cestovných náhradách, resp. ako zamestnancom.

Upravuje sa finančné zabezpečenie činnosti kolektívnych orgánov tak, že dozorný a kontrolný orgán, t.j. dozornú radu finančne zabezpečuje priamo zakladateľ.

K § 24
 
Deklaruje sa dominantná úloha verejných zdrojov pri financovaní hlavnej činnosti a vymenúvajú sa jednotlivé možné zdroje financovania činností v. v. i. 
 
Definujú sa obmedzenia pri čerpaní úveru zo strany v. v. i. (len na kapitálové výdavky, napr. spolufinancovanie projektov z finančných prostriedkov štrukturálnych fondov), ako aj obmedzenia ohľadne výšky úveru a zdrojov, ktoré možno použiť na úhradu splátok úveru. Vo všetkých prípadoch sa na čerpanie úveru bude vyžadovať predchádzajúci písomný súhlas Ministerstva financií SR. V prípadoch uvedených v § 41 aj predchádzajúci písomný súhlas dozornej rady, resp. dozornej rady a zakladateľa.
 
K § 25
 
Upravuje sa základný zdroj financovania v. v. i. zo štátneho rozpočtu, ktorým je inštitucionálna forma podpory výskumu a vývoja poskytnutá zakladateľom podľa § 16 ods. 2 písm. b) zákona č. 172/2005 Z. z.  o organizácii štátnej podpory výskumu a vývoja.
 
Tieto finančné prostriedky budú (obdobne ako pri verejných vysokých školách) poskytované na základe zmluvy a na základe zásad ich rozpisu medzi v. v. i. jedného zakladateľa (obdoba metodiky rozpisu dotácii verejným vysokým školám).
 
K § 26
 
Vzhľadom na viaczdrojovosť financovania, ako aj na oprávnenia v. v. i. podľa § 2 sa upravuje sa spôsob členenia účtovníctva v. v. i. a ustanovuje sa povinnosť viesť príjmy a výdavky zo všetkých svojich činností v súlade s rozpočtovou klasifikáciou.
 
K § 27
 
Určujú sa úlohy jednotlivých orgánov vo vzťahu k výročnej správe; upravuje sa jej obsah a spôsob jej uverejnenia.   
 
K § 28
 
Určuje sa rezervný fond, ktorý bude v. v. i. vytvárať a upravujú sa pravidlá jeho vedenia a fungovania. 
 
K § 29
 
Definuje sa majetok v. v. i. (rovnakým spôsobom ako pri verejnoprávnych inštitúciách). Jednotlivé vymenované kategórie majetku sú chápané v najširšom ponímaní; pod nehnuteľnosťami sa chápu napríklad aj nebytové priestory a byty a pod pohľadávkami a inými majetkovými právami sa chápu napríklad aj cenné papiere.
 
Ustanovuje sa zásada, podľa ktorej v. v. i. využíva svoj majetok na vykonávanie hlavnej činnosti; na vykonávanie svojich iných činností ho využíva iba za podmienok stanovených týmto zákonom (napr. v spojení s § 2 ods. 2 tak, aby nebola ohrozená činnosť v. v. i. financovaná z inštitucionálnej podpory zo štátneho rozpočtu). 
 
K § 30
 
Upravujú sa niektoré pravidlá sprevádzajúce vklad majetku do v. v. i. s spôsob odovzdania vkladaného majetku v. v. i. 
 
K § 31
 
Vymedzuje sa prioritný majetok a určujú sa podmienky a prípustné spôsoby nakladania s ním, zároveň sa ustanovuje pravidlo zákazu iných spôsobov nakladania s ním.
 
Ustanovuje sa osobitná právna ochrana prioritného majetku v. v. i. pred nebezpečenstvom jeho nedobrovoľného scudzenia z dôvodu predpokladanej veľkej hodnoty tohto druhu majetku a jeho štátneho pôvodu. Podobnú osobitnú ochranu poskytol zákonodarca napr. prioritnému investičnému majetku patriacemu spoločnosti Verejné prístavy, a.s., podľa zákona č. 338/2000 Z. z. o vnútrozemskej plavbe alebo prioritnému infraštruktúrnemu majetku patriacemu Národnej diaľničnej spoločnosti podľa zákona č. 639/2004 Z. z. o Národnej diaľničnej spoločnosti.
 
Pre prípad hrozby nedobrovoľného scudzenia prioritného majetku sa upravuje postup pre navrátenie prioritného majetku do vlastníctva štátu. 
 
K § 32
 
Stanovujú sa všeobecné pravidlá nakladania s majetkom v. v. i. aplikovateľné na všetky druhy jej majetku. Vymedzujú sa zakázané úkony nakladania s majetkom v. v. i., všeobecné požiadavky kladené na formu prípustných úkonov nakladania s jej majetkom a ustanovuje sa sankcia za nedodržanie požiadaviek kladených na formu a spôsob realizácie úkonov nakladania s majetkom verejnej výskumne inštitúcie.
 
Upravuje sa tiež rozsah okruhu subjektov majúcich určitý vzťah k v. v. i., ktoré nebudú môcť byť účastníkom zmlúv o nakladaní s majetkom v. v. i.
 
K § 33
 
Upravujú sa všeobecné požiadavky kladené a postup pri nakladaní s majetkom v. v. i. pri vybraných typoch právnych úkonov (predaj, zámena, prenájom). Taktiež sa definujú kategórie trvalo nepotrebného a dočasne nepotrebného majetku v. v. i. a upravujú sa podmienky a následnosť úkonov pri nakladaní s trvalo nepotrebným majetkom. Napokon sa upravujú podmienky a okruh subjektov, v prospech ktorých možno dojednať úkon nakladania s majetkom v. v. i. (darovanie, výpožička, nájom so zvýhodneným nájomným) bezodplatne alebo za zvýhodnených podmienok.  
 
K § 34
 
Určujú sa úkony, ktoré je v. v. i. oprávnená uskutočniť s výsledkom založenia právnickej osoby alebo vzniku podielu alebo členstva v. v. i. v inej právnickej osobe, ak taká právnická osoba bude spĺňať ustanovené podmienky. Súčasne sa ustanovuje zásada, podľa ktorej nadobudnutie podielu alebo členstva v inej právnickej osobe nesmie ohroziť hlavnú činnosť v. v. i. Verejnej výskumnej inštitúcií sa predmetnou právnou úpravou predovšetkým umožňuje zakladať akademické "spin-off" alebo "start-up" spoločnosti, ktoré predstavujú vhodný nástroj umožňujúci realizovať komercializáciu duševného vlastníctva v. v. i. a tiež lepší transfer poznatkov do hospodárskej praxe. Uvedená možnosť súčasne vytvára predpoklady pre možnosť získavania dodatočných zdrojov na financovanie činnosti v. v. i. 
 
Určujú sa kategórie osôb majúcich určitý vzťah k v. v. i., ktorú budú oprávnené mať v iných právnických osobách určené postavenie bez toho, aby ich vzťah tak k v. v. i., ako aj k inej právnickej osobe, bol považovaný za konflikt záujmov. Ustanovenie možnosti tohto dvojitého vzťahu je odôvodnené snahou o podnietenie vzniku a aktívneho pôsobenia tzv. „start-up“ a „spin-off“ spoločností. Umožnením účasti zamestnancov v „start-up“ a „spin-off“ spoločnostiach sa vytvára priestor pre zvýšenú motiváciu na plnení ich pracovných úloh. Práve nedostatočná motivácia bola v mnohých prípadoch dôvodom toho, že zamestnanec pred dokončením výskumu smerujúceho k vytvoreniu duševného vlastníctva radšej so zamestnávateľom ukončil pracovný pomer a výsledky práce sa následne pokúšal komercionalizovať vo vlastnom mene a na vlastný účet v súkromnej sfére. Za týchto okolností nielenže zamestnávateľ (budúca v. v. i.) prichádza o kvalifikovaného zamestnanca ale ani nezískava žiadne finančné zdroje, ktoré by sa mohli použiť na financovanie ďalšieho výskumu, a ktoré namiesto toho končia u podnikateľských subjektov v súkromnej sfére.  Možnosť účasti zamestnancov v týchto spoločnostiach preto zákonodarca považuje za nástroj, ktorý môže prispieť k eliminácií vyššie uvedených rizík. Navyše sa jedná o fungujúci model, ktorý sa bežne uplatňuje v akademickom i univerzitnom prostredí v USA, ako aj v členských štátoch EÚ.    
 
Dohľad nad záujmami v. v. i. v takýchto spoločnostiach je posilnený povinným schvaľovaním založenia takejto spoločnosti, vstupu do nej, a výkonu práv v. v. i. v nej, zo strany dozornej rady v. v. i.
 
K § 35
 
Vymenúvajú sa najvážnejšie úkony nakladania s majetkom v. v. i., pre realizáciu ktorých sa vyžaduje predchádzajúci dvojitý súhlas tak dozornej rady v. v. i., ako aj jej zakladateľa.   
 
Vymenúvajú sa ďalšie závažné úkony nakladania s majetkom v. v. i., pre realizáciu ktorých sa vyžaduje predchádzajúci súhlas iba dozornej rady v. v. i.. Navrhuje sa riešenie spočívajúce v tom, že výkon práv v. v. i. v inej právnickej osobe je podmienený súhlasom dozornej rady nielen v prípadoch, keď bol pre založenie tejto inej právnickej osoby alebo vstup do nej potrebný iba súhlas dozornej rady, ale aj v prípadoch, keď bol pre založenie tejto inej právnickej osoby alebo vstup do nej potrebný súhlas dozornej rady aj zakladateľa. Dôvodom je skutočnosť, že pri štandardnom 15 dňovom časovom odstupe medzi zvolaním valného zhromaždenia spoločnosti s ručením obmedzeným (čo bude pravdepodobná právna forma využívaná najmä pre „start-up“ a „spin-off“ spoločnosti) a jeho konaním je reálna šanca, že sa podarí zvolať zasadnutie dozornej rady v. v. i., no môže byť problematické dosiahnuť zasadnutie príslušného orgánu zakladateľa, najmä ak pôjde o početný kolektívny orgán, ako napríklad predsedníctvo SAV. Navyše, keďže sa navrhuje, aby členov dozornej rady menoval zakladateľ v. v. i., dozorná rada bude nepochybne pôsobiť ako predĺžená ruka zakladateľa vo v. v. i. a bude spôsobilá verne vyjadriť a presadzovať postoj zakladateľa.  
 
Prípady, v ktorých výkon práv v. v. i. v inej právnickej osobe bude podmienený súhlasom dozornej rady, sa vymedzujú ako prípady, keď výkon týchto práv môže mať za následok zmenu obsahu alebo rozsahu práv v. v. i. v tejto inej právnickej osobe; pôjde napríklad o rozhodovanie o
a)                  zmene spoločenskej zmluvy,
b)                 zvýšení základného imania,
c)                  povolení prevodu obchodného podielu v spoločnosti s ručením obmedzeným,
d)                 uložení povinnosti spoločníkov spoločnosti s ručením obmedzeným prispieť na úhradu strát nad výšku vkladu,
e)                  zriadení záložného práva na obchodný podiel v spoločnosti s ručením obmedzeným,
f)                  podaní návrhu na zrušenie účasti v spoločnosti s ručením obmedzeným.
 
Ak plánovaný úkon nakladania s majetkom v. v. i. nespadá pod žiadnu spomedzi dvoch vyššie uvedených skupín úkonov, zrealizuje ho riaditeľ v. v. i. bez predchádzajúceho súhlasu. 
 
Právne úkony realizované bez predchádzajúceho písomného súhlasu dozornej rady a zakladateľa, resp. iba dozornej rady (pokiaľ zákon takýto súhlas vyžaduje) sú absolútne neplatné pre ich rozpor so zákonom (§ 39 Občianskeho zákonníka). 
 
Zákon výslovne zavádza požiadavku, aby dozorná rada neudelila predchádzajúci súhlas k takým úkonom, ktoré by boli v rozpore s požiadavkou na riadne a hospodárne využívanie majetku v. v. i. alebo ak by nimi mohlo dôjsť k ohrozeniu plnenia účelu, na ktorý bola v. v. i. založená. Ide o zákonný zákaz udelenia súhlasu s uvedenými úkonmi.
 
Na objektivizáciu určenia hodnoty majetku sa v prípadoch kde postačuje len súhlas dozornej rady, pričom nie je známa výška peňažného plnenia (táto vyplynie napr. z verejnej obchodnej súťaže) vyžaduje znalecký posudok. V prípadoch, ak sa získa súhlas dozornej rady aj zakladateľa, nie je stanovenie hodnoty znaleckým posudkom nevyhnutné. Zároveň pri obchodnej súťaži sa predpokladá, že výška peňažného plnenia z nej bude objektivizovaná aj bez
znaleckého posudku.
            
K § 36
 
Upravujú sa podmienky nakladania s majetkom v. v. i. podľa koncesnej zmluvy, či už s dôsledkom vzniku spoločného podniku (do ktorého bude vložený majetok v. v. i.) alebo iba s právom koncesionára užívať majetok koncesný majetok v. v. i., tak na úrovni v. v. i., ako aj na úrovni vlády SR. 
 
Definujú sa pojmy koncesný majetok (ako širší pojem) a koncesný prioritný majetok (ako užší pojem). Vymedzujú sa prípustné spôsoby užívania koncesného majetku zo strany koncesionára. Upravujú sa povinnosti a práva spoločného podniku a koncesionára vo vzťahu ku koncesnému majetku, obmedzenia v nakladaní s koncesným majetkom, ako aj jeho osobitná právna ochrana pred hrozbou nedobrovoľného scudzenia.
 
Upravuje sa tiež spôsob zabezpečenia publicity osobitosti tohto druhu majetku, osobitné práva v. v. i. vzťahujúce sa k tomuto druhu majetku, postupy a podmienky ich presadenia v situáciách hrozby nedobrovoľného scudzenia tohto majetku a spôsob opätovného prevzatia tohto majetku zo strany v. v. i.
     
K § 37 a 38
 
Zavádza sa rozdelenie vnútorných predpisov, ktoré budú upravovať mnohé konkrétne otázky pôsobenia verejných výskumných inštitúcií, na vnútorné predpisy samotnej v. v. i., predpisy zakladateľa aplikovateľné na všetky v. v. i. v jeho zakladateľskej pôsobnosti a vzorové vnútorné predpisy v. v. i. vydávané  zakladateľom. Pri vzorových vnútorných predpisoch v. v. i. vydávaných zakladateľom sa určuje, vo vzťahu ku ktorým predpisom v. v. i. môže zakladateľ vykonávať túto právomoc, vzťah takéhoto predpisu k zodpovedajúcemu predpisu v. v. i. a spôsob na presadenie jeho autority.
 
Určuje sa predmet týchto vnútorných predpisov. Upresňuje sa predmet vnútorných predpisov zakladateľa a predmet vnútorných predpisov v. v. i., pričom podrobnejšie sa rozvádzajú obsahové náležitosti štatútu v. v. i. (avšak len pre prípady, ak sa v. v. i. člení na organizačné zložky), a určuje sa právomoc a postup pre prijímanie vnútorných predpisov verejnej výskumne inštitúcie.
 
K § 39
 
Register predstavuje verejný zoznam, ktorý obsahuje zákonom ustanovené údaje o verejných výskumných inštitúciách. Register ako informačný systém verejnej správy spravuje a prevádzkuje ministerstvo školstva; ministerstvo školstva je registrovým orgánom podľa zákona o v. v. i. Zápisy v registri majú iba deklaratórnu povahu, pokiaľ tento zákon výslovne neuvádza, že vybrané zápisy do registra majú konštitutívne účinky, napr. rozsah pôsobností vedúceho organizačnej zložky voči tretím osobám. 
 
Údaje registra budú všeobecne dostupné prostredníctvom webového sídla ministerstva školstva. V súlade s požiadavkou na ochranu vybraných osobných údajov osôb, ktorých údaje sa do registra zapisujú, vybrané osobné údaje týchto osôb nebudú všeobecne prístupné. Možnosť prístupu k nim budú mať iba poverení zamestnanci ministerstva školstva ako registrového orgánu. 
 
K § 40
 
Súčasťou registra v. v. i. je aj zbierka listín, ktorá obsahuje vymedzený okruh listín a dokumentov. Verejná výskumná inštitúcia je povinná listiny, ktoré sa podľa zákona zakladajú do zbierky listín, založiť v lehote do 30 dní odo dňa ich vyhotovenia. Doručené listiny na založenie do zbierky listín ministerstvo školstva založí bez zbytočného odkladu po ich doručení. Po ich uložení do zbierky listín ministerstvo školstva zverejní oznámenie o ich uložení.
 
K § 41
 
Orgánom, ktorému zákon zveruje právomoc konať vo veciach zápisov a ich zmien do registra, je ministerstvo školstva. Ministerstvo školstva ako registrový orgán uskutočňuje registráciu na základe návrhu predloženého mu v. v. i. alebo zakladaateľom.
 
Návrhom na zápis sa (obdobne ako pri obchodnom registri) rozumie návrh na prvozápis údajov do registra, návrh na zápis zmeny zapísaných údajov a návrh na výmaz zapísaných údajov. 
 
Zákon vymedzuje návrhy, ktoré podáva zakladateľ. Všetky ostatné návrhy podáva v. v. i.
 
Súčasťou návrhu musia byť prílohy, ktorých obsah preukazuje skutočnosti, ktoré navrhovateľ podaným návrhom navrhuje do registra zapísať. V prípade ak by určitú skutočnosť nebolo možné preukázať iným spôsobom, prílohou bude čestné vyhlásenie od zakladateľa.  
 
Upravuje sa pravidlo, v zmysle ktorého navrhovateľ podáva ministerstvu školstva každú prílohu v 2 exemplároch, pričom jeden exemplár je určený na založenie do registra a druhý exemplár sa zakladá do zbierky listín. V prípade ak navrhovateľ predloží spolu s návrhom jeho prílohu iba v 1 vyhotovení, táto bude založená do registra, nebude však založená do zbierky listín. Nepodanie príloh v potrebnom počte vyhotovení nemá za následok prerušenie registrového konania, avšak povinnosť navrhovateľa založiť listinu, dokument do zbierky listín zostane v takomto prípade nesplnená a navrhovateľovi môže byť uložená peňažná sankcia v zmysle príslušných ustanovení tohto zákona.  
 
Ministerstvo školstva sa ako registrový orgán oboznámi s obsahom podaného návrhu a jeho príloh. V rámci uvedeného ministerstvo školstva preverí, či návrh na zápis do registra podala oprávnená osoba, či podaný návrh je určitý a zrozumiteľný (t.j. či je z návrhu zrejmé čoho sa navrhovateľ domáha), či návrh obsahuje aj zodpovedajúce prílohy ako aj či ich obsah nie je v rozpore s týmto zákonom.
 
Dôsledkom neúplného návrhu (napríklad chýbajúce prílohy k návrhu) alebo návrhu, ktorý inak nespĺňa podmienky v zmysle tohto zákona (napríklad z návrhu nebude zrejmé akého zápisu sa navrhovateľ domáha) je prerušenie registrového konania zo strany ministerstva školstva. V rozhodnutí o prerušení konania ministerstvo školstva uvedenie (popíše) nedostatky návrhu alebo jeho príloh, tak aby navrhovateľ mohol vytýkané nedostatky odstrániť. Za týmto účelom ministerstvo školstva preruší registrové konanie najmenej na 30 dní. V prípade ak navrhovateľ odstráni vytýkané nedostatky návrhu, ministerstvo vykoná zápis do registra. Pokiaľ v uvedenej lehote nedôjde k odstráneniu nedostatkov zo strany navrhovateľa, ministerstvo školstva registrové konanie zastaví. V takom prípade musí navrhovateľ podať nový návrh.
 
Súlad medzi údajmi zapísanými v registri a skutočným stavom je veľmi dôležitý. Preto v prípade pokiaľ ministerstvo školstva zistí nesúlad medzi skutočným stavom a stavom vyplývajúcim z registra, vyzve osobu oprávnenú na podanie návrhu na zosúladenie skutočného stavu so stavom zapísaným v registri. Prípadná nečinnosť vyzvanej osoby môže viesť k uloženiu peňažnej sankcie v zmysle tohto zákona.
   
K § 42
 
Správneho deliktu sa podľa zákona môže dopustiť v. v. i. alebo zakladateľ. Správny delikt je dôsledkom porušenia konkrétnych povinností.
 
Za správny delikt ministerstvo školstva uloží peňažnú pokutu a za podmienok uvedených v zákone možno pokutu uložiť aj opakovane. Použitá formulácia "uloží" znamená, že pokiaľ došlo k spáchaniu správneho deliktu, následkom musí byť sankcia v podobe uloženia peňažnej pokuty (pokiaľ ministerstvo školstva po vyhodnotení všetkých okolností prípadu neprikročí k odpusteniu sankcie v zmysle odseku 4)
 
Osobitne sa rieši prípad porušenia povinnosti zo strany tretej osoby, ak táto osoba, ktorá nie je v. v. i., napriek tejto skutočnosti používa vo svojom obchodnom mene alebo názve uvedené označenie. 
 
Ministerstvu sa umožňuje výšku pokuty znížiť alebo ju aj úplne odpustiť. Splnenie podmienok pre zníženie alebo odpustenie pokuty a ako aj ich miery (rýchlosť vykonania nápravy alebo prítomnosť inej poľahčujúcej okolnosti) je oprávnené vyhodnotiť samotné ministerstvo školstva.
 
Ministerstvo školstva môže pristúpiť k uloženiu pokuty v ročnej subjektívnej lehote (subjektívna lehota začína plynúť dňom kedy sa ministerstvo školstva o spáchaní správneho deliktu dozvedelo), maximálne však v rámci trojročnej objektívnej lehoty (bez ohľadu nato či sa ministerstvo školstva o spáchaní správneho deliktu dozvedelo alebo nie, k uloženiu pokuty nie je možné pristúpiť po uplynutí 3 rokov od spáchania správneho deliktu).  
 
K § 43
 
Na konanie o uložení pokuty sa aplikujú všeobecné predpisy o správnom konaní (Správny poriadok). Na iné konania podľa tohto zákona (najmä registrové konanie) sa Správny poriadok nevzťahuje. 

Zákonná úprava vychádza z modelu, v ktorom sa pracovnoprávne vzťahy zamestnancov v. v. i. (ktorými sú aj riaditeľ, vedúci organizačnej zložky, člen správnej rady a člen vedeckej rady, ktorý je zamestnancom v. v. i.) riadia ustanoveniami zákona č. 552/2003 Z. z. o výkone práce vo verejnom záujme, teda subsidiárne aj Zákonníkom práce ako všeobecným predpisom upravujúcim pracovnoprávne vzťahy.
 
Pracovný pomer s „tvorivým zamestnancom“ v. v. i. možno uzatvoriť na dobu určitú aj opakovane, ak to vyplýva z povahy jeho činnosti (pri „tvorivých zamestnancoch“ to umožňuje § 48 ods. 6 Zákonníka práce), pričom zákon vymedzuje dva dôvody – „ak je to potrebné pre  realizáciu ďalšieho projektu výskumu a vývoja alebo pre plnenie ďalšej pracovnej úlohy v oblasti výskumu a vývoja“. Ak mal zamestnanec v. v. i. pracovnú zmluvu na dobu určitú z dôvodu jeho účasti na určitom projekte výskumu a vývoja (ktorý je vždy na dobu určitú), bolo by možné s ním uzavrieť ďalšiu pracovnú zmluvu na dobu určitú, ak by sa ukázalo, že je potrebné ho zapojiť do ďalšieho projektu výskumu a vývoja (napríklad ktorý svojimi cieľmi nadväzuje na výsledky predchádzajúceho projektu) alebo, bez ohľadu na jeho prípadnú účasť na ďalšom projekte výskumu a vývoja, poveriť ho plnením určitej ucelenej pracovnej úlohy v oblasti výskumu alebo vývoja (napríklad ktorá svojim zameraním nadväzuje na výsledky predchádzajúceho projektu výskumu a vývoja). Prípadne opačne, ak mal určitý zamestnanec v. v. i. pracovný pomer na dobu určitú z dôvodu plnenia určitej ucelenej pracovnej úlohy v oblasti výskumu alebo vývoja, bolo by možné s ním uzavrieť ďalšiu pracovnú zmluvu na dobu určitú, ak by sa ukázalo, že je potrebné ho zapojiť do projektu výskumu a vývoja (napríklad ktorý svojimi cieľmi nadväzuje na výsledky plnenia predchádzajúcej pracovnej úlohy) alebo poveriť ho plnením ďalšej ucelenej pracovnej úlohy v oblasti výskumu alebo vývoja  (napríklad ktorá nadväzuje svojim zameraním na výsledky plnenia predchádzajúcej pracovnej úlohy).
 
V ustanoveniach, ktoré upravujú nakladanie s majetkom verejnej výskumnej inštitúcie, sú ustanovené viaceré obmedzenia. Porušenie týchto obmedzení bude mať za následok absolútnu neplatnosť právneho úkonu.

Zákon negatívnym spôsobom vymedzuje kto sa na účel zákona o v. v. i. nepovažuje za bezúhonnú osobu. Iba bezúhonná osoba sa môže stať riaditeľom v. v. i. alebo vedúcim organizačnej zložky v. v. i..  Táto skutočnosť sa bude preukazovať výpisom z registra trestov (nakoľko sú rozhodujúce iba nezahladené odsúdenia), ktoré bude uchádzač predkladať k prihláške do výberového konania. Zároveň strata bezúhonnosti bude jedným z dôvodov skončenia členstva v kolektívnom orgáne.
 
K § 44
 
Upravuje sa všeobecný princíp transformácie rezortných rozpočtových a príspevkových organizácií, ktoré uskutočňujú výskum na verejné výskumné inštitúcie (tomuto v súčasnosti zodpovedá napr. Medzinárodné laserové centrum, Národné poľnohospodárske a potravinárske centrum, či Štátny geologický ústav Dionýza Štúra).
 
Princípom transformácie bude zmena právnej formy existujúcej rezortnej organizácie, t.j. nenavrhuje sa aby (obdobne ako je tomu pri transformácii na neziskové organizácie) bolo jedným z krokov aj zrušenie existujúcej organizácie.
 
Transformácia bude pozostávať z niekoľkých krokov, pričom prvým bude rozhodnutie rezortu o tom, že niektorá organizácia vstúpi do tohto procesu. Následne sa vypracuje transformačný projekt, ktorý bude predkladaný na odsúhlasenie vláde SR. V prípade, ak vláda SR súhlas udelí, organizácia sa transformuje k začiatku nasledujúceho kalendárneho roku.
 
Na základe takého postupu bude záležať v prvom rade na ústrednom orgáne štátnej správy, či má záujem na tom, aby sa jeho rozpočtová/príspevková organizácia stala v. v. i. a následne bude záležať na tom, či s transformáciou vláda bude súhlasiť. Ak nepôjde o transformáciu, ústredný orgán štátnej správy bude môcť v rámci štandardného postupu založiť rezortnú v. v. i. ako nový subjekt, pričom je opäť na rozhodnutí ústredného orgánu štátnej správy, či v nadväznosti na tento krok zruší aj existujúcu rezortnú rozpočtovú/príspevkovú organizáciu a ako sa vysporiada s majetkom a právnymi vzťahmi.
 
Výsledkom je prechod majetku štátu v správe rozpočtovej/príspevkovej organizácie štátu, práv a povinností z iných právnych vzťahov, vrátane pracovnoprávnych,  a peňažných prostriedkov v rozsahu podľa osobitného zákona na v. v. i., čo sa vykoná protokolárne.
 
Upravuje sa spôsob prevzatia majetku zo strany v. v. i. Medzinárodné laserové centrum a niektoré sprievodné pravidlá súvisiace s prechodom majetku v jeho prospech.  Nakoľko podľa katastrálneho zákona je okresný úrad povinný vykonať záznam aj ex offo, zákon o v. v. i. ako lex specialis špecifikuje okruh oprávnených subjektov na podanie návrhu na zápis do katastra, ktorým je len zakladateľ, t.j. príslušný ústredný orgán štátnej správy, ktorý bol zakladateľom danej rozpočtovej/príspevkovej organizácie.
 
Ustanovuje sa transformácia funkcií riaditeľa a vedúcich organizačných zložiek rozpočtovej/príspevkovej organizácie na funkcie riaditeľa a vedúcich organizačných zložiek v. v. i., pričom týmto osobám nezačne transformáciou plynúť v danej funkcii nové funkčné obdobie, ale len sa dokončí doterajšie funkčné obdobie.
 
K Čl. II
 
K bodom 1, 6, 7, 11, 39 a 40
Aktualizácia poznámok pod čiarou.
 
K bodu 2
Úprava zohľadňujúca skutočnosť, že pod pojmom „organizácia“ využívaným v texte zákona (napr. v § 2), pod ktorým sa v súčasnom znení zákona chápe rozpočtová organizácia alebo príspevková organizácia, sa (vzhľadom na transformáciu organizácií SAV na v. v. i.) bude odo dňa 1. januára 2016 chápať verejná výskumná inštitúcia.   
 
K bodu 3
Legislatívno-technická úprava v súvislosti s bodom 2.
 
K bodu 4
Aktualizuje sa postavenie učenej spoločnosti, ktorá sa z fakultatívneho čestného orgánu stáva obligatórnym čestným orgánom akadémie.

K bodu 5
Spresňuje sa základné zameranie činnosti SAV v nadväznosti na členenie skupín odborov vedy a techniky v § 6 ods. 3 zákona č. 172/2005 Z. z., ako aj v nadväznosti na vymedzenie výskumnej, vývojovej a inovačnej činnosti v § 2 zákona č. 172/2005 Z. z. s dôrazom na základný výskum.
 
K bodu 8
Spresňuje sa vymedzenie akademickej obce tak s ohľadom na požadované vzdelanie, rozsah úväzku, ako aj s ohľadom na okruh doktorandov.
 
K bodom 9, 10, 20
Spresnenie a legislatívno-technická úprava zohľadňujúca zavedenú legislatívnu skratku „organizácia“ ako aj transformáciu ústavov SAV, nakoľko ňou sa ruší členenie na vedecké, špecializované a servisné organizácie.
 
K bodu 12
Spresnenie zohľadňujúce, že ide o akademickú obec akadémie, nie aj akademickú obec organizácie.
 
K bodu 13
Legislatívno-technická úprava zohľadňujúca vypustenie § 9 ods. 4.
 
K bodu 14
Legislatívno-technická úprava zohľadňujúca aktuálny názov ministerstva.
 
K bodu 15
Rozširujú sa právomoci snemu SAV na otázku pravidiel výberového konania na obsadzovanie miest funkcionárov, ktorí budú svojim konaním zaväzovať verejné výskumné inštitúcie v pôsobnosti SAV a na otázku zásadných štrukturálnych rozhodnutí týkajúcich sa verejných výskumných inštitúcií SAV. Zároveň sa ako obsolentný vypúšťa platový poriadok.
 
K bodom 17 a 18
Zovšeobecňuje sa okruh osôb, ktoré môžu byť externými členmi vedeckej rady SAV. Zároveň sa dôsledne rozlišujú organizácie (t.j. v zmysle zavedenej legislatívnej skratky organizácie SAV) a iné právnické osoby uskutočňujúce výskum a vývoj (t.j. vysoké školy, subjekty hospodárskej praxe, ...).
 
K bodom 19 a 30
Ako obsolentný a nefunkčný orgán sa vypúšťajú vedecké kolégiá.
 
K bodom 21 a 35
Zrušuje sa funkcie vedeckého sekretára SAV. Táto má byť nahradená funkciou podpredsedu SAV, ktorý bude zabezpečovať činnosti doteraz zabezpečované vedeckým sekretárom SAV. Zároveň sa ustanovuje nezlučiteľnosť funkcií členov predsedníctva SAV, ako výkonného orgánu SAV, a funkcionárov zabezpečujúcich riadiace funkcie vo verejných výskumných inštitúciách SAV.

Zároveň sa dopĺňa doposiaľ absentujúca kompetencia pri schvaľovaní štatútu učenej spoločnosti.
 
K bodu 22
Ustanovuje sa obmedzenie počtu funkčných období členov predsedníctva SAV, ako výkonného orgánu SAV, s cieľom zabezpečiť  potrebnú obmenu členov výkonného orgánu SAV.
 
K bodu 23
Legislatívno-technická úprava súvisiaca so zrušením funkcie vedeckého sekretára SAV.
 
K bodu 24
Spresňuje sa, že pôsobnosť predsedníctva a snemu sa vzťahuje nielen na štatút samotný ale aj na jeho zmeny.
 
K bodu 25
Legislatívno-technická úprava súvisiaca so zavedenou legislatívnou skratkou.
 
K bodu 26 a 27
Upravujú sa úlohy predsedníctva SAV vo vzťahu k zásadným štrukturálnym rozhodnutiam týkajúcim sa verejných výskumných inštitúcií v pôsobnosti SAV ako aj vo vzťahu k otázke pravidiel výberového konania na obsadzovanie miest funkcionárov, ktorí budú svojim konaním zaväzovať verejné výskumné inštitúcie v pôsobnosti SAV.
 
K bodom 28, 29 a 32
Úprava súvisiaca s transformáciou ústavov SAV.
 
K bodu 31
Ustanovuje sa, že predseda SAV vymenovaný do funkcie v priebehu funkčného obdobia predchádzajúceho predsedu SAV, bude mať skrátené funkčné obdobie zodpovedajúce zvyšku funkčného obdobia predchádzajúceho predsedu SAV. Súčasne sa upravuje obmedzenie počtu funkčných období predsedu SAV s cieľom zabezpečiť  potrebnú obmenu na poste štatutárneho orgánu SAV.
 
K bodu 33
Úprava súvisiaca s transformáciou ústavov SAV a so zrušením funkcie vedeckého sekretára SAV.
 
K bodu 34
Právomoc podpredsedu SAV disponujúceho všeobecným poverením na výkon právomocí predsedu SAV sa rozširuje aj na situáciu, keď funkcia predsedu SAV nie je z akéhokoľvek dôvodu obsadená. S cieľom minimalizácie rizika vákua vo výkone právomoci predsedu SAV sa súčasne navrhuje uložiť  vymenovanému predsedovi SAV povinnosť takto poveriť podpredsedu SAV bez zbytočného odkladu po vymenovaní do funkcie.
 
K bodu 36
S ohľadom na spôsob financovania verejných výskumných inštitúcií (poskytnutie finančných prostriedkov z rozpočtovej kapitoly zakladateľa prostredníctvom zmluvy) sa upravuje jeho spôsob v podmienkach SAV.
 
K bodu 37
Obdobne ako pri vysokých školách, na ktorých existuje pozícia emeritného profesora sa ustanovuje funkcia emeritného vedeckého pracovníka na pôde SAV.
 
K bodu 40
Spresňuje sa vymedzenie okruhov otázok, ktoré upravuje štatút SAV, vrátane pravidiel vydávania ďalších vnútorných predpisov SAV. Vzhľadom na dôležitosť štatútu SAV sa požaduje kvalifikovaná väčšina potrebná na jeho prijatie alebo na prijatie jeho zmeny.
 
K bodu 41
Úprava súvisiaca s transformáciou ústavov SAV na v. v. i. a s tým, že otázky, ktoré upravuje doterajšia tretia časť zákona o SAV upravuje zákon o v. v. i.
 
K bodu 42
K 1. 1. 2016 sa uskutoční transformácia všetkých ústavov SAV na v. v. i.. Vzhľadom na očakávanú reorganizáciu (zlučovanie, splývanie) ústavov bude pre transformáciu rozhodujúci stav k 31. 12. 2015. Tak, ako je SAV zriaďovateľom ústavov v súčasnosti v podobe rozpočtových alebo príspevkových organizácií, bude v pozícii zakladateľa vo vzťahu k v. v. i.
 
Hoci majú ústavy SAV zriaďovacie listiny aj v súčasnosti ako rozpočtové alebo príspevkové organizácie, vzhľadom na odlišné náležitosti zakladacej listiny v. v. i. sa vyžaduje jej vydanie v predstihu pred transformáciou, nakoľko táto má obsahovať aj údaje týkajúce sa označenia majetku štátu, ktorý transformáciou prejde do vlastníctva v. v. i., ktoré sú rozhodujúce pre katastrálne konanie. Zároveň na to, aby mohlo ministerstvo zapísať v. v. i. do registra sa vyžaduje vopred predložiť zapisované údaje a listiny zakladané do zbierky listín.
 
V súvislosti s transformáciou ministerstvo vykoná zápis v. v. i. do registra v. v. i. k 1. 1. 2016. Vzhľadom na to, že napr. na účely katastrálneho konania môže vzniknúť potreba preukázať, že povinnosť podľa odseku 2 bola splnená. Preto sa upravuje spôsob, ako ju môže v. v. i. preukázať. Zároveň sa ako hraničný dátum pre predloženie listín a údajov stanovuje 15. 10. 2015, s tým, že v prípade nedodržania termínu bude SAV ministerstvom vyzvaná na doplnenie.
 
Upravuje sa prechod majetku, práv, povinností a peňažných prostriedkov na v. v. i. Majetok štátu v správe jednotlivých ústavov prechádza do ich vlastníctva podľa stavu k 31. 12. 2015. Vzhľadom na požiadavku SAV, aby všetky tie nehnuteľnosti, ktoré slúžia spoločne (napr. aula) sa dostali do vlastníctva jednej  v. v. i. (obdoba centrálneho správcu majetku štátu), je potrebné, aby SAV zabezpečila prevod správy všetkých týchto nehnuteľností na príslušnú organizáciu ešte pred 1. 1. 2016.
 
Vzhľadom na prechod finančných prostriedkov sa upravuje požiadavka, aby tie, ktoré sú súčasťou rezervného fondu a sociálneho fondu prešli do tých istých fondov v rámci v. v. i.
 
Vzhľadom na skutočnosť, že do konca roku 2015 prebiehajú na pôde SAV projekty, v rámci ktorých boli zo štrukturálnych fondov zabezpečené nehnuteľnosti a prístroje, pričom tieto nie sú v správe jednotlivých ústavov SAV, ale sú v správe SAV samotnej, nakoľko tá je prijímateľom príspevku, upravuje sa osobitný prípad dodatočného prechodu majetku na v. v. i., a to k 1. 1. 2021, nakoľko tento majetok je v zmysle príslušných zmlúv viazaný na zachovanie statusu quo do roku 2020.
 
Prevzatie majetku, práv, povinností a peňažných prostriedkov sa uskutoční protokolárne, pričom tento protokol spolu so zakladacou listinou budú podkladom pre okresné úrady v katastrálnom konaní. V tejto súvislosti sa upravuje aj termín pre SAV na predloženie návrhov v katastrálnom konaní.
 
Ustanovuje sa tiež zásada, podľa ktorej orgány organizácií SAV, ak sa zlúčili alebo splynuli najneskôr k 31. decembru 2015 (napr. riaditeľ ústavu), sa stávajú orgánmi organizačných zložiek v. v. i., na ktorú sa organizácia SAV existujúca k 31. decembru 2015 transformovala, za predpokladu, že sa táto v. v. i. bude na organizačné zložky členiť. V prípade, ak sa niektorý ústav SAV stane v. v. i. bez zlúčenia/splynutia s iným ústavom SAV, riaditeľ rozpočtovej/príspevkovej organizácie sa stáva riaditeľom v. v. i. a obdobne vedúci organizačnej zložky (ak sa v príslušnej v. v. i. vytvoria organizačné zložky z rovnakým označením). Funkčné obdobie týchto orgánov, resp. členov orgánov, sa riadu úpravou účinnou do 31. decembra 2015 (t.j. nebude im začínať nové funkčné obdobie). 
 
K Čl. III
 
Zákon č. 291/2002 Z. z. o Štátnej pokladnici a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení sa navrhuje novelizovať s cieľom rozšíriť klientov Štátnej pokladnice aj na verejné výskumné inštitúcie. 
 
K Čl. IV
            
Zákon č. 552/2003 Z. z. o výkone práce vo verejnom záujme v znení neskorších predpisov sa navrhuje novelizovať tak, aby nevznikala pochybnosť o tom, že tento zákon sa má vzťahovať aj na verejné výskumné inštitúcie založené Slovenskou akadémiou vied. 
 
K Čl. V
 
K bodu 1
Zákon č. 553/2003 Z. z. o odmeňovaní niektorých zamestnancov pri výkone práce vo verejnom záujme a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov sa navrhuje novelizovať so zámerom dosiahnuť, aby odmeňovanie podľa tohto zákona sa vzťahovalo aj na  výskumných a vývojových zamestnancov verejných výskumných inštitúcií. 
 
K bodu 2
Súčasne je zámerom uvoľniť horný strop odmeňovania výskumných a vývojových zamestnancov verejných výskumných inštitúcií s cieľom vytvoriť priestor pre výraznejšiu diferenciáciu ich hodnotenia v závislosti od ich prínosu. Účelom je aj vytvorenie priestoru pre zodpovedajúce ohodnotenie špičkových vedcov aj z hľadiska medzinárodného porovnania, resp. z hľadiska návratu slovenských vedcov zamestnaných v zahraničí. Na primerané ohodnotenie vedca tak, aby bolo medzinárodne porovnateľné je limit osobného príplatku nepostačujúci.
 
K Čl. VI
 
K bodu 1
Navrhuje sa, aby zakladateľ viacerých verejných výskumných inštitúcií bol povinný vypracovať návrh súhrnného rozpočtu za verejné výskumné inštitúcie vo svojej zakladateľskej pôsobnosti a prerokovať ho s ministerstvom financií.
 
K bodu 2
Navrhuje sa, aby sa režimom podľa osobitného predpisu riadila aj možnosť v. v. i. čerpať úver. 
 
K bodu 3
Do poznámky pod čiarou sa premieta ustanovenia zákona o v. v. i. umožňujúce zakladať iné právnické osoby.
 
K Čl. VII
 
Zákon č. 582/2004 Z. z. o  miestnych daniach a miestnom poplatku za  komunálne odpady a drobné stavebné odpady v znení neskorších predpisov sa novelizuje s cieľom upraviť režim oslobodenia verejných výskumných inštitúcií od miestnych daní z nehnuteľností. 
 
K Čl. VIII
 
Zákon č. 172/2005 Z. z. o organizácii štátnej podpory výskumu a vývoja a o doplnení zákona č. 575/2001 Z. z. o organizácii činnosti vlády a organizácii ústrednej štátnej správy v znení neskorších predpisov sa navrhuje zmeniť s cieľom upraviť pojmové vymedzenie:
-          štátneho sektora výskumu a vývoja, ktorého súčasťou budú aj verejné výskumné inštitúcie a 
-          inštitucionálnej formy podpory výskumu a vývoja, jednak pre verejné výskumné inštitúcie, jednak pre iné výskumné organizácie zakladané ústrednými orgánmi štátnej správy, ktoré nebudú mať právnu formu verejných výskumných inštitúcií. 
 
K Čl. IX až XVI
 
Upravuje sa možnosť získania dotácií podľa rezortných dotačných predpisov aj v prospech verejných výskumných inštitúcií. 
 
K Čl. XVII
 
Upravuje sa účinnosť tak, aby sa ustanovenia novely zákona o Slovenskej akadémii vied, okrem samotného paragrafu o transformácii, stali účinnými až v deň transformácie.