B. Osobitná časť
K čl. I
K § 1	
Ustanovenie paragrafu upravuje predmet návrhu zákona, ktorým sú základné pravidlá, ciele a spôsob vykonávania finančnej kontroly a auditu vykonávaného verejnou správou. Predmetné ustanovenie vymedzuje, že na kontrolu a audit podľa osobitných predpisov sa zákon nevzťahuje z dôvodu zabezpečenia jednoznačného vymedzenia pôsobnosti tohto zákona a odlíšenia od kompetencií ustanovených inými predpismi.
K § 2	
V tomto ustanovení je upravená terminológia, potrebná pre rovnaké uplatňovanie jednotlivých ustanovení predmetného zákona.  
Finančným riadením sa rozumie vnútorný systém, ktorý orgán verejnej správy musí v rámci svojej pôsobnosti vytvoriť a dodržiavať s cieľom realizovať finančné operácie hospodárne, efektívne, účinne a účelne.
Finančná kontrola je súčasťou finančného riadenia a je to jeden z nástrojov pre štatutárny orgán orgánu verejnej správy (v predchádzajúcej právnej úprave nazvaný ako vedúci orgánu verejnej správy), aby mohol efektívne riadiť a dosahovať všetky stanovené úlohy a ciele orgánu verejnej správy. Z uvedeného dôvodu sa finančná kontrola vykonáva vždy už v štádiu pred uskutočnením finančnej operácie alebo jej časti napríklad s cieľom overiť, aké výsledky chce orgán verejnej správy danou operáciou dosiahnuť a tiež, či je tento spôsob vykonania finančnej operácie efektívny, či na danú finančnú operáciu má orgán verejnej správy dostatok verejných financií a podobne. V priebehu finančnej operácie alebo jej časti sa overuje jej hospodárnosť napríklad, či sa nejaký tovar obstaral v požadovanej kvalite za najlepšiu cenu v čase realizácie finančnej operácie. Aj zálohová platba, ktorú orgán verejnej správy poskytuje a neskôr zúčtováva podlieha finančnej kontrole. Finančná kontrola, ktorú orgán verejnej správy vykonáva, nekončí len vyplatením finančnej operácie, ale musí sa vykonávať až do posledného momentu dosiahnutia stanovených cieľov alebo udržateľnosti nejakej finančnej operácie alebo jej časti. Napríklad, ak právnická osoba dostane verejné financie na vytvorenie a udržanie pracovného miesta, ukončenie finančnej operácie a jej časti je až v momente, ak uplynú všetky podmienky poskytnutia verejných financií a po celý čas orgán verejnej správy by mal vykonávať finančnú kontrolu. Buď ju vykonáva od stola formou základnej finančnej kontroly alebo administratívnej finančnej kontroly alebo na mieste formou finančnej kontroly na mieste. 
Audit vykonávaný verejnou správou zabezpečuje nezávislý pohľad na činnosť orgánu verejnej správy. Audit vykonávaný verejnou správou sa delí na vnútorný audit, ktorý má v kompetencii vykonávať každý správca kapitoly štátneho rozpočtu v rámci svojho rozpočtu vrátane osôb, ktorým boli verejné financie z jeho rozpočtu poskytnuté a jeho podriadených organizácií a vládny audit, ktorý má v kompetencii vykonávať Ministerstvo financií Slovenskej republiky (ďalej len „ministerstvo financií“) spolu s Úradom vládneho auditu s možnosťou vykonávať vládny audit u všetkých orgánov verejnej správy a osôb, ktorým sa poskytli verejné financie.
Finančnou operáciou alebo jej časťou sa na účely tohto zákona považuje príjem, poskytnutie alebo použitie verejných financií realizovaných hotovostne aj bezhotovostne, právny úkon a iný úkon majetkovej povahy. Finančná operácia sa overuje finančnou kontrolou v celom jej priebehu až do momentu dosiahnutia všetkých stanovených cieľov alebo splnenia udržateľnosti finančnej operácie alebo jej časti. Finančná operácia sa z časového hľadiska môže realizovať vo viacerých fázach, (napríklad pred podpisom zmluvy, pred uskutočnením platby) pred vstupom do záväzku, ale aj po vstupe do záväzku teda finančnú kontrolu je potrebné vykonávať počas celej doby trvania finančnej operácie až do naplnenia všetkých podmienok, za ktorých boli verejné financie poskytnuté, použité alebo mali byť použité. 
Za verejné financie pre účely tohto zákona sa okrem verejných prostriedkov definovaných podľa zákona 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy a o zmene a doplnení niektorých zákonov považujú aj finančné prostriedky poskytnuté na základe medzinárodných zmlúv, ktorými je Slovenská republika viazaná, napríklad prostriedky poskytnuté z Finančného mechanizmu Európskeho hospodárskeho priestoru, Nórskeho finančného mechanizmu alebo Švajčiarskeho finančného mechanizmu.
Postup vykonávania administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste a auditu sa zjednotil, čo viedlo k zjednoteniu označenia osoby, ktorá bude podliehať tejto kontrole alebo auditu. Jednotné označenie tejto osoby je povinná osoba a jednotné označenie pre subjekt oprávnený vykonávať administratívnu finančnú kontrolu, finančnú kontrolu na mieste alebo audit ako oprávnená osoba.
Každá finančná operácia musí byť overovaná s prihliadnutím na jej hospodárnosť. Orgán verejnej správy, ale aj právnické a fyzické osoby, ktorým bola napr. poskytnutá dotácia alebo nenávratný finančný príspevok musia pri nakladaní s verejnými prostriedkami zachovávať princíp hospodárnosti. Princíp hospodárnosti je zachovaný pokiaľ sa tovary, práce alebo služby obstarajú v správnom čase, vo vhodnom množstve a kvalite za najlepšiu cenu. Zamestnanec overujúci pri základnej finančnej kontrole hospodárnosť finančnej operácie musí posúdiť, či množstvo tovaru alebo rozsah služieb nie je vo vzťahu k účelu finančnej operácie v značnom nepomere. Zároveň tovary, práce alebo služby majú byť obstarané v takom čase, v ktorom je možné dosiahnuť zamýšľaný účel finančnej operácie, napríklad, ak je cieľom finančnej operácie vyškoliť určitý počet zamestnancov a na vyškolenie sú potrebné didaktické prostriedky alebo zariadenie školiacej miestnosti, správny čas obstarania takýchto pomôcok, je na začiatku prebiehania školenia a nie mesiac pred ukončením vzdelávacích aktivít a podobne.
K § 3	
Ustanovenie vymedzuje pôsobnosť ministerstva financií, ktoré s prihliadnutím na svoje postavenie ústredného orgánu pre finančnú kontrolu, vnútorný a vládny audit vykonáva činnosti Centrálnej harmonizačnej jednotky pre systém verejnej vnútornej kontroly v Slovenskej republike. Systémom verejnej vnútornej kontroly na základe predvstupových požiadaviek v rámci EÚ sa myslí kontrolný systém nastavený plošne, v rámci celej Slovenskej republiky a to najmä zriadením nezávislého kontrolného orgánu v podobe Najvyššieho kontrolného orgánu SR, zavedením inštitútu vnútorného auditu v rámci správcov kapitol štátneho rozpočtu, zavedením finančného riadenia a kontroly štyroch očí v podobe predbežnej finančnej kontroly v súčasnom znení zákona základnej finančnej kontroly.
K § 4	
V súlade s cieľmi programu ESO z dôvodu zefektívnenia riadenia a koordinácie činnosti bývalých správ finančnej kontroly, ktoré sa zrušujú sa týmto ustanovením upravuje zriadenie a pôsobnosť Úradu vládneho auditu ako rozpočtovej organizácie svojimi príjmami a výdavkami zapojenej na rozpočet ministerstva financií. Súčasne je v ustanovení upravené, že Úrad vládneho auditu s predchádzajúcim písomným súhlasom ministerstva financií môže zriaďovať pracoviská. Na čele úradu je riaditeľ, ktorého vymenúva a odvoláva minister financií. Úrad vládneho auditu bude zriadený z dôvodu zefektívnenia procesu výkonu vládneho auditu a zrýchlenia a optimalizovania výkonu vládnych auditov na základe doterajších praktických poznatkov koordinácie a výkonu vládnych auditov so správami finančnej kontroly, ktoré boli dosiaľ zriadené len v rámci určenej územnej pôsobnosti. 
K § 5	
Z dôvodu zabezpečenia ochrany verejných financií je dôležité vytvoriť a zabezpečiť efektívny a účinný systém verejnej vnútornej kontroly, ktorého neoddeliteľnou súčasťou je finančné riadenie, za ktoré zodpovedná štatutárny orgán orgánu verejnej správy. Jedným z hlavných predpokladov účinného systému finančnej kontroly je zabezpečenie potrebnej výmeny informácií o nedostatkoch v jednotlivých fázach nepretržitého kontrolného procesu. Úlohou štatutárneho orgánu orgánu verejnej správy v oblasti riadenia je rozvíjať systém finančného riadenia a operatívne odstraňovať nedostatky zistené finančnou kontrolou, pričom je tiež povinný určiť zamestnancov zodpovedných za zistené nedostatky a uplatniť voči nim náležité opatrenia.
K § 6	
Finančná kontrola sa vykonáva ako základná finančná kontrola, administratívna finančná kontrola a môže sa na základe poverenia vydaného štatutárnym orgánom orgánu verejnej správy alebo ním povereným vedúcim zamestnancom orgánu verejnej správy vykonávať aj ako finančná kontrola na mieste. Orgánom verejnej správy sa ukladá povinnosť vykonávať finančnú kontrolu, za ktorej výkon priamo zodpovedá štatutárny orgán orgánu verejnej správy. Ustanovenie definuje ciele finančnej kontroly, ktorých výsledkom má byť dodržiavanie hospodárnosti, efektívnosti, účinnosti a účelnosti pri hospodárení s verejnými financiami a realizácii finančných operácií alebo ich častí.  
Finančná kontrola sa neobmedzuje na určité fázy činností orgánu verejnej správy, ale je prítomná v rámci celého fungovania orgánu verejnej správy. Finančná kontrola by mala byť nástrojom na dosahovanie cieľov a pomôcť  zabrániť výskytu nedostatočnej efektívnosti orgánu verejnej správy alebo vzniku nedostatkov. 
Súčasná právna úprava delí finančnú kontrolu na predbežnú finančnú kontrolu, ktorá sa vykonáva ako vnútorná administratívna kontrola, administratívna kontrola kontrolovanej osoby a kontrola na mieste. Ďalej sa finančná kontrola delí na priebežnú a následnú finančnú kontrolu.
Základné princípy vykonávania finančnej kontroly ostávajú zachované aj v navrhovanom znení zákona, kde sa predbežná finančná kontrola vykonávaná ako vnútorná administratívna kontrola transformuje na základnú finančnú kontrolu, ktorá je obligatórna pre orgány verejnej správy na všetky finančné operácie alebo ich časti tak ako je tomu aj v súčasnosti. Vykonanie základnej finančnej kontroly je obligatórne aj v prípade, keď orgán verejnej správy vykonáva overovanie finančnej operácie alebo jej časti administratívnou finančnou kontrolu alebo finančnou kontrolou na mieste. Zlúčením jednotlivých typov kontrol bude vykonávanie finančnej kontroly v praxi zjednodušené a zefektívnené, keďže návrh zákona upravuje len tri typy kontrol (základnú finančnú kontrolu, administratívnu finančnú kontrolu, kontrolu na mieste).
Samotný rozsah overovania finančnej operácie závisí od povahy finančnej operácie. Finančné operácie sa v praxi líšia svojou povahou. Niektoré (nie všetky) finančné operácie súvisia s verejným obstarávaním, vykonávanie niektorých finančných operácií je upravené vo vnútorných riadiacich aktoch, iné finančné operácie súvisia so zmluvou alebo rozhodnutím. Za zmluvu podľa obchodného zákonníka možno považovať aj potvrdenú objednávku pokiaľ obsahuje obligatórne náležitosti, ktoré obchodný zákonník pre určitý typ zmluvy vyžaduje. V takomto prípade sa teda finančnou kontrolou overí súlad finančnej operácie s objednávkou (zmluvou). 
Je potrebné zdôrazniť, že nie je nutné overovať pri všetkých finančných operáciách súlad so všetkými skutočnosťami uvedenými v písmenách § 6 ods. 4. Napríklad pokiaľ poskytovanie prostriedkov na určitý účel (pracovná cesta) nie je upravené vnútorným predpisom orgánu verejnej správy, nie je dôvod základnou finančnou kontrolou overovať súlad finančnej operácie s vnútorným predpisom. Rovnako, pokiaľ ide o overovanie finančnej operácie ktorá nesúvisí s procesom verejného obstarávania podľa osobitného predpisu, nie je potrebné overovať súlad s § 6 ods. 4 písm. b).    
Predbežná finančná kontrola vykonávaná ako administratívna kontrola kontrolovanej osoby sa bude vykonávať ako administratívna finančná kontrola a predbežná finančná kontrola vykonávaná ako kontrola na mieste sa bude vykonávať v režime finančnej kontroly na mieste podľa navrhovaného znenia zákona. Uplatňuje sa princíp, že ten kto verejné financie poskytuje, môže ich aj kontrolovať.
Vypúšťa sa inštitút priebežnej finančnej kontroly, ktorú môže v rámci orgánu verejnej správy nahradiť vykonávanie finančnej kontroly na mieste alebo, ak štatutárny orgán správcu kapitoly štátneho rozpočtu bude chcieť danú finančnú operáciu posúdiť nezávisle, môže využiť inštitút vnútorného auditu. Rovnako inštitút následnej finančnej kontroly sa transformoval do kompetencií vnútorného auditu pri orgánoch verejnej správy, ktorým je správca kapitoly štátneho rozpočtu. Orgány verejnej správy, ktoré ani v súčasnosti nemali kompetenciu vykonávať vnútorný audit, ale vykonávali následnú finančnú kontrolu, môžu miesto následnej finančnej kontroly vykonávať kontrolu na mieste. 
Z dôvodu povinnosti orgánu verejnej správy vytvárať, zachovávať a rozvíjať finančné riadenie v rámci ktorého, je potrebné dať štatutárnemu orgánu orgánu verejnej správy nástroj kontroly, ktorým môže vykonávať kontrolu od stola (základná finančná kontrola a administratívna finančná kontrola) ale aj na mieste, bez podmienky vytvárať na túto možnosť nezávislý a osobitný útvar. Celý proces finančnej kontroly je možné vykonávať aj elektronicky v súlade s osobitnými právnymi predpismi upravujúcimi elektronizáciu tak, aby právny účinok elektronického spôsobu vykonania finančnej kontroly nemohol byť spochybnený v prípadnom ďalšom, súdnom alebo inom konaní (napríklad správne konanie, vyšetrovanie príslušných orgánov, pokutovanie podľa zákona za nevykonanie alebo nesprávne vykonanie finančnej kontroly a podobne) a aby vykonanie finančnej kontroly elektronicky bolo zabezpečené tak, aby malo rovnaký právny účinok, ako by bolo bývalo malo v prípade vykonania finančnej kontroly papierovo a vlastnoručne.
K § 7	
Základnou finančnou kontrolou sa overuje každá finančná operácia alebo jej časť vždy, aj keď sa finančná operácia alebo jej časť overuje administratívnou finančnou kontrolou alebo finančnou kontrolou na mieste. Finančná operácia alebo jej časť sa vykonáva celý čas od prípravy finančnej operácie alebo jej časti až po jej ukončenie a splnenie všetkých cieľov finančnej operácie alebo jej časti. Základná finančná kontrola je ustanovenie, ktoré zabezpečuje prostredníctvom tzv. kontroly štyroch očí, aby sa predchádzalo vzniku nedostatkov, podvodov a nezrovnalostí pri hospodárení orgánu verejnej správy s verejnými financiami a preto ustanovuje, že základnú finančnú kontrolu vykonávajú aspoň dvaja zamestnanci orgánu verejnej správy z ktorých jeden musí byť vedúci zamestnanec (uplatnenie princípu kontroly štyroch očí).
Doklad súvisiaci so základnou finančnou kontrolou sa myslí doklad, ktorým je finančná operácia deklarovaná napríklad cestovný príkaz na zahraničnú služobnú cestu, faktúra, žiadosť o dotáciu, žiadosť o platbu a podobne, ale aj doklad, ktorý je len prílohou dokladu, ktorým je finančná operácia deklarovaná a môže to byť napríklad aj krycí list, ktorý si orgán verejnej správy vytvorí pre svoje podmienky finančného riadenia alebo zoznam kontrolných otázok súvisiacich s kontrolou príslušnej finančnej operácie, na ktorom sa vyjadria všetky náležitosti podľa zákona potvrdzujúce vykonanie základnej finančnej kontroly a podobne. Orgán verejnej správy sa môže rozhodnúť, ktorý doklad z pohľadu menšej administratívnej náročnosti vykonania základnej finančnej kontroly využije.
Predchádzajúca právna úprava neriešila problém výkonu predbežnej finančnej kontroly v prípadoch, ak obec nemala žiadnych zamestnancov. Predmetné ustanovenie navrhuje v prípade, ak obec s malým počtom zamestnancov nemôže z objektívnych príčin zabezpečiť základnú finančnú kontrolu najmenej dvoma svojimi zamestnancami, tak ju vykoná priamo starosta obce a ďalšia fyzická osoba určená obecným zastupiteľstvom, čo v praxi môže byť aj poslanec obecného zastupiteľstva, ak sa na takomto riešení zhodne obecné zastupiteľstvo a určí poverenie tejto fyzickej osoby uznesením. Týmto spôsobom je zabezpečená základná finančná kontrola, ktorou by sa malo predchádzať vzniku nedostatkov, nezrovnalostí a podvodov aj pri hospodárení s verejnými financiami obce. 
Základná finančná kontrola sa vykonáva na všetkých stupňoch riadenia orgánu verejnej správy a overuje sa ňou každá finančná operácia alebo jej časť. Stupne riadenia v rámci orgánu verejnej správy sú definované organizačným poriadkom orgánu verejnej správy. 
Zámerom úpravy nie je ukladanie nových povinností zamestnancom orgánu verejnej správy , ale zvýšiť zodpovednosť zamestnancov za vykonávané činnosti, ktoré sú v opise ich pracovných činnosti alebo pracovnej náplni. Ustanovenie nadväzuje na doteraz existujúci systém vykonávania predbežnej finančnej kontroly. Vykonanie základnej finančnej kontroly sa potvrdzuje na doklade súvisiacom s finančnou operáciou alebo jej časťou uvedením mena a priezviska zamestnanca, ktorý vykonal základnú finančnú kontrolu. Ďalej zamestnanec uvedie svoj vlastnoručný podpis (môže byť použitý aj zaručený elektronický podpis), dátum vykonania základnej finančnej kontroly a vyjadrenie, či je alebo nie je možné finančnú operáciu alebo jej časť vykonať, v nej pokračovať alebo vymáhať poskytnuté plnenie, ak sa finančná operácia alebo jej časť už vykonala. V praxi to znamená, že za doklad súvisiaci s finančnou operáciou alebo jej časťou sa môže považovať aj krycí list alebo zoznam kontrolných otázok. 
K § 8	
Administratívnu finančnú kontrolu ako súčasť finančnej kontroly orgán verejnej správy musí vykonávať, ak poskytuje alebo poskytol verejné financie inej právnickej osobe alebo fyzickej osobe. Poskytnutie verejných financií sa rozumie od momentu uzatvorenia zmluvy alebo vydania rozhodnutia o pridelení verejných financií až po ich vyplatenie a splnenie všetkých podmienok, na základe ktorých sa verejné financie poskytli. Zároveň zákon ukladá povinnosť vykonávať  administratívnu finančnú kontrolu orgánu verejnej správy, ak sa verejné financie poskytujú v rámci programov Európskej územnej spolupráce podľa nariadenia Európskeho parlamentu a Rady č. 1299/2013 z 17 decembri 2013 o osobitných ustanoveniach na podporu cieľa Európska územná spolupráca z Európskeho fondu regionálneho rozvoja, kedy sa verejné financie neposkytujú priamo orgánom verejnej správy na území SR, ale sú poskytované z riadiaceho orgánu sídliaceho v zahraničí, na základe kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi na území SR, ak krajina prijala pozvanie na účasť na programe spolupráce.
Administratívnou finančnou kontrolou sa rovnako ako pri základnej finančnej kontrole overuje súlad so skutočnosťami uvedenými v § 6 ods. 4, kedy výsledkom administratívnej finančnej kontroly je správa. Zároveň však platí ustanovenie § 7 ods. 1, ktoré určuje, že výsledok overenia skutočností uvedených v § 6 ods. 4 je potrebné vyjadriť aj na doklade súvisiacom s overovanou finančnou operáciou alebo jej časťou uvedením mena a priezviska, podpisu, dátumu vykonania základnej finančnej kontroly a vyjadrenia, či je alebo nie je možné finančnú operáciu alebo jej časť vykonať, v nej pokračovať alebo vymáhať poskytnuté plnenie, ak sa finančná operácia alebo je časť už poskytla. Vykonaním administratívnej finančnej kontroly a vypracovaním správy nezaniká povinnosť vykonať aj základnú finančnú kontrolu, ktorú v praxi vykonávajú tie isté osoby, ktoré vykonali administratívnu finančnú kontrolu a okrem správy, uviesť požadované skutočnosti uvedené v § 7 ods. 3 aj na doklade súvisiacom s finančnou operáciou alebo je časťou, pričom za takýto doklad môže byť považovaná aj správa z administratívnej finančnej kontroly za predpokladu, že v nej budú uvedené aj povinné náležitosti vyplývajúce z ustanovení o základnej finančnej kontrole, t. j. meno a priezvisko osôb, ktoré vykonali základnú finančnú kontrou, ich podpisy, dátum vykonania základnej finančnej kontroly a vyjadrenie, či je alebo nie je možné finančnú operáciu alebo jej časť vykonať, v nej pokračovať alebo vymáhať poskytnuté plnenie, ak sa finančná operácia alebo jej časť už poskytla.
Administratívna finančná kontrola sa netýka tej časti verejných financií, ktoré súvisia so zabezpečením vlastnej prevádzky orgánu verejnej správy vrátane subjektov zapojených na rozpočet orgánu verejnej správy alebo sú v jeho vecnej pôsobnosti. V rámci § 8 sa podmienky odseku 2 zákona vzťahujú aj na finančné prostriedky určené podľa rozhodnutia č. 30/2013 k 1. júlu 2013, ktoré nahrádza rozhodnutie č. 32/2011 generálneho tajomníka Rady EÚ k refundácii cestovných výdavkov zástupcov členských štátov v rozsahu účasti zástupcov SR na zasadaniach výborov a pracovných skupín Európskej rady alebo Rady EÚ v zmysle schválených podmienok uznesením vlády SR č. 568/2008 k materiálu Mechanizmus refundácie cestovných výdavkov súvisiacich s účasťou zástupcov SR na zasadaniach výborov a pracovných skupín Rady EÚ.
Administratívnu finančnú kontrolu nie je potrebné vykonať, ak sa o finančnej operácii alebo jej časti rozhoduje v správnom konaní, súdnom konaní, certifikačnom overovaní alebo inom konaní podľa osobitných predpisov, nakoľko všetky tieto procesy umožňujú povinným osobám uplatniť voči záverom orgánu verejnej správy námietky alebo sa voči rozhodnutiu orgánu verejnej správy odvolať. Administratívna finančná kontrola sa použije subsidiárne pokiaľ v osobitných predpisoch nie je upravené, že poskytovanie verejných financií je podmienené rozhodnutím. V praxi už teraz  orgány verejnej správy osobám, ktorým vznikol nárok na verejné financie často zasielajú nejakú formu oznámenia. Inštitút administratívnej finančnej kontroly má celý proces formalizovať a nie zavádzať administratívnu záťaž na orgány verejnej správy, zároveň proces administratívnej kontroly vytvára prostriedok ochrany a právnej istoty právnickej osoby alebo fyzickej osoby, ktorej sa verejné financie poskytujú alebo sa poskytli a to tým spôsobom, že orgán verejnej správy je povinný záver administratívnej kontroly právnickej osobe a fyzickej osobe oznámiť a táto osoba môže k záverom orgánu verejnej správy podať námietky a orgán verejnej správy musí opodstatnené námietky akceptovať.  
Podmienku zabezpečenia súdnej a inej právnej ochrany vzniesla aj Európska komisia je potrebné informovať dotknuté subjekty o výsledku administratívnej finančnej kontroly a to aj v prípade, ak orgán vykonávajúci kontrolu nezistí žiadne nedostatky. So závermi kontroly sa dotknutý subjekt nemusí stotožniť ani v prípade že orgán nedostatky neidentifikuje, ale napríklad dotknutému subjektu poskytne finančné prostriedky v nižšej výške ako pôvodne subjekt očakával. Na základe informácie obsiahnutej v správe z administratívnej kontroly môže dotknutý subjekt následne využiť ďalšie potrebné kroky na to, aby boli dostatočne chránené jeho práva.
Takto nastaveným systémom kontroly poskytovania verejných financií sa okrem vyššie spomenutých oblastí zefektívňuje systém vymáhania neoprávnene použitých verejných financií v správnom konaní, napríklad pri porušení finančnej disciplíny, nakoľko právnická osoba alebo fyzická osoba (ďalej len „osoba“) bola so závermi administratívnej kontroly oboznámená a mala právo sa vyjadriť z nedostatkom a odporúčaniam alebo opatreniam navrhnutým v návrhu správy. V minulosti zamestnanec orgánu verejnej správy vykonal predbežnú finančnú kontrolu na zaslaných dokladoch súvisiacich s finančnou operáciou, a ak zistil neoprávnené výdavky a chcel podať návrh na začatie správneho konania, musela byť vykonaná ďalšia kontrola (následná finančná kontrola) alebo vládny audit, ktoré boli organizačne nezávislé od výkonu predbežnej finančnej kontroly teda do systému vymáhania bolo zapojených viacej útvarov alebo orgánov, čo celý proces vymáhania verejných financií spomaľoval. Súčasne platná právna úprava umožňuje začať správne konanie aj z tzv. kontroly od stola, ktorá je procesne upravená prostredníctvom administratívnej finančnej kontroly.
K § 9	
Ustanovenie umožňuje orgánu verejnej správy vykonať finančnú kontrolu na mieste. Je to nástroj štatutárneho orgánu orgánu verejnej správy, ktorým má zabezpečiť správne a efektívne finančné riadenie v rámci orgánu verejnej správy, ako aj v rámci jeho podriadených organizácií. Je na rozhodnutí štatutárneho orgánu orgánu verejnej správy ako organizačne usporiada výkon finančnej kontroly na mieste tak, aby naplnil ciele orgánu verejnej správy. Orgány verejnej správy, ktoré využívali inštitút následnej finančnej kontroly, môžu využívať pre potreby kontroly inštitút finančnej kontroly na mieste.
Rovnako ako pri administratívnej finančnej kontrole sa zavádza možnosť vykonať aj finančnú kontrolu na mieste orgánu verejnej správy, ak sa verejné financie poskytujú v rámci programov Európskej územnej spolupráce podľa nariadenia Európskeho parlamentu a Rady č. 1299/2013 z 17 decembri 2013 o osobitných ustanoveniach na podporu cieľa Európska územná spolupráca z Európskeho fondu regionálneho rozvoja, kedy sa verejné financie neposkytujú priamo orgánom verejnej správy na území SR, ale sú posielané z riadiaceho orgánu sídliaceho v zahraničí, na základe kontrol vykonaných kontrolnými orgánmi SR, ak krajina prijala pozvanie na účasť na programe spolupráce.
Útvar vykonávajúci kontrolu na mieste, môže byť organizačne nezávislý od iných organizačných útvarov orgánu verejnej správy alebo môže byť súčasťou opisu činností alebo pracovnej náplne zamestnancov vykonávajúcich administratívnu finančnú kontrolu s cieľom umožniť tým istým zamestnancom, ktorí rozhodujú o pridelení finančných prostriedkov prostredníctvom administratívnej finančnej kontroly ísť skontrolovať finančnú operáciu aj na miesto. 
Finančnú kontrolu na mieste vykonávajú aspoň dvaja zamestnanci orgánu verejnej správy len na základe písomného poverenia, čím sa vylučuje možnosť zneužitia právomocí konkrétneho zamestnanca, ktorému uvedená činnosť nevyplýva z opisu činností alebo pracovnej náplne. Z poverenia musí byť zrejmé, ktoré osoby sú oprávnené na výkon kontroly, kto je povinnou osobou, čo je cieľom kontroly. Poverenie musí byť vyhotovené v písomnej forme podpísané a datované. 
Spravidla sa kontrolou na mieste overuje skutočné dodanie tovarov, služieb a prác, overuje sa účtovníctvo povinnej osoby, personálne výdavky, napĺňanie horizontálnych princípov, súlad realizácie finančnej operácie s podmienkami dohodnutými v zmluve a pod. Overuje sa celkový súlad výdavkov a skutočností deklarovaných zo strany povinnej osoby prostredníctvom predložených dokladov so skutočnosťou. Finančná kontrola na mieste sa spravidla vykonáva na vzorke, čo ale nebráni orgánu verejnej správy, aby v prípade pochybnosti vykonal 100% kontrolu. Finančnou kontrolou na mieste je orgán verejnej správy oprávnený overovať finančnú operáciu alebo jej časť aj opakovane, pokiaľ je to potrebné pre správne stanovenie oprávnenosti výdavkov, alebo je výkon uvedenej činnosti potrebný z iných relevantných dôvodov, napr. podozrenie z podvodu, nezrovnalosti, žiadosť Európskej komisie, vnútroštátnych orgánov.
Vykonaním finančnej kontroly na mieste a vypracovaním správy nezaniká povinnosť vykonať aj základnú finančnú kontrolu a okrem správy je potrebné na doklade súvisiacom s finančnou operáciou alebo jej časťou uviesť požadované skutočnosti uvedené v § 7 ods. 3, pričom za takýto doklad môže byť považovaná aj správa z  finančnej kontroly na mieste za predpokladu, že v nej budú uvedené aj povinné náležitosti vyplývajúce z ustanovení o základnej finančnej kontrole, t. j. meno a priezvisko osôb, ktoré vykonali základnú finančnú kontrou, ich podpisy, dátum vykonania základnej finančnej kontroly a vyjadrenie, či je alebo nie je možné finančnú operáciu alebo jej časť vykonať, v nej pokračovať alebo vymáhať poskytnuté plnenie, ak sa finančná operácia alebo jej časť už poskytla. 
K § 10	
Ustanovením upravujú spoločné pravidlá pre výkon vnútorného auditu a vládneho auditu, ako nezávislého kontrolného inštitútu v rámci systému verejnej vnútornej kontroly.
Z dôvodu zachovania si objektívneho názoru na overované skutočnosti, musí byť vnútorný audit nezávislý od riadiacich štruktúr a výkonu finančnej kontroly. Z rovnakého dôvodu musí byť zachovaná organizačná aj funkčná nezávislosť vládneho auditu od riadiacich štruktúr, výkonu finančnej kontroly a vnútorného auditu.
K § 11	
Predmetné ustanovenie upravuje podmienky vymenovania vnútorného audítora a vládneho audítora, požiadavky na ich kvalifikáciu, zodpovedajúcu odbornú prax, požiadavky na vzdelávanie a bezúhonnosť z dôvodu nastavenia jednotných podmienok na vymenovanie a z dôvodu zabezpečenia kvalitnejšieho výkonu vnútorného a vládneho auditu.
Z vyššie uvedeného dôvodu zvýšenia kvality a úrovne zamestnancov vykonávajúcich vnútorný audit sa navrhuje zmena vo výbere vnútorných audítorov. Vnútorného audítora môže vymenovať štatutárny orgán správcu kapitoly štátneho rozpočtu až po splnení osobitných kvalifikačných predpokladov, ktorými je odborná spôsobilosť preukázaná absolvovaním kvalifikačnej skúšky a najmenej dva roky odbornej praxe v oblasti administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste, vnútorného auditu, vládneho auditu alebo kontroly a auditu podľa osobitných predpisov. Vnútorní audítori, ktorí boli vymenovaní podľa platného znenia zákona, budú musieť absolvovať kvalifikačné skúšky najneskôr do 31. decembra 2017, ak budú chcieť viesť vnútorný audit. Ak do termínu 31. decembra 2017 nesplnia podmienky na vymenovanie budú odvolaní ako vnútorní audítori čo znamená, že nebudú môcť viesť vládny audit. Zároveň platí, že títo vnútorní audítori budú môcť vykonávať vnútorný audit, ale len ako zamestnanci správcu kapitoly štátneho rozpočtu a nie ako vnútorní audítori. 
Návrh zákona zlučuje doterajší výkon následnej finančnej kontroly s vnútorným auditom a ponecháva len vnútorný audit, preto aj z tohto dôvodu je potrebné zabezpečiť rovnakú kvalifikačnú úroveň a odbornosť výkonu vnútorného auditu. Zároveň je zachovaný princíp ochrany utajovaných skutočností, kedy sa mená osôb, ktoré sú v režime utajovaných skutočností nebudú zverejňovať na webovom sídle ministerstva financií.
Z dôvodu zvýšenia transparentnosti priebehu vymenovávania vnútorných audítorov alebo vládnych audítorov sa zavádza nová povinnosť pre ministerstvo financií, ktoré vedie zoznam vnútorných audítorov a vládnych audítorov ako verejnej prístupný register zverejnený na webovom sídle ministerstva financií.
K § 12	
Ustanovenia určujú podmienky, za ktorých je možné absolvovať kvalifikačnú skúšku, ktorou sa preukazuje odborná spôsobilosť ako jedna z  podmienok na vymenovanie zamestnanca za vnútorného audítora alebo vládneho audítora. 
Z dôvodu zvýšenia transparentnosti priebehu kvalifikačnej skúšky sa zavádza nová povinnosť pre ministerstvo financií, ktoré vedie zoznam uchádzačov o kvalifikačnú skúšku ako verejnej prístupný register zverejnený na webovom sídle ministerstva financií. Zároveň je zachovaný princíp ochrany utajovaných skutočností, kedy sa mená osôb, ktoré sú v režime utajovaných skutočností nebudú zverejňovať na webovom sídle ministerstva financií.
K § 13	
Z dôvodu zabezpečenia neustáleho prehlbovania kvalifikácie a udržiavania si odbornej spôsobilosti po celý čas vymenovania vnútorného audítora alebo vládneho audítora sa zavádza proces odborného vzdelávania. Systém odborného vzdelávania má zabezpečiť, aby výkon vnútorných auditov alebo vládnych auditov viedli iba takí vnútorná audítori alebo vládny audítori, ktorí majú dostatočnú odbornú spôsobilosť, ktorú nielen nadobudli absolvovaním kvalifikačnej skúšky, ale neustále si ju prehlbujú.
K § 14	
Z dôvodu zabezpečenia kvalitného výkonu vnútorného a vládneho auditu sa navrhuje možnosť odvolať vnútorného audítora alebo vládneho audítora z dôvodu nedostatočnej kvality výkonu ich úloh alebo nesplnenie podmienok odborného vzdelávania. Z dôvodu zvýšenia transparentnosti odvolávania vnútorných audítorov alebo vládnych audítorov sa navrhuje prerokovať návrh a dôvody odvolania až po posúdení Výborom pre vnútorný audit a vládny audit. Ustanovenia určujú spôsob odvolania vnútorného audítora a vládneho audítora z dôvodu zvýšenej ochrany pred ich prepustením z iných dôvodov, ako sú uvedené v tomto zákone. 
K § 15	
Týmto ustanovením sa mení postavenie Výboru pre audit, ktorý si podľa doterajšej platnej úpravy mohol zriadiť každý správca kapitoly štátneho rozpočtu, ako expertný orgán. Z dôvodu, zvýšenia nezávislosti zriaďuje sa jeden spoločný Výbor pre vnútorný audit a vládny audit (ďalej len „výbor“), ktorému bude predsedať Najvyšší kontrolný úrad SR. Výbor má slúžiť, ako poradný orgán pre všetkých správcov kapitoly štátneho rozpočtu a jeho úlohou je vykonávať najmä poradenskú činnosť pre vnútorný audit a vládny audit.  Zároveň nezávisle posudzuje odvolanie vnútorného audítora alebo vládneho audítora z dôvodu ich zvýšenej ochrany pred ich prepustením. 
K § 16	
Zriadiť vnútorný audit je povinnosť pre správcu kapitoly štátneho rozpočtu z dôvodu zabezpečenia ochrany verejných financií a ich kontroly z  najvyššej úrovne. Ponechanie vnútorného auditu ako nástroja správcu kapitoly štátneho rozpočtu zefektívňuje výkon štátnej správy na úseku správcu kapitoly štátneho rozpočtu, nakoľko na tejto úrovni v platnom znení zákona existovali dva útvary vykonávajúce nezávislé overovania, často krát tých istých finančných operácií a organizačných útvarov orgánu verejnej správy. Z dôvodu, že vnútorný audit zabezpečuje komplexnejšiu službu pre štatutárny orgán orgánu verejnej správy, ktorým je správca kapitoly štátneho rozpočtu prostredníctvom nezávislých, objektívnych, overovacích, hodnotiacich, uisťovacích a konzultačných činností zameraných na zdokonaľovanie riadiacich a kontrolných procesov a zároveň že vytvorenie vnútorného auditu bola podmienka prístupového procesu Slovenskej republiky do Európskej únie, bol ako nástroj nezávislého overovania ponechaný len inštitút vnútorného auditu s rozšírenými kompetenciami, ktoré obsahovala následná finančná kontrola.
Z dôvodu zvýšenia úrovne vykonávania vnútorného auditu a zavedenia zvýšených nárokov na vymenovanie zamestnancov správcu kapitoly štátneho rozpočtu za vnútorných audítorov sa vnútorný audit môže vykonávať len pod vedením vnútorného audítora a na základe písomného poverenia, aby sa predišlo zneužitiu právomocí v rozsahu, ktorými sú zamestnanci poverení.
Ustanovenia ďalej určujú právomoci, kde všade je oprávnený správca kapitoly štátneho rozpočtu vykonať vnútorný audit a zdôrazňujú nezávislé postavenie útvaru vnútorného auditu z dôvodu zachovania si nezávislého a objektívneho pohľadu na overované skutočnosti. 
K § 17	
Ustanovenia upravujú vykonávanie vnútorného auditu v súlade s plánovacími dokumentami, ktoré sa vypracovávajú ako strednodobý plán, z ktorého vychádza ročný plán jednotlivých vnútorných auditov. Na vykonanie vnútorného auditu sa vypracuje program vnútorného auditu.
K § 18	
Povinnosť predkladať ročnú správu o vykonaných vnútorných auditoch je zavedená z dôvodu plnenia úloh ministerstva financií ako centrálnej harmonizačnej jednotky v rámci systému verejnej vnútornej kontroly za účelom monitorovania a hodnotenia kvality výkonu vnútorného auditu.
K § 19	
Inštitút vládneho auditu zostáva zachovaný rovnako ako v predchádzajúcej právnej úprave, ako nástroj ministerstva financií, ktorým chráni verejné financie pred ich neoprávneným použitím alebo poskytnutím a podobne.
Z dôvodu pôsobnosti ministerstva financií ako ústredného orgánu pre oblasť financií, daní a poplatkov, colníctva, finančnej kontroly, vnútorného auditu a vládneho auditu sa určuje, kde všade je možné vykonať vládny audit. Pôsobnosť ministerstva financií a inej právnickej osoby zostávajú nezmenené, dopĺňa sa kompetencia Úradu vládneho auditu vykonávať vládny audit aj na  správcoch kapitoly štátneho rozpočtu z dôvodu efektívnejšieho výkonu vládneho auditu. Vzhľadom k tomu, že prebieha neustála koordinácia a plánovanie vládnych auditov z centrálnej úrovne ministerstva financií, budú sa vládne audity ministerstva financií, Úradu vládneho auditu navzájom koordinovať, aby sa predišlo zaťažovaniu jednotlivých rezortov tým istým vládnym auditom. Za týmto účelom sa umožnilo ministerstvu financií, Úradu vládneho auditu alebo inej právnickej osobe vykonávať vládny audit spoločne alebo samostatne. Vládny audit sa vykonáva len na základe písomného poverenia, aby sa predišlo zneužitiu právomocí v rozsahu, ktorými sú zamestnanci poverení. Pokiaľ bude vládny audit vykonávaný spoločne, vypracuje sa len jedno poverenie a to toho orgánu, ktorý nominuje a poverí vládneho audítora vedením vládneho auditu. Ostatní členovia vládneho auditu, aj keď budú z iného orgánu, budú poverení tým orgánom, ktorý poveril vládneho audítora vedením vládneho auditu. Pokiaľ sa vládny audit vykonáva spoločne ministerstvom financií, Úradom vládneho auditu a inou právnickou osobou podľa § 19 ods. 5, stále ide o výkon jedného auditu a má sa za to, že vládny audit vykonáva ten orgán, ktorý poveril vládneho audítora vedením vládneho auditu.
Nutnosť zapojiť do výkonu vládneho auditu inú právnickú osobu vyplýva z povinností, ktoré sú kladené na orgán auditu (teda Ministerstvo financií SR) v rámci programového obdobia 2007-2013, ale aj nového programového obdobia 2014-2020 v súvislosti s výkonom  auditu operácií  systémových auditov podľa čl. 62 ods. 1 písm. a) a b) nariadenia rady (ES) č. 1083/2006 a povinností ustanovených v nariadení Komisie (ES) č. 1828/2006 čl. 16 až 18 a prílohou IV v platnom znení, ako aj auditov operácií, systémových auditov a auditov účtov podľa čl. 127 nariadenia rady (ES) č. 1303/2013 v platnom znení a čl. 27 a 29 nariadenia rady (ES) č. 480/2014 v platnom znení. 
Z dôvodu veľkého objemu prác na výkone auditov a nemožnosti odhadnúť kapacitnú potrebu zamestnancov ministerstva financií na zabezpečenie úloh vyplývajúcich z predmetných nariadení ES je potrebné, aby ministerstvo financií ako orgán auditu malo možnosť v prípade potreby poveriť výkonom vládneho auditu inú právnickú osobu, ktorá bude mať na tento výkon dostatočné odborné, personálne a materiálne predpoklady. Odbornými predpokladmi sa rozumie splnenie osobitných kvalifikačných predpokladov podľa § 11 ods. 1 navrhovaného znenia zákona, ktorými je spôsobilosť na právne úkony, bezúhonnosť, odborná spôsobilosť a najmenej dva roky odbornej praxe v zmysle ustanovenia § 11 ods. 1 písm. e). Personálnymi predpokladmi s rozumie dostatočný počet osôb potrebných na zabezpečenie výkonu auditov operácií, systémových auditov a auditov účtov na základe poverenia ministerstva financií. Materiálnymi predpokladmi sa rozumie najmä schopnosť plniť finančné záväzky výška ročného obratu. Možnosť zapojiť iný orgán ako orgán auditu je upravená aj nariadením Rady (ES) č. 1083/2006 ktorá v čl. 62 ods. 3 umožňuje zapojiť do overovania podľa čl. 62 ods. 1 písm. a) a b) iný subjekt ako je orgán auditu s podmienkou, že orgán auditu zabezpečí potrebnú funkčnú nezávislosť týchto subjektov. Rovnaká možnosť je uvedená aj v čl. 124 ods. 2 a čl. 127 ods. 2  nariadenia Rady (ES) č. 1303/2013 v platnom znení. Zároveň čl. 62 ods. 1 nariadenia 1083/2006 ustanovuje, že orgán auditu zodpovedá za zabezpečenie, aby sa audity vykonávali s cieľom preveriť účinné fungovanie systému riadenia a kontroly operačného programu, aby sa audity operácií vykonávali na vhodnej vzorke a aby sa preverili vykázané výdavky. Z uvedeného vyplýva, že orgán auditu má povinnosť výkon týchto auditov zabezpečiť, ale nemusí sa na nich priamo podieľať, ak má zabezpečený dostatočný dohľad nad prácou iného subjektu. Zároveň sa ustanovuje, v ktorých auditovaných osobách iná právnická osoba vykonáva vládny audit.
K § 20	až 27
Základné pravidlá vytvárajú podmienky pre riadny výkon administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste a auditu.
Oproti doterajším právnym predpisom sa postup administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste a auditu zjednocuje s menšími odchýlkami týkajúcimi sa špecifík finančnej kontroly na mieste a auditu. Administratívna finančná kontrola sa začína vykonaním prvého úkonu povinnej osoby voči oprávnenej osobe. Takýmto úkonom bude spravidla predloženie dokladov, podkladov alebo iných písomností na základe ktorých budú v rámci administratívnej finančnej kontroly overované relevantné skutočnosti. Finančná kontrola na mieste a audit sa začína vykonaním prvého úkonu voči povinnej osobe. Takýmto úkonom bude spravidla preukázanie sa poverením na vykonanie auditu alebo kontroly na mieste alebo oznámením termínu a cieľa výkonu finančnej kontroly na mieste alebo auditu. Ustanovenia upravujú práva a povinnosti oprávnenej osoby a prizvaných osôb a taktiež práva a povinnosti povinnej osoby a tretej osoby aby bola zabezpečená vykonateľnosť administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste alebo auditu. Povinnosti slúžia na zabezpečenie práv oprávnenej osoby a stanovenie pravidiel pre postup pri výkone administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste a auditu. Všetky práva a povinnosti oprávnenej osoby ako aj povinnej osoby majú za cieľ splnenie podmienok pre objektívne posúdenie overovaných skutočností a poskytnutie možnosti povinnej osobe preukázať svoje tvrdenie a konanie pred ukončením overovacieho procesu, ktorý má priamy vplyv na finančnú operáciu (napríklad oprávnenosť výdavkov alebo trvanie zmluvného vzťahu medzi orgánom verejnej správy a povinnou osobou). 
Oprávnené osoby, resp. prizvané osoby sú pri finančnej kontrole na mieste alebo audite oprávnené na vstup do objektu, zariadenia, prevádzky, dopravného prostriedku ako aj do obydlia a na pozemok povinnej osoby, pokiaľ je to nevyhnutné na plnenie úloh podľa tohto zákona. Tento vstup je možný len do priestorov, ktoré súvisia s realizáciou finančnej operácie povinnej osoby, na podnikanie alebo vykonávanie inej hospodárskej činnosti.
V porovnaní s doterajšou právnou úpravu odobratie dokladov sa nespája len s odobratím dokladov za účelom zabezpečenia dôkazov pre trestné konanie a podobne, ale umožňuje oprávnenej osobe odobrať akékoľvek doklady potrebné na výkon administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste a auditu aj z priestorov povinnej osoby, ale aj ak povinná osoba tieto doklady zašle oprávnenej osobe.
Ak dôjde k odobratiu originálov dokladov, písomností, záznamov dát na pamäťových médiách prostriedkov výpočtovej techniky, výstupov projektu a dokumentov oprávnená osoba, resp. prizvané osoby sú povinné vydať potvrdenie o odobratí originálov. Povinnosť uvedená v predchádzajúcej vete sa však nevzťahuje na dokumenty, výstupy projektu a iné odobraté originálne podklady povinnej osoby, ktoré je povinná osoba predkladať na základe zmluvného dojednania aj bez osobitného vyžiadania, napr. ako súčasť dokumentácie k žiadosti o platbu. Možnosť odoberať ďalšie dodatočné originálne doklady, podklady je nevyhnutná v niektorých prípadoch na správne stanovenie oprávnenosti výdavku, alebo ak je odôvodnená obava, že  by mohlo u povinnej osoby dôjsť k manipulácii s dokumentmi a inými relevantnými informáciami. 
Z každej administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste, auditu sa vypracuje návrh správy ak boli zistené nedostatky a správa. V prípadoch, keď neboli zistené nedostatky, len správa. Návrh správy a správa obsahuje všetky relevantné náležitosti stanovené týmto zákonom. Medzi najpodstatnejšie obsahové náležitosti patrí opis zistených nedostatkov, opatrenia a odporúčania na nápravu zistených nedostatkov. Oprávnená osoba je povinná doručiť povinnej osobe návrh správy na vyjadrenie sa k zisteným nedostatkom, navrhnutým opatreniam alebo odporúčaniam z dôvodu zachovania objektívnosti pri výkone administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste, auditu. Súčasne sa povinnej osobe umožňuje vyjadriť s ak zisteným nedostatkom, navrhnutým odporúčaniam alebo opatreniam. V prípade, že povinná osoba podá v lehote stanovenej oprávnenou osobou námietky k vybraným skutočnostiam uvedeným v návrhu správy je oprávnená osoba povinná preveriť opodstatnenosť týchto námietok a opodstatnené námietky zohľadniť v správe. V prípade zistenia porušenia podmienok, za ktorých môžu byť verejné financie poskytnuté (napr. zakotvených v zmluvných dokumentoch alebo všeobecne záväzných právnych predpisoch) alebo v prípade nesplnenia povinností uložených povinnej osobe sa finančná operácia alebo jej časť nevykoná alebo sa v nej nepokračuje. 
Pri výkone auditu sa z dôvodu efektívnejšieho výkonu auditu a vysvetlenia navrhnutých zistení ešte pred oboznámením s návrhom správy uskutoční prerokovanie, na ktorom povinné osoby vysvetlia jednotlivé zistené nedostatky a informujú o návrhoch odporúčaní alebo opatrení. Týmto krokom sa predíde k budúcim možným rozporom.
Navrhovaná právna úprava umožňuje v súvislosti s výkonom auditu účasť na prerokovaní správy aj iným zamestnancom, ako tým ktorí boli uvedení na poverení. V praxi to budú zvyčajne vedúci zamestnanci (nemusí to však byť pravidlom) ktorí majú zodpovednosť za riadny výkon auditu a ktorých účasť na prerokovaní je potrebná napriek tomu, že na poverení uvedení neboli. Povinná osoba musí účasť takýchto zamestnancov strpieť a umožniť im zúčastniť sa prerokovania. 
Administratívna finančná kontrola, finančná kontrola na mieste a audit sú ukončené zaslaním správy povinnej osobe. Za zaslanie správy sa považuje aj jej osobné prevzatie povinnou osobou. 
Oproti doterajšej právnej úprave sa pri výkone vládneho auditu zavádza možnosť, na základe ktorej bude postačovať, ak návrh správy, návrh čiastkovej správy, čiastkovú správu alebo správu podpíše zamestnanec poverený vedením vládneho auditu (vedúci audítorskej skupiny). Táto možnosť bude v praxi aplikovateľná len v prípadoch osobitého zreteľa, na základe ktorých bude objektívne náročné získať podpisy zamestnanca, alebo prizvanej osoby, ktorí vládni audit v určitej fáze vykonávali. Prípady osobitného zreteľa budú predovšetkým dlhodobá práceneschopnosť, dlhodobý pobyt v cudzine, strata spôsobilosti na právne úkony, smrť a pod. V praxi bolo pri výkone vládneho auditu často náročné z uvedených dôvodov získať všetky podpisy členov audítorskej skupiny, čo neúmerne predlžovalo celý výkon vládneho auditu. Z tohto dôvodu nová právna úprava počíta s flexibilnejším a efektívnejším vykonávaním vládneho auditu.
Na výkon administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste a auditu môžu byť prizvané aj iné osoby ako zamestnanci oprávnenej osoby. Uvedená možnosť je dôležitá najmä v záujme odborného posúdenia overovaných skutočností a odborného výkonu niektorých úkonov súvisiacich s výkonom administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste a auditu (napr. súdny znalec, geodet, IT špecialista). Zároveň pri programoch cezhraničnej spolupráce, prostredníctvom inštitútu prizvanej osoby je možné prizvať aj zamestnanca právnickej osoby alebo fyzickú osobu z iného členského štátu s jeho súhlasom (napríklad pri programe cezhraničnej spolupráce Slovenská republika – Česká republika a podobne).
Zároveň sa zabezpečuje ochrana zamestnancov vykonávajúcich administratívnu finančnú kontrolu, finančnú kontrolu na mieste alebo audit. Títo zamestnanci môžu byť pre svoje právomoci ohrozovaní zo strany povinnej osoby alebo tretej osoby, nakoľko zistené nedostatky často smerujú k odhaleniu trestnej činnosti a k finančným postihom. Postavenie verejných činiteľov nezabezpečuje len ochranu ale aj povinnosti vyplývajúce pre oprávnené osoby z tohto postavenia.
V záujme právnej istoty povinných osôb a v záujme objektivity výsledkov administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste alebo auditu je nutné zabezpečiť, aby administratívnu finančnú kontrolu, finančnú kontrolu na mieste a audit nevykonávali zamestnanci, ktorí by mohli kvôli svojmu vzťahu k povinnej osobe alebo k predmetu overovania vzbudzovať pochybnosti, či administratívna finančná kontrola, finančná kontrola na mieste alebo audit bude vykonaný objektívne a ich výsledky budú posudzované bez nežiaducich vedľajších vplyvov. Podľa tohto ustanovenia sú povinní tak zamestnanci oprávnenej osoby ako i prizvané osoby a povinná osoba v prípade, že sú si vedomí akýchkoľvek informácií zakladajúcich pochybnosti o ich nezaujatosti, oznámiť ich príslušnému štatutárovi oprávnenej osoby.
V návrhu nového zákona už nie je upravená povinnosť vypracovať čiastkovú správu (s ktorou má byť povinná osoba oboznámená) v prípade podozrenia z trestnej činnosti, ale je stanovená povinnosť konať podľa osobitných predpisov, ktoré upravujú postup pre prípad podozrenia z trestnej činnosti, z dôvodu možného  zmarenia prípadného ďalšieho konania orgánov činných v trestnom konaní. Zároveň platí, že správa musí obsahovať všetky identifikované nedostatky, ktoré boli pri výkone auditu alebo kontroly zistené bez uvedenia podozrenia zo spáchania trestného činu  alebo priestupku.
Návrhom zákona sa ustanovuje povinnosť zachovávať mlčanlivosť pre oprávnenú osobu a prizvanú osobu o skutočnostiach, o ktorých sa dozvedeli pri výkone administratívnej finančnej kontroly, finančnej kontroly na mieste alebo auditu. 
K § 28	
Z dôvodu zabezpečenia vykonateľnosti zákona, oprávnené osoby majú oprávnenie ukladať pokuty za nesplnenie povinností ustanovených týmto zákonom.
V porovnaní s predchádzajúcou právnou úpravou sa naviac upravuje kompetencia ministerstva financií ukladať pokutu  za nevykonanie alebo nesprávne vykonanie  administratívnej  finančnej  kontroly alebo nesprávne vykonanie finančnej kontroly na mieste, ktorého dôsledkom bude vyššie čerpanie verejných financií  s cieľom zvýšiť zodpovednosť jednotlivých zamestnancov a  orgánov verejnej správy  vykonávať svoje úlohy v súlade s ustanoveniami tohto zákona a predchádzať tak nehospodárnemu, neefektívnemu, neúčelnému a neúčinnému  vynakladaniu verejných financií. Za vyššie čerpanie verejných financií možno považovať napr. vykonanie administratívnej finančnej kontroly, ktorej výsledkom bude schválenie finančnej operácie, na základe ktorej budú preplatené výdavky, ktoré nie sú považované za oprávnené (napr. pri kontrole verejného obstarávania, kontrole oprávnenosti výdavkov a pod.). 
Z dôvodu zabezpečenia odvodu pokút do rozpočtu EÚ (prostredníctvom štátneho rozpočtu), ktoré nemôžu byť príjmom orgánu verejnej správy vykonávajúceho administratívnu finančnú kontrolu, finančnú kontrolu na mieste, vnútorný audit alebo vládny audit, ktorý ich uložil, bolo nutné odlišne upraviť § 28 odsek 14 a 13. 
K § 29	
Podľa § 29 ods. 1 sa na finančnú kontrolu prostriedkov programového obdobia 2007-2013 poskytovaných podľa zákona č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov vzťahujú ustanovenia zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov účinné do 1. novembra 2014. To znamená, že kontrola prostriedkov, ktoré sa týkajú programového obdobia 2007-2013 a riadia sa zákonom č. 528/2008 Z. z., bude vykonávaná podľa znenia § 41d ods. 2 zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.  Prostriedky poskytované podľa zákona č. 292/2014 Z. z. o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných fondov a o zmene a doplnení niektorých zákonov sa budú riadiť novým zákonom o finančnej kontrole a audite účinnom od 1. januára 2016.
V prechodných a záverečných ustanoveniach návrhu zákona je upravené postavenie vnútorných a vládnych audítorov vymenovaných pred účinnosťou návrhu zákona. Podľa predmetných ustanovení sa vládni audítori vymenovaní pred účinnosťou tohto zákona považujú za vládnych audítorov vymenovaných podľa tohto zákona a vnútorní audítori, ktorí vykonali kvalifikačnú skúšku podľa doterajšieho predpisu sa považujú za vnútorných audítorov vymenovaných podľa tohto zákona. Odbornú spôsobilosť je možné preukázať jedine úspešným vykonaním kvalifikačnej skúšky v gescii Ministerstva financií SR, ktorú upravuje zákon č. 502/2001 Z. z. Iné skúšky alebo certifikáty nie je možné považovať za splnenie podmienky odbornej spôsobilosti. Doterajší právny predpis nevyžadoval úspešné vykonanie kvalifikačnej skúšky pri vymenovaní vnútorných audítorov (úspešné vykonanie kvalifikačnej skúšky bolo podmienkou vymenovanie len pri vládnych audítoroch), preto vnútorní audítori ktorí kvalifikačnú skúšku v minulosti nevykonali ju budú musieť, na účely preukázania odbornej spôsobilosti, vykonať podľa tohto zákona. Uvedené sa navrhuje z dôvodu zvýšenia požiadaviek na odbornosť vnútorných audítorov. Pre správcov kapitoly ktorých vnútorní audítori nespĺňajú podmienky podľa nového zákona (nemajú kvalifikačnú skúšku, alebo potrebnú dĺžku praxe) sa ustanovuje dvojročné prechodné obdobie od účinnosti zákona, počas ktorého možno vnútorný audit vykonávať aj pod vedením zamestnanca ktorý tieto predpoklady nespĺňa.
Predmetné ustanovenie zároveň uznáva výkon následnej finančnej kontroly podľa doterajšieho predpisu za dostatočné preukázanie odbornej praxe. 
Finančná kontrola všetkých ostatných verejných financií sa riadi postupmi výkonu finančnej kontroly účinnými od 1. januára 2016. V tomto ustanovení návrhu zákona sú upravené ustanovenia, týkajúce sa konania o uložení pokút právoplatne neukončených do nadobudnutia účinnosti tohto zákona. V prechodných ustanoveniach je upravené splnenie podmienok za ktorých bude možné od 1. januára 2018 vykonávať vnútorný audit. Osobitne sú  upravené kvalifikačné skúšky, odborné vzdelávanie a osobitné kvalifikačné predpoklady  vládnych a vnútorných audítorov vymenovaných pred účinnosťou tohto zákona. V ustanovení je upravené, že vnútorní audítori vymenovaní pred účinnosťou tohto zákona, ktorí vykonali skúšky z vládneho auditu pred účinnosťou tohto zákona spĺňajú podmienky podľa návrhu zákona.
Prechodné ustanovenia upravujú prechod práv a povinností zo zrušených zákonov.
K § 30	
Z dôvodu vytvorenia Úradu vládneho auditu sa týmto článkom zrušuje zákon č. 440/2000 Z. z. o správach finančnej kontroly a z dôvodu nového nastavenia systému verejnej finančnej kontroly sa týmto článkom zrušuje zákon č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov a vyhláška Ministerstva financií Slovenskej republiky č. 21/2009 Z. z. ktorou sa vykonávajú niektoré ustanovenia zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov.
K Čl. II
K bodu 1
Zákon č. 523/2004 Z. z. predstavuje všeobecnú právnu úpravu týkajúcu sa hospodárenia a nakladania s verejnými prostriedkami. Vzhľadom na to, že na základe podnetov z aplikačnej praxe je potrebné zohľadniť určité špecifiká/osobitný režim vzťahujúci sa na prostriedky určené na financovanie spoločných programov Slovenskej republiky a Európskej únie a prostriedky určené na financovanie účelov vyplývajúcich z medzinárodných zmlúv o poskytnutí grantu uzatvorených medzi Slovenskou republikou a inými štátmi, navrhovaným vstupom sa vytvára legislatívny priestor na úpravu osobitných postupov, právnych vzťahov, práv a povinností vzťahujúcich sa na tieto prostriedky v osobitných predpisoch, ktorým je napríklad zákon č. 543/2007 Z. z. o pôsobnosti orgánov štátnej správy pri poskytovaní podpory v pôdohospodárstve a rozvoji vidieka v znení neskorších predpisov, zákon č. 528/2008 Z. z. o pomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskeho spoločenstva v znení neskorších predpisov, zákon č. 292/2014 Z. z. o príspevku poskytovanom z európskych štrukturálnych a investičných fondov a o zmene a doplnení niektorých zákonov.
K bodu 2
Úpravou definície prostriedkov Európskej únie sa reaguje na nové programové obdobie 2014 – 2020. Prostriedky Európskej únie sú v Slovenskej republike poskytované prostredníctvom certifikačného orgánu, ktorým je v Slovenskej republike Ministerstvo financií SR a Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny Slovenskej republiky. Prostriedkami Európskej únie sú aj prostriedky, ktoré prijíma Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR  z Európskeho poľnohospodárskeho fondu rozvoja vidieka a Európskeho poľnohospodárskeho záručného fondu.
K bodu 3
Úpravou sa reaguje na pripomienku uplatnenú Ministerstvom zahraničných vecí a európskych záležitostí SR. Ide o zosúladenie terminológie zavedenej v návrhu zákona o rozvojovej spolupráci a o zmene a doplnení niektorých zákonov, ktorý je v legislatívnom procese. 
K bodu 4
Navrhovanou úpravou sa reaguje na nové programové obdobie 2014 – 2020 a vytvára sa legislatívny priestor na to, aby bolo možné prostriedky EÚ okrem Ministerstva financií SR, ktoré je certifikačným orgánom podľa zákona č. 292/2014 Z. z., v špecifických prípadoch prijímať priamo na osobitné účty iných ministerstiev v záujme flexibilného čerpania týchto prostriedkov v rozsahu dohodnutom s ministerstvom financií.
K bodu 5
Podľa navrhovaného vstupu sa možnosť vysporiadať protiprávny stav a tým predísť začatiu správneho konania ponecháva len v prípade, ak právnická osoba alebo fyzická osoba sama zistí porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1 písm. c) a d) alebo zistí v rámci kontroly alebo vnútorného auditu porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1 písm.  c) a d). Vysporiadanie protiprávneho stavu, resp. odvedenie finančných prostriedkov je nutné vykonať do dňa skončenia kontroly alebo vnútorného auditu, avšak najneskôr do začatia vládneho auditu. Ak sa porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1 písm.  c) a d) zistí pri výkone vládneho auditu, správne konanie sa začne. Porušenie finančnej disciplína podľa § 31 ods. 1 písm. b) nie je potrebné osobitne upravovať, pretože v prípade, ak osoba sama zistí porušenie finančnej disciplíny a protiprávny stav odstráni do skončenia kontroly, resp. auditu, odpadne dôvod na vydanie rozhodnutia, pretože za toto porušenie finančnej disciplíny sa ukladá penále za omeškanie s úhradou uloženého odvodu.
K bodu 6
Navrhovaným vstupom do § 31 ods. 9 sa precizuje ustanovenie tak, aby bolo jasné, že odvod, penále a pokutu môže ukladať a vymáhať ten orgán vykonávajúci kontrolu, auditujúci orgán alebo orgán dozoru štátu, ktorému takúto právomoc ustanoví osobitný predpis.
K bodom 7 a 10
Ide o legislatívno-technické úpravy súvisiace s novým návrhom zákona, ktorý je obsiahnutý v čl. I. 
K bodu 8
Podľa doterajšej platnej právnej úpravy sa oznamuje každé porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1  písm. a) až n), ktoré zistí orgán oprávnený na výkon kontroly alebo vládneho auditu a protiprávny stav nebol odstránený podľa tohto alebo osobitného zákona. Navrhovanou úpravou v § 31 ods. 10 sa reaguje na požiadavku vyplývajúcu z aplikačnej praxe, aby sa oznamovacia povinnosť vzťahovala len na tie porušenia finančnej disciplíny, za ktoré sa ukladá finančná sankcia. Zároveň sa rovnako ako podľa doterajšej platnej úpravy oznamovacia povinnosť nevzťahuje na porušenia finančnej disciplíny, ktoré právnická osoba alebo fyzická osoba vysporiadala podľa § 31 ods. 4 tohto zákona alebo podľa osobitného zákona. 
K bodu 9
Predmetný návrh má za cieľ zjednodušiť vymáhanie nehospodárne vynaložených prostriedkov Európskej únie a prostriedkov štátneho rozpočtu určených na financovanie spoločných programov Slovenskej republiky a Európskej únie. V prípade takéhoto znenia nového odseku novely zákona bude upravená povinnosť auditujúcich orgánov začať správne konanie (vymáhanie verejných prostriedkov) pre porušenie princípu hospodárnosti zo strany prijímateľov nenávratného finančného príspevku vo výške vyčíslenej nehospodárnosti. Európska komisia pri svojich auditoch nehospodárnosť častokrát identifikuje, čo má za následok udelenie príslušnej finančnej opravy.
K bodu 11
Navrhovaným znením sa v súlade s doterajším výkladom v rámci pojmu verejné prostriedky explicitne vyjadruje skutočnosť, dokedy sa finančné prostriedky poskytnuté subjektom verejnej správy fyzickej osobe alebo právnickej osobe považujú za verejné.
K bodu 12
Prechodným ustanovením v § 37i sa navrhuje úprava k novému zneniu ustanovenia § 31 ods. 15 zákona, podľa ktorého sa za porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 odseku 1 písm. j) pri nakladaní s prostriedkami Európskej únie a prostriedkami štátneho rozpočtu na financovanie spoločných programov Slovenskej republiky a Európskej únie sa ukladá odvod vo výške porušenia finančnej disciplíny. Navrhovanou úpravou sa za porušenie finančnej disciplíny podľa § 31 ods. 1 písm. j) pri nakladaní s prostriedkami Európskej únie a prostriedkami štátneho rozpočtu na financovanie spoločných programov Slovenskej republiky a Európskej únie, ku ktorému došlo pred 1. januárom 2016 ukladá odvod vo výške porušenia finančnej disciplíny, ak je to pre fyzickú osobu alebo právnickú osobu priaznivejšie, v opačnom prípade sa uplatní postup podľa § 32 tohto zákona.

K Čl. III
K bodu 1	 
Štandardným zabezpečovacím prostriedkom využívaným v prostredí poskytovania pomoci zo štrukturálnych fondov v rámci programového obdobia 2007-13 bolo záložné právo. Prax však ukázala, že v niektorých prípadoch nie je využitie záložného práva možné alebo účelné, preto sa pre účely zabezpečenia pohľadávok z príspevkov v rámci programového obdobia 2014-20 navrhuje umožniť pre riadiace orgány využitie ďalšieho zabezpečovacieho prostriedku, ktorým je zmenka. Zmenka je individuálne emitovaný, obchodovateľný a prevoditeľný cenný papier, ktorý plní úverovú, platobnú a zabezpečovaciu funkciu. Zmenka, podobne ako zmluvná pokuta, nezabezpečuje majetok, z ktorého by sa prípadná pohľadávka mohla uspokojovať. Na rozdiel od zmluvnej pokuty však ide o najrýchlejší spôsob, ako môže veriteľ získať exekučný titul, t. j. oprávnenie postihnúť celý majetok prijímateľa, keďže existuje inštitút zmenkového platobného rozkazu, pričom možnosti dlžníka brániť sa pri formálne správne vyplnenej zmenke, sú veľmi malé a konanie je veľmi rýchle. Z praktickej aplikácie zároveň vyplynulo, že najefektívnejším zabezpečením pohľadávok je prípad, kedy prijímateľ nakladá so svojim majetkom (napr. predmetom projektu). Ak to nie je možné, zabezpečovacie prostriedky, ktoré postihujú cudzí majetok (napr. ručenie), nie sú plne v moci prijímateľa, čo môže komplikovať proces zabezpečenia. Pri využití zabezpečovacieho prostriedku, ktorým je zmenka tieto praktické problémy odpadajú. Z uvedeného teda vyplýva, že použitie zmenky popri záložnom práve sa javí ako vhodná kombinácia, pričom je potrebné zabezpečiť relevantnú právnu úpravu v osobitnom zákone ako aj odstránenie generálneho zákazu použitia zmenky obsiahnutého v § 26 ods. 2 zák. č. 523/2004 Z. z. 
K bodu 2	 
Úprava nesprávneho odkazu v poznámke pod čiarou. 
K bodu 3	 
Špecifikuje sa, že suma prostriedkov, ktorá sa majú vrátiť v prípade ich navýšenia na základe právoplatného rozhodnutia poskytovateľa vydaného v správnom konaní podľa odseku 3 alebo podľa odseku 5 je príjmom štátneho rozpočtu Slovenskej republiky a navýšený „polnásobok“ sa neodvádza na mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR.
K bodu 4	
Pre účely efektívnejšieho vysporiadania prostriedkov sa umožňuje uzatváranie dohôd o splátkach / o odklade plnenia aj v prípadoch, kedy už došlo k vydaniu rozhodnutia v správnom konaní zo strany poskytovateľa pri porušení pravidiel a postupov verejného obstarávania. 
K bodu 5	
V rámci poskytovania finančných prostriedkov EÚ a ŠR v podmienkach SR sa tieto prostriedky poskytujú na základe zmluvy uzavretej podľa Obchodného zákonníka, kde sa stanovia podmienky, za ktorých bude príspevok poskytnutý. V prípade, ak sa dané podmienky nedodržia a nastane situácia, kedy je potrebné žiadať od prijímateľa vrátenie finančných prostriedkov vyplatených na základe tejto zmluvy, dochádza v mnohých prípadoch k stavu, že porušenie zmluvy o poskytnutí NFP nemusí v plnej miere napĺňať podstatu porušenia finančnej disciplíny v rozsahu definovanom v § 31. Praktická realizácia ukázala, že v mnohých prípadoch je nutné a niekedy aj efektívnejšie domáhať sa vrátenia finančných prostriedkov nie režimom, na ktorý odkazuje poznámka pod čiarou č. 68, ale práve uplatnením svojich nárokov súdnou cestou. Návrh zmeny reflektuje na praktické skúsenosti s vymáhaním finančných prostriedkov, ako aj na judikatúru SD EÚ, v zmysle ktorej ,,o sporoch týkajúcich sa vymáhania prostriedkov, ktoré boli podľa práva Spoločenstva vyplatené neoprávnene, musia v prípade neexistencie ustanovení spoločenstva rozhodovať vnútroštátne súdy podľa svojho vnútroštátneho práva, a to v medziach stanovených právom Spoločenstva. Uplatnenie vnútroštátneho práva nesmie mať negatívny vplyv na uplatnenie a účinnosť práva Spoločenstva. O takýto prípad by išlo najmä vtedy, ak by takéto uplatnenie vnútroštátneho práva prakticky znemožňovalo vymáhanie protiprávne pridelených prostriedkov.“ V tomto kontexte sa navrhuje právna úprava, ktorá umožní úplne reflektovať na skutočnosť, že poskytovanie finančných prostriedkov z fondov EÚ je podriadené podmienkam zmluvy uzavretej podľa Obchodného zákonníka v ktorej texte sa priamo uvádza, že spory vzniknuté zo zmluvy budú riešené na súde. Legitímnosť súdneho konania vyplýva aj priamo z nariadení EÚ, a teda ani na základe rozšírenia tejto pôsobnosti vymáhania neoprávnene vyplateného NFP na správu finančnej kontroly, nie je vylúčená právomoc súdu v tejto veci konať. Navrhovaná zmena preto znamená zjednotenie a zjednoznačnenie legislatívneho textu, ktorý bez navrhovanej úpravy nemusí byť vždy jednoznačne vykladaný, pričom zmena má za cieľ zároveň zabezpečiť jednoznačný eurokonformný výklad právneho textu. 
K bodu 6	
Zavádza sa osobitná úprava v súvislosti s novelou § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Doplnením ustanovenia sa zabezpečí, že v prípade porušenia finančnej disciplíny, ak prijímateľ vráti poskytnutý príspevok alebo jeho časť, resp. za účelom vrátenia uzatvorí dohodu o splátkach / dohodu o odklade plnenia, nezačne sa správne konanie o porušení finančnej disciplíny.
Ustanovenie je založené na princípe zavedenom v doplnenom znení § 1 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z., v zmysle ktorého osobitný predpis môže stanoviť odchylnú úpravu oproti rozpočtovým pravidlám pre prostriedky určené na financovanie spoločných programov SR a EÚ. 

K Čl. IV
K bodu 1
Ustanovuje sa možnosť aby v rámci operačných programov spadajúcich do cieľa Európska územná spolupráca (programy cezhraničnej spolupráce a program INTERACT) bolo možné prostriedky Európskej únie prevádzať zo strany certifikačného orgánu z mimorozpočtového účtu Ministerstva financií SR buď priamo prijímateľovi (tak ako tomu bolo doteraz) alebo aj prostredníctvom platobných jednotiek (tak ako je tomu u operačných programov, ktoré nespadajú do Európskej územnej spolupráce). 
K bodu 2
Štandardným zabezpečovacím prostriedkom využívaným v prostredí poskytovania pomoci zo štrukturálnych fondov v rámci programového obdobia 2007-13 bolo záložné právo. Prax však ukázala, že v niektorých prípadoch nie je využitie záložného práva možné alebo účelné, preto sa pre účely zabezpečenia pohľadávok z príspevkov v rámci programového obdobia 2014-20 navrhuje umožniť pre riadiace orgány využitie ďalšieho zabezpečovacieho prostriedku, ktorým je zmenka. Zmenka je individuálne emitovaný, obchodovateľný a prevoditeľný cenný papier, ktorý plní úverovú, platobnú a zabezpečovaciu funkciu. Zmenka, podobne ako zmluvná pokuta, nezabezpečuje majetok, z ktorého by sa prípadná pohľadávka mohla uspokojovať. Na rozdiel od zmluvnej pokuty však ide o najrýchlejší spôsob, ako môže veriteľ získať exekučný titul, t. j. oprávnenie postihnúť celý majetok prijímateľa, keďže existuje inštitút zmenkového platobného rozkazu, pričom možnosti dlžníka brániť sa pri formálne správne vyplnenej zmenke, sú veľmi malé a konanie je veľmi rýchle. Z praktickej aplikácie zároveň vyplynulo, že najefektívnejším zabezpečením pohľadávok je prípad, kedy prijímateľ nakladá so svojim majetkom (napr. predmetom projektu). Ak to nie je možné, zabezpečovacie prostriedky, ktoré postihujú cudzí majetok (napr. ručenie), nie sú plne v moci prijímateľa, čo môže komplikovať proces zabezpečenia. Pri využití zabezpečovacieho prostriedku, ktorým je zmenka tieto praktické problémy odpadajú. Z uvedeného teda vyplýva, že použitie zmenky popri záložnom práve sa javí ako vhodná kombinácia, pričom je potrebné zabezpečiť relevantnú právnu úpravu v osobitnom zákone ako aj odstránenie generálneho zákazu použitia zmenky obsiahnutého v § 26 ods. 2 zák. č. 523/2004 Z. z. 
K bodom 3 a 6
V rámci poskytovania finančných prostriedkov EÚ a ŠR v podmienkach SR sa tieto prostriedky poskytujú na základe zmluvy uzavretej podľa Obchodného zákonníka, kde sa stanovia podmienky, za ktorých bude príspevok poskytnutý. V prípade, ak sa dané podmienky nedodržia a nastane situácia, kedy je potrebné žiadať od prijímateľa vrátenie finančných prostriedkov vyplatených na základe tejto zmluvy, dochádza v mnohých prípadoch k stavu, že porušenie zmluvy o poskytnutí NFP nemusí v plnej miere napĺňať podstatu porušenia finančnej disciplíny v rozsahu definovanom v § 31. Praktická realizácia ukázala, že v mnohých prípadoch je nutné a niekedy aj efektívnejšie domáhať sa vrátenia finančných prostriedkov nie režimom, na ktorý odkazuje poznámka pod čiarou č. 106, ale práve uplatnením svojich nárokov súdnou cestou. Návrh zmeny reflektuje na praktické skúsenosti s vymáhaním finančných prostriedkov, ako aj na judikatúru SD EÚ, v zmysle ktorej ,,o sporoch týkajúcich sa vymáhania prostriedkov, ktoré boli podľa práva Spoločenstva vyplatené neoprávnene, musia v prípade neexistencie ustanovení spoločenstva rozhodovať vnútroštátne súdy podľa svojho vnútroštátneho práva, a to v medziach stanovených právom Spoločenstva. Uplatnenie vnútroštátneho práva nesmie mať negatívny vplyv na uplatnenie a účinnosť práva Spoločenstva. O takýto prípad by išlo najmä vtedy, ak by takéto uplatnenie vnútroštátneho práva prakticky znemožňovalo vymáhanie protiprávne pridelených prostriedkov.“ V tomto kontexte sa navrhuje právna úprava, ktorá umožní úplne reflektovať na skutočnosť, že poskytovanie finančných prostriedkov z fondov EÚ je podriadené podmienkam zmluvy uzavretej podľa Obchodného zákonníka v ktorej texte sa priamo uvádza, že spory vzniknuté zo zmluvy budú riešené na súde. Legitímnosť súdneho konania vyplýva aj priamo z nariadení EÚ, a teda ani na základe rozšírenia tejto pôsobnosti vymáhania neoprávnene vyplateného NFP na správu finančnej kontroly, nie je vylúčená právomoc súdu v tejto veci konať. Možnosti vrátenia príspevku na základe súdneho rozhodnutia predvída v zákone už § 34 ods. 3 a nasledujúce, ktorý uvažuje s vymáhaním prostriedkov na základe súdneho rozhodnutia. Navrhovaná zmena preto znamená zjednotenie a zjednoznačnenie legislatívneho textu, ktorý bez navrhovanej úpravy nemusí byť vždy jednoznačne vykladaný, pričom zmena má za cieľ zároveň zabezpečiť jednoznačný eurokonformný výklad právneho textu. 
K bodu 4
Špecifikuje sa, že suma prostriedkov, ktorá sa majú vrátiť v prípade ich navýšenia na základe právoplatného rozhodnutia poskytovateľa vydaného v správnom konaní podľa odseku 3 alebo podľa odseku 5 je príjmom štátneho rozpočtu Slovenskej republiky a navýšený „polnásobok“ sa neodvádza na mimorozpočtový účet Ministerstva financií SR.
K bodu 5
Legislatívno-technická oprava nadbytočného vnútorného odkazu.
K bodu 7
Zavádza sa osobitná úprava v súvislosti s novelou § 31 ods. 4 zákona č. 523/2004 Z. z. o rozpočtových pravidlách verejnej správy. Doplnením ustanovenia sa zabezpečí, že v prípade porušenia finančnej disciplíny, ak prijímateľ vráti poskytnutý príspevok alebo jeho časť, resp. za účelom vrátenia uzatvorí dohodu o splátkach / dohodu o odklade plnenia, nezačne sa správne konanie o porušení finančnej disciplíny.
Ustanovenie je založené na princípe zavedenom v doplnenom znení § 1 ods. 2 zákona č. 523/2004 Z. z., v zmysle ktorého osobitný predpis môže stanoviť odchylnú úpravu oproti rozpočtovým pravidlám pre prostriedky určené na financovanie spoločných programov SR a EÚ. 
K bodu 8
Pre účely efektívnejšieho vysporiadania prostriedkov sa umožňuje uzatváranie dohôd o splátkach / o odklade plnenia aj v prípadoch, kedy už došlo k vydaniu rozhodnutia v správnom konaní zo strany poskytovateľa pri porušení pravidiel a postupov verejného obstarávania. 

K Čl. V
Účinnosť návrhu zákona sa navrhuje dňom 1. januára 2016.